台南刘永福驻营三块厝，旋移凤山县属旗后。和议成，军储、电线、铁路、机器局及茶、糖、盐、磺、樟脑、茄枬沈香与金、煤诸矿大利，举为日本有。台南僻一隅，且海道断，饟械源绝不足守。于是镇道以下各官及台绅邱逢甲等相继内渡。台南土匪蜂起，绅民相率之旗后迎永福，并上「民主总统」印章；永福不受，仍称帮办，入府城议防守。以其子知州成良统福字前军、右军及中、左、右各营守旗后大砰山炮台，提督陈罗统翊安军中、左、右各营合黄金龙军防四草湖海口，台湾镇标中军游击李英统镇海中军、前军各二营并道标卫队合柏正才、吴锦标军防白沙墩海口，周明标、张占魁两营防喜树庄海口，都司柯壬贵统吉林炮队并安平各台炮勇合郑超英、周德启、孔宪盈各营防安平海口：是为台南海口之防。以副将袁锡中统镇海后军防后山埤南诸路，台湾城守参将吴世添率右翼练兵驻府城：是为台南内城之防。其勇营，则副将杨泗鸿所部镇海中军正、后两营、前军右营、武毅右军右营并吉林炮队都司萧三发所部福军前敌黑旗各营、守备王德标所部福字七星队各营、总兵利瓦伊义所部新楚各军（分统为副将杨载云）、知县忠满所部忠靖营、镇海中军先锋营总兵谭少宗所部福字先锋各营、都司邱启标所部台南其义兵营防军各营、知县刘光明所部福字左军中营、右军前营、副将吴光忠所部忠字防军各营；其义兵营，则增生吴汤兴之新竹义民各营、林得谦之十八堡义民军、兵部主事许南英之王国瑞闻台南围练营、生员李清泉、谢鹏翀之五段团练。部署粗备，新竹知县景崧在沪尾，请朝栋参谋岳裔由平顶观音山达八里岔迎之。闻唐已内渡，即奔回彰化。先是，景崧檄前台湾镇吴光亮赴援台北，光亮军至桃仔园、中枥，台北溃勇千余奔至新竹，始知台北失守；见广勇金帛累累，沿途截杀之。林朝栋亦至，派队巡哨，令吴军安扎城外观音亭。是月十六日，台湾府孙传兖卸篆，黎景嵩代之，查库款祗洋银二千。台中协郑荣闻前任程起鹗提存库款二十万两，传兖令王淮三由汴仔头运至福州；遂率练勇掳王淮三，向传兖索饷。朝栋在后垄闻日乓至桃仔园，收兵回彰化；传兖随朝栋眷出城内渡。新竹、苗栗绅民推吴汤兴为首，以御日兵。二十一日，日本斥堠骑兵驻三角涌；山根少将分兵由刘潭甫达大姑崁，为居民袭击，互有杀伤。二十二日，占领大姑崁。二十三日，吴汤兴集各营战于杨梅枥，日兵少却。二十五日，苗栗生员邱国霖败于大湖口，新竹勇丁饷食不足，绅民将提督二营配船内渡。三十日，日本兵至新竹，吴汤兴与徐骧御之；战败，奔苗栗县。新竹铺户等率众迎日兵入城，秋毫无犯；日用麦、米、鸡、鱼、蔬菜，准市价购买，安堵如故。署苗栗县李烇集绅民议战守。徐骧扎头份，与日兵接仗，日兵不能前进。苗栗人姜绍祖年十八，率佃丁百余人赴战；被掳十余人，姜亦与焉。遍询姜名，姜家人慨然承认，遂见杀；而姜幸免，为新竹人保出、再招勇迎战，死于炮火中。
闰月三日，彰化县丁燮回籍，管带防军营罗树勋代之。丁燮在彰化闻澎湖失守，匪徒在北坛巷强劫，燮立斩之，地方以安。及其去也，城内外绅民护送焉。台湾府黎景嵩集台、彰、云、苗四县绅富会议，筹款守御，开设筹防局，并图恢复台北；以副将杨载云为新楚军统领。日兵分三路进攻：一援三角涌。三角涌义民黄晓潭、苏力、蔡国梁、黄国添、张龙安等开地窖以陷马足，沿山埋伏。台北日兵由大嵙崁驰援，余清胜导日兵由小路攻三角涌，破之。一出安平镇新埔，遇新埔义民胡嘉猷扼守竹围，回环重迭，日兵伤亡百余人，收队而回。兵船二，窥安平口，傍英德兵船停泊；永福巡炮台，发二炮击断桅杆，落水者十余人，乃断铁索飞驶去。一由新竹大路至老科崎，徐骧等埋伏击之，直逼新竹城外数里而回。黎景嵩命生员林安澜等至三角涌，谕义民由山后攻击；复遣新楚军二营、傅德升一营、郑以金一营进攻新竹。又准苗栗县钱粮收作军饷；吴汤兴所部之勇，每人月饷洋银十二元，迭向县中索取不给，即将粮串自行征收。李烇详府，以汤兴徒博虚名，全无实际，所收饷多中饱，前军打仗皆徐骧之力，而与冒为己功；汤与亦备文指烇短处。景嵩不能决，两造禀于永福。回电云：俟吴彭年到地查明情节核办。时筹防局请永福派兵前来，爰遣县丞吴彭年为统领、副将利瓦伊义为副，带兵二营；二十七日抵彰化，职生吴敦迎，为前敌各军粮台。景嵩轻彭年，利瓦伊义亦心怀不平。
六月四日，景嵩擢维义为新楚军统领，带黑旗兵三百余名，往攻新竹。苗绅请彭年亲往；彭年与屯兵营管带徐学仁、黑旗亲兵管带袁锦清、帮带林鸿贵兵三百余名，十六日至苗栗。时新楚军扎头份等处，又有数营在笔尖山附近，包围新竹；日本北白川宫殿下率本队攻笔尖山，克之。二十日，由香山至头份山后，四面环攻；徐骧及郑、傅诸军力战，利瓦伊义营为马兵所破，开花弹如雨下，诸军奔溃；统领杨载云力战死之。彰化联甲局致书于嘉义、台南两局，请接济粮饷。二十三日，北白川官到新竹，分军队攻苗栗。所到先以小队前探，每一队数十人，每战一排四、五人，错落散布；开花炮以马囗〈马犬〉之，一刻数十出，流星飞行，军队皆却。吴彭年初骑頳马，鞭之不行，改御白马督诸军力战。苗栗东畔大山为日军所据，彭年于二十四日由三叉河至大甲溪。李烇奔梧栖港内渡；台湾道陈文騄、台南府唐赞衮、署台南府朱和钧、安平县谢寿泉均卸事，以忠满署安平县并管台南府印。吴汤兴、徐骧等入彰化城。初，台南见银匮乏，永福设官银票局，每票一圆；以同知庄序端总其事。市易流衍资挹注，而不足供军饟，于是责议院诸绅筹饟，咸束手。税务司英人麦嘉林请设官邮政局，以济饟需。乃给官信票，责信局领购，禁私函，由海关司稽察；不及旬日，果征银五千余圆。议绅请整饬凤山盐厘，令巡检刘永贞往经理。前敌屡电求饷械，迫切待命；复令文案罗绮章渡厦门电求沿海督、抚拯台民，辞甚哀痛。是时台南盗贼充斥，为日人内间，将引以登岸。二十八日，日舰泊安平口外，复至凤山旗后（以上东方兵事纪略、让台记）。