僧肇的著作被集为《肇论》一书，其中的《不真空论》集中阐发了他关于有无、本末、空色关系的理解。文中首先对“六家七宗”中的“心无”、“即色”、“本无”诸宗的得与失作了评论，说：“心无者，无心于万物，万物未尝无。此得在于神静，失在于物虚。”指出“心无宗”其“得在于神静”，即优点在于能从主观方面排除外物对心的干扰，使心保持安静；但其“失在于物虚”，即不足在于没有看到“物虚”，也就是“不知物性是空”（元康《肇论疏》），没有否认外界事物的存在。
认为“即色宗”，“此直语色不自色，未领色之非色也”。即其优点在于看到了“色不自色”，即万物没有“自性”，但其不足则在于“未领色之非色”，即没有认识到物质现象本身就是不真实的“空”。僧肇在评论“本无宗”时指出，“本无者，情尚于无多，触言以宾无”，认为本无宗过分执著于“无”，有意抬高“无”的地位，甚至把“无”看成一种实体，这就把“无”看成真的“无”了，违背了人们的常见，没有看到事物是作为“假有”的存在。
在对“六家七宗”作了总结性评论的基础上，僧肇充分阐发了他对般若“性空”思想的理解。他认为般若空观的基本思想是“即万物之自虚”，就是说，万物是存在的，但只是作为“假有”存在着，万物并没有自性，所以是不真实的，故“空”。僧肇不认为万物之先有一个“虚无”的阶段，也不在万物之外设置一个虚无的本体，而是在肯定万物“假有”的基础上，指出其本性是不真实的。那么，万物本性既是“不真”的“空”，为什么会作为“假有”存在呢？对此，僧肇引《中观》的话说：“物从因缘故不有，缘起故不无。”在他看来，万物都是因缘和合而成的，所以本无“自性”；但是既已因因缘和合而生起，所以其又作为“假有”而存在，故“不无”。也就是说，万物只是作为“假有”存在的，所以是不真实的，“譬如幻化人，非无幻化人，幻化人非真人也”。僧肇认为，“即万物之自虚”，所以既不能“执有”，也不能“执无”，“谓物有耶，则常见为得；以物非无，故邪见为惑。”即认物为“无”，就会否认“假有”而违背常见；认物为“有”，又会过分肯定人们的常见。于是，僧肇采取了相对主义的“中观”方法。他说：“欲言其有，有非真生；欲言其无，事象既形。形象不即无，非真非实有。然则不真空义显于兹矣。”这是说，“有”是有其事象，“无”是无其自性，因此，“假象”之象非无，但其自性为空，这就叫做“不真空”。僧肇采用了非有非无、亦有亦无、有无双谴、不落两边的“中观”方法加以论证，从而比较准确地把握了般若空宗的“性空”理论。
四、慧远的“法性论”和“神不灭论”
慧远的神不灭论与他的法性论、因果报应论密切联系着。慧远最重要的著作是《法性论》，其中提出“法性”说。他觉得中国人常把佛教的基本精神理解为追求“长生”，是不符合印度佛教所说的超脱生死，最终达到涅槃境界本旨的，遂以“至极”不变的涅槃为根本的体性和最后的目的，说“至极以不变为性，得性以体极为宗”。这种理解更合乎小乘教的原意。在慧远看来，“法性”是万法之外支配万法的永恒不变的本体，同时也是佛教追求的最高境界，“法性”是实有的。
既以“法性”为实有，所以他认为人的精神不死，形尽神不灭。可以说，法性论是其神不灭论的思想基础，而神不灭论的重要表现形式就是所谓因果报应论。
慧远在他的《沙门不敬王者论·形尽神不灭》、《三报论》、《明报应论》等文中，对因果报应作了多方面的论证。他根据《阿毗昙心经》关于“若业现法报，次受于生报，后报亦复然”的说法，提出人有三业，业有三报，报有三世的《三报论》。他说：
经说业有三报：一曰现报，二曰生报，三曰后报。现报者，善恶始于此身，即此身受。生报者，来生便受。后报者，或经二生三生、百生千生，然后乃受。（《弘明集》卷五）
“现报”指现身作业，现身受报；“生报”指下世受报；“后报”指“经二生三生、百生千生然后乃受”，即在不断轮回的转生中受报。慧远认为，轮回转生是人的最大痛苦，只有努力修行，使精神超出轮回，才能求得解脱。这就是慧远的因果报应论。因果报应论既然承认轮回转生，实际上也就承认有一个连续性的精神实体或灵魂的存在，所以，他所说的报应的承担者就是所谓的“神”（精神、灵魂或精灵）。可见，“神不灭”是因果报应论的基础和前提，因果报应论则是“神不灭”
的一种表现形式。为了宣传因果报应论，慧远对“神不灭”思想作了充分的发挥和论证。
首先，慧远对“神”作了界定。他说：“夫神者何邪？精极而为灵者也。精极则非卦象之所图，故圣人以妙物而为言，虽有上智，犹不能定其体状，穷其幽致。”（《沙门不敬王者论》）慧远认为“神”是如“精灵”之类的东西，它没有具体形象，即使圣人也难以穷尽它的奥妙；但是它虽然无形无象，却能“感物而动”，运变无穷，并且还是情欲的根子、生命流转的根源，所以慧远又说：“化以情感，神以化传；情为化之母，神为情之根。”（《沙门不敬王者论》）总之，“神”不同于物，而具有神妙万物的作用。显然，这种“神”既有“精神”的含义，也同于那种所谓“灵魂”的虚构。
其次，慧远认为“形尽神不灭”。慧远认为“神”不同于物，可以独立于形体之外，所以它可以从一个形体转移到另一个形体上，所谓“神有冥移之功”，它是“物化而不灭”、“数尽而不穷”的永恒存在，故“形尽而神不灭，谓识神驰骛，随行东西也”（《沙门不敬王者论》）。为了说明“形尽神不灭”，慧远又利用了汉代桓谭的“薪火之喻”。桓谭为了论证精神依赖于形体，形体死而精神灭，遂以薪火为喻，说：“精神居形体，犹火之然（燃）烛矣，……烛无，火亦不能独行于虚空。”
（《新论·形神》）桓谭强调形尽神灭，是一种无神论的形神观。但是桓谭没有正确说明精神的本质，而实际上把“神”也看成是一种物质，导致了形神二元论，为“神不灭”留下了后路。这一弱点即被慧远利用来论证“神不灭”，慧远说：“火之传于薪，犹神之传于形。火之传异薪，犹神之传异形。”（《沙门不敬王者论》）
从慧远对“形尽神不灭”的论证可以看出他对形神关系的基本看法是：在人的形体之外有一个独立的精神实体“神”（灵魂、精灵），它可以不依赖形体而存在；“神”具有至妙的作用，人的生命体主要取决于“神”而不是形；形体化尽，“神”则转移，它永不息灭，永恒存在。不过，值得注意的是，慧远在论证“神不灭”时所阐发的形神观却不自觉地触及到了先秦的精气说和汉代以元气论为基础的形神观本身尚未发现和克服的一个缺陷，这就是“精粗—气”的思想，即把形体看成是“粗气”，而把精神也看成是一种“气”，一种更为精细的“精气”。这种“精粗一气”的观点不可能正确说明精神的本质。对此，慧远则认为神是“精灵”，它具有神妙的作用；“神”“感物而非物”，决不同于“形”。他说：“不思神道有妙物之灵，而谓精粗同尽，不亦悲乎！”（《沙门不敬王者论》）可见，慧远看到了精神的非物质性，反对把精神等同于气，这在理论的某些方面已超出了元气论。
然而慧远的不足之处，则在于他没有看到精神对形体的依赖关系，反而把精神也说成是独立存在的实体。
五、竺道生与涅槃学
在晋代，佛学流行的是般若性空说，强调“诸法本无自性”，其重点在于论证物质世界的虚幻不实。晋宋之际，佛学思想发生了一些变化，即由强调“空无”
的般若学转向以论证“妙有”为主的涅槃说，重在强调“天国”世界的真实。促成这种方向性转变的一个重要人物，就是晋宋之际的竺道生。竺道生倡涅槃佛性说和顿悟成佛说，此后，这种学说在南朝几乎代替了般若学而成为佛学的主流。如果说般若学还主要在于消化和吸收印度佛教，而涅槃学则更多地与中国传统文化结合起来，进行新的创造。可以说，从竺道生起，佛教深化了中国化的发展历程。
竺道生的创造主要表现在两方面：
第一，涅槃佛性说。
佛性，是与实相、法性、真如等意义相近的概念，都是指现象的本质、本体，亦指众生觉悟之因。不过，由于诸部佛经的具体研究对象和理解上的差异，“佛性”在不同经典中也有不同的用法和含义，如《般若经》所说的“佛性”即“实相”，指的是事物真实不虚的相状；而《涅槃经》卷二《序品》云：“众生悉有佛性。”所说的“佛性”，则是指佛的不变的本性以及众生成佛之因等等。中国佛教中较早讲到佛性问题的是慧远，他写了《法性论》，专门讨论了佛性问题，提出“至极以不变为性，得性以体极为宗”。“至极”，即涅槃境界，认为涅槃常住，永恒不变，这就是“法性”，它是宇宙万物真实的本体，同时对众生来说，能体证“至极”，就达到了最高的境界，即佛的境界。这是慧远法性论的核心思想。在这里，“法性”与“涅槃”是二而一的，体认“法性”就进入“涅槃”境界。不过，慧远在佛性问题上存在着诸多的矛盾，例如他有时说“法性”是“法真性”，有时说“法性”是“无性之性”；其“体极”之说也与他的因果报应说不一致。这说明慧远还处在中国人对佛性理解的初期阶段。
真正开启具有中国特色的佛性说的是竺道生。其佛性说旨在讨论人人是否具有佛性，特别是“一阐提”（即善根断尽的人）有无佛性、能否成佛的问题。晋安帝义熙十二年（416），法显从印度回到建康，带回《大涅槃经》二万五千颂中的初分四千颂，两年后译出，仅六卷。其中卷三说：“如一阐提懈怠懒惰，尸卧终日，言当成佛。若成佛者，无有是处。”意思是说，“一阐提”“无有是处”，不可能成佛。而卷四亦说：“一切众生皆有佛性，在于身中无量烦恼悉除灭已，佛便明显，除一阐提。”即除了“一阐提”，一切众生都有佛性。卷六也说：“彼一阐提于如来性，所以永绝。”总之，承认一切众生都有佛性，皆可成佛，但唯“一阐提”没有佛性，不能成佛。竺道生在《大涅槃经》译出以前，对六卷本的这一说法表示怀疑。他认为六卷本经文中既承认一切众生皆有佛性，却又把“一阐提”排除在外，其间存在着矛盾。于是他依义不依经，大胆断言《涅槃经》“度所未尽”，并将《维摩诘经·入不二法门品第九》中所说的“佛即是法，法即是众”解释为：“以体法为佛，不可离法有佛也。若不离法有佛是法也，然则佛亦法矣。”认为从“体法为佛”、“体法为众”看，佛是以法为身的，众也是以法为身的，这样就可肯定众生都有佛性。也就是说，佛与众生虽然差别迥异，但其本体只有一个，这就是佛性。所以竺道生在《妙法莲华经疏》中肯定地说：“万法虽异，一如是同。”“一切众生莫不是佛，亦皆泥洹。”既然一切众生都有佛性，都可成佛（“泥洹”），而众生都是有生命的有情之属，“一阐提”也属含生、有情的众生，那么“一阐提”也能成佛，就是理所当然的了，所以竺道生说：
夫禀质二仪皆有涅槃正因，阐提含生之类，何得独无佛性？盖是经（按：指六卷本《涅槃经》）度未尽耳。乃唱阐提之人皆得成佛。（志磐《佛祖统纪》卷二六）
在当时《大般涅槃经》尚未译出的情况下，道生提出两个观点：一是“一切众生悉有佛性”；二是“一阐提亦可成佛”。这是竺道生佛性说的核心。这与中国传统儒家的人性善、“人皆可以为尧舜”的思想相通，是佛教与中国传统文化相结合的产物。但是在当时他提出来，则难以为大家所接受，曾引起广泛争论和激烈反对。直到后来四十卷本《涅槃经》的译出，里边明确讲到“一阐提”也有佛性，亦可成佛，京师各界才称赞道生“孤明先发”，道生亦因此而获得“涅槃圣”的美誉。
道生的这一思想对后来的禅宗发生了深刻的影响。
第二，顿悟成佛说。
佛教是以追求精神解脱为目的的，所以除了要解决众生有无佛性、能否成佛等问题外，还要解决如何成佛亦即成佛途径的问题。关于这一点，在中国佛教史上，有“渐悟”和“顿悟”之别。在道生之前，道安、支道林已经提到顿悟成佛的问题。《世说新语·文学》说：“《支法师传》曰：法师研十地，则知顿悟于七住。”
“十地”就是讲的成佛过程中的十个阶位，而“七住”是“十住”中的一个特殊阶位。按“三乘十地”说，“七住”已获得“无生忍法”，掌握了佛教无生灭的理论，达到小乘修行的最高阶位；按“大乘菩萨十地”说，“七住”已进入菩萨位，断除了三界烦恼，获得了性空假有、有无双遣的般若智慧。这样，“七住”中获得的就是其他阶位所没有的最高认识，故支道林主张“顿悟于七住”。其实这种“顿悟”是不废“渐修”的。所以支道林《大小品对比要钞序》说：“神悟迟速，莫不缘分。分（门音）则功重，言积而后悟。”这种“顿悟不废渐修”的主张，被佛教史家称为“小顿悟”。
竺道生的“顿悟说”，被称为“大顿悟”。他阐发“顿悟说”的《顿悟成佛义》，全文已佚，从其残存的其他著述和慧达的评介中可以窥其梗概。竺道生在《大涅槃经集解·序题经》中说：
夫真理自然，悟亦冥符，真则无差，悟岂容易？不易之体，为湛然常照，但从迷乖之，事未在我耳。苟能涉求，便返迷归极，归极得本。
慧达《肇论疏》说：
竺道生法师大顿悟云，夫称顿者，明理不可分，悟语极照。以不二之悟，符不分之理，理智恚释，谓之顿悟。……见解名悟，闻解名信。信解非真，悟发信谢。理数自然，如果熟自零。悟不自生，必借信渐。用信伪（疑为“伏”字）惑，悟以断结。
可见，道生的“大顿悟”其特点在于：一是坚持“理不可分”，理悟契合。即认为“真则无差”，理是完整无缺的；“悟岂容易”，即“悟”是不易分割的过程，只能顿悟，一次到位，如果悟分“阶位”，那悟的就不是理。所以在竺道生看来，在十住以内绝无悟性的可能，必须到十住以后，有一种“金刚后心”，方可“豁然大悟”。
可见，道生认为证悟真理的智慧也不能有差异、有步骤，以这种无差异的最高智慧与佛性直接契合，就是顿悟。二是强调悟不由他，悟者自悟。如果“悟不自生”，只据“闻解”（即“信解”，亦称“信解脱”，从听闻中求解脱），那就不能断惑，只有“见解”（即“见解脱”，自己解脱自己），才能“悟以断结”。若能“返迷归极，归极得本”，就可以实现对本有佛性的体认。这种“顿悟”，显然是一种神秘主义的直觉。竺道生的佛性说和顿悟说后来被唐代的禅宗所继承和发挥，对中国佛教哲学产生了深远的影响。
从上述情况大致可以看出，佛教从初传到东晋南北朝时期，经过了依附道术、玄学到独立发展和逐步中国化的过程。东晋南北朝是佛教发展的重要时期，竺道生的佛性说和顿悟说是佛教走向中国化的重要转折。
六、“神灭”与“神不灭”之争及形神之辩
慧远的神不灭论在东晋南北朝时期发生了深远的影响，佛教徒往往借神不灭论宣传其宗教观念，而一些无神论的思想家亦在旗帜鲜明地反对神不灭论，宣传神灭论，于是出现了僧俗佛儒之间有关神灭与神不灭的论争。这一论争到南朝达到了高潮。
在南朝，首先起来批判佛教神不灭论的，是宋时天文学家何承天（370~