段祺瑞是袁世凯的另一个得意门生—这当然说的是天津小站练兵时期。
段祺瑞（1865~1936），字芝泉，晚号正道老人，出生在安徽六安。父亲一生种田，是个老实巴交的农民。段祺瑞不甘心一辈子和泥巴打交道，徒步来到山东，投奔在威海驻军中任管带的族叔段从德，从此开始了他的军旅生涯。20岁时，段祺瑞考入天津武备学堂，李鸿章为在军队中培养高级人才，选派了一批“苗子”出国留学，段祺瑞就跻身其中，进入德国柏林军校学习，学成归来，即被荫昌推荐给袁世凯，成为著名的北洋一虎。
袁世凯对这个留学生印象很好，关键时刻总是特别提携。初进北洋时，王士珍、冯国璋先后通过了考试，被提拔到领导岗位上。段祺瑞虽然有才华，但是考场上临场发挥不好，考了几次也没有过关。眼看着年轻有为的小段惴惴不安的样子，袁只好用舞弊的方式帮他一把。考试前，将考卷内容透露出来，终于让段祺瑞坐上了干部末班车，当上了第三协的协统（相当于旅长）。
袁对段的关照，其实也不止这一次。进入武备学堂的第二年，段祺瑞回乡完婚，婚礼还未办完，忽然接到一封电报：袁世凯要检阅军队，催他速回。段祺瑞打点行装正要上路，第二天又接到一封电报，是袁世凯亲自签发的，叫他先办婚姻大事，回津之事可延缓几日，随同电报来的还有老袁的一张银票，这让段祺瑞十分感动。十几天后，段祺瑞回到小站营中，袁世凯命手下大张筵席，军乐队奏乐，又特意为小段庆贺了一番，并将全部花销记在了公款消费名下。之后不久，老袁想到小段离家太远，妻儿不在身边有诸多不便，于是差人接来他的妻儿，同来的还有段祺瑞的妻弟吴光新。
袁世凯以“半子”之谊待段祺瑞，段也始终将袁视做“恩人”。此中渊源，与段祺瑞的夫人张佩蘅关系极大。据曾在段公馆做过事的王楚卿回忆：“张夫人名叫张佩蘅，张家和袁世凯是世交。袁世凯没有闺女，就把张佩蘅认做义女。段祺瑞断弦以后，便由袁世凯主婚，把张佩蘅嫁给了段祺瑞，从此袁、段二人除了多年的袍泽关系外，无形中又成了亲戚。这和袁世凯给冯国璋撮合婚姻一样，都是他笼络部属的惯用手段。”（王楚卿：《段公馆见闻》，文史资料选辑第41辑）。这段回忆中除了说袁世凯没有闺女是个错误外，其余皆是事实。
关于张佩蘅，袁世凯的三女儿袁叔祯（静雪）在《我的父亲袁世凯》一文中曾有说明：“她是张芾的女儿。张芾死后，仅仅留下一妻一女，家境很贫寒。我父亲看到他们这种无依无靠的情形，就把她们母女二人接到自己任上。当时，张的女儿还正在吃奶。从这以后，她们就始终住在我们家里。我父亲和我娘还把这个女儿认做自己的大女儿，后来我们也就把她叫做大姐。其后经我父亲介绍，嫁给了段祺瑞。在她过门之后，虽然她的母亲也跟了过去，但还是认我家为娘家，来往是极其密切的。她每次到了我们家，对我父亲和我娘，仍然是爸爸、娘的叫得很亲热，我们也把段祺瑞叫做姐夫。”（参见《八十三天皇帝梦》第68页）
张芾字小浦，陕西泾阳人，清道光年间进士，授编修，曾任江西巡抚、广东巡抚。张芾做官的这段时间，正值太平军占据南京。在长江两岸和清廷军队以及曾国藩的湘军大打拉锯战，张芾的官当得很辛苦。先是驻守九江，两江总督陆建瀛移至九江后，又去守瑞昌，结果九江、瑞昌相继失陷，张芾革职留任，也就是不戴官帽仍然在原来的领导岗位上做事，以观后效。后来他守护南昌城有功，官复原职。过了不久，有人参劾他截留云南、贵州的铅银自肥（其实他是给部下发了饷银），又被免官。这之后张芾在宦海中几经沉浮，一会儿当官一会儿免职，搞得他既伤心又灰心，给上司曾国藩写了个报告，要回老家去休养—实际上是害政治病，用搁挑子的方式给曾国藩施加压力。
偏偏在这个时候，大西北回民起义，回民连破数州县，直逼省城。皇帝急得直抓瞎，从官员名单中挑出了这个陕西人，令张芾督办陕西团练，会同陕西巡抚瑛棨防剿。瑛棨是个官油子，欢迎张芾的仪式上说了他一大通好话。把张捧得高，是因为想把张推到前方战场。张芾果然中计，率领数骑慷慨赴往。到了渭南仓头镇，见到起事的回民，晓以利害，回民颇感动。其中有个头头叫任老五，看到回民军心动摇，冲出阵来，照准张芾胸前就是一刀，张芾当场倒地，大骂不绝口，遂被肢解。接着任老五等回民大开杀戒，跟随张芾前往的五十多人全部遇难。事后有人前往寻觅遗骇，仅拾到几块骨头。
张佩蘅一生都对袁世凯心怀感激之情。老袁搞洪宪帝制，段祺瑞明里不反对，暗中常玩小动作。每当张佩蘅听到段有什么对袁不利的风声，回到家里段便会受气。老婆当着客人的面骂他“没有良心”，段祺瑞也不敢反驳，赔着笑脸，低声说：“我对总统（指袁世凯）是爱莫能助呀！”
袁世凯的二女婿薛观澜曾经讲述过这么一件事：民国七年（1918），薛观澜带着老婆孩子到段公馆探亲，薛跪在地上行了个大礼，段祺瑞还礼时膝盖未着地，被夫人张佩蘅看到了，当场叫段重新还礼。段祺瑞叫薛观澜的名字，夫人又不依，非要段叫薛为二妹夫。这搞得段祺瑞很没面子。段祺瑞当面不好发作，只得暗暗向薛观澜做鬼脸，其场面庄重而又滑稽。坐下来聊天，张佩蘅仍然念念不忘袁家的好处，她对薛观澜说道：“你大姐夫没有礼貌，他是老糊涂了。我们住的这所房子，都是爸爸（指袁世凯）赏赐的。你们住在这，千万不要客气。”（薛观澜《我所知道段祺瑞的一生》）
袁世凯去世以后，袁家听到一个传闻，说段祺瑞要带兵来围攻总统府，并且要杀死袁府全家，袁府之众大为惊慌。袁克定、袁克文跑到段府，要去问个究竟，段姐夫一听，鼻子都气歪了，拍着胸口保证绝无此事，叫袁氏兄弟别相信流言蜚语。为了保证袁家的安全，派夫人张佩蘅带着儿女到袁家一起守灵，让他们住在袁府，段姐夫自己也天天过来看望和照料。由于这场虚惊，袁家人心里更是留下了难以磨灭的阴影，但是他们对段姐夫对袁府的感情，从此再也深信不疑了。张佩蘅这门亲事，后来还有一点延伸。她嫁给段祺瑞后，生了三个女儿，其中大女儿嫁给了袁世廉的孙子袁家朗。
再来说说段祺瑞。此人也是一个奇人，一生最大的优点是清廉，真所谓两袖清风，一身正气。生活上不追求奢侈，饮食以清淡为主，到了晚年信奉佛教，更是吃斋食素。穿衣服不甚讲究，平日在家里经常穿件长衫，头上戴顶瓜皮帽，谁也想象不到这是个大人物。他在任国务院总理期间，服装和车马排场还不如一个总长（部长），这在喜欢按级别享受待遇的人看来，是不可思议的。
段祺瑞一生不赌不嫖，不爱钱，不抽大烟，不包二奶，不收红包，但是有一样他特别喜欢：下围棋。出钱养了一批围棋高手。当他的棋艺顾问，有时候也陪他下棋聊天。陪老段下棋要有一套本领才行，他下棋只想赢不想输，但是输给他多了，又瞧不起你，因此陪他下棋的高手经常是输他半子左右。段祺瑞有个儿子叫段宏业，棋艺也好，却不给老爸留面子，一上阵就杀得老段落花流水，这种时候老段的鼻子又会气歪，将棋桌掀翻在地，指着小段狠狠地骂：“你这个小子什么都不懂，就会胡下棋！”
老段这是气愤之余说的话，也还符合实情。虽说他对长子段宏业寄予了很大的希望，但是段公子不争气，是个不务正业的纨绔子弟。段公子曾在陆军部执法处挂名当了个提调，可是他并不好好当差，上班不是旷工就是迟到，天天泡在外头喝花酒。段公子本来有妻室家眷，却是“老婆基本不用”，娶的小老婆都是从妓院里接出来的，而且三天两头退货，搞得妓院老板怨声载道，却是哑巴吃黄连，有苦说不出。
段祺瑞是个清流派，严格要求自己，也爱严格要求别人，这样的行为理解就好，不理解就会被认为是苛刻。事实上说段刚愎自用的人确实不少，他和一些同僚的关系也很不融洽。段身上有强烈的排他性，先后排挤出了唐绍仪、黎元洪、冯国璋，和他共事的人最后结果往往是反目，闹得不欢而散。
袁世凯称帝，是导致袁身败名裂的最直接的原因。这件事对他是致命一击，此后他的精神垮了，身体也垮了。病榻上的袁世凯依稀看到，在那些众叛亲离的人群中，也有他极为依赖的段祺瑞的身影，这是尤其让人感伤的。
据薛观澜分析，段祺瑞反对袁世凯称帝的原因有三：
一、段祺瑞与冯国璋皆以袁之继承人自命，帝制若成，彼等将永无继位之望，且黎元洪封亲王，龙济光封郡王，段仅获公爵，而生异心；
二、段与袁克定关系不好，担心克定继位后会对自己不利，这是段反对帝制的主要原因；
三、段虽为陆军总长，军权实在袁手。段怏怏不得志，而其副手徐树铮野心勃勃，最为袁世凯嫉恨。袁设模范团以训练将校，凡各镇将校官，悉由老袁亲自任命，段无用人之权，很不满意。他曾向老袁请示，要求自营长以下的官，由陆军总部直接任命。老袁召见段姐夫：“芝泉，你脸上气色不好，休养一时吧。”段姐夫退出，即请长假休养去了。这无疑使段姐夫对“岳父”袁世凯多了一层隔膜。
纵观段祺瑞生平，其最景仰者袁世凯，最信任者徐树铮，最深畏者夫人张佩蘅。此人后期虽说反对帝制，但一生与老袁关系密切，一举一动，无不模仿袁氏，甚至平日在家所戴方顶小黑帽，也同老袁的帽子一个样。袁世凯死后，段祺瑞以袁氏继承人自居，但是北洋旧属并不买他的账，尤其冯国璋，后来成为他在政坛中强有力的竞争对手。
尽管如此，袁世凯与段祺瑞还是有许多不同。
比如在用人之道上，段祺瑞喜欢上一个人，往往就什么事都要交给这个人办，甚至到离不开这个人的地步，在徐树铮问题上表现得特别明显。袁世凯则不同，袁是因事而用人，好钢用在刀刃上，把该用的人才用到最需要、最合适的地方。辛亥时对付清室，袁世凯用胡维德、赵秉钧、梁士诒；与南方革命军议和，用唐绍仪、汪精卫；欲联络黎元洪，用张国淦、夏寿康；二次革命癸丑之役，用二段（段祺瑞、段芝贵）；对日本二十一条之交涉，全部权利交给了善外交的曹汝霖；搞洪宪帝制，用杨度；想要操纵政党，用黎元洪、汤化龙；在海陆军大元帅统率办事处，重用王士珍；建立模范团，用陈光远；对英国交涉，委托蔡廷干结纳朱尔典；为疏通美国总统威尔逊，竟重用当时名不见经传的顾维钧。总而言之，袁世凯所用之人，个个都是某个领域的突出人才，不能不说其驾驭有术。相比之下，段祺瑞只用自己信得过的人，则相形见绌。
在性格上，袁与段二人，既有相同也有不同之处。薛观澜是袁世凯的女婿，又是段祺瑞的连襟，对他们的观察分析细致入微，颇为中肯。
袁与段二人性格上的相同之处：
一、皆志在掌握北洋军，欲以军事势力为政治资本。
二、袁以政治手腕谋南北统一。段之政治手腕不够，故主张武力统一，换句话说，他们对革命军皆无信心。
三、对于议会政治，二人均深恶痛绝。
四、对于国家经济皆无良策，只知借款度日。
五、二人态度肃穆，令人起敬。唯段氏威仪虽胜过黎元洪、徐世昌却逊于袁世凯。段喜用四字成语，有学究气。袁则要言不繁，言必中肯。论中文根底，袁胜于段。
他们性格上的不同之处：
一、袁素来主张总统制，以美国为蓝本；段则一生迷信责任内阁制，以法国为榜样，故薄总统而不为。
二、段对清皇室不甚买账；袁在任内则将清皇室优待费如数拨给，每年四百万元，清室借此得以维持十数年。
三、袁最不喜欢派别之争，用人较广泛；段则多用同乡，有派别观念，北洋系遂无团结的可能。
四、袁的脑筋较段为新。袁喜西法，重用留学生，平时注意人才，每逢接见宾客，动辄先查履历；段则一切马虎，没有人才观念。
五、段亲日；袁骨子里反日。但是袁世凯有两个国际友人，一为英国大使朱尔典，一为日本大使林权助，二人事袁如“长兄”，由此可见袁世凯政治手段灵活。
六、袁一生不打牌、不吸烟、不好饮酒、不爱京剧，唯独喜欢吃北京烤鸭和黄河鲤鱼；段虽然也嗜好不多，但痴迷围棋，陷入太深，只要他在下棋，“天子呼来不上船”，经常见他左右站着等候请示公事的下属，容易误事。
七、从服装上看人之个性，袁氏喜欢穿军装，肩章三颗星，极似中山装，可见其英姿飒爽。袁氏虽从来不穿西服，但是喜欢看年轻人穿西服。段则相反，不喜欢穿军装，最恨西服，尤其不喜欢硬领与皮鞋，每逢接见、宴请之类的礼节仪式，穿燕尾服需要别人帮忙。
八、段祺瑞言行、衣饰皆效仿袁世凯，但不能学到惟妙惟肖，往往形似神不似。孙中山逝世之后，在北京开追悼会，段祺瑞原准备参加的，后因脚肿，皮鞋穿不进去，遂取消了这个计划。这既失礼，也给政敌攻击以口实，这是段氏修养不到家。这方面袁世凯则高明得多，政治永远摆在第一位，皮鞋穿不进穿布鞋，也要去参加追悼会。
袁世凯与段祺瑞，后期关系变得微妙，又有袁克定梗塞其中，彼此之间的关系更为复杂。段祺瑞和冯国璋本是老袁一手扶持起来的，原来是百依百顺，随着职权的提高，对袁渐有不听调度之表示。北洋三杰中，老袁最放心的是王士珍，此人不争权，不重名，只有一样，对清廷感情特深，民国成立以后便主动提出告老还乡，回山西老家当遗老去了。老袁要排斥段祺瑞，最好的办法是借重王士珍。他派袁克定乘火车专程赴山西正定府，接王士珍进京，授“陆海军大元帅统率办事处”坐办，处长即是袁世凯。王士珍的角色相当于三军副总司令（总司令是老袁），实际上剥夺了段祺瑞的军权。
另外一个举措是成立模范团。眼看着亲自带起来的北洋旧属渐渐不听指挥了，袁世凯曾经感慨地说：“小站旧人现在暮气沉沉，华甫（冯国璋）要睡到下午才上班，芝泉（段祺瑞）又经常装病不到衙门，叫我怎么办？”袁的办法是弃旧人，用新人，忽然重用了蔡锷、蒋方震等日本留学生。模范团成立于民国三年（1914）年十月，团址设在西城旃檀寺，由袁世凯亲任团长，陈光远任副团长。袁无论多么忙，每星期必定要骑马来观操一次，召集军官训话一次。第一期毕业，成立拱卫军四旅，炮兵骑兵各两个团，机关枪一营，成绩奇佳。第二期改由袁克定任团长，陆锦为团副。袁世凯与段祺瑞摩擦最剧烈的，即为模范团之事。尤其让段不能容忍的是，模范团第二任团长，竟是跛足的袁大公子，这明摆着袁对段不放心，想把兵权一点点从他手中夺光。
段祺瑞是有个性的人，袁称帝以前，小站旧人恢复了对袁的跪拜礼，段祺瑞认为，民国了，一切要有新起点，不愿意屈膝下跪。冯国璋劝他说：“总统就是过去的皇帝，脱帽行礼和跪拜都一样，何必在意形式？”冯国璋带头在袁世凯面前跪下来，段祺瑞见状只得跟着跪下磕头。袁世凯还比较谦逊，连忙把二人扶起，嘴里念叨：“不敢当，不敢当。”到了大公子袁克定那儿，两人也要行跪拜礼，心中自然十二万分委屈，更气愤的是袁克定竟端坐不动，受之泰然。跪完之后，段祺瑞怒冲冲地朝冯国璋发火：“大少爷的架子比老头子还要大！我们做了上一辈的狗，还要做下一辈的狗！”事后袁克定淡然地说：“这正是我希望看到的，他们都是老头子养大的，现在尾大不掉，我偏要折折他们的傲气。”
有张佩蘅这么一层关系，袁克定成了段祺瑞的大舅子，可是两人的关系形同水火。当初成立模范团，袁世凯提议第一任团长由袁克定来当，段祺瑞坚决反对，袁世凯同他商量半天，依然是两个字：不行。闹得袁世凯很不高兴，最后只好摊牌：“你看我当行不行呢？”这样一来，段祺瑞无话可说了。但是到了第二期，模范团的团长还是由袁克定当了，这件事使段祺瑞很郁闷。
袁克定架子大，对段祺瑞很不客气，洪宪帝制时，因段祺瑞不赞成帝制，袁克定对他尤为怨恨。据袁家女婿也是段家妹夫的薛观澜说，段祺瑞在公府乘坐人力车，克定幼弟三五成群，纷纷以雪球掷之，称其为“段歪鼻子”。如此当面侮辱，段岂有不留遗恨之理？袁世凯将义女许配给段祺瑞，结下这门姻亲，恐怕没想到后来会演变成这样的局面。在政治利益面前，姻亲关系也变得很脆弱，只能退居二线。
不过在段祺瑞心里，对袁世凯还是有深厚的感情的。有一次段入袁府，行三鞠躬礼，袁世凯命坐，忽然关切 地 来 了 一句：“你的气色 还 不 见好。”段祺瑞答道：“多谢大总统赏赐的人参，吃了便觉得好多了。”袁世凯沉默片刻，长叹一声：“到今天才看出来，只有我俩的老交情是最可贵的。”听袁世凯提到“老交情”三个字，段祺瑞眼泪都快掉下来了。袁对段的心理战，轻松取胜。洪宪帝制取消之前，袁世凯日夜难眠，派人给段祺瑞送了一封密函，请段速到新华宫。袁世凯看着段祺瑞的眼神，低沉地说：“你一定要帮我的忙啊！”看到自己跟随了二十多年的老主子这副可怜的模样，段祺瑞心情极其复杂，站起来说：“只要大总统取消帝制，一切善后事宜，当全力以赴。”
袁世凯死后，北京举行盛大的政府公祭，段祺瑞以国务总理的身份主祭。当送柩的专车从前门火车站出发时，段祺瑞肃立在站台上，目送着徐徐驶去的列车，聆听着一声声渐渐消散的礼炮声，内心的复杂感情难以言表，他的眼睛有些湿润了。