高温堆肥是在好气条件下，通过加入骡、马粪接种好热性纤维分解菌，产生高温，可以彻底地消灭病菌、虫卵等有害物质，加速堆肥材料的腐熟，高温堆肥的堆制方法，分为地面式和半坑式两种。
地面式：地面式高温堆肥，各地具体做法因条件不同而异，现以华北地区玉米秸秆为主要材料的堆制方法为例。堆制地点应选在背风、向阳及近水源处。材料配比是风干玉米秆500千克，新鲜骡、马粪300千克，人粪尿100～200千克（或适量的化学氮肥），水750～1000千克。堆制时先将玉米秸秆铡成3～5厘米长的碎料，摊在地面上，按比例掺入骡、马粪、人粪尿和水，随掺随堆，搅拌均匀，堆成长方形，宽3.3～4.0米，高1.3～2.0米，长度以材料多少而定。堆后上面覆土，厚度4～8厘米。一般在5天后堆温逐渐上升，最高可达70℃以上，过一段后堆温下降，此时应进行翻堆，并酌情补充水分或人粪尿，重新覆土堆积，直至腐熟。整个腐熟期要2～3个月左右。
半坑式：此法多用于干旱和寒冷的地区和季节。坑有圆形和长方形两种，挖在背风、向阳、近水源处。一般坑深1米左右，取出的土做埂，埂高出地面65～100厘米。如为圆坑型，坑底直径约2米，坑口直径2.6米，坑底开出深和宽约为16～17厘米的十字形通气沟，并顺坑壁斜沟通至地面。坑底和壁面通气沟用玉米或高粱秸纵横各铺1层，以防堆制时被堵塞。堆肥材料及比例与地面高温堆肥基本相同，坑底最好先铺一层老堆肥，然后层层放入堆肥材料，顶部用土封严。堆后2～3天温度逐渐上升，通常可达65℃以上并维持5～6天，随后温度下降，待降到40℃以下时，再翻堆，并酌情加入水或粪尿肥，以利腐熟条件适宜。堆后1～2个月就可腐熟，腐熟后压紧封泥备用。