骨质疏松症的病因较多，尚未完全明了，可能是多种因素综合作用的结果。在能导致骨质疏松的许多病因中，人体内消化系统、内分泌系统、肾脏器官还有其他病症（如类风湿性关节炎、先天性骨发源性不足等）都导致了骨质疏松症的形成。比如，许多患胃肠道疾病的患者，尤其是经过全胃或部分胃切除的患者会发生明显的全身骨量减少的现象。最初，人们认为是由于胃切除后，胃酸减少而引起钙吸收不足，然而实际上并非如此简单。目前，大量研究结果显示胃黏膜所分泌的某种成分可以增加实验动物的骨量，而且，其分泌受胃泌素（gastrin）的调控；经肽链端解酶酶解后，这种促进成骨的作用消失。学者们由此推测出，胃黏膜中的分泌细胞可以分泌一种具有促进骨合成作用的激素肽，将其命名为胃钙素（gastrocalcin），并把它认为是继甲状旁腺激素、雌激素、维生素D之后的第四种骨钙调解激素。这只是一种消化系统疾病，其他由于病因分析较复杂，不能对每种病因作以详细地分析，因此，以下只对具体病因作以概述：
◎ 消化系统疾病
1.胃大部切除术；
2.慢性肝病；
3.胃肠吸收功能障碍；
4.克隆氏病（局限性回肠炎）；
5.溃疡性结肠炎；
6.慢性胰腺炎；
7.麦胶性肠病。
◎ 内分泌疾病
1.甲状腺功能亢进症（甲亢）；
2.甲状腺功能减退症（甲低）；
3.甲状旁腺机能亢进症；
4.垂体下丘脑疾病（如肢端肥大症）；
5.肾上腺皮质功能亢进或低下；
6.卵巢或睾丸切除；
7.糖尿病。
◎ 肾脏病
1.慢性肾炎；
2.多囊肾；
3.肾盂肾炎；
4.肾衰竭；
5.肾小管性酸中毒；
6.肾移植后。
◎ 其他疾病
1.骨肿瘤和骨转移性肿瘤；
2.多发性骨髓瘤；
3.肺原性心脏病；
4.类风湿性关节炎；
5.先天性成骨发育不全症；
6.特纳氏综合征（女性的性染色体缺少一条X染色体）。
通过以上分析，使我们在关注骨质疏松时，才有可能针对不同的病症进行防治。