智顗到公元585年时止，已在陈国活动了十八年之久。从陈国子祭酒徐孝克所作《天台修禅寺智顗禅师放生碑文》来看，智顗对陈宣帝是很崇敬的。他的传教事业由这位皇帝玉成，他对陈国的处境也很担忧，对于陈宣帝的儿子，他也非常关注。所以当公元585年，陈叔宝即帝位三年之后，当杨坚通过军事反击和离间分化使突厥诸部的威胁解除、腾出手来对付南方时，智顗应陈叔宝之邀，又一次来到了金陵。
五重返金陵抚慰民心
陈少帝至德二年(584)，少帝从弟永阳王陈伯智出镇东阳，致书三请智顗，智顗到达后，伯智和他的儿子“咸禀净戒”。此后，经徐陵推荐，少帝前后三次遣敕使，迎请智顗。智顗于公元585年四月在“太极殿”受到“天子躬礼三拜”的礼遇。接着他开讲《大智度论》和《仁王般若经》，少帝“临筵听法，百僚莫不尽敬”。皇后沈氏，请立法名，智顗为她取名“海慧”。皇太子也从其受菩萨戒，真可谓显赫一时。
智顗此次到金陵，金陵权贵们的精神面貌已经大不如前。在宣帝时期，人们关心佛法，好歹还讨论一些佛教比较深刻的哲理，对佛教还能够保持一种比较闲适的心境，能够理解其中的精华。但此时，人们更多地是关心个人的生死问题，关心在陈国即将灭亡这一可怕的必然性面前个人身心的归宿。左仆射徐陵曾将自己心底的秘密向智顗倾诉，他说他有五愿：“一愿临终正念成就，二愿不更地狱三途，三愿还即人中，不高不下处托生。四愿童真出家，如法奉戒，五愿不堕流俗之僧。”这些愿望一方面反映出他对于死的深刻恐惧，又反映出他对现实生活的深深留恋，在恐惧与留恋的矛盾冲突中，他非常遗憾没有少年出家，获得消除这些矛盾的佛法奥秘。另有一位典陈国军事机密的毛喜，在智颤还留滞天台时就曾经致书请智顗还返，书中念念不忘对他后代的殷切关注：“弟子诸弟及儿等，悉蒙平安。第二任鄱阳郡，第三为豫章王司马，第四大廷卿，第五人阁度支郎。大儿犹在东宫为中书舍人。仰蒙垂顾。”这些来往书信充分反映了在陈国即将灭亡的必然性面前，人们对于自己的身心和亲属的处境是多么无能为力。他们只有求救于慈悲的佛法，从佛法中寻找精神支柱。
智顗一到金陵之所以受到王公贵族们的崇拜，固然由于他在陈国十八年的宗教生涯中已经牢固地树立起了言行如一的宗教领袖的形象，但最主要的原因是当时陈国到处弥漫的幻灭情绪导致了对佛教的狂热。人们信仰佛教，同时又把对佛教的信仰转移在对活着的宗教权威智顗的崇拜之上。智顗成了陈国士民的精神偶像。
但智顗又能够为这些骚动的灵魂做些什么呢？他对于陈国的命运毫无办法，只有给他的信徒们以最大的安慰。在智顗移住光宅寺后，陈叔宝的太子请受菩萨戒，上书说：
仰惟化导无方，随机济物，卫护国土，汲引人天，照烛光耀，托迹师友。比丘入梦，符契之像久彰，和尚来仪，高座之德斯秉。是以翘心十地，渴仰四依，大小二乘，内外两教，尊师重道，由来尚矣。伏希俯提，从其所请，世世结缘，遂其本愿，日夜增长。今二月五日于崇正殿设千僧法会，奉请为菩萨戒师，谨遣主书刘蝽奉迎。
智顗满足了他的要求，如期为他授菩萨戒。因为按照佛教的说法，人身虽有生死之异，至于精神则永远不灭。天地一成一败，谓之一劫。每劫中都有诸佛得道，出世教化。目前这个世界，一共有千位佛出来。自其开始到释迦牟尼已有七佛，将来的佛是弥勒佛。弥勒佛时，受过菩萨戒以上的人都会摆脱轮回，进入佛国。智颉一方面给这位年幼的太子以廉价的信念，另一方面又暗示陈的灭亡是不可挽回的事。就在这次授戒仪式中，智颉以特殊的方式寓言“成晚”(陈亡)。
智顗不断地向人们讲经，讲授现实世界犹如火宅、没有任何可靠性的道理，同时又宣说佛教的真理就是依凭矛盾并最后超越矛盾。不管当时人们是否真正了解了智顗所说的一切，但人们最后总算明白，尽管陈国的灭亡已经不可避免，但是人们的精神生活是不会因为陈的灭亡和个人的遭遇而消亡，它是独立的，有它的归宿，如果人们能够意识到精神生活韵崇高价值，就不会把目前的处境和遭遇当作摧毁自己的力量，反而会把它当作领悟人生意义的条件。这种宣教活动一直延续到公元589年。
六隋师灭陈踯躅匡山
隋开皇八年(588)，智顗五十一岁。三月隋文帝杨坚下诏伐陈。十月杨广(杨坚第二子)受命任淮南行台尚书令，十一月隋军在长江沿线全面出击，开皇九年(589)正月在下游发动总攻。正月二十日，陈后主命主力十余万在建康城东与隋军决战，隋军大胜，当天就占领了建康，俘获了陈叔宝。当时他藏身于景阳井中，隋军用绳子把他拽上来时感到特别沉重，一上来才知道他将自己与宠妃张丽华、孔贵嫔捆在一起。两天后，晋王杨广人据台城。隋军纪律严明，获得了当地人民的好感。三月陈国皆平。自西晋末以来分裂近三百年的南方，终于又与北方归为一统。
但智颉在这时却被迫远离这一事件。他策杖荆湘，试图回到他的故地。在途中他感梦而息止匡山。匡山在庐山，其上东林寺为东晋着名僧人慧远所创。智顗在这里憩泊，“时游峰顶，以岁为日，羡玩忘劳”。智顗息止匡山，据他自己说是因为梦见老僧请他守护陶侃瑞像。陶侃是东晋有名的重臣，他坐镇荆楚，对于东晋王朝的稳固起了重要作用。智顗在这时梦到陶侃，或许有对这位出身贫寒、孤苦自立、最后建功立业的名臣产生了共鸣，他也许对佛法是否要切实地渗透到军国大事的实际解决中去一度也产生过犹疑。总之，在此时他梦见陶侃，可能显示了他对江南故国感情上的依恋，严峻深刻的佛法哲理仍然掩灭不了他对人世温情的直觉，淹灭不了他的情感。但很快地，他就在东山慧远的遗迹中谛听到了先贤的嘱托，慢慢消解了他心中的波澜。慧远这位着名的高僧并没有被当时南北混乱的战争所打垮，他历尽千辛万苦最后来到九江匡山，别置禅林，带领徒众修道，历三十余年，影不出山，迹不入市，终于使佛教真理得以广泛传播。智顗从慧远的经历中得到了启发，佛法使他又一次超越了感情的牵制，使他忍受矛盾的能力又一次得到了提升。
陈国灭亡后，杨广复拜并州总管，他的三弟秦王杨俊任扬州总管四十四州诸军事，接替他镇守广陵。隋朝开始向南方各州县重新委派地方长官。秦王杨俊逐渐发现智颉在南方士民中的精神领袖作用，曾命人请他出山。但智顗似乎不想合作，对使者说：“虽欲相见，终恐缘差。”虽然你想与我相见，就怕你我没有缘分。智顗的这种态度引起了文帝杨坚的注意。开皇十年(590)正月十六日，在陈国灭亡一周年之际，他给智顗发出了一道敕书：
皇帝敬问光宅寺智顗禅师：朕于佛教，敬信情重。往者周武之时，毁坏佛法，发心立愿，必许护持。及受命于天，仍即兴复，仰凭神力，法轮常转；十方众生，俱获利益。比有陈虐乱，残暴东南，百姓劳役，不胜其苦。故命将出师，为民除害，吴越之地，今得廓清，道俗人安，深称朕意。朕为崇正法，救济苍生，欲令福田永存，津梁无极。师既已离世网，修己化人，必希奖进僧伍，固守禁戒，使见者钦服，闻即生善。方副大道之心，是为出家之业。若身从道服，心染俗尘，非直含生之类无所归依，仰恐妙法之门更来谤诟。宜相劝勉，以同朕心。
这道敕书除了隋文帝的自我宣扬、自我吹嘘之外，就是要给智顗这个曾经结纳很深的知名和尚提出一点警告，施加一点压力，促使他为隋王朝服务。智顗在打算重返金陵时，江南发生了叛乱。
开皇十年(590)十一月，“陈之故境，大抵皆反”。由于陈地百姓不满于隋政权将北方管理农民的方式推行于南方，一些南方士族豪强乘机散布隋朝将南人迁徙入关的流言，叛乱在陈国全境发生，尤以东南地区的声势最大。扬州总管杨俊收拾不了，杨坚又命杨广为扬州总管，与杨素带兵平叛。不到一个冬天，叛乱就被迅速平息。杨素从京口进军江浙、福建，杨广从扬州进军安徽。由于杨广在江南的重要影响，他被任命为“使持节、上国柱、太尉公、扬州总管诸军事、扬州刺史”。从公元590年十一月第二次出镇扬州，到开皇二十年(600)被立为皇太子时去职，在任整整十年。
杨广上任时，南方在杨素血腥镇压以后到处弥漫着反隋情绪，杨广自己又是两度带兵南下的征服者。要被南方人民接受，他必须改善自己的形象。杨广聪明地认识到儒学和佛学是沟通南北隔阂的有效工具，他对儒学和佛教表现出极大的热心。在扬州总管任上，他网罗了大量才学之士，其中知名的王府学士和扬州博士有柳髻、诸葛颍、虞世南、王胄、王音、朱场、庾自直、潘徽、虞绰等人。除柳巧言来自后梁国、诸葛颍来自齐国外，其他都来自陈国。他召集他们读书着述，在称帝以前近二十年间，从未停止修撰，“自经术、文章、兵农、地理、医卜、释道及至蒲博、鹰狗，皆为新书。无不精洽，共成三十一部，万七千余卷”。对于佛教他更为关注。他着手另建一都以代替原来存在而现在已被毁坏的佛教文化中心建康。他从新都江都下了几道命令，要求收集和重抄在战争和以后的内乱中分散在各地的佛经。他在江都建造了佛寺和藏经堂，召集南方着名的高僧至江都的寺院从事宗教和学术工作。
杨广没有忘记南方佛教领袖智顗。为了彻底地改变自己的形象，杨广决定在扬州受菩萨戒，他请智颉主持戒仪。智顗初陈寡德、次让名僧、后举同学，作了多次辞让后，估量形势，答应了杨广的要求。但同时也提出了四个条件：
一、虽好学禅，行不称法，年既西夕，还守绳床，抚臆循心，假名而已。吹嘘在彼，恶闻过实，愿勿以禅法见期。
二、生在边表，频经离乱，身阉庠序，口拙暄凉。方外虚玄，久非其分，域间撙节，无一可取。虽欲自慎，朴直忤人，愿不责其规矩。
三、微欲传灯，以报法恩。若身当戒范，应重去就，去就若重，传灯则阙，去就若轻，则来嫌诮。避嫌安身，未若通法而命，愿许其为法，勿嫌轻动。
四、十余年水石之间，因以成性，今王途既一，佛法再兴，谬课庸虚，沐此恩化，内竭朽力，仰酬外护。若丘壑念起，愿随心饮啄，以卒残年。
智顗所提四个条件，第一个是说他虽然拥有禅师的虚名，但实际上闻过其实，他不愿意给杨广传授禅法。第二个条件是他向来不懂世间礼节，请杨广在会见时不要强迫他遵守规矩。第三个条件是说他的责任是传教，即使到了扬州，如果有传教的需要，也不能阻止他自由行动。第四个条件是说他虽然很愿意为隋效力，但如果他想归隐丘壑，希望杨广也不要阻拦。对于一个不久前曾给陈国太子授菩萨戒的宗教领袖来说，灭亡了陈国的隋朝皇子又要他授菩萨戒，他不可能不产生心理上的矛盾。他完全能够意识到如果他答应了杨广的请求，他的精神领袖的作用就超越了国界。他于是向杨广提出了一些表面上冠冕堂皇的条件，尽量保持宗教领袖的个性。
杨广并不在乎智颉是否愿意向他传授禅法，也不在乎见面时智顗是否按照官场的规矩行礼。他关键是要智顗做出一种愿意合作的姿态，愿意作为他的戒师。因此，在了解智顗的四个条件之后，他一一答应，并在《受菩萨戒疏》中自称：
弟子基承积善，生在皇家，庭训早趋，彝教夙渐，福履攸臻，妙机顿悟。耻崎岖于小径，希优游于大乘，笑止息于化城，誓舟航于彼岸。开士万行，戒善为先，菩萨十受专持最上。喻造宫室，必先基址，徒架虚空，不能成。孔老释门，咸资镕铸，不有轨仪，孰将安仰？诚复能仁本为和尚，文殊冥作阉黎，而必藉人师显传圣授，自近之远感而遂通。波仑罄髓于无竭，善财忘身于法界，经有明文，非从臆说，深信佛语，幸遵明导。禅师佛法龙象，戒珠圆净，定水渊澄，因静发慧，安无碍辩。先物后己，．谦挹成风，名称远闻，众所知识。弟子所以虔诚遥注，命楫远延，每畏缘差。值诸留难，亦既至止，心路豁然，及披云雾，即消烦恼。以今开皇十一年十一月二十三日，于总管金城殿设千僧会，敬屈授菩萨戒，戒名为孝，亦名制止。方便智度，归宗奉极，以此胜福，奉资至尊皇后，作大庄严，同如来慈普诸佛爱，等视四生犹如一子。
杨广在申请受戒文中一方面表达他对佛法忠诚的信念和受戒的迫切要求，另一方面对智顗的佛教定慧修养大加吹捧，同时也告诉智顗，他将在公元591年十一月二十三日于扬州金城殿设千僧会，希望智顗在此日给他授戒。
智顗于是在他息泊匡山近二年之后，在他五十四岁时来到了扬州。
七掉步荆湘寻觅法眼
公元591年十一月二十三日，杨广如期举行了千僧会，智顗于内第躬传戒香，授杨广律仪。他说：“大王为度，远济为宗，名实相符，义非轻约，今可法名为总持也，用摄相兼之道也。”杨广你既然受了菩萨戒，就应该名实相符，不要轻易地对待这场戒仪。现在可给你取法名为“总持”，希望你在日后行为中信守菩萨戒律。杨广并没有把智顗所说的话放在心上，令他高兴的是现在他终于实现了他的政治目标，他用柔弱的一手把南方宗教领袖拉了过来，取得了依靠武力难以达到的政治效果。在授戒之后，他施送给智顗的礼物就有五六十种之多。
但智颉却没有忘记他出山前所提的条件，一授完菩萨戒，他就提出要回到荆楚，杨广当然不愿意他离去，致书挽留，书中说：
爰逮来诲，须往荆楚，辞致首尾，仰具高怀。但祗禀净戒，事成甫尔。宿者凝滞，匪遑谘决。闭梨和尚，经称胜田。种子虽投，嘉苗未植。方用心形，永伸供养。庶凭善诱，日洒尘劳，凡厥共缘，依止有地，斯亦舟航兼运，利益弘多。如来化导，何必止还天竺，菩萨应变，本无定方。深愿坦然，以虚受物，迟延展礼，面当谘逊。意思是说，我刚受戒，你就要离去，譬如种子刚投到田里，禾苗都没长出来，播种的人就不加管理。戒师您是佛法权威，我正打算留你长住，向你请教，怎么能这样快就离我而去。况且菩萨应变并无固定的方位，如果如来一定要在天竺化导，亦不必到处传播他的佛法。我认为您老还是应该“虚己受物”，心怀坦然，不要再存芥蒂。
但智顗坚持己见。杨广因有言在先，只好向他提出妥协。他先是派柳顾言向智顗表示希望智顗不要一去不返，离开的地方也不要太远。后来又专门写信，说：“荆潭路遥，……行程难期”，我看你还是在扬州或南京附近依林壑安居，将来再作远行打算。但智颉还是不听，不得已，杨广只好放他上路：“复逮今旨，欲遂前心，功德因缘，岂敢违忤。谨遵宿愿，即命所司发遣。发日离晨，仰听详择……”