前军都督府
在京
留守前卫 龙骧卫 豹韬卫（俱南京旧卫，永乐十八年分调）
在外
直隶
九江卫
湖广都司（旧有武昌右千户所，革。）
武昌卫 武昌左卫 黄州卫 永州卫 岳州卫 蕲州卫 施州卫 辰州卫 常德卫 沅州卫 宝庆卫 沔阳卫 长沙卫 衡州卫 茶陵卫 镇远卫 偏桥卫 清浪卫 （已上三卫在贵州境）平溪卫 五开卫 九溪卫 靖州卫 永定卫 宁远卫（已下添设）铜鼓卫 武昌护卫 襄阳护卫 郴州千户所 麻寮千户所 添平千户所 安福千户所 忠州千户所 （在四川境）大庸千户所桂阳千户所 武冈千户所 澧州千户所 宁溪千户所 常宁千户所 镇溪千户所 桃川千户所 枇杷千户所 锦田千户所 宁远千户所 江华千户所 城步千户所 天柱千户所 汶溪千户所 宜章千户所 广安千户所 大田千户所 黎平千户所 中潮千户所 新化千户所 新化亮寨千户所 隆里千户所 （已上五所在贵州境）平茶千户所 平茶屯千户所 铜鼓千户所 楚府仪卫 司荆府仪卫 司雍府仪卫 司荣府仪卫 司岷府仪卫 司吉府仪卫 司荆府群牧所 雍府群牧所 荣府群牧所 吉府群牧所
土官
永顺军民宣慰使司（属都司）腊惹洞长官司麦著黄洞长官司驴迟洞长官司施溶溪长官司白崖洞长官司田家洞长官司（已上属永顺宣慰司）
保靖州军民宣慰使司（属都司）五寨长官司筸子坪长官司（俱属保靖宣慰司）施南宣抚司（属施州卫）东乡五路安抚司（属施南宣抚司）摇把洞长官司上爱茶峒长官司下爱茶峒长官司镇远蛮夷长官司隆奉蛮夷长官司（俱属东乡五路安抚司）忠孝安抚司（属施南）忠路安抚司（属施南）金峒安抚司（属施南）剑南长官司（属忠路）西坪蛮夷长官司（属金峒）散毛宣抚司（属施州卫）龙潭安抚司大旺安抚司（俱属散毛）东流蛮夷长官司腊璧峒蛮夷长官司（俱属大旺）忠建宣抚司（属施州卫忠峒安抚司）高罗安抚司（属忠建）木册长官司（属高罗）镇南长官司唐崖长官司容美宣抚司（俱属施州卫）椒山玛瑙长官司五峰石宝长官司水尽源通塔平长官司石梁下峒长官司（俱属容美）桑植安抚司（属九溪）臻剖六洞横波等处长官司（属镇远卫）
湖广行都司（以湖广都司卫所改设）
荆州卫 荆州左卫 荆州右卫 瞿塘卫 襄阳卫 襄阳护卫 安陆卫 郧阳卫 夷陵千户所 德安千户所 枝江千户所 长宁千户所 远安千户所 竹山千户所 均州千户所 房县千户所 忠州千户所 辽府仪卫司襄府仪卫司兴府仪卫司
兴都留守司
承天卫（旧安陆卫，嘉靖十八年改）沔阳卫（旧属都司，嘉靖二十一年改）显陵卫（旧为荆州左卫，嘉靖十八年改）德安千户所（旧属行都司，嘉靖二十一年改）
福建都司
福州中卫 福州左卫 福州右卫 兴化卫 泉州卫 漳州卫 福宁卫 镇东卫 平海卫 永宁卫 镇海卫 大金千户所 （巳下添设）定海千户所 梅花千户所 万安千户所 莆禧千户所 福全千户所 金门千户所 中左千户所 高浦千户所 浦城千户所 六鳌千户所 铜山千户所 玄锺千户所 崇武千户所 南诏千户所 龙岩千户所
福建行都司
建宁左卫 建宁右卫 延平卫 邵武卫 汀州卫 将乐千户所 武平千户所（已下添设）永安千户所 上杭千户所 浦城千户所
江西都司
南昌卫（正德十六年，以左、前二卫并改）袁州卫 赣州卫 吉安千户所 （旧为卫）饶州千户所 安福千户所 会昌千户所 永新千户所 南安千户所 建昌千户所 抚州千户所 铅山千户所 广信千户所 信丰千户所 宁府仪卫司淮府仪卫司益府仪卫司淮府群牧所 益府群牧所
广东都司
广州前卫 广州后卫 广州左卫 广州右卫 南海卫 潮州卫 雷州卫 海南卫 清远卫 惠州卫 肇庆卫 广海卫（已下添设）砀石卫 神电卫 廉州卫（旧千户所）新会千户所 韶州千户所 南雄千户所 龙川千户所 程乡千户所 德庆千户所 新兴千户所 阳江千户所 高州千户所 儋州千户所 新宁千户所 万州千户所 崖州千户所 增城千户所 东莞千户所 （已下添设）大鹏千户所 香山千户所 连州千户所 河源千户所 长乐千户所 平海千户所 海丰千户所 捷胜千户所 甲子门千户所 大城千户所 海门千户所 靖海千户所 蓬州千户所 澄海千户所 广宁千户所 四会千户所 阳春千户所 海朗千户所 双鱼千户所 宁川千户所 信宜千户所 石城千户所 永安千户所 钦州千户所 灵山千户所 海康千户所 乐民千户所 海安千户所 锦囊千户所 清澜千户所 昌化千户所 南山千户所 泷水千户所 从化千户所 封门千户所 函口千户所 富霖千户所