二、荷方应将热兰遮城堡、外堡、大炮、剩余的军用物资、商品、现金以及其他属于公司的财产全部交与国姓爷殿下。
三、大米、面粉、酒、烧酒、肉类、猪肉、油、醋、绳索、帆布、沥青、柏油，锚、火药、枪弹、亚麻布以及被围者返回巴达维亚途中必需的其他物品，得由上述长官及评议会运上公司船只。
四、城堡内以及他处属于荷兰政府官员之私人动产应先经过国姓代表检查，然后运上公司船只。
五、除携带上述物件外，二十八名评议员每人准予随身携带二百银元，另外二十名特定公民准予一共携带一千银元。
六、经检查后，荷兰士兵得以在长官指挥下，扬旗、鸣炮、荷枪、击鼓，列队上船。
七、所有在福摩萨之中国债务人及中国租地人之名单以及他们所欠债务应从公司账簿中抄出，呈交国姓殿下。
八、所有荷兰政府之档案文件可以运往巴达维亚。
九、公司人员，现为中国人拘禁在福摩萨者，应于八日至十日内释放；拘禁在中国者，应尽早予以释放。公司人员在福摩萨未受拘禁者，应发给通行证，以便安全到达公司船上。
十、国姓将捕获之四艘船及其附属物品发还公司。
十一、国姓负责拨出需要的船只运载公司人员及其财货上船。
十二、公司人员在停留期间，国姓属下臣民应按日供应以合理价格之蔬菜、肉以及其他维持日常生活之物品。
十三、公司人员未上船前留在岸上期间，除为公司服务外，国姓属下之士兵臣民一律不得进入城堡，不得越过工事网之堡篮，亦不得进至由国姓殿下下令所立之木栅。
十四、在公司所属人员全部撤出城堡以前，城堡上除白旗外，不许悬挂别种旗帜。
十五、公司人员及财货上船后，仓库管理人员应留在城堡内两三日，然后上船。
十六、本条约一经签字、盖章、宣誓后，双方各依本国习惯，国姓即派其官员Moor·Ongkun及政治顾问Pimpan·Jamoosje到荷兰船上，公司方面亦派一职位仅次于长官之官吏燕·奥根斯、樊·华弗伦及福摩萨评议员大卫·哈曹尔（DavidHarehouwer）到国姓处，作为人质。双方人质应留在指定地点，直至本条约所规定之事项均已执行完毕为止。
十七、目前在城堡内或公司船上之中国俘虏应予释放，以交换荷方为国姓部属所俘虏之军民。
十八、本条约中如有发生疑义或有重要未尽事项，经任何一方提出后，应立即由双方协商解决之。
是年二月一日，荷兰殖民者签订了投降条约。受降仪式开始了，英姿勃发的郑成功坐在帐幕当中，全副武装的卫士站在两旁。台湾人民犹如过节一般。荷兰总督揆一带着残兵败将，脱帽鞠躬，俯首称降。被荷兰侵略者侵占达38年之久的台湾，重新回到了祖国的怀抱。郑成功收复台湾，拔除了一个靠近大陆，威胁中国闽粤人民生活和生产的侵略据点，也使荷兰殖民者失去了一个向日本渗透的基地。荷兰殖民者承认，从此以后，东印度公司以台湾为基地对日本的贸易关系就不复存在了。因此，郑成功收复台湾不仅阻止了西方殖民主义对中国的侵略，而且对保护一些邻近的国家不受西方殖民者的侵犯也起到了一定的作用。
郑成功在进行驱逐荷兰人战斗的同时，还组织将士，鼓励居民，从事大规模的开发。并以明王朝的名义，建立地方政权，对全岛实施有效的行政管理。由此在法律上和事实上，奠定了台湾是我国不可分割领土的坚实基础。
四台澎收复教耕战
郑成功收复台湾是一个划时代的事件，它给台湾地区的开发开创了新局面。使台湾“从此进入了封建制的大门”（刘大年等：《台湾历史概述》）。
郑成功在收复赤嵌城之后便开始大力开发台湾。首先是建立各级政权。永历十五年（1661年）五月初二日，改赤嵌地方为东都明京，设一府二县。以府为承天府，天兴县，万年县。杨戎政为府尹；以庄之烈知天兴县事，祝敬知万年县事。行府尹查报田园册籍，征纳税银。改台湾为安平镇。从此，台湾建立起与祖国大陆相同的府县制。
收复台湾，是郑成功多年的愿望。他在1662年写的《复台》诗中就有：“开辟荆棘逐荷夷，十年始克复先基。”只是当时抗清形势不允许他做出这样的选择。所以，郑成功从大陆出发时，就在船上载着种子和农具，赤嵌城一收复，便把士兵分派到各地去垦荒，以解决粮食问题。郑成功是个有远见的政治家，他一面分兵屯垦，欲以兵养兵；一面设治征纳，欲以民养官。为此他在诸镇参军议事会上阐述了自己的主张：
“法古者可以制宜，明时者可以图治。古者量人授田、量地取赋。至商虽变为井田，亦是九一之法，兵民无分。迨至秦，井田废，兵民始分；民任转输，兵任征战。后汉、唐、宋、元，屡年征战，兵甲蕃众，筹饷者徒为仰屋；故善为将者，不得不兴兵屯以富兵。如诸葛亮屯斜谷，司马屯淮南，姜维屯汉中，杜预屯襄阳，悉是两敌相对，恐转运维艰，士有饥色，故寓兵于农以备敌。若夫元之分地立法，太祖设卫安军，乃天下已平，恐虚糜空乏，故以为农者七，为兵者三，寓农以散兵，非无故也。
“今台湾乃开创之地，虽僻处海滨，安敢忘战？暂散尔兵，留勇侍卫二旅，以守安平镇、承天二处。其余诸镇，按镇分地，按地开垦，日以什一者望，相连接应，轮流迭更。是无闲了，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋。围生牛教之以犁，便野无旷土，而军有余粮。其火兵则无贴四，如正了出伍，贴田补人可也。其乡仍日社，不必易；其亩亦日甲，以便耕。一甲，三十一戈二尺五寸；一戈，东西南北四至一丈二尺五寸。今归版图，亦以此为则照。三年开垦，然后定其上、中、下则，以立赋税。但此三年内收成者，借十分之三以供正用。农隙，则训以武事；有警，则荷戈从战；无警，则负来以耕，寓兵于农之意如此。”
对这一主张，诸镇将领都表示赞成，于是实行“寓兵于农”制度。
为此，五月十八日郑成功还颁订了更详细的垦殖条款：
“东都明京、开国立家，可为万世不拔基业。本蕃已平辟草昧，与尔文武各官及各镇大小将领官兵家眷尽来胥宇，总必创建旧宅等项，以遗子孙。计但一劳永逸，当己力京（经）营，不准混侵土民及百姓现耕物业。兹将条款开列于后，咸使遵依。如有违越，法在必究。着广部刻板颁行。特谕：
一、承天府安平镇，本蕃暂建都于此。文武各官及总镇大小将领家眷，暂住于此。随人多少圈地，永为世业，以佃以渔及京（按即经字）商取一时之利。但不许混圈土民及百姓现耕田地。
二、各处地方，或田或地，文武各官，随意选择，创置庄屋，尽其力量，永为世业；但不许纷争及混圈土民百姓现耕田地。
三、本藩阅览形胜建都之处，文武各官及总镇大小将领，设立衙门，亦准圈地创置庄屋，永为世业。但不许混圈土民及百姓现耕田地。
四、文武各官圈地之处，所有山林陂地，具图来献，本藩薄定赋税，便属其人掌管；须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭泽而渔，庶后来永享无疆之利。
五、各镇及大小将领官兵，派拨汛地，准就彼处择地起盖房屋，开辟田地，尽其力量，永为世业，以佃以渔及京（按即经字）商。但不许混圈土民及百姓现耕田地。
六、各镇及大小将领，派拨汛地，其处有山林破地，具启报闻，本藩即行给赏，须自照管爱惜，不可斧斤不时，竭泽而渔，庶后来永享无疆之利。
七、沿海各澳，除现在有网署位，本藩委官征税外，其余分与文武各官及总镇大小将领，前去照管，不许混取，候定赋税。
八、文武各官开垦田地，必先赴本藩报明数，而后开垦。至于百姓，必开垦数报明承天府，方准开垦，如有先垦而报，及报少而垦多者，察出定将田地没官，仍行从重究处”（《从征实录》）。
从上项谕令及八条款看，郑成功入台后的开垦政策，在奖励官兵开垦的同时，最引人注目的就是：
一、安定土著及先到汉人的生活，保护他们的既得利益，以收揽人心，不使其发生纠纷。因台湾的人口以土著为多数，他们的向背对安定台湾局势有极其重要的作用。在政令中“不准混侵土民及百姓现耕物业”重申了多次，就是为了保证台湾政局稳定。
二、利用荷兰人原有征租办法，征收原居住人的租税，以维持军政上的开支。即所谓：“郑氏攻取其地，向之王田，皆为官田，耕田之人，皆为官佃。输租法，一如其旧；即伪册所谓官佃田园也。”由此，可见其目的所在。所以五月二日，即已“行府尹查报田园册，征纳口银。”
三、在条款中，对于文武官的报垦和定税，也很注意。规定“文武各官圈地要具图来献，薄定赋税”。“如有先垦而后报，及少报而多垦者，察出定将田地没官，仍行重究处。”可见对文武各官的垦殖，也是基于财政上的收益。这一政策，郑氏三代治台一直没有改变。“郑氏宗党及文武伪官与土庶之有力者，招佃耕垦，自收其租，而纳课于官，名曰私田，即伪册所谓文武官田也。”由此可知其谕政的实施情形。
四、在条款中，郑成功似乎没有提到“官兵派拨汛地”“开辟田地”要征租的事。这也就是以兵养兵、寓兵于农的政策。当然不会把汛地的官兵作为征收租税的对象。《诸罗杂识》中对此事有如下记载：“其余镇营之兵，就所住之地，自耕自给，名曰营盘。”这一制度，不但在明郑时代施行，且影响到台湾归清后也曾沿袭。
五、在条款中，曾两次提到“不可斧斤不时，竭泽而渔”及“各镇及大小将领派拨讯地，其处有山林陂池，具启报闻，本藩即行给赏”。由此可知，郑成功在开发台湾之初，就非常注重森林和水利问题，注重生态平衡。
这一垦殖条款颁行后，六月，“藩驾驻承天府，造发各镇营归汛。左先锋扎北路新港仔、竹堑，以援剿后镇、后冲镇、智武镇、英兵镇、虎卫右镇继扎屯垦，以中卫、义武、左卫、前冲、游兵等扎南路凤山、观音山屯垦。颁发文武官照原给各六个月俸役银付之开垦。”至此，郑成功的垦殖措施，已全面实施。
在恢复和发展生产的过程中，郑氏政权还采取了一些在客观上促进社会发展、密切民族关系的措施：
1662年春，郑成功以洪开、祁辟等十人分管社事，加意保护高山族人民利益。即使在粮荒严重时也不采取强征的办法，而用金锭等向高山族购买。据记载“令户都事杨英持金十锭，同杨戎政驰往四社买籴禾粟，接给兵粮”，“计可给十日兵食”。1662年夏，在新港停一带开垦的援剿后镇。后冲镇官兵与当地高山族发生冲突，郑成功差兵都事李胤监制各镇官兵，“不准搅扰土社，吊（调）后冲镇等移扎南社”。
郑成功曾通令全岛，奖励农业，发展水利，所有各处田园不得荒废。他还经常和部属何斌、马信、杨祥、萧拱宸等到新港、目加溜湾等高山族聚居村社进行抚慰访问，并赠给他们许多烟草、布帛。“巡视社里土番，赐以烟、布，慰以好言，咸受约束。”
郑成功人台后，大力推行用牛耕和铁犁耕田的方法，组织传播先进的生产技术。户官杨英看到南社高山族人民不懂得用牛耕田，不知使用钩、镰、犁、耙、斧等农具，遂建议发给高山族各村社耕牛和铁农具，并派有经验的汉族人到高山族村社传授先进的农业生产技术和经验，帮助他们解决生产上和生活上的困难，逐步改善了部分高山族农业生产的落后面貌。为改善台湾人民生活，郑氏大力鼓励种植五谷、甘蔗等作物，发展制糖、制盐等加工工业。
为筹集军饷，郑成功还凭借海上优势，积极发展同日本、暹罗、越南、菲律宾等国的通商贸易，把台湾的土特产如鹿皮、鹿脯、樟脑、硫磺、蔗糖等运销国外，换回铅、铜等所需要的物资。郑成功凭借海商贸易，解决了军队的粮响，使抗清斗争得以坚持。
郑成功针对清朝强制推行“迁界”的暴政，下令各地“收沿海之残民，移之东土（台湾），开辟草莱，以相助耕种”。结果，“闽浙居民附舟师来归，烟火相接，开辟荒土，尽为膏腴”。由于大陆人民的辛勤劳作，台湾的社会面貌逐步发生了变化。
然而真正积极推行上述政令，还是郑成功死后的事。因郑成功入台后执政为时仅一年，各项政令只是粗具规模。郑成功死后，其子郑经继其执政。实际上，终郑经之世，台湾的施政措施，事无大小，悉咨之于参军陈永华。陈永华深具谋略，妇于政事，忠实郑氏，是一位颇有远见的政治家。他对于郑成功“寓兵于农”的屯田政策，不但继续推行，且加以扩大。他曾“亲历南北二路各社，劝诸镇开垦，栽种五谷，蓄积粮粮”，以资军民之食。是以终明郑之世，这一具有重大意义的屯田制度，执行不衰。
台湾有许多地名，至今还保留着当时垦荒军队的番号，如台南的新营、旧营、下营、中营、五军营、后营、果毅营等。台湾的开发和社会经济的发展，是汉族和高山族人民辛勤劳动的结果。但应当承认，郑成功及其后代在台湾地区开发上做出了重要的贡献。
就在郑成功在台湾建立了与大陆相同的政治、经济制度，局势刚有好转，正准备大展宏图时，忽然传来了其父郑芝龙燕市弃首，其亲属11人均被杀的消息，郑成功悲伤过度，精神上受到很大打击。同时，又得知永历帝被吴三桂杀害，其子郑经在厦门行为不检，受人讥消。一连串事变使郑成功悲愤交集，不能自己。加之长期戎马生涯，积劳成疾，更由于心情郁闷，病情日益严重。在病中，他还挣扎着登上将台，遥望祖国大陆山川，无限眷恋。1662年五月初八日，郑成功与世长辞。临终前悲叹道：“自家国飘零以来，枕戈泣血十有六年，今日屏迹遐荒，遽捐人世，忠孝两亏，死不瞑目！天乎，天乎！何使孤臣至于此极也！”（夏琳：《海纪辑要》）时年仅三十九岁。
郑成功逝世后，原葬台南洲仔尾。清朝统一台湾后，由其孙郑克塽将其祖父灵枢迁葬故乡南安。墓在康店乡复船山，墓前立有华表，巍峨雄伟。康熙皇帝对郑成功十分推崇滁遣官护送郑成功灵枢归葬外，还在其故里石井建祠祭祀。清光绪元年（1875年），清廷又在台南建立延平郡王祠，四时祭奠。沈葆桢、刘铭传等都为祠堂撰写对联，称颂他的气节和功业。
沈保桢为祠堂正殿题写的对联为：“开万古得未曾有之奇，洪荒留此山川，作遗民世界；极一生无可如何之遇，缺憾还诸天地，是创格完人。’刘铭传的题联为“赐国姓家破君亡，永矢孤忠，创基业在山穷水尽；复文书词言义正，千秋大节，享俎豆子舜日尧天”。而爱国志土丘逢甲更道出了千百万爱国者的心声，“由秀才而封王，拄持半壁旧河山，为天下读书人，别开生面；驱外夷出境，开辟千秋新世界，愿中国有志者，再鼓雄风”。他是一切爱国者的当然楷模。
郑成功有一位正妻，八位待妾。妻董氏，为泉州进士、明朝礼部侍郎董陋先侄女。八位待妾中有庄氏、温氏、史氏、蔡氏等。
郑成功有十子。郑经为长子，由董氏所生，又名锦。次子郑聪，亦是董氏所生。三子郑明、四子郑睿、五子郑智，皆庄氏所生。六子郑宽，温氏所生。七子郑裕，董氏所生。八子郑温，史氏所生。九子郑柔，温氏所生。十子郑世，蔡氏所生。
郑成功死后，子郑经，孙郑克臧、郑克塽相继执掌台湾明郑政权。清康熙二十二年（1683年）九月，郑克臧归附清朝。