伊犁，我国著名的边城，西陲的重镇。天山南北路，包括巴尔喀什湖以东以南和帕米尔高原的广大地区，由驻节此地的伊犁将军所统辖。西陲边界的另一侧，便是自清初以来对中国领土虎视眈眈的沙皇俄国，还有浩罕等中亚的封建汗国。对于清代的戍边而言，这里具有相当重要的战略地位。雄踞天山东麓一带的戈壁沙漠，广阔无垠，沙飞似浪，“瀚海苍茫一望迷”。可是到了这里，却是另一派风光：地势平坦，婉如白莽中原；霜封树条，好似满目瑶林。
林则徐到达惠远城的当天，邓廷桢、庆辰等人赶到前路迎接，陪同进城。他首先向伊犁将军布彦泰、参赞大臣庆昌报到，然后来到坐落在南街鼓楼前的东边第二条巷——宽巷，把行李安顿在该巷内的一座房屋。这房子便是邓廷桢通过庆辰帮助觅定的寓所，房东固山达（伊舒亭）答应借给，已经代为裱糊，并略备桌椅数件。这是一所当地群众的普通民房，屋里的炕占去了大半面积，林则徐是南方人，对这种居所并不习惯，但他没有计较。略为收拾停当，但出门拜会官员。
伊犁将军布彦泰和参赞大臣庆昌，对林则徐颇为尊重，第二天就送来了米、面、羊肉、猪肉、鸡、鸭等食物，林则徐对他们的印象很好，他称布彦泰“人材儒雅，公事亦甚明练”，庆昌“其人一味老实”。
布彦泰派给林则徐的差使，是掌管粮饷处。粮饷处是专管钱粮分发和年终造册报销的机构。林则徐决心为戍边事业多做一些好事，但是，由于长途跋涉，又不适应当地气候，他的身体十分虚弱，经常感冒咳嗽，还常流鼻血。
布彦泰关照他，让他安心调养。他自己却深感内疚。
为了适应长期养成的生活习惯，林则徐征得房东的同意，拆炕改造了住屋。到戍之前，本来议定要交房租，这时房东却表示坚决不收，这使林则徐十分过意不去，每逢过节，他都要给房东送点礼物。为了减轻疾病带来的精神负担，林则徐还经常和流放在这里的老友邓廷桢、前东河河道总督文冲以及当地的官员，或赋诗论事，或观看弈棋，以娱心目。林则徐早年善弈，但在革职以后，他才有较多的时间弈棋或观棋。他的棋术高明，在伊犁偶尔下了几次，竟遇不到强手。
养病期间，林则徐密切关注国事。他经常向布彦泰借阅邸抄，和关内的故友、家人保持通信联系，并在书信中畅述自己对时局的看法。
在伊犁，他也不忘了解广东的战事，得知奕山、奕经、文蔚、牛鉴、余步云等人都被问罪。当然，他们是罪有应得，但林则徐在某种意义上也同情他们。在林则徐看来，国事的危难实际上是道光帝自己翻来覆去一手造成的，把疆臣大吏当作替罪羊，于大局是无补的。忽战忽和，忽和忽战，旨意不可捉摸，臣工们祸福莫测，又有谁能够真心实意挑起挽救时局的责任？林则徐的这种同情，是从同是主持抗英战事的大臣、同样获谴的遭遇而发的。
林则徐首要关心的是朝廷和战的动向。他从亲友的来信中，清楚地了解到，腐朽不堪的朝中大僚们十分惧怕战争会损害到他们的生命财产，“夏秋江南告警，天津戒严，都中大老竟赴平谷县置屋，徙其妻孥，以其地距京都百五十里，四围皆山隘，足以避兵也”，“人人如此居心，而使夷艘至天津，则北京必不可问矣”。主和的空气弥漫朝廷，穆彰阿的气焰十分嚣张，江浙每次一吃败仗，他就对左右说：“怎么样，不出我的所料吧？”
1843年初，琦善重被起用，同年四月下旬，“赏三品顶戴，授热河都统”。从友人来信中，他明白琦善的东山再起，完全是穆彰阿暗中支持的结果。
当时朝中的一些正直大臣，未尝不为起用林则徐而力争。军机大臣、户部尚书祁寯藻，经常想施以援手，却无由启齿，因为他在内阁中位列第四，不好首倡一主张。
时任直隶总督的讷尔经额是主和派，曾经私下说：“总要等到琦善先翻身，林则徐才有希望，此时众人正在援助琦善，不能不先此而后彼也。”
林则徐获悉这些消息，内心的悲郁愤懑是可以想见的。
《南京条约》签订后，中国社会的发展进程开始了新的转折。清廷逐渐起复主和派，而不宽恕林、邓，力求避免刺激英国，维持“民夷相安”的苟且局面。林则徐把时局和宋代相类比，“每阅宋时岁币之输，窃为之废书三叹也”。从历史上的亡国之痛，联想到强敌深入、国土日蹙的现实，林则徐心情凄怆，夜不能寐。
主和派大行其道，林则徐对结束放逐生活的前景并不乐观，但边塞的天寒地冻，也禁不住他爱国情思的驰骋。他经常和放逐在这里的邓廷桢、文冲聚会谈心，偶尔也与将军、参赞、领队等官员讨论时事，提供咨询。伊犁将军布彦泰经过月余的交往，从内心里对林则徐心悦诚服，不仅在生活上给予照顾，而且进一步让林则徐参与军政要务的磋商。林则徐参予商讨的第一件具有重要意义的大事，就是力争保留伊犁镇总兵建制。
伊犁镇总兵设于1761年，“专理屯田和操防等事”。1778年时，有屯兵三千，携眷驻扎，以一千八百名种地，一千二百名当差，随时操演，是西北边防部署的重要一环。林则徐到伊犁之前，道光帝却准备将伊犁镇总兵的建制撤销，同时加强京津的守卫。
布彦泰请来林则徐和邓廷桢，共同商议这件事，共同草拟上奏的稿件。
后来，布彦泰在奏折中坚决恳求保留伊犁镇总兵，建议改撤西安镇总兵移置天津。他认为，近年来边疆地区的形势与从前迥不相同，如果裁官减弁，必然引起国内外的揣测，影响边境的安全。再说，该镇兵丁以耕种糊口，俱各安土重迁，势难骤予裁移，不敢迁就目前，致贻后患。这些观点都是他与林则徐、邓廷桢商拟的意见。
此折上后，道光帝改变了初衷，同意保留伊犁镇总兵的建制。
有一天，正是苏轼的诞辰，邓廷桢邀请将军、参赞、领队、总戎和林则徐、文冲来寓所集会，赋诗纪念。苏轼曾被贬谪海南，心襟旷达，且以“天其以我为箕子，要使此意留要荒”自励。“要荒”就是边远之地的意思。林则徐作七古一章，唱出：“谪居一生过也得，公语旷达诚吾师”，“要荒天遣作箕子，此意足壮羁臣羁”的激越诗句。
他想象：
公神肯来古伊丽，白鹿可驾青牛骑。
冰岭之冰雪山雪，如见堂堂出峨嵋。
长松尘洗鹤意远，真有番乐来龟兹。
请向望河楼头横笛吹，公在空中一笑掀髯髭！
林则徐对自己的所作所为并没有后悔，怀念的仍是自己无力报效的危难的祖国。