河西战役之后，蒋介石为了笼络“二马”，将马步芳的新编第二军正式改编为陆军第八十二军，马步青的骑五师扩编为陆军骑兵第五军。其后，蒋介石为了抑制“二马”，控制河西走廊，保持内地通往新疆的大道，于1940年秋令驻防在甘州、肃州一带的马步芳部撤回青海，并用缓冲的办法，将防务交由骑兵第五军马步青接替，即由该军所属骑兵第五师马呈样部进驻肃州一带。1942年4月，国民党政府特派马步青为柴达木屯垦督办，令其率骑兵第五军开赴青海柴达木盆地屯垦。
新命宣布后，马步青心烦意乱，颓丧异常。马步芳独霸青海军政全权，入青实难相容。可是蒋命不敢违抗，又无周旋门径。部属之中，有主张暂缓其行，有主张直赴西宁，有主张不经西宁而由河西走廊经敦煌西上沿新疆的南疆边境，直入柴达木。意见纷纷，莫衷一是，使马步青处于进退两难的境地。马步芳为达其并吞骑兵第五军的蓄意，连电促其成行，表示欢迎。马步青终以形势所迫，在蒋介石的压力下接受命令，于1942年5月11日在武威先行宣布就督办职。6月2日，该军骑兵第五师师长马呈祥率部从肃州防地沿祁连山经门源进入西宁，随后军司令部直属各团营及暂编骑兵第一师亦由武威、永登相继入青。
马步芳对骑五军的并吞蓄意已久。远在河西战役之时，每当骑五军较高一级的军官因公私事来西宁晋见马步芳时，即乘机进行拉拢，给予一些金钱粮食或房地产，以加强自己的影响。并说：“阿哥多不管束部队，你们要好好训练队伍，爱护团体，骑五军和八十二军是一家人！”对直属的八十二军军官讲话，也扬言“骑五军没有训练，不能打仗，官兵多半抽大烟、打麻将。阿哥迷醉于玩乐，不训练部队”，等等。
骑兵第五师到达后，马步芳以马呈样是自己的外甥，以家长身份直接指挥其部队。首先命令所部马匹入场放牧，并规定了休息期间的活动安排等等。马呈祥每天也与马继援在一起，无形中打成一片，马步芳旋对骑兵第五军进行整训，派张成桢为总教官，在营以上单位，均派驻教官一名。所有骑五军的各级官佐，分编为两个连，每天早饭后的两个小时进行制式教练或战斗教练，以备第二天训练部队的课目。自开始训练后，每天拂晓到晚间，总有三至四次武装活动，训练是够紧张的。这是马步芳认为骑五军军官腐化堕落而有意设置的。每天早晨还进行半小时的精神讲话，中心内容一贯是：“我们在河西反共，和共产党结下了血海深仇。共产党是我们最大的敌人，如不训练好打仗的本领，将来要被共产党消灭。我们要保卫桑梓，保卫团体，必须精诚团结。骑五军和八十二军是一家人，是兄弟骨肉，要相亲相爱，拧成一股绳。”并提出了“骑五军八十二军是一条命一口气”的口号。骑五军的部属，已识透马步芳欺骗麻痹的诡诈心理，相互私语说：“八十二军是有一条命，骑五军只剩下一口气！”
马步芳除了对骑五军部队在精神上麻醉外，生活上给予了较八十二军优越的待遇，以示其所谓深切的关怀。当骑五军未到达前，即腾出了八十二军原驻的一部分营房，并且加以修缮，还由八十二军士兵在各个营房储备了足用一周的生活用煤及马草等。八十二军的军司令部驻地让给骑五军军司令部，原保安司令部作为骑兵第五师的司令部。部队到达后即给予肉油等食物，作为马步芳的犒赏。发给羊毛，令部队制作毛衣、毛裤、鞋袜之类。马步芳还经常走串营房，亲自检查伙食，对士兵问长问短，偶尔遇到来营探望的家属，也施以小恩小惠。有的官长或士兵陈说家庭困难或家事纠纷，也即满口应允，传令当地政府办理。有些下级军官和士兵说：“我们在骑五军多少年，还未见过自己的军长！”
举办“骑五军八十二军军官训练团”为并吞骑五军铺平了道路。马步芳为达到统一两军指挥权，几经策划，征得马步青的同意，于1938年冬在西宁乐家湾举办了军官训练团。马步芳对骑五军受训的某些中上级军官注意较多，不时向队长们询问了解。如某某调皮不调皮，某某吃苦怎么样，某某是否抽大烟等，还提醒说：“骑五军的队伍外防驻惯了，军队没有好好训练，当官的毛病多，散漫惯了，不能吃苦！”示意对这些人要多注意，严要求。对在该军有影响的、马步芳中意的团以上的高级军官，则接往省政府，单独召见谈话，并一起就餐，有时还自行引导他们参观工厂、学校或军队训练，用以鼓励和达到羁縻的目的。马步芳借军官训练团加强自己在骑五军各级军官中的影响，并摸清了该军一些主要军官的底细。
军官训练团的大队长是少校级，分队长是上尉级。一个职务很少有连任两期的，调动频繁，升迁较快。这三期担任大队长分队长的，其后在马步芳集团里大都成为骨干，其中将级军官就有马继援等十多人。
马继援在第一期第二大队担任大队长时，刚由昆仑中学高中班毕业。他在学校时就挂有青海南部警备司令部上校参谋长的职衔。马步芳让他担任大队长是为使其学习和掌握军事知识，并借以在两军军官中扩大影响，为尔后继承军权奠定基础。马继援尚能勤苦好学，先学后教，表现比较出众，在受训的军官中确也留下了较好的印象。训练一结束，他即担任了骑兵第三旅少将旅长，未及一年又调升为八十二军副军长。
马步青到西宁后，马步芳百般奉承说：“阿哥多年在外，备受辛苦，现在到了自己家里，应该享福，好好休养休养，事情叫年轻人去办！”马步青乐得迷醉于抽大烟、耍洋狗、飞鸽子等声色圈子里，而与部队逐渐隔离了。马步芳指示马继援常向马步青请安问好，毕恭毕敬，假意请示汇报一些无足轻重的事宜，表示一切听从马步青的指挥。马步芳乘机推荐亲信丁元杰为马步青的柴达木屯垦督办公署秘书长，作为自己的代理人。
马步青的高级幕僚孟练百，认为马步芳心胸狭窄势难相容，曾主张借词推延入青，鉴于入青的前途黯淡，由凉州开拔时未随其行。马步芳侦悉马步青心腹旅长袁耀廷与陈诚有勾结，从侧面放风，施加压力，使袁望而生畏，不得不离开马步青，直接投奔于陈诚的门下。军参谋长吴波亭慑于马步芳的淫威，到青后即辞职回家。马步青所属军官都不敢与其随意往来，积时一久几乎隔绝了与外界的接触。这时，高级军官觉察到马步芳的野心，有的直接投靠于马步芳，有的担心前途情绪沮丧，也有的偷偷到马步青处诉苦，或设法向马步青申请回家。马步芳针对这种情况，即对骑五军军官讲话说：“有些官长这几年在外驻防，尽打算自己发财，欺上瞒下，把军队带烂了，团体的名誉就叫这些人败坏了，阿哥的事情也坏在这些人手里，应该严办几个人才对！”致使骑五军军官既不敢异心，更不敢接近马步青，使马步青愈加孤立。
马步芳将骑五军所属骑兵第五师十三团二连少校连长韩某予以撤职，代之以马继援的上尉随从副官马福林。他对马呈祥说“我给你选了一个很好的连长”，并令马继援同马呈祥向马步青汇报。马步青以事先未得他的同意，并因以马继援的随从副官派充他的连长，大为不满，即令马呈祥拒绝马福林到职，说：“像这样的人才，我们部队里很多！”马步芳对此故作镇静说：“这个人是营级材料，放连长我还舍不得呢！”遂将马福林委任为八十二军骑炮团中校营长。
马步青急于到柴达木屯垦，马步芳建议说：“叫马呈祥替你去，先铺好底子，你可以住在西宁指挥！”马步青也感于种种困难，令马呈祥率骑兵第五师司令部及所属骑兵第十四团，于1942年8月初开往柴达木边缘的察汗乌苏。马呈祥师进入柴达木时，马步芳将该师副师长祁明山、参谋长康冠儒等留在西宁，借口其年龄大不适宜柴达木工作。马步芳几经和马步青婉言商议，马步青允许马步芳委派军和两个师的参谋长。
1942年8月上旬的一个傍晚，马步芳驱车至乐家湾八十二军军部，以电话召集“骑五军八十二军军官训练团”总队长郭全梁，教官张成桢、马象乾，派郭全梁为骑兵第五军司令部参谋长，张成桢为骑兵第五师司令部参谋长，马象乾为暂编骑兵第一师司令部参谋长。他叮咛他们说：“骑五军部队训练差，要担起整顿的责任来，你们到职后要把军队好好训练一下，把官兵的精神提起来！军部和师部里年龄大、嗜好多、不称职的处科长，可以调换，人选向训练团提名申请选拔！”回头指向马继援说：“你们以后多多商量，我们团体发达了，你们干的事情就很多了！”他指示郭全梁等当夜将徽、领章准备齐全，明天一早即去见马步青。
翌日清早，马继援带领他们到东关白玉巷马步青私邸时，马步青连他们的姓也叫不上来，只说了几声好好。
马步芳唯恐马步青有变，当即召集骑五军各级军官，介绍郭全梁到职，并令马继援星夜派人送张成桢到马脊沟峡骑兵第五师报到，随军赴柴达木，送马象乾去永登到职。这些措施，为马步芳的调换骑五军各级军官打开了门径。
马呈祥率部进入柴达木后，送呈马步青的种种报告，均按马步芳的意图办事，使马步青心灰意冷。他这时对马步芳诡计，亦有所悟，故一心前往柴达木屯垦，另起炉灶。
1943年3月，马步青带领卫队20余人，在骑兵第五师十四团团长马硕卿陪同下，分乘卡车两辆，前往柴达木。他抵达后始悉先进入部队的马匹因缺乏草料倒毙大半，官兵以粮秣无着，潜逃人数增多，怨声四起。虽已春季，柴达木依然冷风肆虐、气候恶劣。马步青自己居住在部队修建的小院落里，面临的尽是难题，无法解决。寒气从门缝挤进来，他缓缓撩开沉重的眼皮，深感柴达木难以立足。停留数日，改乘马匹，返回西宁。
马步芳深知并吞骑五军，必须先抓骑兵第五师，因而从不忽视对马呈祥的笼络和利诱。马呈祥是马庆之子，马庆系“二马”的姐丈，马呈祥是马步青的女婿，又是“二马”的外甥。马步芳为拉拢马呈祥，以马继援与马呈祥既是姑舅，也是妹丈，叫他们吃住在一起。马步芳暗示马继援常请马呈祥给八十二军官兵讲话，并介绍马呈祥的履历及其治兵方法，有意表示亲密。马步芳、马继援以自己喜爱的枪、马以至心腹人员，不断地送给或介绍给马呈祥。马呈祥为了自己乘机而起，每天也形影不离地追随在马步芳和马继援的身边，凡事遵照马步芳的指示办理，对马步青的命令，也由表面应付，转变为无所顾忌了。不久，马步芳保荐马呈祥为骑兵第五军副军长。马呈祥充任副军长之后，马步芳继以心腹马成贤接充骑兵第五师师长。
马步芳指使暂编骑兵第一师师长韩起禄向马步青辞职，许韩以青海省建设厅水利局局长之职，推荐马振武接充韩的师长。马步青以为马呈祥是自己可靠的心腹，马振武也是自己的外甥，大可放心，遂一一应允。
马步芳在不到半年时间，先后将骑五军原任团长以上主要军官，除少数另调他职外，大部遣送回家，均改以自己的心腹充任，所有下级军官，也陆续以八十二军的亲信和军官训练团的学员代替。其时骑五军在表面上虽未完全脱离马步青，而实际马步青已成为一个挂名的军长。
1943年秋，蒋介石将八十二军和骑五军编成第四十集团军，委任马步芳为总司令、马步青为副总司令，这给了马步芳最终并吞骑五军的有利条件。
第四十集团军成立后，马步芳即将马继援由副军长升任军长。马步青既成为马步芳的副手，又因自任骑五军军长与马继援处于平等地位，愈加烦闷苦恼。马步芳却安慰马步青说：“阿哥是大家的长辈，请你带领我们，今后军政大事，我们向你请示！”
自此，马步芳每天殷勤地问长问短，事无巨细，都要经过马步青同意后再去办。马步青沉醉于马步芳的曲意顺承，一时很是高兴，连自己的私章也交给马步芳。哪知马步芳夺取他的军权已下最大决心，随着怂恿说：“我俩任总、副司令担子够重，军队交给年轻人去干，省事得多。你当军长与马继援处于平等地位，也不好管！”马步青不知就里，既与之商议。马步芳揣测马步青的心理，即把马呈祥推荐为骑五军军长。马步青认为马呈祥当军长，等于是自己的化身，只盘算他的儿子马绪援还没有出处。马步芳以计谋已售，立即委任马绪援为八十二军副军长。马步青即将骑五军的关防印章交给马步芳。
马步芳夺取骑五军军权后，唯恐马步青不甘心作罢，即于1944年春将骑五军所部由西宁乐家湾移驻乐都、民和两县，与马步青隔离，自己也撕去了以往对马步青奉承的假面具，对其置之不理。马步芳命令电话总机，凡马步青给任何人的电话不予接线，部属与其他有关方面的人士也不准接近马步青，并暗派便衣监视。马步青在马步芳包围之下，举步维艰。
这时，柴达木屯垦督办公署被撤销，马步青自知在青海已无法立足，遂于1944年春返回河州，搜集马步芳罪恶，辑成“控诉书”，前往重庆向国民党政府密控马步芳在青海的种种虐政。蒋介石因马步青已失去了军权，终难成事，也改变了对他的态度，不予接见。马步青转请何应钦说项，何对马步芳素所深恨，为加深“二马”之间的裂痕，就把马步青的“控诉书”转交马步芳自行查复，令马步芳为之沮丧。其后，马步青只弄到一个蒙藏委员会委员的职衔，在重庆闲居无聊，又退返河州。
1948年蒋介石召开国大行宪会议，马步青以甘肃回族代表出席，青海亦有人参加。会后马步青委托青海来人传话给马步芳说：“我们是亲兄弟，我决不反对你，只希望你给我一个实际的职位，使我不要闲起来就行了！”马步芳听后说：“去掉不易，哪能自讨麻烦，把他再拉回来！”