二年级马上就要开始了，当赫敏在对角巷遇到哈利的时候，他仿佛遇到了些麻烦，有一个叫做多比的家养小精灵，似乎在努力阻止他回到霍格沃兹。在对角巷里，哈利他们还遇到了德拉科马尔福的父亲，卢修斯马尔福。他仔细审视着哈利和赫敏，仿佛知道在他们身上将有好事发生。
“哈利波特，我们终于见面了，你的伤疤！他真是个传奇。”
“伏地魔杀了我的父母，除了一个杀人犯他什么都不是。”哈利答道。
“直呼他的名讳……你要么是英勇无畏，要么就是愚蠢至极。”
“不敢说他的名字只能加重自己内心的恐惧。”赫敏在一旁说道。
“你一定是格兰杰小姐了。”卢修斯看了看赫敏，“没错，德拉科提起过，还包括……你的父母，麻瓜？不是吗。”
然而哈利遇到的麻烦还不只这些，在即将登上霍格沃兹列车的时候，他和罗恩居然没有通过93/4站台。这该如何是好，罗恩做了个大胆的决定，为了准时到达霍格沃兹，他们开飞天汽车去。
当他们终于到达地方的时候，他们显然已经经历了一趟很不平凡的旅程。
“至少有七个麻瓜看到了你们……你们差点把我们的世界公诸于众！”西弗勒斯显得有些生气，“更别说你们还造成了打人柳严重的伤害。”
“老实说，斯内普教授，他对我们的伤害更大……”罗恩回答道。
“安静！我保证，如果你们是斯莱特林的学生，你们现在就可以回家去了！”
西弗勒斯当然不希望这些不知天高地厚的孩子再做出这么危险的事情，尤其是他们还跟赫敏走的如此近。不过邓布利多显然更加宽容。
为了这件事，哈利和罗恩被罚劳动，罗恩甚至接到了妈妈寄来的咆哮信。
他们新学期的黑魔法防御术老师是洛哈特教授，一个自以为帅得掉渣的蠢货。他在第一堂课就证明了这一点，因为他根本无法控制他的小绿仙。
这些小家伙，最终还是赫敏来降服的，那个洛哈特早就跑的不见踪影了。
这种小打小闹不足以令人担忧，不过后来，令他们真正担忧的事情出现了，学校里发生了一些恐怖的事情，他们也渐渐得知了密室的存在，那是学校创始人斯莱特林所遗留下的藏着可怕怪物的密室。
为了保护学校的麻瓜后人，也就是德拉科马尔福骂赫敏的那句——泥巴种，他们决定做一些事情。首先，他们要知道，马尔福是不是斯莱特林的继承人。当然，得知这个问题答案的方法，还是要由赫敏来寻找。
就在变形药水还在研制的期间，又有学生因为石化送进了医务室，从邓布利多的口气可以听出，霍格沃兹真的面临着巨大的危险，密室已经再次被打开了。小精灵多比也又一次找到哈利波特，他说，历史的悲剧即将重演……
石化事件还在上演，哈利也总是听到霍格沃兹的城堡里有奇怪的声音在说话。在一次黑魔法防御课上，人们发现哈利有一种可怕的能力，其实之前他自己就知道他可以与蛇对话，只是他不知道这种能力是极其罕见的，而且跟当年的斯莱特林一样。
赫敏对于这些事情十分担忧，所以那天，她来到了邓布利多的办公室，这是她第一次来到这里，因为邓布利多不希望她过多的来找他而引起怀疑。赫敏好奇的观察着这里的一切，突然她看到邓布利多的鸟儿自己燃烧了起来，这吓了她一跳。
“赫敏……”
“教授，您的鸟儿……怎么会……”
“喔，也该是时候了，它这两天看上起很不好……”邓布利多走下来，“福克斯，它是一只凤凰，凤凰在死后会化成火焰，然后他们，会在灰烬中重生。”
赫敏眼见灰烬中的小凤凰重新冒出头颅。
“啊，凤凰真是迷人的东西。”邓布利多继续说道，“他们载得动很重的东西，而且他们的眼泪可以治病。”
“它好美……”赫敏认真的看着福克斯，好像对它有一种特殊的感情。
“好了，不知道你来找我所为何事？”邓布利多问道。
“教授，我知道现在哈利被许多人怀疑跟密室有关，可是他是无辜的。”
“没错，我完全相信这点，你也不必为此担心。”
“可这究竟是怎么回事？”
“这大概跟很多年前的事件有关，那时，汤姆里德尔还是霍格沃兹的学生，没错，就是伏地魔。有那么一天，一个女生突然死在了盥洗室里，死因奇特，这件事闹得沸沸扬扬，若是再找不到凶手，霍格沃兹将会被关闭。就在此时，汤姆里德尔抓住了凶手……海格。”
“海格？这不……”
“没错，我们都觉得不可能，可是那时海格正好养了一只蜘蛛做宠物，他自己也没法辩护清楚。恐怕这次，他依旧会遇到麻烦。”
“不，不是蜘蛛，我知道了……为什么只有哈利能听到说话的声音，那是蛇妖！”
“你还是那么的聪明，赫敏。”邓布利多此时的话，赫敏也许没有放在心上。
“我要去告诉他们……”赫敏起身欲走，“对了教授，我想我现在跟他们已经是很好的朋友，知己一般，我能否让他们看到我原本的样子呢？”
“这个，我想还不是时候。”
“……好吧。”赫敏点了点头，走出了邓布利多的办公室。
她飞快的找到关于蛇妖的资料，想去告诉哈利和罗恩所有的事情，然而就在图书馆附近，她出事了。不过关于海格的事，哈利已经通过在盥洗室见到的那本日记得知了。汤姆里德尔的日记。
哈利和罗恩再次见到赫敏的时候，她已经被石化了，躺在医院的病床上，不过哈利发现了她手中的羊皮纸。
没错，原来怪物是蛇妖！它能在看到人的同时把人杀死，那些人没有死去，是因为没有直接看到它的眼睛。它一直出没于各种管道，所以来去无踪。
不过很快，更让他们担忧的事发生了，金妮韦斯莱，罗恩的妹妹，被抓到了密室里。他们不能不采取措施了。邓布利多在魔法部的压力下，更多的是卢修斯的压力下暂时离开了学校，海格也被带走了，他们还能找谁帮助？
那个满口谎言的洛哈特吗？还不够给他们惹麻烦的。
密道就这样被开启了，哈利走入了密室，他找到了金妮，知道了汤姆里德尔日记的秘密，也知道了他原来就是伏地魔，他一直操纵着金妮，来进行着自己邪恶的阴谋。蛇妖，也是他还在校是就养在密室的杀人魔鬼。他才是斯莱特林的继承人！
赫敏静静的躺在医务室，她的身体不能动弹。可是她还可以思考，她知道哈利可能会面对前所未有的危险，可是她没能在他身边，谁能去帮帮他呢！赫敏只能默默的祈祷，愿上天能助他一臂之力……
哈利显然无法战胜里德尔和他的蛇妖，就在千钧一发之时，福克斯突然飞了过来，与蛇妖缠斗，它带来的分院帽，出现了格兰芬多之剑，帮助哈利刺穿了大蛇的喉咙。最终，哈利用毒牙毁掉了日记，救出了金妮，他们跟着福克斯，飞出了惊心动魄的密室。
后来他们才得知，日记是卢修斯偷偷放进金妮的书包带进学校的，多比也是马尔福家的小精灵。他的诡计终究躲不过邓布利多的眼睛，而且那天，哈利还设计，帮助多比恢复了自由之身。
一切都过去了，就像哈利对金妮说的那样，赫敏在服药之后，也重新找回了活蹦乱跳的身体。可是她不会知道，在她石化脑子里满是哈利波特的时候，有个人在医务室，静静的陪她度过了漫漫长夜……