冬。述占察行法。
甲戌。三十六岁。
癸酉、甲戌之际。大师匍匐苦患。彻因比丘独尽心竭力相济于颠沛中。毫无二心。
是冬。在吴门幻住庵。讲毗尼事义集要一遍。听者仅五六人。惟自观、僧聚二比丘能力行之。
撰礼金光明忏文。
乙亥。三十七岁。
春。阻雨祥符。始晤影渠、道山（字灵隐）二师。为莫逆交。是冬。大师遘笃疾。二师尽力调治。不啻昆季母子也。
撰讲金光明忏告文。
夏初。住武水智月庵。讲演占察经。是时即有作疏之愿。病冗交沓。弗克如愿。
述戒消灾略释、持戒犍度略释。盂兰盆新疏。
丙子。三十八岁。
是春。大师自辑净信堂初集。
三月。遁迹九华。礼地藏菩萨塔。求决疑网。拈得阅藏著述一阄。于彼抱病。腐滓以为馔。糠粃以为粮。忘形骸。断世故。续阅藏经千余卷。
撰九华地藏塔前愿文。亡母十周愿文。
丁丑。三十九岁。
是岁夏、秋之际。居九子别峰。述梵网合注。先是如是昉公。远从闽地。携杖来寻。为其令师肖满全公。请讲此经。以资冥福。复有二三同志。欢喜乐闻。大师由是力疾敷演。不觉心华开发。义泉沸涌。急秉笔而随记之。共成玄义一卷。合注七卷。
“案”梵网合注初刊之板。存金陵古林庵。后康熙丙辰岁。沈书准应成时师之请。重刻板。送嘉兴楞严寺入藏流通。（见沈书准跋）日本元禄五年所刊之板。即据此也。
撰完梵网告文。赞礼地藏菩萨忏愿仪。
自观印阇梨自武水寻大师于九子别峰。商证梵网佛顶要旨。大师见其躬行有余。慧解不足。设坛中十问拶之。
梦感正法衰替。痛苦而醒。写怀二偈云：“魔军邪帜三洲徧。孽子孤忠一线微。梦断金河情未尽。醒来余泪尚沾衣”。“休言三界尽生盲。珠系贫衣性自明。肯放眼前闲活计。便堪劫外独称英。”
戊寅。四十岁。
结夏新安。重拈佛顶妙义。加倍精明。
四十初度诗云：“物论悠悠理本齐。年来渐觉脱筌蹄。拳开非实掌元在。翳去惟空眼不迷。流水有心终汇海。落花无语亦成溪。刹那生处生何性。却笑威音劫外提。”
自辑绝余编。
秋。践诵帚师之约。入闽。渡洪塘。往温陵。
十一月撰陈罪求哀疏。
己卯。四十一岁。
住温陵。
诵帚昉师及一切知己坚请疏解大佛顶经。大师感其意。兼理夙愿。在小开元撰述玄义二卷。文句十卷。
刊佛顶玄义。板藏大开元寺之甘露戒坛。
如是师示寂。助其念佛。并为撰诵帚师往生传。
撰为如是师六七礼忏疏。挽如是师诗。
庚辰。四十二岁。
住漳洲。
述金刚破空论。（在温陵刊）蕅益三颂。斋经科注。
辛巳。四十三岁。
结冬温陵月台。有郭氏问易。遂举笔述周易禅解。稿未及半。以应请旋置。
（录者注）今泉州大开元寺藏有大师施赠之梵网经两部。卷末有大师亲笔题识。文曰：“崇祯辛巳。古吴智旭。喜舍陆部。奉大开元寺甘露戒坛。永远持诵。”
壬午。四十四岁。
是夏。自辑闽游集。
自温陵返湖州。
述大乘止观释要。
灵峰山中藏经装成。
撰铁佛寺礼忏文。
癸未。四十五岁。
结夏灵峰。
是岁结制。简阅藏经。仅千余卷。
崇祯十七年（清顺治元年）甲申。四十六岁。
是秋。居槜李。游鸳湖宝寿堂。撰游鸳湖宝寿堂记。
返灵峰。有句云：“灵峰片石旧盟新。”
九月。述四十二章经、遗教经、八大人觉经解。
是岁。大师退作但三归依人。
撰礼慈悲道场忏法愿文。佛菩萨上座忏愿文。
乙酉。四十七岁。
自去岁退作但三归人以来。勤礼千佛、万佛及占察行法。于今岁元旦获清净轮相。
夏。撰周易禅解竟。
撰大悲行法道场愿文。
是秋。住祖堂及石城北。共阅藏经二千余卷。
是岁。紫竹林颛愚大师遣七人来学。
丙戌。四十八岁。
晤妙圆尊者于石城之隈。同住济生庵。