1.企业类型不同
成立创业板市场就是想对那些处于成长型的、创业期的、科技含量比较高的中小企业提供一个利用资本市场发展壮大的平台，因此《首次公开发行股票并在创业板上市管理暂行办法》第1条开宗明义其立法宗旨之一是“促进自主创新企业及其他成长型创业企业的发展”。虽然《创业板上市管理暂行办法》没有对自主创新企业、成长性企业、创业企业界定一个明确的范围，但证监会创业板发审部门负责人已经非正式表示，2009年创业板将侧重两类企业，一是新能源、新材料、生物医药、电子信息、环保节能、现代服务等领域的企业，以及其他领域中成长性特别突出的企业；二是在技术业务模式上创新比较强的企业、行业排名靠前、市场占有率比较高的企业。
主板在拟上市企业的所属行业及类型方面没有任何限制，任何企业只要符合规定的标准都可以申请上市。
2.企业规模不同
在多层次的资本市场中，主板市场规模最大，中小板次之，而创业板更小。有资料显示：截止2009年7月30日，在上海证交所上市的A股上市公司共计有856家，市值达18万亿多。我国的许多超大航母型公司国内上市都选择在上海证交所。比如，7月29日刚上市的中国建筑（601668）首次公开发行120亿股，共募集资金501.6亿元，筹资规模为中国股市有史以来第四大，也是2009年以来全球最大的IPO案例。
深圳中小板是2004年5月份开始启动的，截止到2009年7月30日，中小板的上市公司共计有278家，筹集资金达1000多亿。
创业板的特点是企业规模小，筹资额也小，以一家企业募集一个亿计算，即使一年上市一百家，也就是100多亿，还顶不上一个大盘股筹资额大。
3.上市报审环节不同——是否需要征求有关政府部门意见
证监会在对主板上市的企业初审时需要征求发行人所在的省级人民政府及国家发改委的意见，征求意见的内容分别为是否同意发行股票、发行人的募集资金投资项目是否符合国家产业政策和投资管理的规定。创业板企业在报审程序上有所简化，报审前不再要求征求发行人注册地省级人民政府意见，也不再要求征求国家发改委就募集资金投资投向是否符合国家产业政策和投资管理规定。
4.发审委组成人员不同
根据证监会2009年5月13日新修订的《发行审核委员会办法》，证监会对主板和创业板分别设立发行审核委员会，主板发审委委员为25名，其中证监会的人员5名，证监会以外的人员20名。创业板发审委委员为35名，其中证监会的人员5名，中国证监会以外的人员30名。主板发审委委员和创业板发审委委员是各自独立的，相互不能兼任。
5.对保荐人的持续督导要求不同
保荐人对主板IPO企业的持续督导期间为证券上市当年剩余时间及其后2个完整会计年度；主板上市公司发行新股、可转换公司债券的，持续督导的期间为证券上市当年剩余时间及其后1个完整会计年度。
对于创业板公司的保荐期限，相对于主板作了适当延长。证监会《关于修改〈证券发行上市保荐业务管理办法〉的决定》规定：“首次公开发行股票并在创业板上市的，持续督导的期间为证券上市当年剩余时间及其后3个完整会计年度；创业板上市公司发行新股、可转换公司债券的，持续督导的期间为证券上市当年剩余时间及其后2个完整会计年度。”
可见，不管是首次发行还是再融资，创业板保荐人的保荐期间都比主板长，保荐责任也强化了。
6.信息披露要求不同
创业板在信息披露方面比主板要求更严格，具体表现为：
①实行网站为主的信息披露方式。考虑到网站披露的便捷性，监管部门要求上市公司信息披露以制定网站为主。
②信息披露更加及时，要求实时披露，上市公司可以在中午休市期间或下午三点三十分后披露临时报告。
③根据创业企业的特点，对临时报告的披露标准进行适当的调整，要求也更加严格。
④增加创业板市场风险特别提示。《首次公开发行股票并上市管理办法》要求发行人应当在招股说明书显要位置作如下提示：“本次股票发行后拟在创业板市场上市，该市场具有较高的投资风险。创业板公司具有业绩不稳定、经营风险高、退市风险大等特点，投资者面临较大的市场风险。投资者应充分了解创业板市场的投资风险及本公司所披露的风险因素，审慎作出投资决定。”
7.退市制度不同
由于创业板的市场化程度比较高，在退市安排上创业板采取比主板市场更为严格的摘牌制度。一旦达不到规定的标准，上市公司就会被摘牌，这样可以避免上市公司壳资源的过度炒作，但也加大了投资者的投资风险。
在退市标准上，除了主板规定的退市标准外，创业板将新增若干退市标准：
①被注册会计师出具否定或无法表示意见的审计报告；
②净资产为负；
③股票连续120个交易日累计成交量低于100万股。
在退市程序上，创业板将针对三种退市情形启动快速退市程序，缩短退市时间。这些退市情形包括：未在法定期限内披露年报和中期报告；净资产为负；财务会计报告被出具否定或拒绝表示意见。这意味着创业板并不必然要经过ST、*ST等警示过渡阶段，一旦出现较为严重的违规情况，将直接摘牌退市。
另外，创业板公司退市后不再像主板一样，必须进入代办股份转让系统。如符合代办股份转让系统条件，退市公司可自行委托主办券商向中国证券业协会提出在代办股份转让系统进行股份转让的申请。
8.投资者准入制度不同
由于创业板公司具有上市条件低、业绩不稳定、经营风险高、退市风险大等特点，相应投资者面临的市场风险就大，所以创业板市场需要事先设定一定的准入要求，要求投资者对创业板的风险具备一定的识别能力和风险承受能力。《深圳证券交易所创业板市场投资者适当性管理实施办法》规定：具有两年以上（含两年）股票交易经验的自然人投资者可以申请开通创业板市场交易。而主板对投资者就没有这些限制，也没有准入要求。