为了防止皇位争夺的悲剧重演，宋太宗未雨绸缪，提前就钦定了皇位继承人，他就是三子赵恒。
赵恒能顺利地登基，寇准功劳最大。在别人看来，寇准有了新君这座靠山，理应时来运转了。但是，真宗皇帝在对老臣寇准的使用上，却一直首鼠两端，犹豫不决。一方面，他认可寇准的能力，但同时，对他的威望和“另类”作风心存忌惮。就这样，真宗在对寇准的启用上一直徘徊不定，直到内忧外患频仍，江山社稷出现险情，真宗皇帝才再一次想起了寇准。那么，真宗皇帝究竟遇到了怎样的难题？寇准能重返中央，能一酬壮志，报效国家吗？
公元997年年初，太宗的健康出现恶化，二月初不能正常上朝了。挨到三月底，已经卧床不起，完全不能办理朝政。太宗是一个勤政有为的好皇帝，对待朝政可以说废寝忘食。但这时，他的生命俨然已经走到了尽头。
一年之前，太宗已经立了皇太子，换届应该是很正常的事情。但是宫中有人却并不这样想，像李皇后之流，他们就想立长子元佐。如果立元佐为皇太子，那李皇后的利益就大了。当初太祖去世时，是宠臣王继恩去召德芳的人，他为太祖和太宗即位过程中都立过大功，现在太宗眼看就要驾崩了，王继恩又想在皇太子身上捞点好处。情形已经很明显，在太宗身后，已经形成了两派——元佐派和太子党。元佐派的优势在于，李皇后是太宗的枕边人，王继恩又是太宗的身边人，双方不断进言，希望太宗改变主意。好在太宗虽然老迈，但头脑并不糊涂。太子党的主要人物是吕端，也是北宋一位名臣。
寇准早在太平兴国五年，就向太宗推荐过吕端器识非常，希望能早日用他。太宗不以为然道：“我知道此人，是人家子弟，能吃大酒肉，其他没什么能耐！”但太宗后来完全改变了对吕端的看法。
太平兴国五年，吕端在开封府判官任上，受一件无关之事的牵连。太宗对那件事很恼火，命令在他头上戴上大木枷，安置商州（今陕西商县）。判罪以后，恰巧开封府还有一些公文要他签署，吕端怡然吩咐：“只管拿来！只管拿来！戴枷判事，自古就有。”太宗还下令只能步行，不能骑马，吕端身体肥硕，戴枷步行千余里自是够呛。宰相薛居正安慰他暂且认灾，他大笑说：“不是我吕某的灾，是长耳（指驴）的灾。”谈笑幽默，一如平日。
淳化三年，追究开封府尹元僖中毒暴死事，吕端这时又是担任开封府判官之职，与其他属吏以辅导无状受到审查。最后发落时，别人都哭泣着请求减轻处分，只有他声称“罪大而幸甚”，自求外贬。
端拱元年，吕端出使高丽，突然风急浪高，樯摧舵折，副使与同舟之人惊恐万状，他却始终稳坐舱中，安然读书，全无惧色。在长期的政治生涯中，吕端的稳重、决断和镇定广为人知，也传到了太宗耳中，从而得出“吕端大事不糊涂”的高度评价。而吕端也确实没有辜负太宗托孤的厚望。
皇太子赵恒与赵元佐倒是同母兄弟，都不是依然健在的李皇后的儿子。李皇后是宋初大将李处耘的女儿，他的哥哥李继隆这时正担任殿前都指挥使，执掌着京师禁军的指挥权。他自己所生的儿子早已夭折，应该说太宗任何一个儿子继承皇位，对他都关系不大。官史上说她忌惮赵恒“英明”难以驾驭，看中元佐有病易于控制，这话未必完全可信。另有记载说她钟爱元佐，还在宫中抚养元佐之子，这一说法似乎比较合理。也许出于同样动机，在赵恒立为太子时，她在太宗面前离间过他们父子的关系，令太宗大生疑忌之心。
太宗死后，李皇后就和王继恩、参知政事李昌龄、翰林学士胡旦结成了拥立赵元佐的联盟。王继恩这次是被江湖文士潘阆说动的。潘阆早年曾为宰相卢多逊策划谋立赵廷美，被朝廷长期追捕，多亏王继恩向太宗说情，才被宽赦。他对王继恩说：“你若扶立太子，显不出功劳。若扶立赵元佐，就是把被遗弃的人扶上了皇位，其功甚大。”潘阆似乎是一个同情被剥夺应有权利者的侠义之士，但拥立一个精神病患者显然说不过去。
至道三年三月，太宗去世前不久，吕端入宫探视，见赵恒不在宫中，便先在笏板上书写“大渐”两字，密派亲信去通知赵恒立即进宫。太宗撒手当天，李皇后让王继恩到中书去召吕端。吕端知道王继恩要故伎重演，就诓骗他去诏书阁取太宗诏书，把他锁在了里面，让人看住他，自己立即进宫。
李皇后对吕端说：“皇帝去世，立嗣以长，顺理成章，你看如何？”吕端反驳说：“先帝立太子，正是为了今天。岂容另有异议！”因王继恩不在场，李皇后不知如何应对，便默然不语。吕端于是奉皇太子即位。即位仪式上，太子垂帘召见群臣。吕端立殿下不行君臣跪拜之礼，请卷帘相见，他亲自升殿审视，见确是太子，才下阶与群臣拜呼万岁，真宗终于顺利登位。
这个过程，回想起来，真是有惊无险。而且最终还是寇准起了非常重要的作用。但是这位新君君临天下之时，寇准却还远在邓州。
真宗亲政之初，就任郭贽为大名府尹，不料第二天郭贽就进宫求见真宗，推辞说自己年事已高，不能远行，更愿待在开封府。郭贽也是老臣，60岁了，早在太宗还在晋王府时就追随太宗。另外，郭贽与真宗还是师生关系。郭贽的底气不可谓不足。但是，对于郭贽提出的请求，真宗还是坚决而客气地回绝了。
后来，真宗召吕端问郭贽的这种请求是否有先例，吕端为人比较圆滑，谁也不愿得罪，就说，确实有这样的先例，得到了朝廷任命后，如果本人申请，也可以改派。真宗却说，我刚刚即位，派郭贽就任，如果不能执行，朝中有这么多老臣，以后还怎么用人呢？这样一来，郭贽只好奉旨上任了。过了几年，他又被召回开封，得到了优厚的待遇。因此，新皇帝即位时，最重要的是要树立起自己的权威。在这种情况下，真宗怎么可以立即召回邓州的寇准？寇准在太宗时就官至参知政事，资历深，脾气犟，何况他得理不饶人，朝野之中赫赫有名，年轻的真宗肯定不会立即重用寇准的。
当然了，真宗对寇准的这些印象，多半来自道听途说，这位新君与老臣之间，几乎没有什么直接的交往，彼此都不了解对方的性格和喜好。以寇准的性格，他决不会主动去逢迎真宗皇帝。真宗出于方方面面的考虑，也是小心谨慎，也不会主动结交大臣。因此，真宗对待寇准，就与郭贽不同，只论公利，不讲私情，因为二者间根本无私交可讲。作为真宗，他还是想深入了解了寇准的脾气之后，再对他作出安排。这样一来，真宗即位后，非常被朝臣们看好的寇准，居然在地方上一戴就是五年。
一说寇准在邓州做知府时，经常举行夜宴豪饮，照明全用蜡烛做灯，每每通宵达旦。每次罢宴，从厨房到马厩，都是“烛泪凝地，往往成堆”。
真宗即位不久，宰相吕端因年老多病，李至也因眼睛视力下降，不能视物而请求离职，赵恒批准他们退休回家养老。
随后，张齐贤、李沆被任命为同平章事，向敏中为参知政事。
时隔不久，枢密使兼侍中鲁公曹彬也因病去世。
曹彬病重期间，赵恒曾到他的府上探望，询问赵宋与契丹的事情。曹彬告诫说：“太祖皇帝定天下之后，尚且与契丹罢战言和，请陛下善承先人之志，不要轻言用兵。”
赵恒点头表示赞同，接着问道：“此后谁能为将，担当国家守卫边防的重任？”
曹彬看了赵恒一眼说：“曹璨、曹玮两个人都行。”
“曹璨、曹玮不是你的儿子吗？”赵恒吃惊地问。
“陛下是问谁可为将，并没有问谁是我的儿子。”曹彬喘着气说，“曹玮比曹璨强，他日边廷有战事，可以为将。”
赵恒看了曹彬一眼，见他说话很费力，安慰了几句，起身告辞。
曹彬是三朝元老，在太祖时期平定西蜀、太宗时期对辽作战都立有战功，去世之后，赵恒痛惜不已，赠他为中书令，追封济阳王，谥武惠。
咸平三年（1000年），退休的宰相吕端也病逝。
真宗面临内外交困的复杂局面。契丹挑衅不断，几次进攻，甚至一度打到了山东的淄博。宋辽关系有了新问题。要解决这样棘手的问题，当然需要寇准这样的老将出马，而且还需要一个合适的新宰相，因为宰相吕端也去世了。真宗决定给寇准一个机会。
不久之后，寇准就被任命为开封知府，当时宰位空缺，人们都认定这个相位非寇准莫属了。王嘉佑是张咏的女婿，跟寇准的关系很不一般，寇准很欣赏他。有一天，寇准问王嘉佑，坊间人怎么说你老说我啊？王嘉佑说，人们都说你早晚要当宰相啊。你以为呢？我倒是觉得，你还是不要去做宰相，没准会有损你的声望的。王嘉佑接着说，自古以来，好宰相能造福人民，能使君臣融洽。您觉得依您的脾气性格，跟皇帝间能有这种鱼水相欢的关系吗？寇准连声赞叹。做一朝宰相，一人之下万人之上，跟皇帝和大臣们方方面面的关系处理不好，是很危险的。寇准当然善于做事，却不善于处理错综复杂的人际关系。
继开封知府后，寇准又被任命为三司使。如谓三司使，是盐铁使、户部使、度支使三司的合称，是当时的最高财政长官，始设于后唐，宋初沿旧制，地位仅次于中书、枢密院。