另一个有疑点的情况就是，埃赫那吞在位17年的较后一段时期，出现了一个来历不明的男子，他与埃赫那吞共同掌权，一同治理埃及，这人叫史蒙卡拉，有人猜测是法老之妾所生王子，因妮菲妲迪似乎只生了公主，其身份十分可疑。所以有人提出会不会存在这种可能，史蒙卡拉就是妮菲妲迪本人？这是一个有趣的新说法。
若是仔细去考究这个令人惊讶的揣测，也能感觉到两者之间似乎确实存在某种关系，不能说是一点道理没有，如，史蒙卡拉用的许多名字中，有一个就与妮菲妲迪的别名很相近，尼特尼菲鲁阿吞，这个说法既可以说明摄政者为什么忽然冒了出来，也可以解释王后神秘失踪，提出这种说法的人有这样的一个假设：埃赫那吞身体一天弱似一天，眼看不能继续执政，为了保住丈夫的王位，那个意志坚强聪明美艳的优雅贵妇，就假扮男人辅助夫君。面对历史上的一些错综复杂的问题，绝大多数观点都是依靠极薄弱的证据支撑的，我们并无任何依据支持这个奇异的新说，或许历史本身非常简单，并无任何原因。
公元前1354年前后，埃赫那吞和神秘的史蒙卡拉先后相继去世，尽管王位的继承人图坦哈吞是一个自幼受教导要信奉太阳神阿吞的人，但是图坦哈吞执权三年后，埃及人便放弃了对太阳神的崇拜，图坦哈吞离开了亚马尔纳，重开昔日王宫，并将图坦哈吞的名字改为图坦哈门，建立起往日诸神的塑像，以表对昔伯斯生命之神的崇敬。
为了息灭传统诸神的怒气，纪念碑上所刻异教法老和他妻子的名字给人铲除得一干二净，亚马尔纳城也终被夷为平地，埃赫那吞的宗教改革也受到了辱骂，并且彻底粉碎了他的梦想。
后来的历代法老都蓄意抹杀妮菲妲迪，这说明在埃赫那吞统治期间她曾产生过巨大作用，这使那个时期给人们留下了许多疑惑和不解。
来自“紫色之乡”的腓尼基人
公元前1200年前后，迦南人受外族侵凌、逼得向海外谋生，这些人后来被称为海上流浪者，而古希腊人则替这些迦南人起了腓尼基这个名字，此后迦南人就以腓尼基一名广为人知。
因为腓尼基人热衷于经商，所以他们在航海方面成就十分杰出，从地中海东部他们的家乡，将大量货物运往地中海沿岸各地。罗马皇帝要买他们的华贵紫色衣料，埃及法老的臣下要买他们的雪松油来处理织物去裹制法老的木乃伊，所罗门用来修建耶路撒冷的圣殿，建造及布置皇宫，都用得着他们掌握的工匠的技能。
他们努力开拓新市场，寻找新的原料产地。他们出直布，罗陀海峡，在西班牙和摩洛哥沿海地区建立贸易，而且经常从加地斯附近运回铜和铅矿石，据希罗多德所言，埃及法老奈秋曾于公元前600年左右组织一支腓尼基远征船队绕非洲航行，由红海出发三年后经直布罗陀海峡返回。
然后，2000年后欧洲航海家才绕过好望角，希罗多德的说法颇难令人置信。但希罗多德的记载有一个耐人寻味的注释，他说腓尼基人宣称向西航行时，看到太阳在“左边”：换言之太阳在北面。令人啼笑皆非的是希罗多德不相信腓尼基人这些话。但船要绕过非洲南端回航，必须越过赤道，所以整个记述以这一部分最为可信。
那么，腓尼基人是否也到过英国呢？固然常有人提到这一点，但并无直接证据支持此说。谈到腓尼基人的航海技术，有一个说法更加令人惊讶，说腓尼基人竟然可能到过美洲。
深信此说的人举出墨西哥陶土人像面貌与闪族人相似为证，并且指出有些美洲印第安人崇拜蓄胡子的神，但美洲土人没有蓄胡子的。因此，这些神是否即以蓄胡子的腓尼基人为原型呢？
大部分学者都不同意此说。腓尼基人的单层甲板大船虽然有时装上桅杆和帆，但主要靠划桨前进，这种船主要供岛屿之间或离沿岸不远的海上航行之用。例如前往西班牙矿产丰富的地区的航线上，即遍布补给站和货栈，以便船员下锚过夜。腓尼基人也许绕过非洲南端，或分段航行而到英国，然而冒险横越大西洋可能性不大。
腓尼基人善于创新，魅力过人，他们原为闪族人，居于今日黎巴嫩加上以色列和叙利亚一小部分，《圣经》上称他们是迦南人，所以这个民族的历史比较复杂。虽然希伯莱的长老曾对他们的异教行为加以谴责，但是《旧约》的作者也承认，他们具有过人的经商才能，希伯莱语Kena ani就含有“商人”和迦南人双重意思。
而古希腊人替他们起的腓尼基这个名子。大致意思是“紫色之乡”，腓尼基人最著名的出口商品是一种稀有的紫色染料，古代多少诗人都对这种华丽美观的染料讴歌赞叹不已。
腓尼基人这种华美的染料是由贝壳类动物制成的，它们是盛产于腓尼基沿海地区的骨螺和蛾螺。这两种动物都有很长的液囊或血管。里面充满黄色液体，露光后会变为紫色。当时染色工艺是腓尼基两大城市推罗和西顿的重要技术，而推罗染料较精纯，更具声誉。虽然腓尼基人对染料制法守口如瓶，但染料的生产过程多已为人所知。
腓尼基人以胎贝和蛙肉为饵，装进窄口篓子，放人深海诱捕那些贝壳类软体动物，一旦捕获贝壳类动物即将其放进染料坑中，剥下液囊并捣成浆状，置于铅制器皿内煮，撇除异物，再加入固定的媒染剂，用于染色可经久不褪。染料坑设于民居下风处，因为紫色虽然悦目，但制染料时气味极为难闻。
腓尼基人将从骨螺和蛾螺所获液体按不同分量混合，即可制成淡红以致深紫等不同颜色的染料。
在推罗和西顿附近的染料坑遗址，考古学家发现一大堆一大堆空贝壳。在发明其他制造染料的方法以前，这两种软体动物因为遭到滥捕，以致目前在黎巴嫩海岸处几乎绝种。
紫色染料只是腓尼基人最受顾客欢迎的制品之一。腓尼基两大城市之一的西顿以制造精致玻璃器物，如艳丽的珠子、瓶子、花瓶和酒杯等而远近闻名。西顿和另一个大城市推罗都出产织工精美、花色繁多的纺织品，精细的木雕和象牙雕刻，及锻打铸造得妙不可言的金属器皿。诗人荷马更认为西顿银器是“天下最精美”的。
公元前12世纪至公元前8世纪间，腓尼基最繁盛，在这段时期内垄断海上贸易，从而建立了史无前例的海上帝国。腓尼基人是沟通地中海各地贸易的中间人，商业联系和贸易航线遍及当时西方文明世界每一部分。也许主要是为了方便在这个广大贸易范围内与各族的人沟通，腓尼基人设计了一套字母系统；这项创造日后更成为西方所有文字的基础。公元前8世纪以后，腓尼基人的势力开始衰落，一部分原因是希腊逐渐拓展地中海殖民地，打破了腓尼基的贸易垄断。另一部分原因则由于有亚述、巴比伦、波斯，最终是罗马的兴起，并且各自一步一步在沿海各地增强势力，扩大影响。
但腓尼基的民族文化并没有消灭，腓尼基人仍然保持推陈出新、发明创造的才能。例如，吹玻璃技术就是腓尼基人在公元前一世纪发明的。同时，制造紫色染料的方法始终没有失传。罗马帝国的教土和官员都把用推罗紫色染色的长袍，视如拱壁，其他衣饰怎么也难获同等重视，因为紫色代表高雅，是身份的象征，是地位崇高的标志。帝王穿的是全紫色短袖束腰外衣；元老院官员穿的是前有两道紫色垂直条纹的短袖束腰外衣；其他贵族的衣服，也常有一道狭窄紫色垂直条纹自双肩部分向下延伸。腓尼基人制造紫色染料的时期，比罗马帝国的国祚更加长久。