全真教分为王重阳创建的北宗和以张伯端为始祖、由白玉蟾创建的南宗。在教义上，又存在着清修和阴阳双修两派的区别。与太一教、真大教相比，全真教以中下层知识分子为主体，教徒的文化、宗教素养很高，著述不少，他们的政治、社会活动能力也很强，对后世的影响也非同小可。
“千古丹经之祖《悟真篇》
张伯端（984～1082年），字平叔，天台（今浙江天台县）人。他从小就博学多闻，习炼丹功。他曾经做过府吏，因火烧文书坐累谴戌岭南。后来在成都天回寺遇到一个异人授道，改名用成，后世尊称他为紫阳真人。传说他曾经阳神出壳而到扬州摘琼花，又说他尸解后曾经出现于王屋山。张伯端著有《悟真篇》、《金丹四百字》、《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》、《奇经八脉考》、《紫阳真人语录》等。
张伯端的思想仍然属于钟离权、吕洞宾一系。对此，他自己说过：“……至熙宁（1068～1077年）己酉，因随龙图陆公入成都，以夙志不回，初诚愈恪，遂感真人授金丹药物火后之诀，其言甚简，其要不繁，可谓指流知源、悟一悟百，雾开日莹，尘尽鉴明，考之丹经，若合符契。”（《悟真篇序》）那么，授其金丹药物火候的异人是谁呢？薛道光在《悟真篇注》中说：“仙翁（指张伯端）游成都，遇青城丈人，得金液还丹之妙道。《山西通志》则说张伯端“遇刘海蟾，授以金液还丹之道。”《张用成传》亦说张伯端“遇刘海蟾，授金液还丹火候之诀，乃改名用成（诚），字平叔，号紫阳。”（《历世真仙体道通鉴》卷49）刘海蟾，即刘操，号海蟾子。根据南宋末年李简易的《玉溪子丹经指要》卷首的《混元仙派图》、《历世真仙体道通鉴》卷四十九和刘操自己的说法，吕洞宾是刘操的师父。
张伯端明确否定烧炼外丹，他说：“人人本有长生药，自是愚迷枉摆抛。
……丹熟自然金满屋，何须寻草学烧茅？”（《悟真篇》上）他认为，修道要修内丹功法。“学仙须是学天仙，唯有金丹最的端。”（《悟真篇》三）
这里所谓的天仙金丹之法，实际上就是钟吕所倡导的内丹功。
张伯端的思想以《周易参同契》、《道德经》为根本。首先是《周易参同契》。张伯端运用了《周易参同契》的《易》学思想，主要是“取坎填离”，以后天还返先天，“南北宗源翻卦象”，“自如颠倒由离坎”等等。
《悟真篇》的体例结构是仿照《周易参同契》所运用的易学象数模式：“内七言四韵一十六首，以表二八之数；绝句六十四首，按《周易》诸卦；五言一首，以象太乙之奇；续添《西江月》一十二首，以周岁律。其如鼎器尊卑、药物斤两、火候进退、主客后先、存亡有无、吉凶悔吝，悉备其中也。”《悟真篇》所表达的内丹理论的框架同样也与《周易参同契》中的易学象数模式相同。“冬至初阳来复，三旬增一阳爻。月中复卦朔晨超，望罢乾终始兆。日又别为寒暑，阳生复起中宵。午时始象一阴朝，炼药须知昏晓。”（《悟真篇》《西江月》之九）在《悟真篇》中，张伯端以十二辟卦、十二辰、二至二分说明进阳火、退阴符、炼成金丹的过程。
《道德经》对《悟真篇》的思想影响也很大。张伯端取《道德经》四十二章“道生一，一生二，二生三，三生万物”的思想，来说明“道自虚无生一气，便从一气产阴阳，阴阳再合生三体，三体重生万物昌”，阐发顺行则万物化生，逆此化生的程序修炼则可成就金丹。张伯端还取《道德经》十六章“归根复命”的观点阐发“万物芸芸各返根，返根复命即长存，知常返本人难会，妄作召凶往往闻”的逆行炼丹思想，并取《道德经》五十八章“祸福互变”之论阐发“祸福由来互倚伏，还如影响相随逐，若能转此生杀机，反掌之间灾变福”，告诫炼丹者要把握住“逆”、“顺”转化的时机，炼好逆转丹法。另外，《道德经》六章说“谷神不死，是谓玄牝，玄牝之门，谓天地之根”，张伯端纠正河上公所说的“玄牝”指口鼻的错误，认为“谷神”指结丹药物，“玄牝”指人体阴阳交合之地。可见，张伯端在继承和领会钟、吕思想的基础上，把《道德经》的思想运用得更加淋漓尽致了。此外，《悟真篇》还引入《阴符经》的思想来阐述内丹修炼中生克制化的时机把握等等，进一步深化了内丹学说。
道教历来强调无为，晚唐以来的内丹学派则多谈有为，这就遇到了怎样处理无为和有为的关系的问题。张伯端把这一点明确化了，他说：“一粒金丹吞人腹，始知我命不由天。但见无为为妙道，不知有为作根基。按照他的看法，在命功阶段是有为，在性功阶段才是无为。或者说，要以有为求无为。相对而言，他更强调积极有为。他在《悟真篇自序》中说：“复阳生之气，剥阴杀之形，节气既周，脱胎神化，名题仙籍，位号真人，此乃大丈夫功成名遂之时也。张伯端认为“学仙须是学天仙”，也就是不能仅仅只炼气，还要炼心，修性。他用“天仙”功法来把其它功法统一起来了。
张伯端的内丹功法首先是龙虎****，促使四象、五行和合，逆行返母，结成金丹。接着是运火炼内丹，经过十月温养，胎圆火足，脱胎而化为纯阳之体。最后是九转大还丹：“方始投于静僻之地，兀兀面壁九年，以空其心，谓之抱一。九年行满，形神自然俱妙，性命双圆，与道合真，变化不测矣，此名九转大还丹也。丹虽分三，道实揆一。必自小而中，自中而大，此修丹人道之次序也。”（翁葆光《序》）这三个阶段也就是：炼精化气，炼气化神，炼神还虚，张伯端称之为“三花聚顶”。张伯端还把修炼的证验“以眼不视而魂在肝，耳不闻而精在肾，舌不声而神在心，鼻不香而魄在肺，四肢不动而意在脾”称为“五气朝元”，并把《钟吕传道集》中所讲的诸多还丹方法概括为“七返九还”的系统方法。
张伯端继承钟吕的性命双修思想，又结合陈抟的《无极图》的内丹思想，把性命双修思想作了发展。他说：“精气神者，与天地同其根，与万物同其体。”（《金丹四百字．序》）由此出发，他讥笑那种离开心而认精气为铅贡的作法是“认他物为己物，呼别姓为新儿”（《悟真篇序》）。他明确反对只修金丹的做法：“此恐学道之人不通性理，独修金丹。如此，既性命之道未修，则运心不谱，物我难齐，又焉能究竟圆通，迥超三界？（《悟真篇恰遗》）在他看来，金丹只是命功，性功得从心地上下功夫：“心者，万化纲维枢纽，必须忘之，而始觅之，……但于忘中生一觅意，即真心也。恍惚之中始见真心，真心既见，就此真心，生一真意，加以返光内照，庶百窍备陈，元精吐华。要在乎无中生有，有中生无。到这境界，并真心俱忘而弃之也。”（《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀·采取论》）这一点在钟、吕内丹功法中没有，恰好就是陈抟的“复归无极”所强调的。张伯端认为，要把这种修心炼性贯穿到整个炼丹过程中，即把“外静内澄，一念归中，万缘放下”的“凝神定息丹法”“始终用之”
（《悟真篇．提要七条》）。他强调：“虚心实腹义俱深，只为虚心要识心，不若炼铅先实腹，且教守取满堂金”。他用“有作”、“实腹”代指命功，用“虚心”、“无为”代指性功，先命后性，以性为核心。对此，他在《玉清金笥青华秘文金宝内炼丹诀》中说得更详细：“方其始也，以命而取性，（性）中之矣，又以性安命，此是性命天机括处，双修者，此之谓也。”（《正统道藏》第7册，第5058页）但性命又不能截然分开：“先就有形之中（命功）寻无形之中（性功），乃因命而见性也。就无形之中寻有形之中，乃因性而见命也。”（同上，第5057页）但是，要“先命后性”，因为：“先性固难，先命则有下手处，譬之万里虽远，有路耳。先性则如水中捉月，然及其成功一也。”（同上）张伯端认为，先修性功未尝不行，但容易落空而收不到实效。这也是他的思想与禅宗有渊源关系却又不同于禅宗的表现之一。
钟吕的“和光同尘”思想（《纯阳真人浑成集》卷上载有《百字诗》）
也为张伯端所接受。张伯端把行善积德的伦理实践作为内炼成仙的基础，主张“志士若能修炼，何妨在市居朝”（《悟真篇》），在尘世中成就金丹。
在上述思想的基础上，张伯端直截了当地宣称“三教合一”。他认为：释氏以空寂为宗，若顿悟圆通，则直超彼岸，如有习漏未尽，则尚殉于有生。老氏以炼养为真，若得其枢要，则立跻圣位，如其未明本性，则犹滞于幻形。其次《周易》有穷理尽性至命之辞，鲁语有毋意必固我之说，此仲尼极臻乎性命之奥也，然其言之常略而不详者何也？盖欲序正人伦，施仁义礼乐之教，故于无为之教未尝显言，但以命术寓诸《易》象，以性法混诸微言耳。
在张伯端看来，佛教追求空寂圆通的本体，但如果只修性不修命，不能促成气脉的变化，则只能得不解渴的“干慧”，只能出阴神，不能出阳神。道教炼养而求登仙，但如果只修命不修性，不能明心见性，不达根本，则无法证得“无上至真之妙道”。儒家实际上也是讲求穷理尽性至命，只不过没有直接说明白罢了。确实，佛教禅宗讲“明心见性”，张伯端的道教内丹学讲“全性养命”，儒家讲“复性明理”，三者在终极目标上都是一致的。心理上追求清静虚明，无私无虑；生活上追求自然恬淡，少私寡欲，养气守神，也是儒释道三家都一致的。正如张伯端所说：“教虽分三，道乃归一。”但是，老氏重炼养，却往往未明本性；儒家重人伦，施仁义礼乐之教，却往往忽视了“无为”之道；佛教以空寂为宗，崇尚“性功。为此，要“先以神仙命脉诱其修炼，次以诸佛妙用广其神通，终以真如觉性遗其幻妄，而归于究竟空寂之本源。”（《悟真篇恰遗》）钟、吕套用禅宗修性的学说，并对它进行了符合道家、道教原理的初步改造。张伯端则把内丹修炼划分为“先”、“次”、“终”三个阶段，始则由儒人道，次则由道参禅，终则摄禅释性，从而把性命双修的思想完全贯彻到三教合一的观念中去，大大丰富和发展了内丹学说。由儒人道的实质就是把涵养伦理道德作为修道的前提。这就意味着，张伯端的伦理道德与儒家伦理道德是相通相同的。《悟真篇》说：“德行修逾八百，阴功积满三千，均齐物我等亲冤，始合神仙本愿。”（《悟真篇》）又说：“若非积行施阴德，动有群魔作障缘。”（同上）张伯端把伦理道德视为修丹成仙的基本条件。
张伯端的《悟真篇》在道教历史上享有崇高的地位，被誉为“千古丹经之祖，垂世立教，可与《周易参同契》并传不朽”（《悟真篇注疏原序》），仅次于“万古丹经王”《周易参同契》。例如元代陈致虚在《金丹大要》中说：“且无知者，妄造丹书，假借先圣为名，切不可信，要当以《参同契》、《悟真篇》为主。”之所以如此，是因为《悟真篇》把隋唐以来内丹修炼的各种方法融会贯通起来，落实到修命与修性相统一这个核心基础上，并把他们有机地融合为一个整体，使之成为能够完全取代外丹学说的一种内丹学说。崔希范的《入药镜》、钟离权、吕洞宾的思想、施肩吾的《西山群仙会真记》等等道书中所刻画的内丹修炼范畴以及彭晓《周易参同契分章通真义》中所阐释的阴阳卦爻、日月进退关系，都被张伯端放到一个合适的主次、先后的系统中，并被加以灵活的运用，从而获得了“达本明性之道，尽于此矣”的效果。张伯端所建立的这种内丹学说以性命关系为核心内容，把炼气与炼心有机地统一起来，发展了《周易参同契》的法象火候学说，在鼎器尊卑、药物斤两、火候进退、主客先后、存亡有无、吉凶悔吝等等方面，都作了具体明晰的阐发。而且，他还在《道德经》、《阴符经》等道教经典义理的指导下，把这种种炼丹功法和经验技术诀窍加以总结、抽象、概括，使它们由“术”的层次上升到了“道”学的自觉的理论层次。所以，《悟真篇》一面世，注家蜂拥而起。它在北宋之后被推为内丹学的正宗，后世内丹家没有不祖述它的。
方寸壶中倾不尽，自家无日不春风——白玉蟾
与全真教南宗
张伯端的思想，后来进一步被白玉蟾等人发展后，对宋代，尤其是南宋儒家理学的形成有一定的影响。在金元之际与全真教北宗汇合后，对道教，尤其是元代全真教的发展起了巨大的作用。他的很多功法和思想，直到今天还对气功锻炼有巨大的指导意义。
张伯端的后世弟子有石泰（1022～1158年）、薛式（1078～1191年）、陈楠（？～1213年）、白玉蟾（11947～1229年？）
等，他们五人被称为南宗五祖。