郑州会议刚刚结束，唐生智就准备班师回鄂。临行前，他在郑州国民饭店宴请各方高级将领。唐在宴会上揭露蒋介石背叛国民革命的罪状，号召大家“打倒蒋介石，铲除新军阀”，积极进行东征。会上，有人将《打倒列强》一歌歌词改为“打倒介石”，然后齐唱：“打倒介石，打倒介石，新军阀，新军阀，努力国民革命，努力国民革命，齐奋斗，齐奋斗。”反蒋情绪非常高昂。
6月13日，唐生智回到武汉。当时，他一方面要着手东征讨蒋，另一方面又面临着反共“清党”、处理“马变”的难题。
6月13日上午，唐生智出席了武汉国民政府军事委员会会议。会上，唐生智曾因许克祥是他的部下而自请处分。但是，考虑到他统兵在外，不知详情，“与其加以处分，不如令他去收拾”。于是，会议议决，“对于湖南的事件不用武力解决，免得引起纠纷”。唐生智表示愿意亲自到长沙去，“以和平方法，实行改组农民协会及农政部所提出的乡村自治条例等计划”。出席会议的毛泽东“也承认不用武力的办法是对的”。
下午，国民党中央执行委员会政治委员会召开第28次会议，出席会议的有汪精卫、谭延闿、孙科、陈友仁、宋庆龄、陈公博、吴玉章、林祖涵、谭平山九人，还有十人列席会议。会议主席汪精卫征求大家的意见，“可否由中央训令唐生智同志，要他到湖南去根据中央历次的议决案解决这个纠纷（指‘马日事变’）”。吴玉章认为，“中央没有其他得力的人派，就请唐同志去也可以。”汪精卫又问：“是否要唐同志加入特别委员会，或做特别委员会主席？”陈公博称：“不必要唐同志加入特别委员会，由他全权办理就是。”会议最后决定：“湖南事件，就训令唐生智同志遵照中央训令及决议案办理。”
6月15日，也就是唐生智从前线返回的第三天，武汉政府军事委员会为了做好东征讨蒋的准备，决定将原来隶属于蒋介石第一集团军的唐生智第四方面军扩充为第四集团军。任命唐为总司令兼该集团军第一方面军总指挥，辖第八军（军长李品仙），第三十五军（军长何键）、第三十六军（军长刘兴）；任命张发奎为第二方面军总指挥，辖第四军（军长黄琪翔）、第十一军（军长朱晖日）、暂编第二十军（军长贺龙）。并由这两个方面军组成东征军。
然而，在唐生智和张发奎这两位武汉政府的军事巨头之间也出现了矛盾。因为，在第二次北伐中，唐生智把第四军、第十一军作为主力开赴河南战场，只让第三十五军、第三十六军的一部分开赴前线。结果，在河南战场上，张发奎的部队损失最大，而唐生智的嫡系部队损失较少，这就引起张发奎对唐的不满。班师回鄂以后，唐生智以两湖主人自居，不把张发奎放在眼里，对张部给养供给、人员补充处处为难，对张也多方掣肘。张发奎也不示弱，与唐对着干。张故意扣留唐收编的第四十一军军长段国璋，唐几次要张放人，张未答应。接着，唐又让军事委员会命令张发奎放人，张仍置之不理，最后一直押着段国璋随军行动。为了调虎离山，独占两湖，唐生智以东征名义，将张部全部调出两湖，开往江西。张发奎率第二方面军陆续向鄂东、江西移动。
反共“清党”，对唐生智来说之所以感到困难，是因为在“马日事变”之前，他与共产党是合作得比较好的，在北伐和反蒋斗争中都得到了中共的帮助，他已认识到共产党组织的严密性、先进性和工农运动的革命性，并与相当一部分共产党人成了朋友。当汪精卫等告诉他要实行分共的时候，唐生智觉得从情感上“确实难以接受”，强调“不能马上翻脸不认人，化友为敌”，主张“好来好去”。
湖南情形，也令唐生智放心不下。一方面，“马日事变”悬而未决，政治上群龙无首；另一方面，黔军侵占常德、澧州，桂军沈鸿英、韩彩凤残部侵扰宝庆、武冈，湘省军情告急。在这种情况下，只有唐生智才能稳定湖南危局。于是，唐请示亲自到长沙去处理，并提出以和平方法改组农民协会，实行乡村自治条例。武汉政府因战事尚未完全结束，主张用非武力手段解决“马日事变”以免引起纠纷，便同意了唐的意见，并决定让唐赴湖南全权处理“马日事变”。
6月15日上午10时，湖南省市县党部及民众团体代表二百余人，前往西园唐生智的总指挥部请愿，要求讨伐许克祥。唐生智接见了请愿代表，声称：绝不能以发生幼稚行动而否定整个工农运动；只有始终拥护总理的三大政策，才能求得革命成功；许克祥擅杀革命民众，不但违反党纪，并且违反军纪。他还指出：“中央党部已有解决办法，我当绝对服从”。最后，他还高呼了“湖南革命民众万岁”的口号。而请愿代表则高呼：欢迎唐总指挥凯旋，请唐总指挥回湘恢复省政府职权，请唐总指挥讨伐叛党叛国、屠杀民众的许克祥，拥护革命领袖唐总指挥，拥护实行三大政策、保障农工利益的唐总指挥、唐总指挥万岁！
16日，全国农民协会临时执行委员会常务委员毛泽东、谭平山、邓演达等呈请国民政府明令保护农工组织及工人纠察队、农民自卫军，严办许克祥等罪魁祸首，派唐生智从速镇压湖南之反动派。这说明中共方面对唐还寄予厚望，希望他严惩许克祥，支持工农运动。
鉴于湖南军情危急，唐生智命令第八军李云杰、张国威两师于6月17日由沙市向澧州进发，以解常德、澧州之危。唐还准备抽调其他部队回湘，要求在湘各部做好接应工作和反攻准备。此时，第三十五军副军长叶琪已将所部第一师集中到长岳一线，准备进攻宝庆、武冈。
20日，唐生智在总指挥部总理纪念周会上就“马日事变”发表了意见，他说：“湖南这次事变，原因非常复杂，民众运动固然的确有错误，但军人也未免头脑太不明了、太简单。我对这次事变，实在觉得非常痛心！‘马日事变’后，以为湖南民众运动的幼稚举动完全由共产党负责，因而效法蒋介石，排挤共产党人，屠杀共产党人，尤其是这样做下去，革命非塌台不可……我们革命非集中一切革命势力，决不足以打倒敌人。”他还强调，“我对民众运动，是一定要极力提倡的，因为革命无论如何不能离开民众。”由此可见，此时的唐生智在口头上是支持工农运动的，并不主张排挤和屠杀共产党人。唐生智还声明，对于湖南问题，武汉中央已交他全权办理，他将在最短时间内设法解决这个问题，如果大家有什么意见，可以随时向他陈述。
23日，唐生智参加了湖南省农协扩大会议，分析了军队与农民的关系。他指出：中国的军队主要来源于失业的农民和工人，他们不是为革命而是为解决饭碗和升官发财而来的，因此，很容易脱离革命。未觉悟的士兵，就像刀子一样，既可以做出许多有利的事情，也可以用来杀人。士兵不懂得拥护农民利益，是革命运动的障碍。一些军官口口声声拥护农民利益，但在实际行动上却恰恰相反。当迅猛发展的农民运动把锋芒指向土豪劣绅、贪官污吏的时候，反动派则群起攻击农民运动。受其影响，来源复杂的军队中也出现了此种情形。唐生智认为，“这怪军队，当然是不够的。”意思是说，在农民和军队的冲突中，不能过分谴责军队。
如何提高军队的素质、纯洁其队伍呢？唐生智认为可以通过全国农民协会加紧对农民推行政治训练，提高他们的政治觉悟，使他们愿意为本阶级的利益去战斗、去当兵。把这些觉悟了的农民吸收到军队中去，从而达到改造军队的目的。但是，在农民的武装没有形成气候、军队没有得到改造的情况下，“我们为得革命，是要让步的”，也就是说农民应向军队让步。为什么要让步呢？他是这样看的：“革命是有策略的，有时是前进，有时是让步。让步不是消极，不是后退。是为前进而让步，这种让步是革命的。”
当时，陈独秀、彭泽湘曾找唐谈话，认为，现阶段仍是资产阶级领导的民主革命，并不主张工农有武装。显然，唐生智受到了陈独秀等人妥协退让思想的影响，暴露了他那军队重于民众和利用民众运动的思想。
值得一提的是，就在这次讲话中，唐生智还就佛化与革命的问题进行了发挥。他认为中国文化不完全是静态的，也有动的一面。佛并不象征着死寂和消灭，其实佛的大无畏的精神，自由平等的思想，是异常彻底、异常勇敢的。他承认自己是相信佛化的，但又指出那些迷信的佛化、腐败的佛化都与真佛的教义无关。他认为只要大家以革命的佛化去督促革命的工作，中国的农民就一定能够得到解放。这样，就把革命的目标、农民的解放寄托在佛化的推行之上。