90年代以来，我国证券公司在为企业实行股份制改造和筹集生产经营资金服务、推动证券市场稳步向前发展的同时，不断发展壮大自己、逐步走向成熟，取得了举世瞩目的成绩。但由于发展时间较短、市场环境不完善、有关法律法规不健全、监督管理不到位等原因，我国证券业不可避免地还存在一些问题，主要包括：
2.3.1 资产规模偏小，资金实力弱，难以适应对外开放和业务多元化的需要
经过近几年的发展，特别是一些证券公司通过首次公开发行股票、借壳上市等方式通过资本市场筹措了大量资金，成为大型证券公司，如中信证券在以首次公开发行股票的方式上市后，成为中国净资产规模最大的证券公司，2007年末净资产达463亿元；海通证券通过借壳都市股份实现上市后，以增发方式借助资本市场进行融资，2007年末总资产为946亿元，净资产达365亿元，同时中小型证券公司的规模也有了较大的扩张。但从总体上看，目前我国证券公司的规模与国际同行相比还存在一定的差距。截止2007年末，我国106家证券公司的总资产17336亿元，平均每家163亿元；净资产总额3444亿元，平均每家32亿元；收入2836亿元，平均每家27亿元；利润总额2057亿元，平均每家19亿元4.2007年末美国全部券商的总资产约为6.4万亿美元5（是同期我国证券公司资产总额的26倍），收入总额达到4742亿美元（约为我国券商同期收入的12倍），其中高盛公司等十大证券公司的收入达到3411亿美元，已经超过了我国全部券商的收入的8.4倍，十大券商的总资产6万亿美元，达到我国证券业的24倍。因此与发达国家的证券公司相比，我国证券公司的资产规模还十分弱小，资本实力严重不足。这种状况显然不利于我国证券公司提高与境外券商竞争的能力，在经济改革和发展的过程中发挥更大的作用。随着我国证券市场的进一步发展，一级股票市场的市场化程度逐步提高，证券承销业务的风险必然越来越大，这将对从事证券承销业务的证券公司的资产规模和资金实力提出更高的要求；特别是随着我国金融服务行业的进一步对外开放，国外一些规模大、实力强的证券公司将会相继进入我国市场，从而进一步加剧我国市场的竞争，这也必然要求我国证券公司具备一定的资产规模和资金实力。
2.3.2 业务种类单一，经营缺乏特色，与发达国家比较有很大差距
虽然我国证券公司核准的经营范围很广，但其目前开展的主要业务只有三项：一是证券经纪业务，二是证券承销业务，三是证券自营业务。如今资产证券化、金融衍生产品已成为发达国家证券公司的重要业务，但我国证券公司目前基本尚未开展；在融资融券、直接投资、权证创设等业务领域还处在起步的摸索阶段。因此导致我国证券业不仅业务种类单一，而且规模不一的各机构经营范围趋同，缺乏具有鲜明特色的市场定位，产品和服务雷同。我国证券业的收入结构也明显地显示了这一特点，我国证券公司收入的主要来源仍然是证券经纪业务收入、承销业务收入、自营证券业务收入，2006年末三者所占的比例分别是59%、13%、25%，而资产管理业务收入和其他创新业务收入只占不足3%。
在证券市场发达的美国，证券公司一般都有明确的市场定位，各公司往往根据自身的不同情况确定经营方向，逐渐形成了各自的经营优势和业务特长。如美林证券以综合实力强著称，在大规模的股票、债券的全球发行、资产重组以及项目融资等方面，其市场占有率均名列前茅；所罗门兄弟公司和摩根斯坦利则分别以商业票据发行、债券交易和股票承销见长。而且美国的证券公司业务种类繁多，市场细分明显，其收入结构也呈现多元化的趋势，经纪业务收入2007年仅占其全部收入的12%。我国证券公司目前业务范围趋同、经营缺乏特色，不利于其竞争的有序和服务质量的提高。
2.3.3 产权结构不完善，行为不够规范
虽然随着近年来证券公司通过上市等手段促进了股权结构多元化，完善了法人治理结构，但是总体上证券公司的股权结构过于集中，控股股东的股权甚至超过50%，多数证券公司是国有控股，而且绝大多数公司不是上市公司，股权不具有流动性。在这种股权结构下，公司的法人治理结构不够完善，国有大股东一股独大，中小股东的合法权益得不到有效保护，公司“三会一层”的职权划分不清，股东大会由控股股东控制，董事会、监事会作用得不到发挥，管理层的“内部人”控制现象严重，制约了证券公司的发展。
在产权结构存在缺陷的情况下，证券公司注重短期效益的倾向非常明显，违法经营行为在一定程度上依然存在。如一些证券公司以向客户提供高比例透支来招揽经纪业务，为不符合开户条件的人办理证券账户，为不法分子从事证券违法行为提供便利条件；以个人名义多头开户为自己进行证券交易；进行内幕交易，操纵证券市场等；部分证券公司以不正当手段争揽股票承销业务。随着我国证券市场规模的扩大，改制上市的企业大幅度增加，一些证券公司在股票承销及保荐业务上不是凭借自身的经验和专业知识，为企业设计合理可行的改制及融资方案去争取客户，而是以向拟上市企业提供过桥贷款、承诺在企业上市后维持股价、给予回扣、贬损同行甚至对亏损企业进行虚假包装等手段排挤竞争对手，争揽项目。这种不规范现象的产生和存在，固然有着复杂的客观原因，但也与我国证券公司缺乏完善的产权结构和公司治理机制存在较大的关系。
2.3.4 证券业市场体系不完善
在市场体系建设方面，除了交易所的主板交易市场之外，创业板市场、场外交易市场、地方性资本市场都将有待发展。我国的直接融资体系还不健全，2007年，我国企业直接融资比例已超过10%，如果将海外上市企业融资计算在内，我国直接融资比例还会有所提高，与前几年相比有明显增长，但是与发达国家相比还是处于落后状态，目前国际上日、德、美等发达国家企业直接融资比重已分别达到50%、57%、70%。因此，与发达国家相比，我国直接融资比例还比较低，尤其是债券融资相对于股权融资严重滞后。
2.3.4 证券业监管不完善
中国的证券市场发展还不足二十年，无论是从监管法规体系还是监管执法都还不完善。首先在中国证券业的规制中由于严格的准入规制的存在，导致寻租现象在一定范围内存在；监管机构过度介入市场，扭曲了市场机制，影响券商经营的灵活性及效率。另外在证券公司的风险监控方面存在证券公司信息披露不及时、不充分等问题，对证券公司积聚的风险认识不足，导致风险的集中爆发。而严格的业务范围规制导致证券公司创新不足。同时还存在行政执法不力，缺乏持续的动态监管，证券业协会和证券交易所的自律管理职能无法发挥的问题，亟待加以完善。