他毕生致力于把南方道教改造为适合“王者尊奉”的新道教，因而受到南方上清派、灵宝派等各道派的普遍敬重。陆修静对道教的改造主要表现在两个方面：建构健全规范的道教醮仪，整顿改造涣散的道教组织。陆修静的思想宗旨是内持斋戒，外持威仪，故特别用力于进行斋醮仪范的完善。陆修静在前人的基础上，“著斋醮仪范百余卷”，并撰有《道门科略》，强调威仪斋醮的作用，即可“使民内修慈孝，外行敬让，佐时理化，助国扶命”。由此，道教斋醮科仪逐渐规范化、系统化，为道教各派的崇道活动提供了切实可行而又有章可循的典式。此外，在道教的组织制度建设方面，陆修静也有其特殊的贡献，如他建立的“三会”制度，就曾对改治录籍、教化民众起过重要作用。他在庐山构筑“简寂馆”，聚徒出家居馆修道，这是道教道团建设的首创。同时，陆修静广集道书，并以洞真、洞玄、洞神三部分类，编次道书，这叫“总括三洞”；并撰有《三洞经书目录》，这是较早的道教经录。经陆氏所改造的以斋仪为主的天师道，史称南天师道。
稍晚于陆修静的著名道士是陶弘景。陶弘景一生勤于著述，在丰富和发展道教义理方面尤为突出，所撰的重要典籍有《真诰》、《登真隐诀》、《养性延命录》和《真灵位业图》等，对道教的早期信仰进行了一次总结，特别是系统排列出一个等级森严的神仙谱系，将“元始天尊”立为最高之尊神。在理论上，陶弘景以上清经为主，同时融通其他道派的道法，并援儒、释思想以入道，具有总括诸派道法，兼融三教思想的特征。在修炼方法上，主张形神双养，内外丹兼顾，所倡修真、养性、延命等道术，对后世有较大的影响。其所撰《养性延命录》，对道教的养生理论作了系统总结。陶弘景所创道派称为茅山宗，对后世道教的发展影响巨大。可以说，陶弘景是南北朝道教的集大成者。
二、葛洪与《抱朴子》的道教思想
曹魏之初，民间出现了很多杂散的道教组织，也有一些方士大搞行气导引、呼吸吐纳或房中之术，“诡以惑众，行妖匿以惑人”（曹植《辩道论》，《广弘明集》卷五），于是曹氏政权对之采取了“聚而禁之”的政策。葛洪亦对当时一些民间的“妖道”、“邪道”进行激烈抨击，斥之为迷信。葛洪承继郑隐、葛玄，发展了魏晋以来的神仙道教，极力宣传神仙可学可致，以及以还丹金液为主的“仙道”学说。他一生“博闻深洽，江左绝伦。著述篇章富于班马”（《晋书·葛洪传》）。
《抱朴子外篇·自叙》对其著作加以罗列。其思想主要有：
（一）“玄道”学说。葛洪在《畅玄》中，将《老子》所阐之“道”之属性的“玄”，发挥为宇宙之本、万物之母：“玄者，自然之始祖，而万殊之大宗也。”（《抱朴子内篇·畅玄》，以下只注篇名）此“玄”与道同一，亦具有“有”、“无”统一的特征，所谓：“道者涵乾括坤，其本无名。论其无，则影响犹为有焉；论其有，则万物尚为无焉。”（《道意》）葛洪有时从修养论的角度，又将此“玄道”同于“一”，称“玄一之道”，说：“故仙经曰：子欲长生，守一当明；思一至饥，一与之粮；思一至渴，一与之浆……守一存真，乃能通神。”（《地真》）“一”与“道”、“玄”名称有三，但本质为一：“玄一之道，亦要法也。无所不辟，与真一同功。吾《内篇》第一名之为《畅玄》者，正以此也。守玄一复易于守真一。”（《地真》）可见，在葛洪看来，“玄一之道”就是宇宙万物的本体，同时也是养生的至高境界。这正是葛洪仙道学说的理论根据。
（二）仙道学说。葛洪以玄一之道为根据，对神仙道教理论进行了系统论证。首先，认为神仙真实存在。他说：“仙人居高处远，清浊异流，登遐遂往，不返于世，非得道者，安能见闻。”（《论仙》）葛洪指出，神仙与常人不同，“居高处远，清浊异流”，只有得道的人才能见闻到。而世俗的人却因为不能看到，就怀疑神仙的存在是不对的：“故不见鬼神，不见仙人，不可谓世间无仙人也。”（《论仙》）由此，他对世间怀疑神仙的种种说法进行了驳斥，尽力论证神仙真实存在。
其次，认为神仙是可学可致的。葛洪认为：“金银可自作，自然之性也，长生可学得者也。《玉牒记》云：天下悠悠，皆可长生也，患于犹豫，故不成耳。”（《黄白》）
这是说根据人的自然之性，长生是可学而得的。他认为，能否长生，不是由别的主宰，而是由自己主宰的：“我命在我不在天，还丹成金亿万年。”（《黄白》）只要修仙者有坚强的意志，通过渐次修道，神仙就可致。其三，修仙的方法途径。葛洪认为既然神仙可学可致，那么，修仙之道是什么？葛洪认为关键在于“药物养身，以术数延命”，同时还在于躬修勤炼。他说：“若夫仙人，以药物养身，以术数延命，使内疾不生，外患不入，虽久视不死，而旧身不改，苟有其道，无以为难也。”（《论仙》）而在其所推崇的修仙药物中，葛洪最为看重的是金液还丹的金丹大药。他说：“余考览养性之书，鸠集久视之方，曾所披涉篇卷，以千计矣，莫不皆以还丹金液为大要者焉。然则此二事，盖仙道之极也。服此而不仙，则古来无仙矣。”（《金丹》）又说：“仙药之大者，莫先于金丹。”（《遐览》）由此，葛洪发展出一套以还丹金液为主的金丹术，从而形成所谓道教的丹鼎派。同时葛洪还强调众术合修的重要性，并介绍了有关导引、行气、吐纳、屈伸、守一、房中等修炼法术。
（三）“道本儒末”的哲学思想。葛洪讨论了儒道的先后本末问题。他像司马谈一样，对先秦各家的优劣长短做了比较：“以为阴阳之术，众于忌讳，使人拘畏；而儒者博而寡要，劳而少功；墨者俭而难遵，不可遍循；法者严而少恩，伤破仁义。”（《明本》）认为阴阳家忌讳过多，使人拘而多畏；儒家杂博，事倍功半；墨者则过于节俭，使人难以普遍接受和遵循；“唯道家之教，使人精神专一，动合无形，包儒墨之善，总名法之要，与时迁移，应物变化，指约而易明，事少而功多，务在全大宗之朴，守真正之源者也”（《明本》）。认为只有道家是最好的，“使人精神专一”，能守其本源，从而收到事半功倍的效果。由此，他受司马迁“先黄老而后六经”的启示，亦受玄学的影响，对儒道关系做出与之相近的界说：“道者，儒之本也；儒者，道之末也。”（《明本》）所以，葛洪虽然也把儒家的伦理纲常视为修仙应该具备的一个条件，但他始终坚持“道本儒末”的原则。
葛洪的神仙道教是自成系统的，其特征是以神仙信仰、金丹服食等为主要内容，以道本儒末为基本思想原则，所以，其理论既能满足那些贵族阶层希望长生不死的愿望，又不违背其以儒治国的基调。葛洪本人既修炼丹道，又参与政治，曾因讨伐石冰起义而获战功，得迁伏波将军。可以说，葛洪是魏晋以来神仙道教“最杰出的代表和集大成的理论家”，他的仙道学说，为“神仙道教进一步发展为成熟的官方宗教奠定了坚实的基础”。
三、魏晋南北朝时期的儒家经学
汉末魏晋，经学衰微，“章句渐疏”，名士多以“浮华相尚，儒者之风盖衰矣”
（《后汉书·儒林传》）。正始年间，玄学流行，并延续和影响到两晋与南朝，成为当时上层社会的时兴思潮。儒学的地位则有所下降，其社会作用亦有所削弱。
《南史·儒林传》说：“洎魏正始以来，更尚玄虚，公卿士庶，罕通经业。”《三国志·魏志·董昭传》亦称：“窃见当今年少，不复以学问为本，专更以交游为业；国士不以孝弟清修为首，乃以趋势游利为先。”这些都反映了儒学日渐衰落的情况。当时许多世家大族往往既服膺儒学，又尊奉玄学，故玄、儒常常可集于一人之身。就地域说，此时玄、儒也是并存的。西晋时，玄学主要盛行于洛阳，而在地方士大夫中，仍主要尊奉儒学。永嘉之乱后，玄学随士族南渡，流行于江左，北方基本上成为儒学的天下。玄学名士对儒家经典的注释有着不同于传统儒学的特点，这主要是对儒家经训进行了玄学化的改造，如何晏的《论语集解》、王弼的《周易注》、《论语释疑》等，即以虚无无为之道诠释儒家的政治伦理和天道观；把自然与名教统一起来，以自然无为的品格改造儒家的圣人观，把虚静、恬淡视为圣人的理想境界；抛弃了汉儒粗俗的天人感应目的论和烦琐的注经形式，把玄学追求超言绝象的抽象原则和义理学风注入儒家经训，开出儒学重义理的魏晋新风，如在《易》注中扫除象数、畅于义理即是其表现之一。
但是即使在玄学流行时，儒学在魏晋时期仍每每为统治者所提倡，以至于南北朝时期的大多数统治者都做过振兴儒学的尝试。
儒学在南、北朝的情况各不相同。儒学在南朝的地位稍弱，特别是在宋、齐两代似显萧条，“乡里莫或开馆，公卿罕通经术，朝廷大儒，独学而弗肯养众，后生孤陋，拥经而无所讲习”（《南史·儒林传》），难以造成儒学的声势，故《宋书》、《齐书》竟无《儒林传》。尽管如此，通于五经的学者仍不在少数。宋初，尤以“雷次宗最著，与郑玄齐名，有雷、郑之称”。宋文帝于元嘉十五年（438），曾征雷次宗于鸡笼山立儒学馆，聚众授徒。次年又令何尚之立玄学馆，谢元立文学馆，何承天立史学馆，史称“四馆”。四馆之中，尤以儒学为重。至梁代，武帝萧衍会通儒、释、道三教，但仍重视提倡儒学，并于天监四年（505）建国子学，分立五馆，诏立五经博士，教授皇室胄子，祭奠儒家先圣，且亲注儒学典籍，遂使儒家经学大为振作。时经学家辈出，除明山宾、严植之、沈峻、贺*、陆琏等立为博士外，著名学者还有何佟之、伏曼容、崔灵恩、太史叔明、皇侃、张讥等。只是这些人常杂儒、玄于一体，使其儒学表现出两个特点：一是他们多兼习《老》、《庄》、《周易》，受玄学影响较大；二是在儒学中尤重礼学。至于北朝儒学，其情况则不同。
由于玄学南渡之后，北朝几成儒学的天下，加之少数民族入主中原后有民族汉化的迫切要求，更热心于提倡儒家礼法名教，故北朝儒风甚隆，尤以北魏儒学最为兴盛。《北史·儒林传》说：“魏道武初定中原，虽日不暇给，始建都邑，便以经术为先，立太学，置五经博士、生员千有余人。天兴二年春，增国子太学生员至三千人。”北魏大量任用汉人硕儒，大大促进了拓跋氏的汉化，也促成了儒学的倡兴。
太武帝又于始光三年（426）起太学于城东，并祀孔子，还以颜渊陪祭。太武帝还大量任用汉人名儒，令各州荐举才学之士，“于是人多砥尚，儒术转兴”。到献文帝、孝文帝时，在政治、文化、社会习俗等方面开始了积极的、自觉的、大规模的汉化运动，其中尤以儒学的振兴为主导。孝文帝于“太和中，改中书学为国子学，建明堂辟雍，尊三老五更，又开皇子之学”。及迁都洛阳后，又“诏立国子、太学、四门小学”。宣武帝时，“复诏营国学，树小学于四门，大选儒生以为小学博士，员四十人。虽黉宇未立，而经术弥显。时天下承平，学业大盛”，儒学之盛况“比隆周汉”（以上见《北史·儒林传》）。北朝儒学由北魏奠基，迄北齐、北周，其兴盛势头不减，尤以北周儒风最盛，其崇儒兴学，已成时尚。周武帝曾召集名儒道士、文武百官“辩释三教先后”，明确宣布“以儒教为先，道教次之，佛教为后”
（《北史·帝记十》），把儒学置于三教之首。北朝著名的学者有常爽、刘献之、张吾贵、徐遵明、卢景裕、李业兴等人，其中能立宗开派者当推徐遵明。徐氏遍读《论语》、《毛诗》、《尚书》、《三礼》、《春秋》，并撰有《春秋义章》等。在学风上，北朝学者较重汉儒章句传统，亦重礼学。
就儒家经学来说，魏晋南北朝时期儒学的经解和研习虽有起伏但绵延不断，作出了一定的贡献。
魏晋南北朝时期虽未出现在历史上有深远影响的大儒，但名贤硕儒亦群星灿烂。晋有杜预、范宁、郭璞，北朝有徐遵明、刘献之、熊安生，南朝有雷次宗、皇侃等。如果把魏晋时玄学家王弼、何晏也算在内，可以说此一时期儒林还是名家辈出的。在经籍整理方面，王弼的《周易注》、何晏的《论语集解》、杜预的《春秋左氏经传集解》、范宁的《梁传注》、郭璞的《尔雅注》、皇侃的《论语义疏》等，都是对后世影响颇大的经解著述。后来的《十三经注疏》中，除了《孝经》为唐玄宗注解外，其余各注由汉儒与魏晋儒所为者各居其半。而对唐宋儒学发生直接影响者，尤以魏晋之注为最。此外，儒学经籍的研究风格也有所创新，与传统章句训诂的烦琐经注不同的“义疏”之学，正是在这一时期受佛教讲经方式的刺激而形成的。当然，在南北朝时期，随着政治上对峙局面的形成，魏晋时曾存在过的玄学经学、训诂经学到此时也发生了分立。一般来说，南朝重玄学经学传统，北朝重汉末章句训诂传统。从学术倾向上说，此一时期儒学偏重于应用而略于高层次的精神追求。也就是说，儒学的发展重于实际应用的“外王”之道，而弱于心性修养的“内圣”之学，传统儒学中强调“修己以安人”、“下学而上达”，注重内在的道德修养和人生理想的追求以及道德人格的完善等“合内外，通上下”
的精神，没有得到整个社会的普遍认同，甚至没有形成发挥这种精神的自觉意识，备受重视的是儒家的礼学，先秦的孟学传统则抑隐而未彰。也许正是由于此，这一时期尽管名儒辈出，但终究没有能出现一个有重大理论成就、超越先儒的儒学大家，这是我们不能回避的事实。