有一种无望却只有在等待的煎熬中才能体会。
1964年春天，黄万里不能再等待了，他写信给时任中华人民共和国副主席的董必武，函式近四六韵文，陈明三门峡淤积的严重性以及不能建造三门峡的理由：黄河泥沙主要来自中游山西、陕西的黄土高原，正是这些泥沙冲积积成了世界上仅次于亚马逊平原的黄河三角洲平原。因挟带泥沙而认为黄河是害河，前提便是错误的。郑州以下黄河是淤积段，泥沙沉降为不可避免，怎么可以指望建三门峡水库解决下游河道的淤积呢？信发出的同时并附上述两首诗：
1962年8月念黄河闻黄河中游淤塞，三门峡水库不能蓄水，一如当年愚言，帐惘之余，诠次为七言长句，有水有水号黄河蚊龙千里长堤束有父为君身毁灭千古英雄淘既尽念君气度亦爽飒肯吐琼浆淤万顷人间淺识一何多更在东平猪漆漆诏谓君氛从此靖奇祥异瑞争相送樗散书生不晓机紫气盛世岂应唱源头水土应保恤洼道轮流潦可泄而今坝蓄复堤塞行见渭滨仓廪实廷争面折迄无成终记愚言难蓄水徙薪曲突非求泽肠断秦川陇水咽荡荡奔放挟沙多。坤岸潦原在一呵。其子称王息洪波。犹怀块磊欲如何？清渭浊泾兼引纳。千年斯土民践踏。斩断沙流一门阖。丰功伟利云综合。颂请不乏鲍参军。胜利冲来头易昏。竞然抗疏犯龙鱗。肠热鲁连理必伸。涉水河漕须从逸。立农建土赖洪积。清水顶冲长告急。翻为云梦鱼虾没！既阖三门见水清。可怜血汗付沧溟。烂额焦头自上鬓。
无已，艳阳遗照此精诚。
哀黄河1963年8月癸卯伏雨，闭户披览各家改建三门峡坝工意见，顿起无穷之虑，怅望禹功，泪垂0昏昏八表停云里，风雨凄凄满地水。
闷煞书生不得出，闭门重讨治河技。
百家宏论亦纷纷，造坝节流曾一是。
留洞排沙谋不用，枉教民徙无常止。
曾参岂是杀人者？郑国莫非怀鬼士？
尽说河清定可期，长堤千里顶冲涘。
可怜益汗付东流，五载尔来管葛多，纷纷献计泄库藏，噫吁嘻异哉奇计，郑渠成就木成舟，兴利除灾并顾间，凡今谁是出群雄，谁掣鲸鱼碧海中？莫教碧眼笑千秋，雨打窗声催转急，留得宝库仰谷底。改持开洞排沙旨。但恨水高壅远址。摆脱秦灾复能几？应尽水库功用起。巧谋犹待细研揣。翡翠兰苕千手指。百年难遇风流子！莫使禹功坠如此。
愿闻扫却杞忧矣。
给董必武副主席的信并诗两首发出不久，想必是董副主席的指示，水利部召取黄万里，要他拟出三门峡坝工的改建计划。黄万里以60天的时间昼夜工作乃上呈《改修黄河三门峡坝的原理与方法》，水利部于1964年9月印发。黄万里的主要建议为开洞排沙，以灯泡式水轮机加速底流，“期救秦川于陆沉，复蓄水以调洪兴利”（黄万里语必两个月啊，书生报国无非是一片苦心，不知道这一改建计划能不能被接纳，更不知道会不会遭到更大的打击？但，黄万里心中仍有一吐为快的愉悦，并且盼望着能打动天听，使三门峡坝工能真正利国利民，为此，他在1964年秋日，以《三门峡坝规划拟罢》为题，作诗三首：
策河治工谋算罢，顿时涕泪满衣裳。
却看小女娇憨态，哪识乃翁欣喜心。
两月伏案寻思苦，卅年载籍见功深。
秦川锦绣应无虑，有计拿鳌拯陆沉。
三门谋就拯三秦，渠化招来沿路碱，必开洼泾轻沙落，料得后生通情况，谁济艰辛豫鲁民？泥流淤出仰河身。遂畅尾闾清道伸。解铃匕待系铃人？
泛彼督亢陂泽渔客岁抗洪怜失调，他年策划恐艰舒。
广陵散绝还堪惜，古楚狂来莫远疏。
斫却散樗安足道，九州行水复何如？
“两月伏案寻思苦”，结果如何呢？黄万里苦苦等待着下文，时间再一次折磨着这个“中国治河，舍我其谁”的倔强书生，中国官场以惯用的绝技“拖”字诀，把黄万里的建策束之高阁，淹在堆起的文件材料之海中了，“未得批复”。黄万里虽意料之中，“料得后生通情理，解铃岂待系铃人？”却也希冀着喜出望外。水利部的有些主事者既没有胸襟雅量，也没有知识学问，他们怎么会让黄万里来收拾三门峡的残局呢？与国计民生相比，有一些人更需要的是“仕途”、“威信”，便将错就错，一错到底。
对于黄河输沙，黄万里与水利部门、相关的绝大多数专家学者看法迥异，他主张必须让泥沙排出水库，以拯救渭河两岸。他人则力主拦沙，以减免下游河床淤高，但泥沙淤积库区的现实又迫使他们把大坝下面的泄水洞逐年一个个打开，千疮百孔地排沙，排出的是潼关以下库中历年积沙，旧沙未去，新沙又至，潼关以上黄河、渭河的河槽依然淤积。黄万里说：“这样做好比把可以治好的急性肝炎拖成了慢性肝炎。”这个时候，谁还听黄万里唠唠叨叨？前文写到“两洞四管”方案已经确立，******亲自参与讨论、决策，他认为这一改建方案只是“先解决库区淤积的燃眉之急”，并表示“其他问题我还要负责继续解决”（《黄河志》卷六165页1969年夏天，西安再度告急。
黄河再一次以淤积和洪荒证明了黄万里治河方略的正确，而作为代价却是渭河两岸的灾难频仍、民不聊生。******委托时任河南省革命委员会主任的刘建勋及******副总理纪登奎，于1969年6月13日至18日在三门峡召开四省治黄会议以商对策。“两洞四管”不能解决问题，三门峡工程的第二次改建已经势同燃眉，改建原则为：“确保西安、确保下游的前提下，合理防洪、排沙放淤、径流发电。”改建规模是“打开1？8号导流底孔，下卧1？5号发电引水管进口，要求坝前水位在315米时，下泄流量达10000立方米秒”（《黄河志》卷六166页）。
正是这几个导流底孔，黄万里在反对修建三门峡大坝被批判否定后，一再请求保留的：“你们实在要修，这几个导流底孔千万别堵塞，将来还得排沙啊！”黄万里的这一请求先是被接受了，后来又按苏联的设计用混凝土堵塞了！三门峡的一切全在黄万里意料之中，惟其如此，黄万里也更加悲从中来。也许，有一种困惑将会困扰他的一生：在实践以灾难的形式证明在三门峡坝工这一争议上孰对孰错之后，为什么主事者从未听信过他的意见呢？
一个从未透露而又确实的数据是：每打开一个导流底孔，所需的人民币为1000万元！二次改建后，潼关河床仍比三门峡大坝修建前高出3米，1992年8月渭河、洛河洪水漫岸决堤，淹没农田60多万亩，5万移民受灾，3万人无家可归。如遇特大洪水，库区将要遭受的灾难更加无法想象。一再改建的又是洞又是孔又是管的三门峡大坝，难道还能说是治黄的丰碑吗？
不！那是中国水利史上的耻辱！1973年初，黄万里就三门峡坝工及治河原理上书有关领导，没有回应。
1973年春，“承领导照顾，准许在监视下进入当时的三线地区潼关以上考察黄河渭河的地貌和河势，这对于一个具备理论基础的热情治河者是大好的机会，对思路起了强烈的反应，有助于我两年后制定治黄方略”（《治河咏怀》，黄万里，《读书》1999年第1期、这时候，关于三门峡大坝的争论稍稍缓和，人们认为大坝经过开洞排沙，库内蓄清排浑，黄河淤积末端不会再上延，有“交口淤积不上延论”。等泥沙淤积已达到黄河、渭河的交口后，又退而声言“临潼淤积不上延”等，认为已经可以做到确保下游不遭洪灾，确保上游不影响西安。黄万里痛心地发现：“在这里工作的泥沙专家一致持此观点，于是，对于大现改建和运行方法奠定了错误的基础，随后也因此提出了修建小浪底水库的方案。我对此全面否定，争辩无效。”（《读书》1999年第1期）
黄渭之行，目睹中游人民遭受的“从下游移来的苦难”（黄万里语八黄万里悲从中来。1973年夏，华县毕家公社主任宁冬梅报告三门峡坝造成后的灾情，黄万里听后泪流满面，有诗记道：
听罢毕家遭害苦，不禁簌簌泪交颐。
暴洪施虐知拦阻，恶碱侵农待溉漓。
凡此事先皆可见，一般律定莫相违。
平生积学曾何用？愧对苍生老益悲。
但，黄万里其时仍属“另类”，而他又一如既往地直言三门峡坝工之错、之祸，便也只能“一面俯首听批，一面竭思治黄”了：
江淹才尽冯唐老，哪有雄谋济众生？
未悟庄周飞蝶意，且从列子御风行。
今曰曾参诬杀人！遥望秦川空洒泪，及身难报圣农恩。
采访中，黄万里对1973年至1976年的黄河渭河之行，可谓印象深刻，反复提及。用他自己的话说是“戴着右冠、边干杂务边劳动的业余时间中，完成了《论治黄河的方略》，并研究了新的动力学规律：《论连续介体最大能量消散率定律》，还写了不少诗歌”。黄万里视之为“平生最大的收获”，也因此，“心情倒是开朗的”，而且还可以“一面拥帚扫地，一面暗吟自己的旧作”。
黄万里的治河方略是从否定现行的一系列治黄观念出发的，就连他自己也认识到“这自然难于为一般人特别是当今负责者接受”。黄万里认为的错误治黄观念是：依靠中游水土保持作为治黄基础；尽量把泥沙随着水流输到海里作为治黄原则；认为水沙应集流而非分流；把高渠系统作为淤灌两岸低地的工程方法；不承受淤积受下游控制趋向一定平衡坡度的原理。
黄万里认为：因为水少沙多而把黄河视为“害河”而治黄又必须以防洪为主，在蓄、塞、浚、疏四法中过分强调蓄、塞两法，是当今治河者必须改变思路的关键所在。
黄万里是从另外一个角度看待黄河泥沙的，他在与笔者的交谈中一再强调：中国的问题不是人多水少，而主要是人多地少！他作过这样一个比较：长江流域比黄河流域面积大23倍，年流量大168倍，而长江在中下游造成的人类最宝贵的冲积平原只是黄河的一半，为12.6万平方公里。黄万里感叹道：“长江冲成的12.6万平方公里土地供水充足，是多么宝贵呀！而黄河冲成了25万平方公里的大平原，虽然用水不足，也可耕种两季，难道不是更觉其宝贵吗！”也因此，黄万里断言：“黄河怎么可能是4害河，呢？孰不知它乃是我国甚至世界上最优的利河！”这是最根本的基点，把黄河视为“害河”，那么治河之法便是拦、排、放了，其大体态势是：下游黄河在两堤约束下排沙，“全河流水被派定担任尽量输沙出海的任务”。（黄万里语）
结果造成了“目前黄淮海平原缺水缺肥，华北水道不通航的现实。历来学术上普通性的错误认识，使国民经济遭受莫大的损失，未有甚于此者”（《对于黄委（黄河治理开发规划纲要）的意见》，黄万里，1996年6月）！黄万里认为：治理黄河非分流不可。他的这一治黄方略总结了中国历史上的，世界各国的经验教训。他指出，黄河在郑州以下原属隆凸三角洲地貌，世界上治理三角洲无不分流淤沙，广东三水以下的珠江、埃及开罗以下的尼罗河、罗马尼亚土耳恰以下的多瑙河、印度孟加拉以下的恒河、巴基斯坦苏库尔以下的印度河，无不多道分流出。而黄河既已淤高，分流排沙乃据高屋建瓴之势，能自动刷深河槽。
黄万里关于黄河南北分流的设想反复见诸他的学术著作与上书材料中，建设性与科学性流露在他严峻的字里行间。他说：“我们要认清，地区水土保持、干流造坝等都是对个别工程的设计规划。而流域规划运行包括这些个别工程，却是对整体的运筹，是对整个河道，例如对黄河上、下游全面整体的规划。”（《对于黄委（黄河治理开发规划纲要》的意见》）