天授二年（691年），姚崇转调夏官（即原来的兵部）任职，先任下官员外郎，后任夏官郎中。就在这个时期，因为边境的纷乱，让姚崇得到了入朝为相的机会。
武则天临朝称制以后，最初几年四境无事。但自垂拱三年（687年）开始，边尘又起，其规模不亚于高宗在位时期。
东突厥贵族阿史那骨笃禄、阿史那元珍在永淳元年（682年）被薛仁贵大破于云州（今山西大同）以后，并没有精锐丧尽，尚出没塞外。次年二月，先攻定州，为刺史霍王元轨击败，复掠妫州（今河北涿鹿西南），围单于都护府，执都护府司马张行师，杀之。五月，再攻蔚州（今山西灵丘），破丰州（今内蒙古临河东）都督崔智辩的援军，崔智辩亦被擒去。时裴行俭、薛仁贵等著名将领已经去世，高宗又重病，武则天乃派右武卫将军程务挺为单于道安抚大使，征讨突厥，但没有成行。因为不久高宗去世，内政为重。光宅元年（684年）九月，朝内大政已定，则天临朝，便以程务挺为左武卫大将军，就任安抚大使之职。谁知出师未久，程务挺以谋反罪被杀，王方翼（时为安西都护）亦被流放。阿史那骨笃禄等闻其死，宴饮相庆，又数扰边境。朝廷乃派左玉钤卫中郎将淳于处平为阳曲道行军总管击之。
垂拱元年（685年），东突厥扰代州，淳于处平引兵救代州，经忻州时，被东突厥击败，唐军死5000余人，于是东突厥势力日盛。为了防止西突厥也跟着生乱，酿成战端，在兴昔亡、继往绝可汗死后，唐朝廷以兴昔亡之子斛瑟罗为左玉钤卫将军兼崐陵都护，袭兴昔亡可汗号，统率五咄陆部落。
东突厥强大起来后，又屡攻西突厥。西突厥人散亡将尽。天授元年（690年）底，西突厥十姓由漾池都护继往绝可汗斛瑟罗收余众人居内地，斛瑟罗被拜为右卫大将军，改号竭忠事主可汗。
长寿元年（692年）二月，吐蕃党项羌万余人内附，唐分置十州辖之。五月，吐蕃酋长葛苏率贵川部与党项羌30万人内附，武则天令右玉钤卫将军张玄遇为安抚使，率兵2万迎之。六月，唐军渡大渡河西，闻吐蕃已擒葛苏，只有羌族酋长昝插率羌族8000人内附，张玄遇将其部安置在莱川州而还。
是年，武则天任王孝杰为武威军总管、武卫大将军阿史那忠节为副将兵击吐蕃。王孝杰曾从刘审礼击吐蕃，任副总管，与刘审礼同被其所擒。吐蕃赞普见王孝杰后，说他像其父，对他很礼遇，后竟放回，被武则天任命为右鹰扬卫将军。武则天考虑他久在吐蕃，知其虚实，又是沙场老将，不仅不怀疑他，反而力排众议，果断命其为统帅出击吐蕃。
十月丙戊，王孝杰大破吐蕃，复取龟兹、于阗、疏勒、碎叶四镇，于是置安西部护府于龟兹，发兵戍守。
延载元年（694年），王孝杰又分别破吐蕃勃论赞刃、西突厥于冷泉及大岭各3万人。为表彰王孝杰，武则天提拔他为夏官尚书（即兵部尚书）、同凤阁鸾台三品并兼武威道大总管。还令已有丰富的靖边、屯田之经验的老将娄师德为河源等军检校营田大使，以便就近向军中提供粮秣，避免了转输及供应的困难。
长寿三年（693年）初，突厥可汗骨笃禄卒，其子尚幼，其弟默啜自立为可汗，迅即攻扰灵州。武则天遣右鹰扬卫大将军李多祚击破其攻扰，接着任命薛怀义为代北道行军大总管，以讨默啜。薛怀义并未出发，突厥已退。当时李昭德以检校内史兼长史，苏味道亦以宰相职务兼司马，阵容有18位将军。
武则天以薛怀义为帅，连宰相兼武威道大总管的王孝杰亦受其节制，这种通过亲信掌握兵权的做法是很不妥当的。诸谋臣、将军皆无积极性。该年五月，旧永昌郡地（今云南大理及哀牢山以西地区）少数民族首领薰期统率部落20余万户内附，武则天很高兴。在天授中，她就曾派监察御史寿春、裴怀古等安抚西南少数民族，现已取得了成效。
到天册万岁元年（695年），武则天命王孝杰为朔方道行军总管，击突厥，没有成行。秋七月，吐蕃再扰临洮。于是，武则天还是把防御吐蕃的事再交王孝杰，改任王孝杰为肃边道行军大总管以讨之。而同时，东突厥首领默啜表示愿意投降，派使者入朝廷。武则天甚喜，册封他为左卫大将军、归国公。
万岁通天元年（696年），武则天增派娄师德为肃边道行军副总管，助王孝杰讨吐蕃，仍兼宰相职务如故。三月，王孝杰、娄师德率军与吐蕃老将论钦陵、论赞婆战于素罗汗山（在洮州界，今甘肃临潭以西），由于吐蕃势力大，两员老将也大败而归。王孝杰被免为庶人，娄师德贬原州员外司马。当时娄师德移交文牒时，吃惊地说：“官爵都没有了吗？”马上又说：“也好，也好。”一副大智若愚的模样。由于当时多处有事，唐兵分散防御，难以形成优势局面，所以致败。
吐蕃大败唐军后，又遣使请和亲。武则天派右武卫胄曹参军郭元振前往商谈。郭元振道遇论钦陵，对论钦陵说：“东赞在世的时候臣服朝廷，发誓相好无穷。今你们却违背誓言，每岁扰边，这是什么道理？父与我通好，子却与我相绝，这是孝的举动吗？父事朝廷，子却背叛朝廷，这是忠的举动吗？”论钦陵说：“对！但如果天子许和，罢两国之守兵，撤出突厥十姓、四镇之地如何呢？”吐蕃老帅论钦陵提出让唐廷罢安西四镇戍兵、并分割十姓突厥之地为条件。郭元振反击说：“四镇、十姓与吐蕃种类不同，今请罢唐兵，岂非有兼并之志吗？”论钦陵则针锋相对地说：“吐蕃如贪恋土地，欲为边患，何不东侵甘、凉，岂肯在万里之外贪图此地呢？”乃遣使随郭元振入朝，再次提请上述条件。
朝廷大臣们以前就有过争议，因吐蕃多次攻扰，有人提出罢四镇。左史崔融力言不可，此议遂寝。现在提出请罢四镇之守的议论又出现了。郭元振上疏说：“论钦陵求罢兵割地，此乃有重大利害关系之事，不可轻易地决定。今若直接拒绝，则边患必深，四镇的利益比较远，甘、凉等州之祸患近，不可不深加图谋。宜以计缓之，使其求和愿望不致断绝为最好。四镇、十姓之地，吐蕃是想要得到的，而青海、吐谷浑，亦是国家之要地也，今应该这样答复他们：‘四镇、十姓之地，本来对中国无用，之所以遣兵戍守，是因为要安抚西域，以削弱吐蕃的势力，使不得全力东侵也。今若你们真的没有东侵之愿望，就应当归还我吐谷浑诸部及青海故地，那么五俟斤部也应当归还吐蕃。’如此则足以杜塞住论钦陵之口，而亦不绝其求和之愿望。若论钦陵稍有违背，则曲在他们那边了。且四镇、十姓已经归附日久，今不察其民情之向背，事情之利害关系，就抛弃他们，恐伤诸地人民之感情。”又说：“吐蕃百姓疲于徭役征戍，早就愿意和亲了，而论钦陵统兵专制，只有他不愿意和亲。若国家岁岁发和亲使，如论钦陵还不从命，则他们内部之人就会埋怨论钦陵一天比一天深，对国家恩德的仰望一日比一日甚矣。这是缓慢的离间计，可使他们上下猜疑，内部发生祸乱。”
武则天赞同郭元振的意见，于是即采纳以静制动的对策。果然，在圣历二年（699年），吐蕃发生内讧，论钦陵独专国政，诸弟都戍守四方。其中论赞婆专东境之战守已有30年，兄弟们都雄才大略，国中众将臣都忌惮他们。吐蕃赞普器弩悉弄既年长，欲自掌国政，逐渐与论钦陵产生矛盾。
论钦陵提兵在外，赞普托言狩猎，勒兵抓其亲信党羽2000余人杀了，发使者召论钦陵、论赞婆等兄弟。论钦陵不受命，与论赞婆率军攻赞普。在内讧中，论钦陵兵溃自杀。论赞婆遂带所部及论饮陵之子莽布支等降唐。武则天遣羽林骑迎接慰劳，提拔论赞婆为特进、辅国大将军、归德郡王，莽布支为左羽林大将军、安国公。皆赐以免一切死罪的铁券，对他们非常优待。论赞婆便领兵戍守河源，不久死，唐廷赠论赞婆为“安西大都护”。
吐蕃兵力在内讧中大为削弱，又失去了与大唐有交往经验的论钦陵兄弟，其攻势就很弱小了。圣历三年（700），吐蕃攻凉州，武则天遣左肃政御史大夫魏元忠为陇右诸军大总管，率陇右诸军大使唐休璟出讨，斩首2000级。赞普更亲率万骑攻悉州，悉州都督陈大慈四战皆胜。长安元年（701年），武则天大胆地任用官卑资浅的郭元振为凉州都督、陇右诸军大使。郭元振增筑城堡、广开屯田、积累军粮。加上尽忠、孙万荣的妻儿。武则天大为高兴，进拜默啜为颉跌利施大单于、立功报国可汗。
孙万荣见自己老巢被捣，已无退路，便收拾余众，军势复振，遣部将攻陷冀州（今河北冀县），杀刺史陈宝积及吏民数千人，又进攻氵赢州（今河北保定）。河北人心震动，纷纷逃乱。而官兵又逗留不前，河北缺少一名得力的人安抚人心。这时武则天想起被贬为彭泽县令的狄仁杰，便下诏起用他为河北军事要地的魏州（河北大名一带）刺史。前刺史独孤思庄害怕契丹猝至，悉驱百姓入城，运土抬砖，加固城墙，备战气氛很紧张。狄仁杰到任，见人心惶惶，便下令百姓回去务农。守将们颇不理解，狄仁杰说：“敌人还在远处，何必自己制造紧张气氛，让农民们耽误了农时呢？万一敌人来，吾自有办法处置。”百姓听了大为高兴，人心顿时安定下来。将士们见守官如此，士气也大增。契丹人获知消息，竟不战自退，百姓都编出歌谣来歌颂这位爱民如子、英明卓识的父母官，还立碑以纪其恩惠。不久，武则天又命令狄仁杰为幽州（今北京市）都督，把他放到防御契丹的前沿。
突厥首领默啜有时候助唐攻契丹，有时又袭击州县。神功元年，他率众寇灵州（今宁夏临武），被俘的都督许钦明亦挟持随行。许钦明至城下大喊，要城上给他一点美味的酱、粱米及墨。意思是让城中选良将、遣精兵，夜袭默啜营。但城中不解其意，紧接着，默啜又攻胜州（在今内蒙古准格尔旗十二连城），被平狄道副使安道买击退。这时，被贬为原州司马的娄师德也再度被起用为凤阁侍郎、同平章事。
神功元年（697年）三月，清边道总管王孝杰、苏宏晖等领兵17万与契丹孙万荣军战于东硖石谷。王孝杰自率精兵为前锋，奋力而战，契丹被击退，王孝杰引兵追之，行至背靠悬崖的地方，契丹回兵反攻，王孝杰后面的苏宏晖畏敌如虎，弃甲而逃。官军自乱，王孝杰势孤，被逼上悬崖坠落谷中而死，手下将卒死亡殆尽。军中管记张说驰回长安，向武皇奏报此事。武则天听说王孝杰败亡的噩耗，非常震惊。她下令追赠王孝杰官爵，同时派遣使者到军中斩杀苏宏晖。但使者还未到，苏宏晖已立战功，武则天方免其死。