林则徐深知英国鸦片贩子们，决不会因此次反缴烟的失败而从此放弃贩运鸦片到中国来牟取暴利的。而这种以贩卖鸦片来害人获利的经济侵略，一旦受到中国政府的坚决反对和抵抗而不能再肆行无阻，甚至被彻底中断，他们终于会有一天凶相毕露，试图以武力进行反抗的；既然英国坚决不肯放弃以鸦片输入从中国获得暴利这一既得利益，武装侵略便会成为其经济侵略失败后的唯一选择。何况，他已经从多种渠道获悉，义律已在处心积虑地策动英国政府出动海军舰艇来华进行武力威胁。
所以，在大沙角督收外国趸船鸦片的日子里，林则徐特别留心视察了虎门的海岸防御形势。从住所的师船上瞭望，号称祖国南大门的虎门，的确是天然之险要。眼前，沙角和大角两山，隔岸斜峙，是出入珠江南海的第一道重要的门户。往内河望去，七里远处，又有一名叫横档的小岛屹立中央。这几个岛屿、礁石，宛如英姿雄耸的国门哨兵，又和左岸俗名亚娘鞋的南山，并列雄踞，组成第二道重要的门户。由横档再进五里，大虎、小虎两山，伏波中流，便是第三道重要门户……
林则徐还大量查阅海防资料，并多次向关天培做专门咨询，很快就了解到：虎门自1717年起设防，最初时仅有横档、南山两座炮台，各置大小铁炮12门。1800年，又添建沙角炮台，置大小铁炮12门。1810年，再建新涌炮台于亭涉山麓，置炮12门。1815年，又在横档炮台前加筑了月台，炮位也添置至40门；又在南山炮台西北新建镇远炮台，置炮40门。1818年，再建大虎炮台，置炮32门。1830年，又建大角炮台，置炮17门。1835年初，关天培到此担任广东水师提督以后，殚精竭虑，整顿海防，在南山炮台前又加筑月台，合称威远炮台，新置连同旧有的炮位40门。又在横档背面山麓建永安炮台，置炮40门，在对岸芦湾山脚，建筑坚固炮台，置炮20门。关天培亲自督铸六千斤和八千斤大炮各20门，使主要炮台的火力有所加强。1836年，他又督铸了三千斤大炮九位，分置于永安、巩固、蕉门炮台。林则徐奉命使粤之际，关天培和邓廷桢议妥并奏准添建靖远炮台和两道拦江木排铁链。此时，新建工程基本完竣，只剩下兵房、望楼、官厅、军装和火药两库，还在加紧施工……
在收缴趸船鸦片将及尾声的时候，林则徐移舟到南山、横档一带，在关天培的陪同下，流览登眺。他在横档江面察看了木排铁链，又从威远炮台下登岸，视察了威远炮台，观看三门五千斤铜铁大炮试演。在隆隆声中，炮弹远击对岸山根。接着，又巡视了刚刚竣工的靖远炮台，观看了从澳门购置的外国铜炮。他亲看宽六十三丈、高一丈四尺五寸、置炮60门的靖远炮台，台墙钉桩砌面，垛墙炮洞则用三合土夯打而成，台后用大石砌成九十丈长的半圆形围墙，十分结实坚固，深感满意。
然后，他来到江边，验视铁链安根处。这是山脚下人工穿凿的石槽，以八千斤废炮作“根”，横按槽底，炮身外加铁箍四道，上扣由四条扭合为一的铁链，牵引着八条合成一股的横江大铁链。铁链比碗口还粗，一个环子重达十八斤。第一道铁链，安于南山与饭箩排巨石之间，长三百九丈零，上系大木排三十六排；第二道铁链，安于南山与横档之间，长三百七十二丈，上系大木排四十四排。第一大排，由四小排联成，每一小排，由四根长四丈五尺的木头联成，穿有横木，并用铁箍箍紧。每道铁链两头是固定的，中间衔接处由大铁链接扣，可以开合，有事则横绝中流，无事则分披海岸，以通出入。林则徐对关天培考虑周详、布置得体，大加赞许，并嘱咐弁兵严加管理，勤加检查，一再强调：“若有寸铁脱扣，一木离箪，立刻即行修复，总使连成整片，百密不任一疏”……
从趸船上收缴来的烟箱，全部堆贮在虎门寨下水师提署和附近的民房庙宇。由于烟箱每个长约三尺，高宽半之，大房一间才能堆至四五百箱，房屋不足贮存，只好按贮存烟箱地点分成数片，每片房屋外加筑围墙，添盖高棚，贮放烟箱。为了防范偷窃等弊，林则徐内派文职正佐十一员，分棚看守，外派武职十员，带领弁兵一百名，昼夜巡逻，等待道光帝的传谕下达，再作处理。
北京方面，道光帝接到林则徐收缴趸船鸦片、请解京验明烧毁的奏报，于5月2日下旨允行。但是，突然于8日接到浙江道监察御史邓瀛的上奏，以广州距京遥远，车运不便，所借贷之民力，更难以计算，估计从广州至江西一段水路需雇民船百余号，水手一二千名；安徽以北的陆运，又需大车千余辆，民夫千余人，骡马五六千匹，不免赔累劳扰，而且容易偷换作弊，建议就地销毁。道光帝遂于9日改谕林则徐和邓廷桢：就地“督率文武员弁，公同查核，目击销毁，俾沿海居民及在粤夷人，共见共闻，咸知震慑。”
虎门方面，5月24日，林则徐奉到道光帝2日所发允准将收缴鸦片原箱解京的批谕后，第二天就立即与关天培等研究起运的办法，由于通过运河运送，已近雨季，恐江河泛滥而受阻，又恐途中安全问题不得保障，最后决定由海船解京……
5月30日，林则徐便又接到道光帝无庸解送来京的谕旨，遂又赶紧追回上一奏折，马上着手进行就地销毁的准备。
凡事预则立，不预则废。林则徐在等候道光帝决定处理鸦片的办法之前，就已经预料到，因将如此大量的鸦片集中运往北京，实在是太劳民伤财了，道光帝也许会因此而令就地销毁。所以，此间的林则徐，已经广咨博采，找到大量销毁鸦片的有效方法。
他对关天培说：原在任湖广总督期间，销毁收缴来的鸦片的方法，是将鸦片拌以桐油，点火焚烧，但是“焚过之后，必有余膏残沥渗入地中，积惯熬煎之人，竟能掘地取土，十得二三，是流毒仍难禁绝。”
关天培也认为，现在袭用旧法，显然是很不妥当的了。
经过访查，林则徐得知鸦片最忌二种东西，一是盐卤，一是石灰。凡是用烟土煎熬成膏者，若有谁把石灰或者盐水误投其中，所有烟土就会立即在石灰或盐水的作用下，立即变成一锅糟渣臭沫，再也没有任何办法能将这些糟渣重新收拢聚合成为烟膏。林则徐经过亲自试验，屡试屡得成功。于是他便决定首选这种用灰、盐煮化的方法销毁鸦片。然而新的问题马上就出现了：煮化虽比焚化科学，但不适合大规模销毁，因为依照此法，需设锅灶累百盈千，管理也不容易。如果每次少设、逐渐销毁，这二万多箱鸦片，没有几个月的时间，是根本不可能销毁完成的。
林则徐与关天培等反复酌商，又向一些有经验的人调查咨询，摸索出了挖池浸化的方法。这就是挖掘水池以代替铁锅，在水中撒盐成卤，然后将鸦片切片投下，泡浸半日，再把整块烧透的石灰抛下，搅拌浸化，然后将所化之毒水全部放流入海。
挖池浸化以销毁鸦片的方法，明显比以前的煮化法大大地前进了一步，它既符合科学道理，又便于大规模销毁。从这一侧面，我们再一次看到了林则徐克职尽责、勤政务实，又特别注重调查研究、集中群众智慧，时时事事必做有为清官的高尚人格。
挖池浸化销烟的办法确定以后，林则徐并不坐待道光帝的批谕，便立即着手设计挖掘两个长宽各十五丈余的方形大池以轮流浸化的方案，并下令立即在镇口村码头旁的海滩高地上紧急施工。5月13日，林则徐亲临镇口村码头旁的海滩上，查看销烟池工程进展情况果然不出林则徐预料，5月30日突然接到道光帝就地销毁的谕旨。而此时，挖池工程已近完竣。两个大池的池底，均铺上石板，池前设一涵洞，作排泄鸦片渣沫之用，后面通一水沟，以便车水入池。池岸四周的栅栏也钉树起来，供官员监视检查用的棚厂也建了好几座。
接旨当天，林则徐命令专程送谕旨到虎门的邓廷桢来弁星弛带回，并作书函商：“恭绎圣意，重在防弊……拟请将军、都统一同过眼”。
接着，林则徐又致书豫坤，转告“顷续奉谕旨，无庸解送”一事。
31日，林则徐又致书怡良说：阁下本是个中人，似亦可拨冗一来……此间毁化之期，总得省府有一位大员前来督视，方可以动手开始销毁的。
一切安排就绪，6月1日夜雨淅沥，林则徐心潮翻涌，久难成寐。回想自己自奉旨来到广州，数月中所遭遇的种种坎坷经历，不禁时而为之心热、复又时而为之心酸……想到现在盐卤和石灰都已经准备停当，只过几天烟池挖掘完工，就要大举销毁鸦片了。而欲将那二万多箱鸦片悉数销毁净尽，没有十几天的时间是不可能的。如今就要把那些害人性命的毒物化为毒水放进大海了，虽然从此这些毒物不能再害人命，但放流入海，又能不能毒害海水中的鱼虾蟹蛤呢？如果毒害了这些水中诸生物，沿海之民又如何再以捕捞维生？……他此时突然记起唐朝韩愈任潮州刺使时，曾以一篇《祭鳄鱼文》而使一方百姓得以安宁度日；我何不亦写一文，以告知水下各族，日内即将消化鸦片，放出大洋，令水族先期暂徙，以避其毒？想到此处，他便披衣而起，扯纸捉笔，写下一篇《祭海神文》。
这是何等的纯洁！水族有灵，岂不感动而暂徙？“有汾浍以流其毒，况茫乎碧懈沧溟；虽蛮貂之邦可行，勿污我黄图赤县”——这分明是向四海五洲宣告中华民族拒毒的决心！
经过往复函商，最后确定了省大员轮流赴虎门查看销烟的次序：6月3日上午，广东巡抚怡良、粤海关监督豫坤抵虎门，会同钦差大臣林则徐，监督和观看首次销烟……
豫坤接到林则徐的通知后，立即收拾，准备动身赶往虎门。此时他的一位小妾却嘟着嘴说：“林则徐这一来，坏了咱们那么多的好事，你却这般顺从着他。”
豫坤道：“销烟这等大事，况又钦差有邀，焉可不去。”
小妾撇嘴道：“他钦差怎么了？他是皇上派来的一品大员，你也是皇上派来的一品大员，难道你还怕着他几分不成？”
豫坤道：“此非谁怕着谁的事体。”
小妾即问：“那又是个何种事体？”
豫坤张了张嘴，没有说出什么，把手搭在茶杯上，良久无语。
良久无语的豫坤，突然长叹一声，感慨地说道：“近日以来，我日思夜想，纵观横觑，身为朝廷命官，凡尚存一丝报国忧民之心者，无不应为林则徐所言所行，大为感动矣。”
小妾一下惑然，盯住豫坤。
豫坤复又突然仰天一叹：“林则徐，真廉吏也，真君子也！”
林则徐虎门销烟，似有天助。本来连日以来，虎门一带大雨不断，大家都怕销烟大事会因天降大雨而受阻，不得不延期施行。可是到了6月3日这天，突然雨敛云收，晴空万里如洗！
一直忧心忡忡的豫坤、怡良和关天培等，不由都吁出一口长气。
林则徐激动地仰天大叫：“此天助我等也！”
历史，应该永远记住这一天：公元1839年6月3日。
这一天，古老的虎门寨下，密密麻麻的人墙遮掩了远近的青山绿树。远近士绅百姓，男女老幼，数千累万的人们相互召唤着从四面八方赶到虎门寨海滩，拥挤着，欢叫着，争相寻找更高的地方立脚，引颈张望，无不希望能一睹钦差林大人的风采，看清浸销鸦片的场面为防欢呼涌动着的参观群众挤倒销烟池边的栅栏，关天培不得不不断增派将弁、营兵，筑成多层人墙，守护住栅栏外围和栅栏入口。
此时，销烟池对面的山脚中央，一座高起雄峙的观礼台上，挂起麒麟帐，铺着红氍毹。山前山后，扎满绿营兵哨。观礼台的上空，一杆黄绫长幡高悬，迎风啸动，“钦差大臣奉旨查办广东海口事务大臣节制水陆各营总督部堂林”一行大字，在当空的阳光下醒目耀眼。
人们都在等待着一个威严而雄壮的时刻！
午后约二时许，顶戴蟒袍的林则徐在怡良、豫坤等文武大员的陪同下，登上礼台了！
在九声轰轰巨响的礼炮声中，震动中外的虎门销烟开始了！
一群群袒胸赤脚的夫役们，站在横跨销烟池的数条木板上，撒下盐巴，又把劈箱过秤后的鸦片，逐个切成四小瓣，抛入池内。经过一段时间的浸化，又把一担担烧透了的石灰倒下去，用铁锄、木耙反复翻戳。顿时，销烟池沸滚如汤，不爨自燃，“浓油上涌，渣滓下沉，臭秽熏腾，不可溜迩。“远近山峦欢呼雷动，好似山起海翻。一池销毁完毕，即打开涵洞，冲刷入海，另一池又开始了紧张的浸化……夕阳西垂，一百七十箱鸦片全部化为渣沫，随着退潮的海水，流向大洋。
销毁鸦片的这一庄严的伟大行动，不但向全世界表明了中国人民反抗外来侵略的坚定决心，同时，也在世人面前，洗刷了贪官污吏们所加予中国的耻辱。
销烟的壮举振奋人心。端午前后，远近群众前来观看者越来越多。
为了彻底销毁鸦片，林则徐采取了严密的防范措施，先后拿获企图在销烟现场偷窃鸦片和乘夜爬墙窜入贮烟处所开箱偷土的罪犯多起，并予以严惩重办。
怡良返回广州后，邓廷桢于6月17日来到虎门，陪同林则徐监视销烟，直至结束。
整个销烟期间，广州将军德克金布、都统奕相、英隆、按察使乔用迁、运司陈嘉树、粮道王笃，都先后轮流到现场查视。
为了让外国人对中国销烟的壮举也能“共见共闻”，6月13日，林则徐发出告示，准许外国人到现场参观。
义律也接到了可以前往虎门观看销烟的通知。接到通知的义律没待翻译把通知全文边译边说完，便一下颓坐到椅子上……从答应缴烟开始，义律就根本不相信林则徐会销毁鸦片。4月22日，即缴烟刚及半数之时，义律就曾写信报告英国外交大臣帕麦斯顿说，他估计这批鸦片将作为政府专卖，而使今后的鸦片贸易合法化。他确信中国政府可能建立一种偿还原主烟价的基金，以某种方式付出某种代价……在广州商馆里的外国商人，也作了许多推测，许多人也曾断言中国人决不会焚毁一两鸦片，绝不会把价值万万白银的好东西付之一炬、或毁之入海的……
允许外国人参观的告示公布后，美国奥立芬洋行股东经和眷属、传教士裨治文、商船“马利逊”号船长弁逊等，乘坐“马利逊”号，于15日下午从澳门出发，赶往虎门参观。17日上午，他们的船从沙角带到镇口海滩。林则徐允许他们走进栅栏内、销烟池前，观察销烟的全过程。在事实面前，他们不得不佩服中国人办事认真负责。裨治文在参观记中写道：“我们曾反复考察过销烟的每一个过程，他们在整个工作进行时细心和忠实的程度，远出于我们的臆想，我不能想象再有任何事情会比执行这一工作更忠实的了。在各个方面，看守显然是比广州扣留外国人的时候严密的多。镇口有个穷人，因仅试图拿走身旁的一点鸦片，但一经发觉，几乎立即被依法惩办。即使偷去一点鸦片，那也是要冒着极大的生命危险的。目击后，我不得不相信这是一个事实”。
为了向外国人表明中国禁烟运动的政策和决心，林则徐在销烟池畔的棚厂内接见了他们。美国人在《中国丛报》报道说：“在谒见时，林钦差用坦率的言词宣称：中国政府对今后走私鸦片，必予以最严厉的惩处，而对于从事正当贸易的外商，则将给以恩惠，并且，走私决不容牵累合法贸易”。
林则徐还利用这次接见的机会，向他们了解到一些有关英国海军的实力和装备等情况。
当美国商人问他，是否估计到英国侵略者不会甘心失败，甚至进行武装挑衅时，林则徐坚定地回答道：“无论英吉利国将采取怎样的无理行动，我们都决不会退缩一步！”
同时，他还借此机会，庄严地向全世界宣告：“我们不怕战争！”
销烟之后，为了继续加强缉私、严禁再有鸦片贩入，林则徐深感“沿海文武官弁不谙夷情，震于英吉利之名，而实不知其来历，遇有夷船驶至，不过循例催行，如其任催罔应，亦即莫敢谁何”。他一面认真研究外国情况，一面着手整顿水师，先后参革了几个因循不振的水师将领：
海门营参将、水师提标左营游击谢国泰，以巡防渐懈、纵容疲玩，被林则徐勒令休致（退休）。
南澳镇总兵沈镇邦，以“一味因循，含糊饰禀”，“于两省交界洋面莫展一筹，难胜水师专阃之任”，降为游击都司……
林则徐还当即奏请明令：
一，允许水师兵船进海巡逻，剿除敢于闯入我国领海的进行走私的船只；
二，允许“雇募沿海之善泅者，多驾拖船，满载车薪，备带火器，分为数伍，占住上风，漏夜乘流纵放”，焚毁胆敢窜越领海、走私鸦片的外国船只……
……从6月3日开始，至23日为止，整个销烟过程历时20天，一共销毁鸦片19179箱，又2119袋，实重2376254斤。留下公班、小公班、白土（即白皮）、金花烟土各两箱，预备解京作为样土。
6月25日，林则徐、邓廷桢满怀胜利的喜悦，登舟离开虎门，返回广州。
林则徐力主收缴外商进入中国的全部鸦片，亲自主持虎门销烟，把清朝政府抵制外国鸦片侵略的斗争一下子推到了顶点。
林则徐在缴烟和销烟过程中，疾恶如仇，办事认真，无愧为中国近代史上第一位杰出的民族英雄。