十一月，丁曰健由省放洋，对渡淡水，驰至艋舺。令军功范义廷等招募勇丁，前赴竹堑，听候调用。令彰嘉各营及汤得升所带兵勇由西螺、虎尾溪一带进发，联络彰化；令凌定国所率义民克期会剿；参将关定国率驾红单炮船赴梧栖港口，会同同知王桢勇丁合攻葭投庄等处疏通鹿港后路，并派兵与通判张世英之师直捣贼巢。曰健即由牛骂头直剿竹坑，收复大肚溪等处；进至大甲，将匪党刘阿妹掩捕正法。派勇驰往内山，分剿犁期店一带，牵掣内山贼匪，不令出援葭投；而亲至梧栖港派拨勇练，分路进攻彰化境内。连日陆续攻破田中央、海玻厝、水里港、福州厝各贼庄，并将薀仔底十余庄及无名小庄十余所同时平毁，复将葭投尾庄外贼营三座及八张犁、何厝庄贼营七座焚毁，断城粮道。其凌定国一军，亦先后攻破竹仔脚等大小贼庄二十余处，并将海峰仑陈哑狗老巢焚毁，生擒匪党林振等十三名。被胁各庄，望风归顺。
十二月，匪党陈鮄等窜守葭投庄。丁曰健派令文武员弁移营进逼，由水师寮等处奋力进攻，抢入葭投庄内，生擒多名，立将葭投克复；自彰鳌头地方至大肚溪以北，匪庄四十余里，一律肃清。乘胜进攻彰北，与玉明会师，克复彰化，并将鹿港至宝斗一带道路疏通。其南路匪庄，亦经鸿源、元福先后攻克。林文察放洋收泊，会同元福进攻斗六，将附近巢穴数十庄悉数攻毁；复诱令斗六贼匪出巢，设伏击败。悍贼乘势攻斗六土城，阵斩甚多。戴万生逃往彰化之北势囗〈氵南〉庄与四块厝地方。
三年（一八六四）正月，戴万生逃至张厝庄。元福带兵将附近西南之目宜山、红毛社、丙郎庄、社头、仑仔等贼庄四十余处，分路剿毁；复与曰健所派勇丁，合破张厝庄。戴万生逃至芋寮仔庄；元福、曰健亲督兵勇，将该庄攻破，生擒戴万生并董九仙、戴印等正法。彰化县属肃清。文察拟留兵勇五千名，此外兵勇及元福所部，咨请督、抚分别撤回（以上东华续录）。
左宗棠奏：曾元福在台年久，应留台郡，俾收驾轻就熟之效。所有福建水师提督，查有现任台湾镇总兵曾玉明堪以署理；所遗台湾镇总兵，即以曾元福署理（左恪靖伯奏稿）。
二月上谕：窜江逆股，已由泸溪小路翻山潜入闽地，光泽、邵武俱形吃重。顷据徐宗干奏，台湾南北两路肃清，各军搜剿余孽，将次竣事；着左宗棠、徐宗干即将台湾撤回得胜兵勇，派赴邵武一带，扼要设防。如有匪踪阑入，即行击剿。台湾匪首林晟等见尚在逃，并着该抚饬令在事文武严密搜捕，勿任漏网。
三月，林文察奏：内山四块厝林匪老巢，经文察督军攻克，生擒匪首林晟（一作赣晟）正法，台湾军务渐次肃清。
四月，左宗棠奏：延平军情吃紧，张运兰一军尚无入闽消息。见台湾大局肃清，林文察既署陆路提督，防剿闽省上游，是其专责，臣与抚臣徐宗干已飞咨调共内渡；恐到任尚需时日，臣于道员康国器截剿常州窜贼获胜后，调其由昌化回营，取道严、衢入浦城达闽，已报启程（以上东华录）。
八月，左宗棠奏：台湾余匪复炽，攻扑彰城，旋即剿平。饬查启衅情形，据署镇曾元福、台道丁曰健禀称：林文察之叔林天河倚势作威，截水霸田，众议沸腾，欲图报复，余匪藉此复肆。丁曰健又称：林文察与曾玉明所部兵勇骚扰地方，均应彻底查究（左恪靖伯奏稿）。
四年（一八六五）四月，彰化内山匪党经曾元福、丁曰健督军剿办，将洪欉等股悉数歼除，台湾一律安定。复严督各军分路搜剿，将著名股首庄明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等擒获。其潜匿平林山顶之悍贼洪花，亦经官军用枪剌毙，其妻李氏身受铳伤，均枭取首级示众；复将草田庄等贼巢攻破，获匪多名，并擒获罗务等匪党，均先后讯明正法。嘉义匪首严办亦经曾元福派队歼毙，获党多名。惟要犯陈鮄尚在逃。
台湾全境肃清，赏道员丁曰健布政使衔、总兵曾元福提督衔。
七月，左宗棠奏：台湾贼匪陈哑狗实由总兵曾元福生擒正法，前署提督林文察遽以传闻入告，以致奏报歧异。
五年（一八六六）八月，调左宗棠为陕甘总督，以吴棠为闽浙总督；未到任前、以福州将军英桂兼署。
十月，以李福泰为福建巡抚；未到任前，以署布政使道员周开锡护理。
七年（一八六八）七月，以英桂为闽浙总督。
八年（一八六九）正月，以闽浙总督英桂兼署福建巡抚（以上东华录）。
六月，闽浙总督英桂、福建巡抚卡宝第奏请抚有台湾琅囗〈王乔〉地方，并筹建炮台，设立塔灯。报可（无暇斋文钞）。
九月，移福建凤山县兴隆里巡检于枋寮，拨台湾道标千总一员、兵一百名同往驻扎。
九年（一八七〇）二月，英桂、卡宝第奏称：英国领事吉必勋、洋弁囗〈口茄〉当前在台湾安平地方违约滋事各案，经该署道黎兆棠查系廪生许建勋、副将萧瑞芳为之主谋，以致洋人藉端生衅。见在许建勋冒开洋行，私贩樟脑，日引洋人深入内山；萧瑞芳私造战船，希图出海。请即拘案惩办。奉谕：台湾为商贾辐辏之地，人情浮动，今许建勋怀挟私嫌，胆敢重赂洋人，从中构煽；萧瑞芳身任武职大员，竟至偷见囗〈口茄〉当，煽其开炮占署，酿成巨案。英桂等即密饬黎兆棠迅将该二犯一并严拏正法，以绝后患。
七月，以王凯泰为福建巡抚。
十年（一八七一）正月，以文煜兼署闽浙总督。
九月，命英桂留京，以张之万为闽浙总督。
十月，张之万开缺养亲，仍以文煜兼署闽浙总督。
十一月，以李鹤年为闽浙总督（以上东华录）。
十一年（一八七二）七月，改福建淡水厅训导为教谕，定学额八名。巡抚王凯泰奏请增台湾噶玛兰一学，添设训导一员（东华录、三山同声集）。
十二年（一八七三）十二月，召王凯泰入觐，以李鹤年兼署福建巡抚。
十三年（一八七四）十月，总督李鹤年奏参福建布政使潘霨，由捐纳佐杂出身，心术阴柔、人品卑琐。差委员缺多系捐班人员，以致物议沸腾，编造歌谣，黏贴街市；且有袒护同乡结为朋党及与将军拜认师生各情。近日办理日本事宜，卑词下气，求悦夷人，大失国体等语。奉谕：该藩司见在台湾，其办理一切事宜以及平日居官行事，沈葆桢知之必稔，即着按照李鹤年所参各节，秉公详细查明，迅速据实具奏（以上东华录）。