蛋白质不足可从几个方面影响骨质：
蛋白质缺乏使软骨细胞和成骨细胞合成有机基质的能力减退；当肠道蛋白质合成减弱及吸收功能减退会影响骨骼的营养；蛋白质缺乏使一些由蛋白质组成的激素发生缺乏，如胰岛素及胰岛素样生长因子等不足，这对于在发育期的儿童的影响最大。对蛋白质水平低下的人，适当补充蛋白质，有利于骨矿量的增加。
蛋白质的摄入量不应高于56g/d的2倍。每天100克蛋白质就够了，多了反而会影响骨质。这是因为当摄入过多时，蛋白质会促使钙从肾脏中的排出增加。这是通过增加肾小球的滤过率使尿钙丢失，其中动物蛋白的作用强于植物蛋白，这主要是由于动物蛋白含有较多的含硫氨基酸（蛋氨酸、胱氨酸和半胱氨酸）的原因。