尽管哈佛学派和芝加哥学派都是从主流的微观经济理论出发，但在分析方法、思路及政策含义中，两种理论流派却存在着明显的差异。主要分歧和争论表现在，在分析方法上，哈佛学派强调经验性的检验过程，通过对现象的分析得出解释，而芝加哥学派则是通过理论模型分析，从价格理论固有的前提出发，演绎出各种结论；在分析角度上，前者强调了如何改善资源的低效率配置等市场绩效作为产业组织的主要问题对象，讨论市场势力形成的固有的结构条件，后者则重视长期的竞争效率均衡，坚持短期的低效率、非均衡可以通过技术创新、自由进入和退出来得到解决；在政策含义上，前者强调了政府对高集中度产业的反托拉斯干预，后者则反对政府干预，认为政府干预本身会带来壁垒，降低市场机制的配置效率周耀东：《现代产业组织理论的沿革和发展》，《经济评论》2002年第4期。
尽管这一阶段的产业组织理论取得了很多成果，并成为西方许多国家政府部门制定竞争与组织政策的重要理论依据，但也有一些经济学家认为，这一阶段的产业组织理论存在着三个致命的缺陷：其一是并未摆脱新古典主义微观经济学的衣钵，其逻辑推演依旧是以厂商追求利润最大化目标为假设前提，且无视厂商的其他目标，忽视垄断或竞争程度的差异以及厂商内部产权结构的差异所带来的厂商行为的变异。这种单一的行为目标假定难以解释厂商类型不同而引起的行为上的差异，从而将实际上多样化的厂商行为视为仅由市场结构决定的相对单一的市场行为。其二是理论基础是静态的和单向的。在SCP的分析范式中，厂商行为C被认为仅由市场结构S决定，属内生变量。实际上，市场结构S也受厂商行为的影响，因为，现时的市场结构实际是过去厂商行为C积累的结果。由于过分地强调了市场结构对厂商行为的决定作用，正统的产业组织理论未能将微观经济学有关厂商行为决定因素（如内部产权结构、信息成本等）的一些最新研究成果纳入上述分析范式之中。其三是最近20年在信息经济学以及交易费用经济学方面取得的一些激动人心的成果，否定了这一阶段的产业组织理论有关生产者和消费者是完全理性的假定（即认为生产者和消费者是信息完备的，因而能使市场自动实现均衡），从而动摇了其理论基础。由于没有引入交易成本的概念，这一阶段的产业组织理论在解释诸如现代大公司（如跨国集团公司）的兴起及其在资源配置过程中的作用等问题上显得无能为力。由于上述三个方面的局限，一些经济学家从20世纪70年代开始在基本坚持SCP分析范式的前提下，对的产业组织理论进行了修正和补充③王军：《现代产业组织理论述评》，《国外社会科学》1997年第3期。
，从20世纪70年代至今，产业组织理论进入“理论期”，理论模型取代统计分析占据了主导地位张维迎：《产业组织理论的新发展》，《教学与研究》1998年第7期。，形成了以突出理论研究为特征的所谓新的“产业组织理论”。其主要特点可归纳为三个方面③：第一，“新”理论突破了原有单向的和静态的分析范式，建立起双向的和动态的分析框架。一些经济学家强调厂商行为C对市场结构S的反作用以及市场运行绩效P对厂商行为C并透过厂商行为C对市场结构S的影响。鲍莫尔（WJBaumol）等人1982年创立的“可竞争市场理论”（ContestabilityTheory）克服了传统产业组织理论中市场结构与厂商行为那种单一的和既定的逻辑关系，指出由于市场中存在着潜在进入厂商的威胁，因此，现有厂商就必然会努力地降低成本、改革创新和扩大经营规模，于是在改变市场结构的同时，也影响了经济运行的绩效。戴姆塞茨（HDemsetz）在1973年为了解释市场结构与经济绩效的关系，指出厂商的利润是其规模经济的报酬，因而平均成本越低的企业其生产规模就越容易扩张，并由此改变市场结构。第二，从重视市场结构的研究开始转向重视厂商行为的分析，即由结构主义转向行为主义。索耶（Sawyer）1982年首次以厂商行为为中心展开分析，并认为只有厂商才是基本且现实的经济单位，而产业是不确定的，至于市场结构也不过是厂商竞争关系的一种反映。产业组织理论的研究重心转向厂商行为，不仅与现代厂商理论取得进展的推动密不可分，而且还与新制度经济学以及公共选择学派的兴起有关。第三，由于在现代产业组织理论的研究中引入博弈论（GameTheory），使对厂商行为的分析更为丰富。今天，博弈论已经成为产业经济理论的标准分析工具和统一的方法论张维迎：《产业组织理论的新发展》，《教学与研究》1998年第7期。
这一阶段的产业组织理论反映了产业组织理论的最新进展。
三、产业组织理论的最新进展周耀东：《现代产业组织理论的沿革和发展》，《经济评论》2002年第4期。
20世纪70年代以后，由于可竞争市场理论、交易成本理论、博弈论及合约理论等新理论的引入，产业组织理论在研究基础、方法工具及研究方向等方面都发生了突破性的变化，大大推动了产业组织理论的发展。在此研究基础上，新产业组织理论更加注重市场环境与厂商行为的互动关系，这种互动关系体现了在逻辑上的循环和反馈链。在方法和工具上，则运用了大量的现代数学的分析工具，特别是多变量的分析工具。在研究方向上，新产业组织理论更加强调了在不完全市场结构特别是寡占、垄断和垄断竞争条件下厂商的组织、行为和绩效的研究。
1可竞争市场理论苏东水：《产业经济学》，高等教育出版社，2000年。
可竞争市场理论（TheoryofContestableMarkets）是鲍莫尔、帕恩查（JCPanzar）和韦利格（RDWilling）等人在芝加哥学派产业组织理论的基础上提出来的。认为良好的生产效率和技术效率等市场绩效在传统哈佛学派的理想的市场结构以外仍然是可以实现的，而无须众多竞争企业的存在，只要保持市场进入的完全自由，只要不存在特别的进出市场成本，潜在竞争的压力会迫使任何市场结构条件下的企业采取竞争行为。在这种环境条件下，包括自然垄断在内的高集中度的市场结构是可以和效率并存的。
可竞争市场理论是以完全可竞争市场和沉没成本（SunkCost）等概念的分析为中心，来推导可持续的和有效率的产业组织的基本态势及其内生的形成过程的。完全可竞争市场是指企业从市场上退出时完全不用负担不可回收的沉没成本，从而企业进入或退出完全自由。沉没成本是指企业进入市场所投入的资本，当企业退出该市场时不能回收的部分。市场是否是完全可竞争的，仅仅取决于是否存在沉没成本，而与产业内企业数量的多少无关。
显然，基于这种认识的沉没成本，主要依存于所投入资本向其他市场转移或资产出让回收的可能性，而与所投入的固定费用的大小无关，不论固定费用或资产的未折旧部分有多大，只要能够回收，就不是沉没成本。沉没成本的大小决定了企业从市场退出的难易程度，从而影响着企业的进入决策。因为，一旦进入后退出时的沉没成本越大，企业退出就越是困难，因而企业的进入决策就会越是小心谨慎。于是，沉没成本越大，市场进入压力就越小，现存企业的压力也就越小。在这一点上，可竞争市场理论与传统产业组织理论中将规模经济性、产品差别化和绝对费用差别等作为进入壁垒的决定因素有着很大的差别。
由于完全可竞争市场的沉没成本为零，因此潜在的进入者为了追求利润会迅速地进入任何一个具有高利润的部门，并能够在现存企业对其进入做出反应前无摩擦地快速撤出，而且并不因此耗费特别的成本。凭借这种“打了就跑”策略（HitandrunEntry），某产业即使出现一个短暂的获利机会，也会吸引潜在的进入者进入。这种进入退出甚至可以重复多次，直到任何垄断的超额利润消除为止。由于这种闪电般的进入压力经常存在，因此，无论是垄断市场还是寡占市场，任何企业都不能维持能带来垄断的超额利润的价格和低效率的生产组织。这时，有效率的产业组织就成为一种内生的结果。这就推翻了垄断市场结构会决定垄断性市场行为、导致垄断利润的单向关联的理论假定。
进一步，可竞争市场理论认为，在近似完全的可竞争市场中，自由放任政策比通常的政府规制政策更为有效。政府的规制政策与其指向市场结构，倒不如指向确保潜在竞争压力的存在。潜在竞争压力存在的关键是要尽可能地降低沉没成本，为此，它主张一方面应积极研究能够减少沉没成本的新技术、新工艺；另一方面应排除一切人为的进入和退出壁垒。
尽管现实中真正符合可竞争市场理论假定条件的产业并不多，而且该理论在适用范围上也存在着很大的局限性，但其对近20年来发达资本主义国家政府规制政策思路的转换和措施调整却产生了重大影响。
2基于博弈论的产业组织理论
博弈论的引入使产业组织理论的研究发生了革命性变化。如今，博弈理论已成为产业组织理论的标准分析工具和统一的方法论张维迎：《产业组织理论的新发展》，《教学与研究》1998年第7期。