认识非公有制经济存在的深层根据，对于发展非公有制经济具有重要理论和实践意义。当前理论界主要有马克思主义的分工理论、生产力水平说、市场经济需要说、补充论和组成论等，下面我们逐一进行阐述。
一、马克思主义分工理论是非公有制经济存在的深层根据
马克思主义的分工理论从分工与所有制的内在关系上揭示了非公有制经济存在的深层次根据，厘清了分工、所有制和市场经济的逻辑关系。马克思主义的分工理论内容极为丰富，就分工与私有制和市场经济的逻辑关系来说，马克思认为，分工是私有制的根据，并进而由它们决定了市场经济，成为私有制和市场经济的根据。众所周知，马克思认为，分工和私有制是市场经济的前提。
也就是说，没有分工和私有制，也就没有市场经济。进一步的问题在于分工和私有制的内在关系。如果分工决定私有制，那么分工就是私有制以及市场经济的根据。实际上，马克思的分析逻辑正是如此。马克思指出：“分工发展的各个不同阶段，同时也就是所有制的各种不同形式。”，这就是说，分工的第一个阶段还根据个人与劳动的材料、工具和产品的形式也就不同，分工决定所有制的形式，那么分工又是如何与私有制产生联系的呢？马克思进一步分析道：
“分工和私有制是两个同义语，讲的是同一件事情，一个是就活动而言，另一个是就活动的产品而言。”
这就是说，就活动而言分工是生产不同商品的活动；就活动产品而言，不同分工活动生产的产品属于不同的所有者，也就是不同私有者。从这个意义上讲，分工就是私有制，两者没有本质不同。所以，分工决定私有制并进而决定了市场经济，分工是私有制和市场经济的深层根据。
我们还可以根据生产力和生产关系理论更进一步地说明分工与私有制的关系问题。由于生产力决定生产关系及其所有制形式，那么，要说明分工是私有制的根据，就要说明分工与生产力的关系，即分工就是生产力，因此分工决定了私有制。马克思指出：“一个民族的生产力发展水平，最明显地表现在该民族分工的发展程度上，任何新的生产力，只要它不仅仅是现有生产力的量的扩大（例如开垦新土地），都会引起分工的进一步发展。”
而且“受分工制约的不同个人的共同活动产生了一种社会力量，即扩大了的生产力”。这就是说，分工及其发展不仅仅是生产力量的扩大，而且是生产力质的发展，推进分工的发展实际上就是推动生产力的进步。在某种意义上分工就是生产力，并且是扩大的生产力。
综上所述，马克思主义的分工理论阐明了分工与私有制和市场经济的内在联系，揭示了分工是私有制和市场经济的深层根据。马克思认为，包括资本主义在内的以往分工都是自发的，对人来说是一种异己的力量，它强调了人的活动范围和领域，人为其所驱使，成为畸形和片面的人。因此，只有消灭这种自然分工及其私有制，才能使“任何人都没有特定的活动范围，每个人都可以在任何部门内发展，社会调解着整个生产，因而使我有可能随我自己的心愿今天干这事，明天干那事，上午打猎，下午捕鱼，傍晚从事畜牧，晚饭后从事批判，但并不因此就使我成为一个猎人、渔夫、牧人或批判者。”人驾驭着分工和生产力而不是相反，每个人成为全面发展的人，这就是与公有制相联系的共产主义社会。当然，消灭自然分工及其私有制和市场经济有其物质前提和基础，这就是资本主义的机器大工业。马克思指出，机器大工业的发展是消灭旧的分工的物质基础，而旧的分工的消灭也是机器大工业得以发展的条件；因为大工业的本性决定了劳动的变换、职能的更动和工人的全面流动性。但是这种逻辑也说明，只要存在自然分工，就会存在私有制和市场经济。而私有制和市场经济对分工也具有反作用，它能够推动分工和生产力的发展，这不光是逻辑理论而是现实实践。客观地说，马克思对资本主义机器大工业过于乐观。事实上，马克思当时所看到的最发达的机器大工业并不能消灭自然分工，从而也就不能取消私有制和市场经济；即是到了今天，人类进入了自动化机器时代，也不能消灭自然分工，而且这种分工还在加速细化和深化，而且不同层次之间以及同一层次之间的分工彼此相关，形成相互合作的产业链和产业网，分工越发展，产业链和产业网也就越长，生产力越发展，经济社会也就越进步，与之相应，这种专业化分工还成为个人理性选择职业和发展的基础，人因此也会越来越专业化，而不是随自己心愿可以精通各个领域的“全才”。分工特别是人的专业化使得生产和消费更依赖于交换，这一方面推动了市场经济全球化的发展，另一方面也丰富了人们的生活。尽管分工的弊端在于人的片面化发展，但是，对于发达的市场经济国家来说，分工还在深化和发展，那么对于初识市场经济并融入市场经济全球化的我们来说，不仅要积极推动和发展国内分工，还要加快进入国际分工体系，才能推进我们的市场经济及其体制的完善。因此，既然分工及其市场经济是必然和必须要发展的，那么，其中的私有制形式也就不可避免。因此，我们发展非公有制经济和市场经济，其深层次原因在于分工。阐明了分工与私有制和市场经济的内在关系，这里有必要对马克思主义经典作家和新兴古典经济学关于分工与工业化和城市化的理论作简要说明，这将有助于我们分析下面的问题，即非公有制经济发展与全面建设小康社会目标的实现。
马克思恩格斯指出：工业以分工为基础，而且只有依靠分工才能存在。正是分工和私有制的发展产生了大工业，它采用机器生产以及实行最广泛的分工。而分工必然要引起更进一步的分工。机器的采用必然要引起机器的更广泛的采用。但是，分工和私有制的意义不仅仅在于工业化的发展和深化。恩格斯指出，生产力的提高、城市的发展、交换的扩大、国家和法律的发展、艺术和科学的创立，都只有通过更大的分工才有可能。在此意义上，包括工业化和城市化、市场以及人类文明都是基于分工的发展和深化的结果，是分工发展和深化的产物，也就是私有制的产物。这不仅是工业化、城市化和经济社会发展的逻辑，而且是工业化、城市化和经济社会发展的历史。
二、改革开放后我国非公有制经济理论的形成与发展
改革开放以来，在实事求是思想路线的指引下，我们冲破了传统社会主义政治经济学中的“所有制教条”，把“三个有利于”作为判断和取舍的根本标准，完成了从“对立论”到“有益补充论”再到“共同发展论”的飞跃，从而形成了在以公有制为主体的前提下，发展多种所有制经济的理论和政策，这是马克思主义政治经济学原理在当代中国的创造性发展。
这一时期，为了支持非公有制经济的发展，我们又提出了诸多理论。有代表性的理论主要有“生产力落后论”、“生产力多层次论”、“资本主义补课论”和“市场经济发展需要论”。
1.“生产力落后论”
这种理论的观点主要是：由于目前我国处于社会主义初级阶段，生产力水平落后，因此需要大力发展非公有制经济来提升我国经济发展水平，提高国民经济综合实力。那么沿着这种理论追溯下去，当生产力有了高度发展之后，就不需要发展非公有制经济了，非公有制形式便可以消失。这种理论把“发展非公有制经济”当做某个历史阶段的事情，显然是错误的，这种理论带来的不良后果就是，个体私营企业主会担心政策的变化性，有朝一日还要回到老体制，政府会第二次革命，没收其财产，于是有钱之后，不再追加投资。
这种理论进而认为，生产力发展水平的高低是非公有制经济存在的根据。
非公有制经济之所以存在，是因为我国社会生产力发展水平低、不平衡、多层次所决定的。这曾经是主流解说，在今天还有一定的影响。
这种观点认为，我们的社会主义是在经济文化落后的条件下成功的，不可能做到一切生产资料归全社会所有，这就决定了它必然存在包括私营经济在内的多种所有制关系。
特别是在一定条件下，当消费资料和生产资料相互转化时，必然创造出私有者和非公有制经济。这一理论对于非公有制经济现象具有一定的解释力，但并没有揭示非公有制经济存在的深层根据。因为它无法解释，为什么在当今生产力极其发达的西方资本主义国家仍然存在个体等经济形式；它更不能解释，在新经济条件下出现的个体和家庭工作方式，如以IT技术为基础的个体工作方式。
同时，这种观点还有很大的副作用，即发展非公有制经济是暂时的权宜之计，当生产力发展到一定程度时，就要重新取缔非公有制经济。这种认识曾制约了非公有制经济的发展规模，甚至导致非公有制经济资本外逃，影响了我国的经济和社会发展。