月经病的发病原因复杂多样，中西医有着不同的认识。中医学认为，主要是因气血虚弱、肝郁气滞、瘀血阻滞、血热妄行及肾气亏虚所致；西医学则认为，与内分泌功能失调、卵巢功能、器质性病变或药物等的影响有关。
（1）中医病因
①气血虚弱。素体亏虚，过度劳倦，损伤脾气，气血生化之源不足；或大病、久病、大出血或长期慢性出血，都可使气血不足而发生月经病。如脾气统摄无权，可致月经先期量多，或崩中漏下；若冲任血少，胞脉空虚，可致月经后期、量少或闭经、痛经。
②肝郁气滞。平素性情急躁，肝气抑郁，血行不畅，冲任阻滞，可致月经后期、量少、痛经、闭经；如疏泄失职，气血蓄溢失常，则可引起月经先后不定期；若肝郁脾虚，土受木抑，还可导致经行泄泻。
③瘀血阻滞。气为血帅，气滞日久，则瘀血停留，或因感受寒冷，血为寒凝，胞脉阻闭，即可发为月经后期、量少、痛经或闭经；若证情历久，瘀血不去，新血不得归经，又可导致崩漏。
④血热妄行。素体阳盛，过食辛辣，内蕴邪热，或肝郁化火，热迫血行，则能引起月经先期、量多，或崩漏下血；若气火炎上，载血上行，还可引起经行吐衄。
⑤肾气亏虚。先天不足，体质虚弱，或早婚多产，损伤肾气，冲任亏虚，则可致月经量少或闭经；如肾失闭藏，冲任不固，又可引起崩漏下血；妇女随着年龄的增长肾虚逐渐显现，若肾虚阴阳不得维系，可引起绝经前后诸证。
（2）西医病因
①内分泌功能失调。主要是下丘脑垂体卵巢轴的功能不稳定或有缺陷，内分泌功能失调，即出现月经病。
②卵巢功能。育龄期女性月经不调一般都是因为卵巢黄体功能不强，常表现为有周期，但周期缩短，或者月经量比较多。
③器质性病变或药物。包括生殖器官局部的炎症、肿瘤及发育异常、营养不良、颅内疾病；其他内分泌功能失调，如甲状腺、肾上腺皮质功能异常，糖尿病、席汉病等，肝脏疾病及血液疾病等。使用治疗精神病的药物，内分泌制剂或采取宫内节育器避孕者均可能发生月经不调。某些职业，如长跑运动员容易出现闭经。此外，某些妊娠期异常出血也往往被误认为是月经不调。