由于父亲去世后生计困难，班固只好从京城迁回扶风安陵老家居住。从京城官宦之家一下子降到乡里平民的地位，这对上进心很强的班固是一沉重打击。但他毫不气馁，立志继承父亲未竞之业的决心并没有改变。班固认为，父亲已经撰成《史记后传》的部分，内容还不够详备，布局也尚待改进；没有撰成的部分，需要重新续写。于是他在父亲已成《史记后传》的基础上，利用家藏的丰富图书，正式开始了撰写《汉书》的生涯。
永平五年（62年），正当班固全力以赴地撰写《汉书》的时候，有人告发班固“私修国史”，于是，班固被捕关进了京兆监狱，书稿也被官府查抄。当时，不仅“私修国史”是被严格禁止的，甚至“国史”一般也不能为个人所拥有。汉元帝时东平王刘宇上书求赐《太史公书》被拒绝之事，即可证明。
班固虽是外戚后代、儒学世家子弟，但他本身却连个官阶很低的郎官都不是，却如此大胆，敢于私修国史，岂不是触犯了朝廷大禁！前不久，扶风郡有一个叫苏朗的人被人告发伪造图谶，被捕入狱后，很快就被处死。面对这种形势，班家老小十分紧张，害怕班固凶多吉少。班固的弟弟班超为了营救哥哥，立即骑上快马从扶风安陵老家急驰京城洛阳，他要向汉明帝上书申诉，为哥哥雪除冤枉。
班固被告“私修国史”，身陷囹圄，不知将被如何处置，更为老母和家人的安全担心。但他明白自己根本没有什么罪。他立志著史，不仅是为了继承父亲的遗志，而且也是要远接从司马迁、刘向、扬雄以来修史的传统，更是为了宣扬“汉德”。西汉一代210余年，有过赫赫功业，也有过许多弊政，其中治乱兴衰，使人慨叹，给人启发，写出一部“汉史”，正是当今学者的责任。何况王莽灭亡至今已40年了，再不及时撰成史书，后人所能获得的史料岂不更少！所以他才拿起笔来，立志完成父亲未竞之业。不料遭人诬告，如果此番不明不白地被处死，那么父子两代人的心血岂不尽付东流！为此，班固忧愤交加，心痛欲裂。
班超策马穿华阴、过潼关，赶到洛阳上书为班固申冤，引起汉明帝对这一案件的重视，特旨召见班超核实情况。班超将父兄两代人几十年修史的辛劳以及宣扬“汉德”的意向全部告诉了汉明帝。这时，扶风郡守也把在班固家中查抄的书稿送至京师。明帝读了书稿，对班固的才华感到惊异，称赞他所写的书稿确是一部奇作，下令立即释放，并加以劝慰。明帝赞赏班固的志向，器重他的才能，立即召他到京都皇家校书部供职，拜为“兰台令史”。