《中俄尼布楚条约》
清军入关后，兵力大部分移到内地，所以驻扎在东北的清兵有所减少，黑龙江一带屡遭沙俄的侵扰。当时清朝忙于攻取江南、平定三藩、收复台湾等等，无暇顾及东北黑龙江一带，给沙俄入侵造成空隙。康熙帝继位后，鳌拜专权，政局混乱，鳌拜对沙俄入侵又隐瞒不报，致使沙俄先后占据雅克萨、尼布楚等地。他们在两地修建碉堡，建立殖民地，强征当地居民的赋税，甚至向清朝发布外交文书，要清朝皇帝向他们称臣，还无理要求中国每年向沙俄进贡白银4万两和丝绸等物资。这一切都遭到康熙帝的严辞拒绝。沙俄恼羞成怒，增兵雅克萨，修筑更多的碉堡据点，威胁大清，并伺机扩大侵略范围。三藩平息后，国内基本安定。康熙帝以为应适时出兵黑龙江，给沙俄侵略者以应有的回击，以保卫祖国领土主权不受侵犯。为此康熙帝于公元1682年借回盛京拜谒太祖、太宗陵寝之机，亲自调查边境情况。他出柳条边，乘船沿松花江北行，询问由黑龙江逃回来的老百姓，打听那里的情况，听到百姓对罗刹（即沙俄）的愤怒与咒骂，得知民心思归，百姓爱国，不为沙俄所用。这是击败沙俄、保卫边境实现领土完整的有力保证。经过实地了解，康熙帝对出兵黑龙江充满了必胜的信心。为了更好地掌握沙俄的实际情况，回京后，他即派都统郎坦率几百健卒，化装成猎人，深入雅克萨一带侦察敌情，勘察地形交通。郎坦等人经过一个多月的侦察，取得了可靠的材料，绘制了地形图回到北京。
郎坦上奏说：“根据臣等实际了解所掌握的情况分析，要想打败罗刹并不难，只要派三千兵就可取胜。”郎坦的报告与康熙帝的分析是一致的。为了永保边境的长治久安，康熙帝考虑必须在边境建城驻兵，屯田开荒，修筑水路公路，加强与内地联系，这样才能从根本上加强边境地区的防御能力。公元1683年康熙帝派兵驻守瑷珲等地，任命萨布素为黑龙江将军，派户部尚书伊桑阿到吉林督造船只，修通水路，扩建陆路，使边境与北京的通信几天就可以通达。康熙帝谆谆嘱咐萨布素，要求他关心和保护好边民，加强军民团结。经过二三年的时间，到康熙二十四年（1685年）春，康熙帝得到萨布素的报告，知道一切就绪，于是下令攻占雅克萨。强大的清军得到当地人民的支持，很快攻下雅克萨，将沙俄侵略者赶走，首战告捷。康熙帝告诫萨布素要警惕罗刹的卷土重来。
果然不出康熙所料，沙俄退兵并不死心，不久窥探到清军撤回休整、雅克萨守兵少的机会，立刻组织大批军民，偷袭雅克萨。雅克萨失守后，康熙帝命令萨布素第二年春必须夺回雅克萨，彻底消灭这股侵略者。这次战斗进行得十分激烈，因为沙俄防守工事修得又多又坚固。战争持续了三个月，最后沙俄头子托布尔津被击毙，士兵死亡百分之九十，清军重新夺回雅克萨。第二次击败沙俄，康熙帝致书沙皇，提出通过谈判解决边疆问题的主张。沙皇因两次受挫，看到想用武力霸占黑龙江流域毫无希望，只好答应谈判，想到谈判上再捞一把。沙皇的代表是老奸巨猾的果洛文，清朝代表是索额图。果洛文使出浑身解数，耍尽了无赖手法；索额图义正词严不卑不亢。在雅克萨中国各族居民强大声势的压力下，果洛文害怕如果再赖下去，将失去在黑龙江一带所有的地方，无可奈何地接受了中国代表提出的方案。双方达成了协议。1689年7月24日双方在尼布楚签订了《中俄尼布楚条约》。《中俄尼布楚条约》虽然把原来属于中国的一部分领土让给了俄国，但这是出于清政府战略上的考虑同意的，是双方共同商议的结果，是中国历史上第一次平等条约。它确定了中俄双方东北部的边界，此后长达150年的时间里，这一段边境一直比较平静。《中俄尼布楚条约》也是康熙皇帝在外交政策上的一次胜利。但是沙俄侵略者并不死心，它开始改变了侵略手段，以挑拨中国民族关系为阴谋，鼓动中国西北部的噶尔丹起来作乱。
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《尼布楚条约》的主要内容条约规定：外兴安岭以南、格尔必齐河和额尔古纳河以东至海的整个黑龙江流域，乌苏里江流域的土地，全部属于中国；外兴安岭与乌第河之间的地区，暂行存放，留待以后再议；凡一二人越界捕猎或盗窃，立即械系，送回本国处罚，凡数十人结伙，持械越界、杀人掠夺者，捕拿送回本国，处以死刑；两国人民持有护照者，可以过界往来互市；订约以前的逃人不必遣返，订约以后，两国不收逃犯。俄国人在雅克萨所建城障，应立即拆除，在此居住的俄国人，应全部迁回本土。
三征噶尔丹
沙俄政府在雅克萨失败以后，并不甘心。就在尼布楚条约签订的第二年，又唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。那时候，蒙古族分为漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三个部分。除了漠南蒙古早已归属清朝外，其他两部也都臣服了清朝。准噶尔是漠西蒙古的一支，本来在伊犁一带过游牧生活。自从噶尔丹统治准噶尔部以后，他野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府保护。康熙帝派使者到噶尔丹那里，叫他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。康熙帝召集大臣宣布他决定亲征噶尔丹。他认为噶尔丹气势汹汹，野心不小，既然打进来，非反击不可。公元1690年，康熙帝分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。右路清军先接触噶尔丹军，打了败仗。噶尔丹长驱直入，一直打到离开北京只有700里的乌兰布通（在今内蒙古昭乌达盟克境内）。噶尔丹得意洋洋，还派使者向清军要求交出他们的仇人。康熙帝命令福全反击。噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。
他把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地。驼城被打开了缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕到山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。噶尔丹一看形势不利，赶快派个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向康熙帝请示。康熙帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵逃到漠北去了。噶尔丹回到漠北，表面向清朝政府表示屈服，暗地里重新招兵买马。1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发。1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费扬古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。
三路大军约定时期夹攻。康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达，这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点害怕起来，劝康熙帝班师回北京。康熙帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代；再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是危险了吗？”于是，康熙帝决定继续进兵克鲁伦，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，见到康熙帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。康熙帝一面派兵追击，一面赶快通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一座大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照康熙帝的部署，在小山的树林茂密地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把叛军引到预先理伏的地方，清军先下马步战，听到号角声起，就一跃上马，占据了山顶。叛军向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。
费扬古又派出一支人马在山下袭击叛军辎重，前后夹击，叛军死伤无数。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹继续顽抗。隔了一年，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领；他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹走投无路，就服毒自杀。自那以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，给当地蒙古贵族各种封号和官职。清政府又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。后来，噶尔丹的侄儿策妄阿那布坦攻占西藏。1720年，康熙帝又派兵远征西藏，驱逐了策妄阿那布坦，护送****喇嘛六世进藏。以后，清政府又在拉萨设置驻藏大臣，代表中央政府同****、****共同管理西藏。在平定噶尔丹叛乱中，清圣祖康熙表现出了杰出的政治军事才能。这次平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家大分裂，有利于多民族统一国家的巩固和发展。同时，中央集权制力量得到加强，提高了清政府抵御外敌的能力。此外，这次平叛战争的胜利，还意味着受割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地的经济文化交流。