“创业投资基金的基金”的产权制度安排、所有权结构安排和治理机制不同于一般企业组织，具有其独特的制度特征。创业投资资本对于创新经济的促进作用，在某种意义上取决和依赖于创投基金组织形式、治理结构等产权安排的效率高低。根据制度经济学的观点，任何一种制度安排，都需要解决信息不对称和激励约束这两个基本的问题。“创业投资基金的基金”采取什么样的组织形式和治理结构，在很大程度上影响着“创业投资基金的基金”的代理成本及最终投资收益。设计合理的基金组织形式和治理结构，可以有效地降低代理成本和道德风险。
5.2.1 “创业投资基金的基金”组织形式的种类及其特征
虽然在创业投资的名称、组织形式及相应的所有权结构、治理结构等制度安排方面因为各国的法律、文化、市场环境等国情各不相同，从而形成各具特色的创业投资基金组织形式，但归纳起来基本可分为三大类型：公司制、有限合伙制和信托制。“创业投资基金的基金”作为创业投资基金的一种，其组织形式也同样可采取公司制、有限合伙制或信托制。
公司制“创业投资基金的基金”是指由两个以上的不确定或者确定多数的单个投资者，按照集合投资制度规则，共同投资组成的具有独立主体资格的公司法人形式的企业组织，具体包括有限责任公司和股份有限公司两种基本的组织形式。在这种组织形式中，公司股东以其对公司的投资金额为限对公司承担有限责任，而公司则以其全部资产对其债务承担有限责任。在公司制模式中，基金公司既可自设管理团队，负责“基金的基金”的具体投资运作；也可不设管理团队，而仅设董事会负责重大决策，具体的投资决策和管理则委托独立的资产管理机构管理。该模式的优点是：模式清晰易懂；为迄今为止市场上最常见的基金形式；《公司法》立法早，公司形式最易为各种参与主体接受。虽然“基金的基金”在注册时需要办理验资手续，在分配时如果要将本金也分配给投资人还需要作减资处理，但以公司形式设立时，一旦设立，投资者的后续资金较有保障。而且，以公司形式设立，“基金的基金”还可永久存续，从而减少投资者环节的资金闲置。缺点是：基金公司是独立纳税主体，因而有所得税纳税义务，虽然在目前的中国税制条件下，如果投资者是纳税主体，则并不存在双重纳税，但不利于吸收社保基金等非纳税主体参与投资。
有限合伙制“创业投资基金的基金”是指按照有限合伙组织原则设立的“创业投资基金的基金”。在有限合伙制模式中，资产管理机构（或团队）设立投资顾问有限公司，从事直接投资的资产管理业务，其中投资顾问公司以普通合伙人身份发起设立有限合伙“基金的基金”，承担无限责任，基金的其他普通投资人担任有限合伙人，承担有限责任。有法律界人士表示，该模式的优点是合伙制企业按照相关法律无该企业层次的所得税纳税义务；该模式的缺点首先是国内《合伙企业法》刚颁布实施，企业注册时候经常遇到有关管理部门的审查障碍；其次是合伙人的诚信问题无法得以保障。中国目前并没有建立自然人的破产制度，逃废债务的情况非常普遍，所谓的承担无限责任，在实践中根本无从落实。因此，一般合伙人侵害投资者利益的问题难以解决。再次，在我国合伙企业无法享受类似美国一样的避税待遇。为明确合伙企业税收问题，2008年12月财政部、国家税务总局颁布《关于合伙企业合伙人所得税问题的通知》（财税[2008]159号），明确了我国合伙企业所有的自然人合伙人（无论其是GP，还是LP），都必须按“工商经营所得缴税”；同时，为防止法人及其他组织通过合伙企业避税，规定合伙企业有收益时必须在投资者环节缴纳企业所得税；而所出现的亏损却不得用于抵扣投资主体的税基；此外，为了避免通过关联合伙人避税，规定“合伙企业不得约定将收益分配给部分合伙人”。虽然，由于合伙企业毕竟具有“税收透明体”地位，社保基金等免税主体借助于合伙形式可以完全避税，因此，有限合伙形式对社保基金、大学基金会等机构投资者具有重要意义，但对商业银行、保险公司、实业企业等纳税主体而言，合伙型“基金的基金”的总税负反而可能更高。因为，“基金的基金”从子基金所得的收益主要地是股息红利所得，对这种收益，如果是采取公司形式的话，既无需在“基金的基金”环节缴税，还无需在投资者环节缴税。但如果采取合伙形式的话，“母基金”从子基金所取得的股息、红利所得，根据《合伙企业法》有关规定，“合伙企业的经营所得及其他所得”都需作为“应纳税所得”，在投资者环节缴税。
信托制“创业投资基金的基金”是指按照信托原则设立的“创业投资基金的基金”，在多数情况下是以一种“集体财产形态”按照专门约定的信托契约成立和存在，往往不具有独立的公司或者企业法人资格。在信托制模式中，是由信托公司集合多个信托投资客户的资金而形成的基金（信托计划），直接或者委托其他机构进行创业投资。该模式的优点是：首先，通过信托渠道筹集资金可以有效地放大创业投资业务资金额度，有利于迅速集中创业投资业务投资所需要的大量资金。信托公司作为营业性的信托机构，其存在的根本价值，在于能够将广泛的社会资金，通过特定的规则（信托制度）和载体（具体信托业务形态）转化为社会发展和经济建设所需的投资资本。其次，在目前的制度架构之下，信托产品是一种标准的金融产品，不但信托财产的保管职能由银行专司，而且信托公司的受托管理活动也必须严格依照法律和法规的规定，并且在银监会的监督管理之下。这个特点与合伙制模式的缺点恰恰形成鲜明对照。再次，新的信托公司管理办法和资金信托管理办法对信托公司的业务进行了重新定位，“创业投资基金的基金”投资信托是一种符合新的信托公司管理办法的非债权融资信托，既符合信托行业的功能定位，又能体现出信托制度优势，发挥信托公司运作领域广泛、手段灵活的业务特点，必然成为信托公司重点拓展的业务领域。缺点是信托资金往往是一次性募集，但是创业投资业务运作时需要根据每个具体项目投资进行资金的分阶段投入，信托募集资金可能出现暂时闲置现象。信托基金本身没有法人地位，会出现出资人缺位问题。
5.2.2 信托制度对“基金的基金”的不适用性
信托制度作为基于信任而委托他人管理财产的行为方式，虽然具有“信托财产独立、法律关系明确”等优点，但“基金的基金”极少采用信托制度。台湾行政院开发基金第三、四期采用信托制委托给中国国际商业银行，但其决策权仍在行政院开发基金，不是纯粹意义上的信托制。天津滨海产业投资基金由于设立时新的合伙企业法没有出台，采用信托制形式设立，但在实际运作中，由于信托公司主体与信托资金之间的资信能力差距，导致实际操作层面出现较大的困难。信托机制运用到“创业投资基金的基金”领域，存在较大的不适用性。
1.信托形式无法保证基金组织的稳定性。信托形式主要是通过私人关系（尤其在私募情况下）和事前契约（尤其在公募情况下）来维持基金组织的稳定。由于“创业投资基金的基金”的投资人很难通过向管理人申请赎回或转让基金份额的方式退出基金，只有依靠管理团队的相对稳定。而凭私人关系和信托契约的事前约定来维系基金组织的稳定性，显然是不充分的。
2.信托制不能有效地解决“委托代理”风险。由于“基金的基金”所投资的创业投资子基金，一般为未上市企业，既不具有公开信息，也不具有流动性，因此市场本身对“基金的基金”的约束相对较弱。“基金的基金”如果采用信托制的话，一旦集所有权与管理权与一身的基金管理人发生道德败坏行为，投资者就会陷入被动。即使设立基金托管人，由于信息的不公开性，基金托管人很难对基金进行有效的评估，无法对基金的投资行为进行有效的监督。
3.信托制可能提高基金投资决策的失误率。信托制的优势在于其投资决策的高效率，由于权利相对集中，可以确保信托公司有较高的决策效率。但创业投资的成功在于，对投资项目的精心考察、多方评估和谨慎决策。所以，信托制度在决策上优势对于创业投资来说不再成为优势。
5.2.3 有限合伙制度对“基金的基金”的优势与不足
合伙制度有普通合伙、有限合伙以及在这两种合伙基础上派生出来的其他类型。在创业投资基金发展史上，世界各国几乎都不采用普通合伙这种企业组织形式，这是因为：普通合伙企业组织稳定性差；合伙人需要承担无限责任；当合伙人数增加时，较难达成有效的合伙协议，不利于组织大规模的创业投资基金。
但随着有限合伙的出现，有限合伙对普通合伙进行了有效的制度改进，它借鉴了许多公司制度的优点，逐渐成为境外创业投资基金常用的创业投资基金组织形式之一。有限合伙企业由普通合伙人与有限合伙人组成，普通合伙人负责管理合伙企业，承担无限责任，有限合伙人不参与合伙企业的管理，对合伙企业债务只承担有限责任。一个合伙企业可以由几个普通合伙人与多个有限合伙人组成，因此可以组成较大规模的创业投资基金。同时，有限合伙企业在设立程序上相对公司制企业来说很容易得多。因此，对于既需要专业管理技能，又需要一定规模的“创业投资基金的基金”来说，是一种较好的企业组织形式。
但是，虽然有限合伙引进了一些公司制度的优点，但对于大型的“创业投资基金的基金”来说，有限合伙仍然存在许多不足：
1.有限合伙制基金组织稳定性仍远远低于公司制基金。有限合伙在法律上仍然被视为由全体合伙人所组成的“人的聚合”，以及全体合伙人之间的一种协议关系，其稳定性依然较差。有限合伙对于小型加工与服务类企业和普通基金来说，并不构成局限，但对于“基金的基金”来说，局限性是非常明显的。“基金的基金”从事的是具有高度不确定性的资本经营，其投资对象为创业投资企业，而创业投资企业主要投资于在未来具有高度成长性的创新型企业，“基金的基金”通常投资多个创业投资子基金，再通过子基金间接投资的创业企业可能上百家。仅通过“合伙协议”来调整基金运作中的诸多不确定因素，显然是比较难的。
2.承担连带责任并不能够有效地控制“创业投资基金的基金”投资风险。“基金的基金”投资对象为创业投资企业，而创业投资企业一般能够较好地控制负债水平30.，不会出现承担连带责任的问题。有限合伙制“基金的基金”的普通合伙人，可能为了避免承担无限连带责任，会选择不投资于需要承担无限连带责任的企业（即限制所投资子基金债权融资行为）。实际上，有限合伙企业往往通过协议约定限制合伙企业的对外负债，这样有限合伙企业就不再存在承担连带责任的问题，有限合伙的优势不再。
3.有限合伙并不是有效解决“委托代理”风险问题的最好形式。有限合伙主要是靠合伙人之间的私人关系选择普通合伙人，并依靠私人关系对普通合伙人进行约束。但“基金的基金”显然不能够较好地利用私人关系来解决代理风险问题。“基金的基金”的资金一般来源于机构投资者，“基金的基金”对外投资子基金时，合伙人一方为“基金的基金”，另一方为创业投资管理机构，二者之间一般事先并不存在较好的了解，“基金的基金”在选择子基金管理人时的依据只能是管理人以往的业绩和声誉。有限合伙的业绩报酬机制与其风险防范没有任何相关性，普通合伙人如果不注重其声誉的情况下，他完全有可能通过把包括本金在内的实现收益的更多部分，通过种种途径转为已有。
4.有限合伙制度成本较高。有限合伙虽然只涉及签定合伙协议成本和管理成本。但我国创业投资有限合伙刚刚起步，有限合伙操作过程中许多问题都不能较好地把握，不像公司制已经发展得相对成熟，有较好的借鉴模板和成熟的法律体系。有限合伙运作过程中一系列问题都需要通过合伙协议加以约定。因此，有限合伙协议往往比公司章程要复杂得多。在我国创业投资市场尚未成熟，不能够较好地通过声誉机制有效地约束基金经理，投资人从根本上较难达成有限合伙协议。这样，有限合伙的签约成本就可能变得无穷大。
5.2.4 公司制“基金的基金”的制度优势与制度成本
公司制度是在其他企业组织形式的基础上发展起来的，集中了其他组织制度的许多优势。公司制度能够较好地兼顾“创业投资基金的基金”的组织稳定性、“委托-代理”风险防范、责任承担和投资运作效率。
1.公司制组织稳定。公司作为独立法人主体，既可以象自然人一样作为社会的基本细胞参与经济活动，独立地行使经济责任，又能够独立地履行经济义务、承担经济责任。公司财产作为独立于股东的法人财产不会因为某个股东的退出而受到任何影响（公司股东一旦出资，就只能通过转让给其他投资者，而不能要求公司赎回），所以公司从根本上克服了合伙企业缺乏稳定性的不足。因此公司具有永久存续的基础，也可以根据投资者要求事先设定好固定的存续期。
2.全体出资人都只需以出资额承担有限责任。公司实行全面的有限责任，公司股东以其出资额对公司负债承担有限责任。公司股东不但享受法律保护的有限责任，而且可以通过股东会议参与公司的重大决策。因此，公司制度能够最大限度地调动广大投资者的积极性。
3.通过法人治理机制及相关制度约束较好地防范“委托-代理”风险。公司不仅可以通过比较完善的法人治理机制和与之相适应的制度约束来防范经理人员的“内部人控制”，而且可以更灵活多样地对经理人实行业绩激励。当然，公司制可能带来另一种“委托-代理”风险，即“大股东控制”所形成的“委托-代理”风险。但可以通过实行独立董事制度，由占董事会较大多数的独立董事来防范大股东控制公司的运作。
4.投资决策效率高。由于公司内部的权利、义务与责任能够得到准确划分，从而为体现法治精神的专家管理奠定了制度基础，因而有利于提高投资决策效率。在公司型“基金的基金”中，通常必须有名总经理对公司管理团队总体负责，这样就可以彻底避免典型的有限合伙人“在权利与责任上的相对性”。在管理团队的内部结构设计上，也能够根据创业投资的特点设计了较为适当的模式。当然，公司制度的最大问题是多重制度设计（如股东会、董事会、监事会、管理团队）可能给公司运作带来较大的制度成本。此外，公司还可能需要承担双重征税的问题。目前组成公司的股东如果是纳税主体的话，根据我国税收制度，就不存在双重征税问题（因为基金分配给投资者的所得，已被视为税后所得，无需再缴税），但是，如果是个人投资到“基金的基金”，在“基金的基金”将收益分配给个人时，个人还需缴纳20%的投资收益税。