周奎初见太子外孙，非常惊讶，即时引长平公主来见，兄妹二人相持痛哭。周奎与其侄周绎待太子也非常客气，行坐宴饮间均待之以君臣之礼。晚间，长平公主持一锦袍送给太子，嘱咐他不要再来。兄妹依依惜别。
隔了几日，忍耐不住的太子，再登周家门。负责接待的周绎戒嘱太子说：“千万别说自己是太子，有人问你，就说姓刘，说书为生，如此可以免祸。”太子皇家脾性，坚决不肯。周绎很生气，就把这位表弟逐于门外。太子吵嚷，恰巧清兵巡逻队经过，见事出可疑，就把太子与周绎一同送往刑部审问。
官府中堂之上，清朝一般是有满汉两名官员共审。汉官是刑部主事钱凤览，问明情由，怒从心起，撩衣下堂，冲周绎脑袋猛击一拳，大骂他“背主负恩”。但事关重大，只能下令收监再说。周奎急了，深知此事关涉自身性命，连夜奋笔疾书，具疏上表，直递多尔衮，坚称被逮的不是真太子。
多尔衮听说崇祯太子落案，马上廷勘，并召集昔日太子的锦衣卫扈从及明朝宗室晋王前来认人。十人一见太子，立即下跪敬拜，异口同声说：“此真太子！”明藩宗室晋王却支吾不语。
太子激愤，切齿道：“我来周家，只为看望我公主妹妹。现为周奎叔侄出卖，无论真假，大概逃不出一个‘死’字，也不用再审，给我一刀就好！”
多尔衮明白堂上所立玉面少年真的是崇祯太子，即令收监。钱凤览不知多尔衮阴毒，上疏道：“观周奎疏中所言，他已明说是自己要大义灭亲，以真为伪，为大清除害，请朝廷以仁义为重，认真对待此事。”
多尔衮却自有主张，又在刑部会审，并让明宗皇晋王和前明大学士谢升来当庭质认。
晋王一口咬定太子不是真太子，谢升也摇头。太子高声说：“谢先生，您在东宫给我讲课，城陷前还给我讲‘临危授命’一题，您还记得吗？”谢升大惭，一揖而退，仍旧默不作声。钱凤览见状愤恨，怒斥晋王与谢升不仁不义。
多尔衮把满朝文武大臣（包括在北京降清的前明朝臣）都唤来，探究其意见。前明臣子们多人精，皆惟惟。只有钱凤览与汉臣赵开心力争崇祯太子为真，望清朝恩养。
多尔衮忽然拍案而起，怒道：“真假且不必争，朝廷自有处分。但晋王乃前明王子，谢乃升前朝大臣，钱凤览出言不逊，无上蔑尊至极！伪太子及有关涉案人员，包括钱凤览、赵开心皆斩首示众！”
最后，清廷认定崇祯太子是“伪太子”，而“证人”为崇祯妃子“袁妃”和晋王。晋王乃外藩，先前为清在山西所俘，本人根本没有见过太子，让他说啥就说啥。“袁妃”却是假冒，真袁妃在北京城陷前已被崇祯帝亲自砍死，清入京布告“礼葬”的明帝、后、妃子中就有她。多尔衮大概自己也已忘记，拿强权当真理了。
最终，不仅崇祯太子被杀，引他见周奎的宦官常进节及十名认他是太子的前明锦衣卫官兵皆一同被杀。
清军入关，处死明太子
南明太子案的审理疑点重重，结案后引起各地官员和百姓一片哗然。南明王朝本来根基就不稳，地方藩镇将领手握重兵，对朝廷虎视眈眈。现在太子被判定为假太子，早对马士英不满的武汉藩镇左良玉称奉太子密诏率部救难，进攻南京，要杀马士英。南明朝廷乱成了一团。清军大举南下，五月十日弘光帝出逃。十一日，南京百姓数百人砸开监狱，救出朱慈烺，给他披上演戏用的龙袍，拥他做皇帝。这个朱慈烺还真的进入皇宫做起了皇帝，接受臣民的朝贺，还向南京内外发号施令，很有那么回事。可惜他只在乱哄哄中做了五天皇帝，就被攻入南京的清军抓住了。不久，逃亡的朱由淞也被抓住，押回南京与朱慈烺“团聚”，两人一起在北京被处死。
这一南一北、最初的两个“太子案”都以认定当事人为“假太子”结案。但是两个案子都没有严密的审理过程和让局外人信得过的证据，留下了许多疑问。民间纷纷传说朱慈烺藏在民间，衍生出了在粤东嘉应州（今广东梅县）阴那山出家为僧、归隐四川的传说。随着时间的推移，清朝的统治越来越巩固。太子朱慈烺、永王朱慈炯、定王朱慈炤三人的年纪越来越大，对清朝的威胁也在减弱。尽管如此，在反清势力心目中，明朝皇子始终具有强大的政治号召力。“朱三太子”名号就在此时出现。顺治八年，有人冒称是崇祯第三子造反；康熙十二年，北京人杨起隆自称是朱三太子在皇城根下造反；三藩叛乱时，福建人蔡寅自称朱三太子，勾结台湾郑经造反；康熙四十年以后，江苏太仓、浙江大岚山等处的反清力量都以拥立朱三太子为旗号造反。在所有以“朱三太子”名义发动的起义中，对清朝造成最大威胁的是杨起隆起义。杨起隆长在皇城根下，深谙政治，明白“朱三太子”四个字的政治价值。于是他自称是崇祯第三子，在北京的胡同里做起了皇帝，封官许愿，还勾结紫禁城的太监定在1673年12月23日晚上放火杀进皇宫，复辟明朝。可惜叛徒告密，杨起隆在混战中冲出重围，不知所终。康熙十九年（公元1680年），清朝曾在汉中抓到一名自称“朱三太子”的杨起隆。经审问，此杨起隆非彼杨起隆。
可见，只要有反清情绪的存在，明朝皇子的存在就对清朝具有杀伤力。“朱三太子”就会出现。
有趣的是，这些自称“朱三太子”的造反者都说自己名叫朱慈焕。而崇祯皇帝真正的第三个儿子是永王朱慈炯。这是怎么回事呢？原来，朱慈焕确有其人。他是崇祯帝的第五个儿子，五岁的时候病死了。朱慈焕临死前，突然对前来探望的崇祯说：“九莲菩萨说：‘皇上待外戚太薄，所以要让他的儿子们都死掉。’”所谓的“九莲菩萨”是万历的生母李太后，是崇祯的太奶奶。崇祯帝听后很害怕，认为朱慈焕不是凡人，就封他为“玄机慈应真君”。清朝的造反者们频以朱慈焕相号召，而不是以真的第三子朱慈炯自称，显然是看中了“玄机慈应真君”在民间的蛊惑力。历代农民起义者多多少少都要借重民间宗教的力量，这些“朱三太子”也不例外。至于这些“朱三太子”是否真的是崇祯的皇子，想必不用多说也很明白了。
康熙皇帝亲政后，很在意隐匿在民间的前朝皇子们。为了抚慰人心，康熙皇帝对有关官员说要派人察访明朝皇室后裔，授以职衔，让他们世代守卫南京孝陵，四时祭祀。几个月后，有关部门奏报说，明朝“亡故已久”，子孙埋没无闻，虽然经过多方查访，也没有找到确实可考的嫡裔，建议委派一名地方官吏专门负责孝陵的祀典，以表清廷关怀明朝之心。在公开的表演之下，康熙皇帝一直没有放松对前明皇室，尤其是对朱三太子朱慈炯的搜捕。清朝在各地暗暗布下天罗地网，展开大海捞针的搜捕，就是没有找到朱慈炯的影子。
康熙四十五年腊月，山东省汶上县解任在家的前饶阳41县令李方远家里来了一位张先生。
张先生自称是李方远的“故人”。李方远花费了很长时间，才想起这位张先生的来龙去脉来。早在康熙二十二年，李方远在一家路姓大户家中见到一位丰标秀整、侃侃能言的先生，就和他攀谈起来。先生自称姓张，号潜斋，在浙中大户张家为家庭教师。李方远和张先生相谈甚欢，交往密切，通过诗词唱和很快就成为密友。后来，张先生漂泊他乡，李方远则宦海沉浮，双方拜别后已经二十多年没有联系了。现在，李方远和张先生都已经是白发老人，故人相逢，分外亲热。两人立刻欢饮畅谈起来。这么多年来，张先生的生活并不如意。他这次是来投靠李方远，乞求李方远能够帮他谋求一教职，养家糊口。李方远见张先生已经年逾古稀，心中老大不忍，最后熬不过对方苦苦相求，就安顿张先生在自己家和邻近几户官宦人家里教子弟读书。
两年后（康熙四十七年）阴历四月初三，李方远正与家中与张先生下棋。突然，本地官吏调发大军，如临大敌，将李方远团团围住。兵丁破门而入，将李方远和张先生二人捆绑起来。
李方远勃然大怒，呵斥说：“我是致仕家居的官宦，你们怎么能这么无礼？”
地方官理都不理李方远，逼问张先生：“说，你是何人？”
张先生淡淡地说：“我乃前朝皇子、定王朱慈炯。”
朱慈炯一生的经历满纸辛酸，充满传奇色彩。
根据朱慈炯当日的口供，当年李自成农民军战败西撤的时候，朱慈炯被一个姓毛的农民军将领带往河南。这个毛将军把战马卖掉，买了耕牛，种田过活，带着朱慈炯隐居起来。清朝建立后，对李自成的部下将领追查得很紧。毛将军最后抛弃朱慈炯，不知道逃到什么地方去了。当时朱慈炯只有十三岁，盲目地往南流浪。冥冥之间，朱慈炯逃到了祖先朱元璋的老家——安徽凤阳。在凤阳，朱慈炯遇见一个王姓老乡绅。王先生知道朱慈炯是明朝皇子后，冒险收留他在家。朱慈炯因此改姓王，躲过了清朝最初的搜捕。几年后，王先生病死了，朱慈炯就找了一座寺庙出家。长大后，和尚朱慈炯四处云游。一次云游到浙江，在古刹中遇见一位姓胡的余姚人。胡先生很赞赏朱慈炯的才学，就把朱慈炯邀请回家，让他还俗，还把女儿嫁给了朱慈炯。于是朱慈炯就改姓张，入赘胡家，长期隐居下来。