隆科多因议年羹尧罪状，徇庇不协，坐削去太保，革去尚书。按年羹尧父遐龄，湖北巡抚。羹尧以康熙三十九年翰林出身，历充四川、广东试差。不十年，擢为四川巡抚。西藏军兴，请亲赴松潘协理军务，以功晋四川总督，旋授定西将军。西藏平，入觐赐弓矢，授四川陕西总督，封三等公，加太保。青海军兴，授抚远大将军，督奋威将军岳钟琪进剿，凡百有五日而青海平，进一等公，加太傅，父遐龄如其爵，长子斌给予爵。入觐，赐双眼花翎、四团补服、黄带紫辔。值庄浪番贼滋扰，又率岳钟琪剿平之。叙功，次子富给男爵。时四川巡抚蔡珽被羹尧劾，入京得召见，因陈羹尧贪残诸款。又羹尧尝荐西安布政使胡期恒可大用，期恒入觐，以奏对荒谬革职。
时劾羹尧者纷起。谕曰：“年羹尧曾妄举胡期恒，妄劾金南瑛等，又遣官弁筑城南坪，不惜番民，致惊惶滋事，反以降番复叛，巧饰具奏。又青海、蒙古饥馑，匿不上闻。年羹尧从前不至于此，或自恃己功，故为怠玩，或诛戮大过，致此昏愦，岂可仍居总督之任。念其尚能操演兵丁，可补授杭州将军。”嗣山西巡抚劾羹尧私占盐窝，擅用正课，西安巡抚亦劾羹尧藉口捕治盐枭，率兵夜围郃阳民堡，致死多人，并下部议罪。羹尧行至仪征，逗留不前，回奏又多狡饰，部臣请逮问。又合词奏羹尧罪状累累，请正典刑，并议尽革世职。得旨“令将军、督抚、提镇，各抒己见入奏。”旋据各省次第举发，复奏请速加诛戮，章下所司。
时已逮羹尧来京严鞫，议政大臣、三法司、九卿等奏言：“羹尧罪迹昭彰，弹章交至，其大逆之罪五：一、与静一道人、邹鲁等谋为不轨；一、奏缴朱批谕旨，故匿原折，诈称毁破，仿写进呈；一、见浙人汪景祺《西征随笔》诗词讥讪，及所作《功臣不可为论》，语多狂悖，不行劾奏；一、家藏锁子甲二十八，箭镞四千，又私贮铅子，皆军需禁物；一、伪造图谶妖言。其欺罔之罪九：一、擅调兵捕郃阳盐枭，致死良民八百余，奉旨查询，始奏并无伤损，后乃奏止伤六人；一、南坪筑城，官弁骚扰番民，不即劾奏；一、诡劾都统武格等镇海堡失律；一、西安解任时，私嘱咸宁令朱炯贿奸民保留；一、纵令刘以堂诈冒已故保题武功令赵勋名姓赴任，知而不奏；一、将幕友张泰基等冒入军功，共十八案；一、家人魏之耀家产数十万金，羹尧委奏毫无受贿；一、西宁效力者实止六十二员，册报一百九员；一、退役王治奇冒军功得授州判。其僭越之罪十六：一、出门黄土填道，官员补服净街；一、验看武官，用绿头牌引见；一、设座当会府龙牌正座；一、穿用四衩衣服，鹅黄佩刀荷囊；一、擅用黄袱；一、官员馈送曰恭进一、纵子穿四团龙补服-、与属员物件，令北面叩头一、令总督李维钧、巡抚范时捷跪道迎送一、令蒙古扎萨克郡王额附阿宝下跪一、行文督抚书官书名；一、进京，沿途填道叠桥，市肆俱令闭户一、馆舍墙壁彩画四爪龙；一、辕门鼓厅画龙，鼓吹乐人蟒服；一、私造大将军令箭，将颁发令箭毁坏；一、赏赍动至于万，提镇叩头谢恩。其狂悖之罪十三：一、两次恩诏到陕，并不宣读张挂；一、奏折不穿公服拜送，只于私室启发；一、不许同城巡抚放炮；一、勒娶蒙古贝勒七信之女为妾；一、以侍卫前引后随，执鞭坠镫；一、大将军印不肯交出；一、妄称大将军行事，俱循俗例；一、纵容家仆魏之耀等朝服蟒衣，与司道、提镇官同坐；一、违旨逗遛仪征；一、勒令川北总兵王允吉以老病乞休；一、要结邪党沈竹、戴铎等，怀欺惑众；一、袒庇私人马德仁阻回甘抚石文焯参劾奏疏；一、本内引用”朝乾夕惕“故作”夕惕朝乾“其专擅之罪六：一、建筑郃阳城堡，不行题请，擅发银两；一、委侍卫李峻等署理守备，奉旨饬驳，仍不即行调回；一、擅用私票行盐；一、谕停捐俸，仍令照旧公捐；一、捕获私盐，擅行销案；一、守备何天宠患病，不照例填注军政。又嘱直督李维钧勒清苑令陆篆接受前任王久猷亏项。其忌刻之罪六：一、凌虐现任职官，纵任私人夺缺；一、军前官兵支粮实册，不先咨晋抚诺岷，欲令迟误致罪；一、尚书绰奇自军营商办粮饷，清字咨文，不交新任总督岳钟琪，欲令违误军需；一、捏参夔州知府程如丝贩卖私盐，杀伤多人；一、欲令李维钧为巡抚，屈陷原任巡抚赵之垣；一、遏抑中书阿炳安等军功。
其残忍之罪四：一、郃阳盐枭案内，故勘良民无辜冯猪头至死；一、锁禁笔帖式戴苏；一、劾金南瑛等七员，急欲出缺与私人；一、不善安辑蒙古台吉济克济扎卜等，致困苦失所。其贪黩之罪十八：一、收受题补官员银四十余万两；一、勒索损纳人员银二十四万两；一、赵之垣罢职发往军营，羹尧勒馈金珠等物，价值二十余万两；一、受乐户窦荣银两；一、收受宋师曾玉器及银万两；一、遍置私人，私行盐茶；一、私占咸宁等盐窝十八处；一、收受鸿胪寺少卿葛继孔古玩；一、索属员傅泽沄贿，不据实劾亏帑一、西安、甘肃、山西、四川四省效力人员，每年勒银四千两；一、受参革知府栾廷芳贿，奏随往陕省；一、掠各番衣服为己有；一、私征新抚各番租粮；一、擅取蒲州盘获私盐价银一万两一、遣仆贩卖马匹；一、私贩马，发各镇勒重价一、遣庄浪县典史朱尚文赴湖、广、江、浙贩卖四川木植；一、令人卖茶，得银九万九千余两。其侵蚀之罪十五：一、冒销四川军需入己；一、冒销西宁军需入己；一、冒销军前运米费入己；一、侵用各员弁俸工凡五年，皆入己；筑布隆吉尔城，冒销工料入己；一、隐匿夔关税银，又加派粮规入己；一、盘获私茶，取罚赎银入己；一、侵用河东盐政盈余入己；一、西安米万石未运，其西宁冒销运费入己；一、宁夏各卫贮仓谷，及留西宁养马银，并收入己；一、侵用城工余银入己；一、抄没塔儿寺硼砂、茜草诸物，私变价银入己；一、侵用纪连诏等捐解银入己；一、斫桌子山本植入己。共计赃银三百五十余万两。罪凡九十二款，供状明白，律应大辟，其父及兄弟、子孙、伯叙、伯叔之子、兄弟之子年十六以上皆斩，十五以下，及母女、妻妾、姊妹，并子之妻妾，给功臣家为奴。”
奏上，恩予自裁，子富立斩，余十五岁以上之子，发极边，其父遐龄、兄广东巡抚希尧革职免罪。于是就狱中传谕羹尧曰：“历观史书所载，不法之臣有之。然当未败露之先，尚皆伪守臣节，如尔之公行不法，全无忌惮，古来曾有其人乎？朕待尔之恩，如天高地厚，意以尔实心为国，故尽去嫌疑，一心任用。尔作威作福，植党营私，辜恩负德，于心忍为乎？即如青海之事，朕命于四月备兵，又命于八月进兵，尔故意迟延，及严加督催，然后进剿，孤军冒险，几至失机。又如尔令阿剌纳之兵由噶斯前进，陟险恶必不可行之路，岂非欲陷害阿剌纳乎？又如尔令富宁安将骆驼三千从巴里坤送至布隆吉尔，为无用之需，岂非设计欲陷害富宁安乎？又如调岳钟琪之兵至西安，尔令舍近就远，纡道数千里，欲使蔡珽运粮不及，岂非欲巧陷蔡珽乎？此皆军务大事，而尔视为儿戏，藉快私忿，尚得谓之有人心者乎！又如尔所奏善后十三事，于不应造城处议造城，不应屯兵处议屯兵，筹画边机，如此草率，是诚何心！青海用兵以来，尔残杀无辜，颠倒军政，朕尚未令入于廷谳。即就所议九十二款，尔应服极刑及立斩者共三十余条，朕览之不禁堕泪。朕统御万方，必赏罚公明，方足为治。尔悖逆不臣至此，若枉法曲有，曷以彰宪典而服人心。今宽尔磔死，令尔自裁，又赦尔父兄、子孙、伯叙等死罪，皆朕委曲矜全莫大之恩。尔非草木，虽死亦当感涕也。”雍正五年，上念平青海功，令羹尧子俱赦回京。