果子狸因行动灵敏、善于攀缘，一旦逃出去，就不易抓捕，所以不管用火车运输或汽车运输，都要用铁笼装。
（第一节）运输工具
果子狸运输一般用多联式铁笼，即每个大笼里面分成4个小格，每个小格里面装1只果子狸，小格的大小一般以放入果子狸后使其在里面难以转身为宜。每个铁笼长60厘米、宽100厘米、高30厘米。中间固定由铁丝网或薄木板制成的三个间隔，形成4个单笼位。笼子的一端暂不固定铁网片，但要准备一个比笼子长的薄木板，宽度略宽于铁笼的高度。装果子狸时，每装1个笼位用板子先盖着，等4个单笼位装完后再抽去木板，用铁网片迅速盖好，然后再装入固定好。
装好的铁笼外面用麻袋包裹好，一方面使果子狸处于黑暗的环境中，避免受外界惊扰而骚乱，在笼内撞伤；另一方面可保证果子狸排便不会排到下层别的果子狸身上。
如果运输量比较小，一时又做不了铁笼子，也可以用麻袋或编织袋。但必须注意两个方面，一是袋子要剪一些孔让其保持空气流通，二是要少装，避免积压。
（第二节）果子狸的运输手续
果子狸是国家三类保护动物，驯养要林业部门颁发的野生动物驯养许可证。由人工驯化后的果子狸繁殖培育的后代运输时，必须持有野生动物驯养许可证复印件、经营许可证和运输许可证，这些都由供动物的场家提供。另外，还要有当地动物防疫部门出具的检疫证明，这样路途才比较安全，不会被林业派出所查扣。
如果供给果子狸的当地没有野生动物驯养许可证，必须有当地林业局出具的准运证和当地兽医部门出具的检疫证，否则属非法运输。
（第三节）运输途中的管理和运达后的管理
果子狸装车前押运人员要准备一些次品水果、胡萝卜或其他瓜果等，运输途中要投给一些水果，一方面可以充饥，另一方面可以补充体内水分。另外，还要准备一些细铁丝、钳子和一个圆口的长把网袋，一旦运输笼被果子狸撞破，可以修补；一旦果子狸跑出，可以及时捕捉。
押运人员要经常检查运输笼是否完好，如有破损的地方及时维修。还要检查底层笼内通风情况和温度高低，如果通风换气情况不好，温度较高，应调换笼的位置，即将底层的调到顶层，将顶层的调到底层，过一段时间后再调过来，以免因通风不良、温度升高而闷死。
果子狸运回饲养场后，由于环境的改变和对人工设施的不适应，有的会表现烦躁不安，在笼内四处乱撞乱动，有的几天不吃食。因此，必须保持场内安静，谢绝参观，防止周围有强烈的噪音刺激。这时如果舍养，舍内光线应调暗，如果暂时笼养，笼箱外用麻袋遮光。饲养员在此期间应具有极大耐心，尽可能多与果子狸接触，培养感情，投入果子狸最喜欢吃的东西。
在运达后果子狸情绪稳定，吃食正常后，还要及时检查是否受伤，对受伤者要及时处理。