朱熹关于“存天理、灭人欲”的哲学思考，是其整个理学思想的核心。然而，千百年来，“存天理、灭人欲”一直被作为封建礼教的罪恶源头而被不断批判。
长期以来，“存天理、灭人欲”一直被认为是朱熹首次提出的命题，事实上，这一概念在《礼记·乐记》中已经出现，其中说道：“人化物也者，灭天理而穷人欲者也。于是有悖逆诈伪之心，有淫泆作乱之事。”这里所谓“灭天理而穷人欲者”就是指泯灭天理而为所欲为者。
后来，二程也说：“人心私欲，故危殆。道心天理，故精微。灭私欲则天理明矣。”这里所谓“灭私欲则天理明”，就是要“存天理、灭人欲”。
再后来，朱熹提出：“孔子所谓‘克己复礼’，《中庸》所谓‘致中和’，‘尊德性’，‘道问学’，《大学》所谓‘明明德’，《书》曰‘人心惟危，道心惟微，惟精惟一，允执厥中’，圣贤千言万语，只是教人明天理、灭人欲。”
“存天理、灭人欲”一直以来就像理学头上的脓疮一样被人批评着，其实这是后人对它的一种曲解，是历史遗留的问题，为了给它“平反”，就非常有必要弄清楚它的原始内涵和本质意义。
什么是“天理”
“天理”在朱熹的哲学思想中包含道理、规律、秩序、准则、规定性，天理既是天之大理，又是物之小理，还是人之道理。天理是自然之理，是万物之常理，是事物本来的规律，是社会之秩序，是人的道理、情理。也就是说，天理的内涵并不单纯是指封建主义的伦理道德，更重要的是指宇宙天地间一切符合事物发展规律性的正向定理。
什么是“人欲”
“人欲”，指的是“私欲”，与人的正当欲望并非同一概念。比如，“若是饥而欲食，渴而欲饮，则此欲亦岂能无？”“如‘口之于味，目之于色，耳之于声，鼻之于臭，四肢之于安佚’，圣人与常人皆如此，是同行也。然圣人之情不溺于此，所以与常人异耳。”这些是人正常的欲望，是朱熹所肯定的。而“同是事，是者便是天理，非者便是人欲。如视听言动，人所同也。非礼勿视听言动，便是天理；非礼而视听言动，便是人欲。”可见，朱熹所说的“人欲”是指那些超出了正当要求以及违反了社会规范的欲望。
“存天理、灭人欲”的本质内涵
“存天理，灭人欲”属于心性修炼。“天理”是公，是大善，是人的仁爱之心。“人欲” 是私，是小恶，是人的自私之情。“存天理”就是存善，追寻天理，循道而行。“灭人欲”就是去恶，克己省身，修身养性。简单的说，“存天理”就是向善，“灭人欲”就是去恶。
二程和朱熹提出“存天理、灭人欲”其实是强调，作为人类，人性中最大的缺陷就是往往为自己的私欲所蒙蔽，而看不到自己的真实面貌，而不能认识和接近真理。所以朱熹在《朱子语类》中又说：“去其气质之偏，物欲之蔽，以复其性，以尽其伦。”“灭人欲”不等同于禁欲主义，那是对程朱理学最大的曲解。儒家理学就是一门教导人做人的哲学，“存天理、灭人欲”就是希望学者能格物穷理，正心修身，可成为一个内外兼修，才德具备杰出的人。这恰恰不是对人性的禁锢，而是对人性的尊崇。“存天理，灭人欲”就是修身养性，是劝导人做杰出的人、高尚的人、了不起的人、伟大的人。
延伸阅读
讲给皇帝的“存天理、灭人欲”
朱熹生活在南宋时期，那时候南宋领土正被辽、金和西夏少数民族入侵，“日削月割”，国家处在危在旦夕之中。但是，南宋统治者迁都杭州后，却不思振作朝纲、安抚百姓、练兵强武、收复领土，而是偏安一隅、贪图享乐、苟且偷生。这对当时处于战争创伤中的人民来说，无疑是雪上加霜。面对此情此景，作为哲学家、思想家的朱熹没有沉默不语。已到暮年的朱熹又入都奏事，走到浙江时，就有人对他说，你喜欢讲“正心诚意”，但这是皇上最不爱听的，这次你就不要提了。朱熹很严肃地说，我平生所学，就是这四个字，怎么能够欺君呢？他见到皇帝的时候，还是批评了皇帝，说皇帝内心里面“天理有所未存”，“人欲有所未尽”。