透过水神共工叛乱一事，玉皇大帝发现神人混居令到地上的人类部落都拥有着强大的力量，虽然自己不在，但只是一个小小的水神共工就能把颛顼逼死，作为天地人三界最至高无上的他，绝对不能容许天界的权威受到威胁。于是他派自己的大儿子轩辕带着神通法力，转生到人世。
轩辕在人间的名字叫做黄帝，黄帝长大之后，顺理成章地成为中央一万二千里的大帝，娶了个老婆叫做雷祖。雷祖对穿着十分的讲究，设计出了很多款式的衣服给大家穿，因为有了雷祖，女人们不再穿得衣不蔽体，知其母而不知其父的情况也在这个时代渐渐被改变了。黄帝成为中央天帝之后，马上对百姓说了这么一段话：现在天下由五个大帝统治，我们中央这块地方整天受到来自四个方向的部落的欺负，守边疆的士兵们每天晚上连睡觉都要穿着甲胄准备随时打仗，这种状况不能再继续下去了！经过全民总动员，黄帝率领着大军横扫东西北三方，伏羲的退隐、祝融的内应加上颛顼部落的衰落，三个方向的强域很快便落入了黄帝的手中。于是黄帝把目标锁定在四方天帝中最强大的炎帝部落上。炎帝部落的人个个英勇善战，特别是其中的夸父族人，全部都是巨人，能够以一敌百，玉皇大帝当然不会让自己的儿子白白送死，于是派出几乎全数的天神参战，其中比较著名的有风伯雨师雷公电母等。黄帝发动突袭，炎帝部落的人哪里抵挡得住诸神的地水火风，一夜之间就败退了几千里，之后炎帝虽然亲自带队敌住黄帝的大军，黄帝手下尽是天兵天将，双方在实力上相差太远，炎帝最后退守不老山，郁郁而终。从此神州一统，黄帝成为第一个统一天下的人。因为炎帝以仁爱得天下，而黄帝是靠武力得天下，至今华夏子孙称自己为炎黄子孙的时候，都要把炎帝排在前头。
炎帝虽然死了，但要让他的子民听话可一点儿也不容易，而且黄帝的暴力手腕令爱好和平的南方百姓十分的反感，这时候蚩尤出现了。蚩尤天生铜头铁额，牛首人身，四眼六手，本是炎帝帐前的一个小兵，但他是神与妖的儿子，不但力大无穷，还善使法术。炎帝死后，他便矢志为主复仇。蚩尤看起来虽然粗鲁，但他却不是一个头脑简单的普通莽夫，他先是投靠到黄帝的手下当兵，经过努力，竟被他策反了风伯雨师这两大神人。得到风伯雨师之助，蚩尤便返回南方，举旗一召，应者如云，上古时代最激烈最惨烈的战斗便拉开了帷幕。
黄帝手下的大将有苍颉、风后、神皇、力牧、常先、大鸿、离娄（千里眼）等，神将则有宁封子、应龙、北极玄灵（魃）、雷父电母、四海龙王等，但这么强大的力量，依然只能与蚩尤战成平手，最初的涿鹿之战更是被蚩尤打得大败，几乎全军覆灭。之后又打了几场仗，黄帝都是败多胜少，这时士兵的士气都十分低落，为了鼓舞众兵将，黄帝竟派人去东海流波山，把自己的老朋友“夔”杀“死”，剥皮做鼓。夔是独脚怪兽，擅长用石子打人，他与黄帝交易的条件就是死后可以升入天庭，他成仙后的名字叫做赤脚大仙。黄帝又在雷泽杀掉人头龙身的雷兽（伏羲之父？），抽出骨头做成鼓槌，有了这面神鼓后，两军再战前，便先擂九通神鼓，响天震地，军心大振，与蚩尤的大战也开始变得有胜有负起来。再后来黄帝得到西王母的阴符经兵法（一说为《黄帝玄女兵法》），在战神天皇大帝的关门弟子九天玄女的协助下，设下太一遁甲阵才打败蚩尤，斩之于盐湖湖畔。