朱元璋的军队一天比一天壮大，元朝的日子一天也比一天难过。
朱元璋的南征
朱元璋平定福建的陈友谅后，占据广东的地方武装何真向朱元璋求降。这时南方只有西南一隅尚未统一。
公元1366年，割据四川的明玉珍死，其子明升即位。政权一直苟延到洪武四年（公元1372年），在大军压境的形势下，才降附了明朝。
朱元璋于洪武十四年（公元1381年）命傅友德、沐英、蓝玉率30万大军进攻云南。元朝梁王逃到晋宁自杀。第二年蓝玉、沐英攻下大理，云南最后被平定。至此，朱元璋基本上统一了南方。
策划废帝
奇氏与皇太子见政局动荡，元顺帝听任朝臣倾轧，便加紧行动步伐，打算联合太平逼迫元顺帝逊位与爱猷识里达腊，但太平严辞拒绝。至正十九年（公元1359年）十二月，爱猷识里达腊命令监察御史买住等人劾奏太平提拔的汉人官员中书左丞成遵和参政赵中，将二人杖杀狱中，借此中伤太平。
太平见势不可留，只得上奏元顺帝，以患病为由，请求辞去相位，大臣们立即呼吁，要求皇帝留用太平，元顺帝慑于奇氏和皇太子咄咄逼人之势，被迫罢免太平。由于得不到支持，爱猷识里达腊逼父逊位未能如愿。
至正二十三年（公元1363年），爱猷识里达腊与母亲奇氏加紧了策划逼父禅位的阴谋，掌握大权的搠思监和朴不花则密切配合，拉拢朝中大臣，将军政大事全都压下不让元顺帝闻知。至正二十四年（公元1364年）三月，爱猷识里达腊、搠思监、朴不花指责孛罗帖木儿与老的沙图谋不轨，要求皇帝驱逐孛罗帖木儿。孤立无援的元顺帝不得不听命于皇太子，下诏削除孛罗帖木儿兵权和官爵，贬居四川。
宗王不颜帖木儿、秃坚帖木儿愤愤不平，起而与孛罗帖木儿联合，并上书元顺帝，为孛罗帖木儿申辩。元顺帝感到孛罗帖木儿忠于自己，是他与皇太子一方抗衡的重要砝码，于是复下诏书，历数搠思监、朴不花恣意弄权、欺下蒙上等罪状，将搠思监流放岭北，朴不花流放甘肃，恢复孛罗帖木儿官职。
然而，此时皇太子一方的势力已跃居元顺帝之上。所以，诏书虽下，搠思监、朴不花二人权未解、职未卸，照常在朝中掌权。
自乱阵脚
至正二十三年（公元1363年）四月，元顺帝再次屈从于皇太子，下诏命扩廓帖木儿统兵进讨孛罗帖木儿。一个月后，爱猷识里达腊再次逼迫元顺帝下令扩廓帖木儿进讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿分兵三路，一路由部将白琐住率领开赴京城御守，另外二路军队进逼孛罗帖木儿驻守的大同。
孛罗帖木儿怒杀搠思监、朴不花二人，留下一部分军队守卫大同，他自己则带着秃坚帖木儿、老的沙，率领主力大军直捣大都，扬言要尽除朝中奸臣。京城大震，爱猷识里达腊亲自率领军队迎战，结果大败而回，在白琐住军队的护卫下匆匆逃往太原扩廓帖木儿军中。孛罗帖木儿拥兵入城，偕同秃坚帖木儿、老的沙面见元顺帝。元顺帝当即任命孛罗帖木儿为中书左丞相，老的沙为中书平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。不久，又提升孛罗帖木儿为中书右丞相，节制天下军马，总揽国家大权。
孛罗帖木儿上任后，立即杀了元顺帝宠幸的“倚纳”和近臣，驱逐西藏僧人，幽禁奇氏。至正二十五年（公元1365年）三月，爱猷识里达腊下令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨，并调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西等地军队增援。孛罗帖木儿派遣秃坚帖木儿率兵进讨上都皇太子同党，又调兵南下抵御扩廓帖木儿军队。这个时候，孛罗帖木儿荒淫无度，在数月之内，共纳四十多女子为妾，整天与老的沙等人饮酒作乐，甚至酗酒杀人。朝臣都对他心怀恐惧，元顺帝渐渐失去了对他的信任。朝中倾轧、军阀混战以爱猷识里达腊和扩廓帖木儿的胜利而告一段落，步步退却的元顺帝仅仅保住了皇帝宝座。
覆灭前的窝里斗
在这期间，朱元璋的队伍迅速崛起，直接威胁着元朝控制下的北方地区。朱元璋先后剪除群雄，声威大震，决定派兵北伐，灭亡元朝。
这时，元朝内部宫廷斗争更甚。爱猷识里达腊逃奔太原时，曾想仿效唐肃宗在灵武称帝的故事，自立为帝，扩廓帖木儿不同意。孛罗帖木儿被杀后，奇氏传旨到军中，命令扩廓帖木儿以重兵扈从皇太子入京，目的在于胁迫元顺帝退位。奇氏再次劝扩廊帖木儿出面逼使元顺帝让位与皇太子，扩廓帖木儿又予以拒绝，由此得罪了奇氏母子。元顺帝本与扩廓帖木儿不和，又忌他兵权太重，朝中大臣也觉得他年纪轻、资历浅，不把他放在眼里。在军中娇纵惯了的扩廓帖木儿做了两个月的左丞相，很不得志，在京城实在呆不下去了，只好上奏元顺帝，请求外出带兵。
至正二十五年（公元1365年）闰十月，元顺帝封扩廓帖木儿为河南王，命他代皇太子总制天下军马，进讨江淮。扩廓帖木儿率大军离开大都后，不仅无意整军出战，反而借元顺帝授予他的军事大权，随意征调各路军队，引起军阀头目不满，元顺帝开始怀疑他有叛逆之心。
至正十七年（公元1367年）八月，元顺帝严厉责备皇后与皇太子，他说：“过去孛罗帖木儿举兵进犯京师，而今扩廓帖木儿总兵天下，很不得利，你们母子误了我的天下。现在国家分崩离析，困难重重，都是你们母子造成的！”说完，元顺帝怒气冲冲地打了爱猷识里达腊几拳。
尔后，下诏命皇太子总制天下兵马，并令扩廓帖木儿率领本军自潼关以东出兵江淮，李思齐自凤翔以西进取四川，张良弼、孔兴、脱列伯共取襄樊。
但诏书虽下，皇太子坐视不动，扩廓帖木儿及诸路军阀也都拒命不受。此时，扩廓帖木儿的部将貊高、关保见主帅不奉君命只顾打内战，便倒向朝廷一边，转过头来攻打扩廓帖木儿，得到了元顺帝的支持。
迎接新的王朝
至正二十八年（公元1368年）正月，朱元璋在南京称帝，建国号为明。二月，徐达率军攻占山东各地，接着回师河南，兵锋直指汴梁、洛阳，而元朝军阀内战仍在继续。这年闰七月，元顺帝见局势不妙，只好再恢复扩廓帖木儿河南王和中书左丞相的职务，让他率军南下，幻想依靠他挽回败局。这时，明军已经会师山东临清，直趋大都。
至正二十八年（公元1368年）闰七月二十八日，徐达率领明军攻陷通州，元顺帝闻知，不顾大臣们的再三劝阻，决意出逃。当晚，元顺帝率同后妃、太子和一些大臣，打开健德门逃出大都，经居庸关，奔向上都。
八月二日，徐达率军攻入大都。至此，统治了97年的元朝政权宣告结束。明洪武三年（公元1370年）四月，做了35年皇帝的元顺帝因痢疾死于应昌（今内蒙古达里诺尔西南）。其子爱猷识礼达腊继位，携残部退到塞外和林一带，史称北元。
到洪武二十年（公元1387年），占据辽东的纳哈出归降明朝，朱元璋前后用了35年多的时间，至此才完成了全国的统一。
起义带来的重大意义
元末农民起义前后历时17年，是继唐末黄巢起义之后的又一次全国性的大规模农民起义，在我国历史上占有重要的地位。从北宋以来，长期积累的土地兼并和土地集中问题，经过这次大起义之后，才算获得了一次较大幅度的调整和缓和，从而促进了社会生产力的发展，使明初的“移民垦荒”成为可能。明初土地关系之所以能获得一定程度的缓和，正是元末农民战争之赐。
其次，在这次大起义中，大批奴隶得到了解放。奴隶在斗争中获得解放的事实，具有普遍意义。《大明律》规定：“庶民之家，存养奴婢者，杖一百，即放为良。”这说明农民起义中奴隶身份获得解放的事实，在法律上得到了进一步的肯定。
最后，元末农民起义在当时世界历史上也是一件大事。成吉思汗及子孙们曾在中亚和东欧建立了钦察汗国、伊利汗国，元朝名义上是这些汗国的共主。元朝的崩溃覆灭，客观上起了牵制蒙古统治者镇压各国人民的作用，支援了各国人民反抗蒙古贵族统治的斗争。