九月，成功自江南退师，留陈辉、阮美、罗蕴章分守舟山，于初七日回驻厦门。以出师无功，修表待罪，遣使从龙门间道达滇，自贬王爵，仍用招讨大将军印。立忠臣庙，祀死难诸臣，以甘辉为第一；哭之曰：『早从将军之言，吾不至此夫』！初，甘辉之破仙游也，闻有活阎罗王志章者能前知，斋戒往谒。志章书「位至崇明，寿至崇明」八字示之。既封崇明伯，而江南之役，道经崇明，心疑其验；阻之不获，竟死焉（小腆纪年）。
是年，调浙江水师总兵常进功为福建水师总兵，征郑成功。直抵衙前，成功兵溃，追破之于定关（贰臣传）。
十一月，满洲兵复至。十一日，头站三百人、马五百匹先至，屯东门外。途中所过，各掠三十里居住人家，令供酒肉；役使主人，拆毁房屋。大队以十二月二十六日至，屯札七门外，南至藤山、东至竹屿、北至崎山。人民住星，大屋留一进、小屋留一房与主人，仍令供给油柴酒肉。至次年四月，始往海澄。官以兵至，预征后三年粮于本色，每一两取谷六百斤，又粮每一两取白米三斗。每披甲一名，用夫至二、三十人；兼以修城，烧运砖瓦、砌石搬土，自是年冬起，每日俱用千余人（榕城纪闻）。
十七年（永历十四年、一六六〇），鲁王在澎湖岛（海东逸史）。
正月，将军达素兵至福州。三月，至泉州，雇配船只。成功调回北汛诸提镇及南下兵分派屯札。四月二十六日，泉州船二百余号进至围头；成功令林察、萧拱宸等泊刘五店，遏止围头，不得入同安港会合。右虎卫陈鹏守五道、高崎东一带，援剿前镇戴捷守高崎寨，殿兵镇陈璋、前冲镇刘俊、智武镇颜望忠守澥保寨并赤山坪，游兵镇胡靖防守东渡寨，戎政王秀奇总督高崎等处，协理戎政杨朝栋总督东渡等处（海上见闻录）。
郑成功拨陈辉等泊海澄港，以截漳州大队；水师提督黄廷、周全斌等在海门迎敌。八日，漳州配大船一百号，李率泰、黄梧督之，出海澄港，将军达素、同安总镇施琅以小船配满兵渡高崎，约于十日进兵。是日，成功传令陈辉等安泊中流，不许起柁，欲待漳州船出而乘其后。倏忽间，满船乘风顺流蔽江而下，以数船攻一船，用铁链钉住，炮矢齐发，陈尧策、周瑞船及方左营皆被毁。满兵蜂拥上陈辉船，辉走入舱，发火药从下冲上，船火飞裂，满兵上船俱死，辉跳而免。成功坐熕船，继令何义督之，而下八桨船往来督战。将午，南风大发，海潮渐长，黄廷、周全斌等奋力迎战，同正副龙熕两船破囗〈舟宗〉而入。龙熕受大弹子一丸至十余斤，小弹子一斗。副龙熕照样新铸者，各以一船专载之。龙熕所及，船中人顷刻不见，遂夺先锋各等船。户官郑泰自金门率船五十号乘势冲入，宣毅镇黄元从鼓浪屿后冲出夹攻，炮声如雷，隐隐不绝，火烟迷江，咫尺不辨，共擒满船十三号。满先锋三船被追至圭屿，弃船登岸；马信招之降，夜溺杀之。将军达素督兵船至牟尼屿、赤山坪登岸，陈辉挥兵于水中逆战，兵少渐不支。守高崎陈鹏密通同安施琅，谋为内应。其左营陈蟒，璋之侄也，见势急欲出兵救援，鹏止之。王秀奇总督高崎等处，速令蟒赴之。满兵见金龙甲兵，以为迎己，及下水砍杀，始慌乱。而前协万宏等继至，前冲镇刘俊亦从东冲出，协力拒战。满兵登岸皆被杀，其溺水者不计，生擒披甲三百余人，断掌放回。达素回省，吞金而死。浮尸海岸万余，长发者十二三、短发者十七八。成功磔陈鹏，杀其家属；以陈蟒为虎卫右镇、何义为虎卫左镇。自是终成功世，无敢言覆岛者（海上见闻录、小腆纪年、清史纪事本末）。
七月，成功命兵官张光启往日本国借兵船，载黄蘗寺僧隐元及其徒五十众。时日本敦请隐元，故载与俱。成功书止与国王而不及上将军主国政者，故日本兵不发（海上见闻录）。
福建总督李率泰奏：海氛未靖，应迁同安之排头、海澄之方田沿海居民入十八堡及海澄内地，酌量安插。从之（东华录、皇朝年表）。
命靖南王耿继茂移驻福建（东华录）。
命都统宗室罗托为安南将军，率师征郑成功（清世祖实录）。
八月，成功令陈尧策等札琅崎，攻连江马鼻及透堡，焚掠不遗；令杨富札福清、黄元札长乐沿海，联络征饷（海上录）。
是年，耿继茂由广东入闽镇守（福州府志、皇朝年表）。
十八年（永历一五年、一六六一），鲁王在澎湖岛（海东逸史）。
三月，授浙江提督田雄二等侯、福建提督马得功三等侯（东华录）。
郑成功进兵台湾。台湾，海外一巨岛，东倚层峦，西迫巨浸；北之鸡笼城，与福州对峙，南则河沙矶（亦作沙马碕），小琉球近焉。广袤千里，物产之利无所不有。内地自鹭门、金门迤逦以达澎湖，风涛喷蒲，瞬息万状。又东，鹿耳门旁夹七鲲身，海道纡折；余皆山罗礁拥，无所由入。隋大业中，虎贲将陈棱一至澎湖，东向望洋而返。宋史谓澎湖东有毗舍那国，即其地也。元置巡司于澎湖，明初废之。嘉靖中，海贼林道干遁入台湾，都督俞大猷追之，哨鹿耳门外以归。道干寻为琉球所逐。天启中，日本逐琉球而踞之。海澄人颜思齐者，谋夺日本计泄，与其党杨天生、陈衷纪等二十八人窜台湾，郑芝龙附焉。思齐死，芝龙领其众，寻就抚。荷兰红毛夷遭风泊台湾，乞于日本，以台湾为互市地；不许。则曰：『愿得地如牛皮，多金不惜』。许之。乃翦皮为丝，圈城里许，入居之；旋逐日本而有之。崇祯中，闽地大旱，芝龙请于巡抚熊文灿，以舶徙饥民数万至台湾，人给三金、一牛，使垦岛荒。已而芝龙去台湾，荷兰专治市舶，不敛田赋；故荷兰人二千踞城中，流民数万屯城外，相安无事。鸿荒甫辟，土膏坟盈，一岁三熟，漳州之人赴之如归。市久之，荷兰筑城曰台湾、曰鸡笼、曰淡水（一作先筑安平城，旋筑赤嵌城）。筑炮台，沈夹板于鹿耳门之港口，置揆一王守之。成功以厦门地蹙军孤，谋拓土。有荷兰甲囗〈亻累〉（通事）何斌者，南安人；为揆一王主会计，负帑二十万。惧发觉，遣其私人****驾小舟伪为钓鱼者，顺鹿耳门至赤嵌城往来探视，得一港路，走厦门谒成功（见闻录作揆一王遣来议贡）曰：『台湾，公家之故土也；沃野千里，鸡笼、淡水硝磺有焉。横绝天海，肆通外国。耕种可以足食，兴贩铜铁可以足用，霸王之区也』。成功览其地图，叹曰：『此亦海外之扶余也』！集僚佐议之不决，惟马信、杨朝栋然之。乃令洪旭、黄廷、王秀奇辅世子经监守思明州，郑泰居金门所。成功陈兵自镇南关起，依山布阵，甲兵数万。周全斌统辖戎旗兵七千，皆衣金龙甲，军威甚盛。三月一日，祭江，督文武官亲军武卫周全斌、何义、陈蟒、提督马信、镇将杨祖、萧拱宸、陈泽、吴豪、林瑞、张志等首程先行；令澎湖游击洪暄引港，各船俱到料罗湾听令。二十二日，自料罗湾放洋。二十四日，到澎湖，分各屿住扎，成功扎营内屿（海上见闻录、小腆纪年）。
四月，成功复奉鲁王居金门（海东逸史）。
初，三月二十七日，成功自澎湖开船；下令曰：「视吾鹢首所向」。四月一日天明，成功至台湾外沙线，各船络绎至鹿耳门线外。此港甚浅，大船从无出入，故荷兰不防之。成功焚香祝曰：『成功受先帝眷顾，寸土未得，孤岛危居；今冒波涛，辟不服之区。天如佑我，假我潮水，行我舟师』。竹篙视之，则加涨丈余；以手加额曰：『此天所以哀孤而不委之壑也』！令何斌坐斗头，按图转舵。成功下小船，由鹿耳门登岸。午后，大船齐进，泊禾寮港，登岸扎营；令陈泽扎鹿耳门，牵制荷兰船，并防北线尾。守赤嵌城酋长猫鸡实叮发炮击营盘，成功恐焚及赤嵌卫，令杨朝栋督张志兵防御看守。三日，陈泽扎营北线尾，守台湾城揆一王遣头目拔鬼仔率兵数百前来冲击。陈泽迎战，一鼓歼之。四日，杨朝栋招谕赤嵌城酋长，猫鸡实叮以城孤救乏，遂率三百余名出降。令赤嵌酋长招揆一降，不从。先数夕，风潮骤振，声震云霄；揆一王率诸酋登城望海，见一人幞头红衣，骑长鲸从鹿耳门游漾纡回绕赤嵌城而没。是日，炮声轰天，以千里镜视之，见鹿耳门船只旌旗；笑谓唐船近炮台，则无遗类。俄见小船树旗纛，倏北倏东，余船以次衔尾鱼贯，悉远炮台而行，骇为兵自天降。呼酋长黎英三集众截击，仓卒间见大队已达赤嵌矣。时荷兰尚有甲版船在港，陈泽等攻之，沉其一、毁其一，余遂走。成功移师鲲身；次日，荷兰击鼓吹笛，出兵七鲲身。成功部将杨祥领藤牌手跳舞横冲，荷兰兵大败，退守王城；攻之不克，多损伤，乃斩竹为籧篨，设门户、筑土台，驾炮攻台湾城。揆一王于附城齐放大炮，顷刻土台崩，兵退。荷兰人出城夺炮，马信、刘国轩率弓箭手射之，乃退。成功令赤嵌降酋驾炮击附城，崩之。令马信等扎台湾卫固守不攻，候其自降；派各镇分汛地屯垦。改赤嵌为东都，设一府、二县。以府为承天府，委杨朝栋为府尹。一为天兴县，委庄文烈知县事；一为万年县，委祝敬知县事（海上见闻录、小腆纪年）。
荷兰夹板至，成功调右武卫前协黄德帮守台湾卫，名其卫为安平镇（海上见闻录）。
成功击台湾土番，平之。营将杨高凌削土番，大肚番阿德狗让杀高反。成功令杨祖征之，中标枪死，其锋益炽，将出援荷兰。黄安设伏诱之，斩阿德狗让，余党悉平（小腆纪年）。
安南将军内大臣达素奏：黄梧招抚郑芝龙属下伪都督万仪、万禄等，擒伪忠匡伯张进（据海上见闻录，进系****死）、伪总兵朱受，折毁所据铜山城垣房屋，降伪官一百八员、兵四千四百名、家口万余（东华录）。
是月，靖南王耿继茂至，随带有千副披甲。城中夜间行劫查拏，皆王府兵丁。王府取囗〈金〈白上廾下〉刂〉草夫，闽、侯两县共一千三百名，长日不辍。各村供柴炭、鸡、鹅、鸭等项不绝，近郊菜园皆王人租朴，即令栽种。当铺、牙行、盐商诸色买卖，王人共分抽税，谓之「总牙」。南台，洪塘各处市镇，关隘所在，悉系王人总管。王和尚千余人、师尼五百人各住寺庵。各处渡船系王人撑载，不许渔翁取利。王母曰「太妈」者另开府于旧郎将军府，所用人夫工匠，一一如王之数（榕城纪闻）。
十月，弃降将郑芝龙于市。郑芝龙为其家人尹文器出首通海，时圣祖初登极，四辅苏克萨与郑芝龙有隙，以十月三日戮芝龙并其子孙家属凡十一人。报至，成功叱为妄传；然中夜悲哭，居常郁悒。郑芝豹以当成功变时即投诚来归，并其子俱免死（东华录）。
十二月，守台湾城揆一王降。时安平陷重围者已九月，兵士死者数千，而城坚守不下。成功乃使人告之曰：『此地乃先人故物，今我所欲得者土地耳，余悉以归汝』。揆一知不能敌，乃请降；而迁其辎重下船，率五百余人驾夹版去。成功遂有台湾，改名东宁。以各社田土分与水陆诸提镇，挈其家属至东都居住；兵丁俱令屯垦。内则组织政府，兴农业、修兵备、定法制、建学校；用处士陈永华言，筑馆舍以居明宗室遗臣之渡海者。外则置兵金门、厦门两岛，与相犄角；复通聘斐律宾群岛及西班牙诸国，以结外援。惟初至，水土不服，疫疠大作，病者十之七八，死者甚多。加以用法严峻，果于诛杀：府尹杨朝栋以其用小斗散粮，杀其一家；又杀万年县祝敬，家属发配。于是人心惶惧，诸将解体。先是，达素兵至，成功令思明州将领各眷口移住金门；其先来降者，家属乘隙多内渡。左提督王秀奇逃江南，埋名不出。原任漳州知府房星华逃入京，使其弟候补通判房星耀上言，以为海兵皆沿海取饷，使空其土而徙其人，禁舟不许下海，则彼无食而兵自散矣。降将黄梧亦先以为言。遂命户部尚书苏纳海至闽，迁海边居民离海三十里，庄村田宅悉皆焚弃；筑垣墙、立牌界，拨兵戍守，出界者死。自省城闽安镇始，北抵浙界之沙埕六百七十里、南抵粤界之分水关一千一百五十里，通为闽边一千八百二十里，筑寨固守，禁外出。其入海之水曰潘渡河、曰铜镜河、曰廉村河、曰洋尾河、曰大梅河、曰赤头河、曰云霄河、曰开溪河，皆断而守之。百姓失业，流离死亡者以亿万计。苏纳海归，荐施琅为水师提督，移镇海澄（海上见闻录、粤闽巡视纪略）。
是岁，明兵部尚书张煌言驻师福建之沙关。煌言闻成功师抵澎湖，遣幕客罗子木以书责之；谓『军有寸进、无尺退，今一入台，则将来两岛并不可守，是孤天下之望也』！不听。迁界令下，沿海流亡失所；煌言顿足叹曰：『弃此十万生灵而争岛夷乎』！复以书招成功，谓可乘机取闽南；不见听。乃遗书故侍郎王忠孝、都御史沈佺期、徐孚远、监军曹从龙，劝其力挽成功。既而再遣子木入台，苦口责之。成功以台湾初定，不能行；煌言乃以孤军徘徊金、厦两岛之间（小腆纪年）。
——以上录自福建通纪卷十一。