“水星”作战是首次以德国空军为主，国防军三军相互配合的作战。这次作战的任务交给了勒尔将军指挥的第四航空队，其编成内有冯·里希特霍芬将军指挥的第八空军和施图登特将军指挥的第十一空军。海军支援的作战任务交给了东南舰队司令舒斯特尔海军上将。
由里希特霍芬将军指挥的第八空军在攻占希腊本土的作战中作用显赫，因此他对这次行动的总情况已了如指掌。由施图登特将军指挥的第十一空军编成内的大部分部队不得不从德国的驻地和训练营地内抽调。
在调动过程中，德军遇到了很大的困难，主要是技术方面的，例如在巴尔干非常缺乏交通线，而“巴巴罗萨”作战的运输量又很大等。
但是尽管如此，至1941年5月14日，第十一空军还是成功地在雅典附近集中完毕，并做好了战斗准备。德军还调集了10个容克-52飞行联队，共500余架飞机，准备运送伞降与机降部队。
但是，空军地面部队却未做好准备，其数量也不足以完成任务。由于少数可以使用的机场必须分给第八空军的轰炸机、俯冲轰炸机和战斗机使用，所以留给第十一空军使用的机场是在科林思、梅加拉、塔纳格拉、托波利亚、达迪翁、埃莱夫西斯和法利龙。
在这些简陋的机场上过多地集中飞机对实施进攻克里特岛的作战妨碍极大。飞机所掀起的大量尘埃几乎使机队无法在规定的时间间隔内起飞。第十一空军使用了地面消防设备，试图消除尘埃，但作用不大。
所有的补给物资必须运往比雷埃夫斯港与科林思港。在装载这些物资时所有可直接利用的船舱都利用了。补给船受到水雷与盟军潜艇的袭扰，一直拖至5月17日后才赶到。
因为码头与港口设施受到严重破坏，又没有合适的劳动力，在卸载这些补给物资时发生了拖延现象。此后，在转运物资时又有耽搁。
在5月17日至5月20日期间必须为第十一空军提供79.2万加仑的油料。但目前的油料仅够10个容克-52飞行联队实施3次战斗飞行之用。与此同时还必须给第八空军的部队提供油料。
补给舰船迟迟不到，为机场运送油料又遇到许多困难，这就必须推迟作战的发起日期，开始推迟至5月18日，后来又推迟到5月20日。另外，通信系统也远不能令人满意。但是，把有关的作战参谋机构集中在雅典及其周围是有利的，这样可使大量的不可避免的矛盾得以迅速解决，促使空军总司令迅速作出决策。
德第八空军的部队改编和准备完毕后，便执行了各种重要的战前任务，诸如为补给舰只提供空中掩护，对付盟军潜艇与水面舰只的袭扰，侦察整个作战海域，攻击在克里特岛周围航行的盟军运输与战斗舰只和该岛港湾内的舰船，以及突击盟国空军地面部队和防空阵地等。
这些战斗行动给盟军造成了伤亡、破坏，使德军夺取了该岛的制空权，这是后来德军空降作战成功的一个重要条件。
作为进攻克里特岛这场总体战的一部分，德国空军在克里特岛周围的许多岛屿上修筑了工事：把基西拉岛与安蒂基西拉岛修建成防空阵地；把梅洛斯岛修建成补给中心和海空救援站；把斯卡潘托岛修建成战斗机与俯冲轰炸机基地。各作战参谋部只得依赖德国情报部与空中侦察所提供的情报来了解盟军的兵力与阵地情况。
凡是德军能从海空运送部队登陆的地点，盟军都用巧妙的技术和大量的物资器材有计划地进行了设防。在许多重要机场的周围和北部沿岸修筑了许多易守难攻的坚固支撑点。
盟军充分了解德国伞兵部队的战术，在入侵部队可能用来空降的所有内陆地区都作了认真的设防。这些地区大多是低洼的平地，为此盟军占领了周围的制高点，构筑了坚固的防御工事。
为了把整个地区都置于自己的火力之下，并尽量使德军损失惨重，盟军在那些被视为适于机降和伞降登陆的橄榄树林内埋伏了狙击手，对所有防御性坚固的支撑点进行了十分巧妙的伪装，使德军即便借助于详尽的空中照相和冒险的低空飞行也难以辨别。
尽管德军费尽心机，并且蛮有把握地认为发现盟军的一些防空阵地，但后来才弄清楚那些被发现了的阵地都是用木头“炮”设置的假阵地，而真阵地却设在别处，伪装得十分成功。
德军参谋总部经常出现对盟军实力错误估计以及对盟军阵地的设置位置错误判断的情况，比如他们认为：希腊人“将不愿再继续作战”；英国兵已“士气沮丧”，一旦遭到德军攻击也“不会认真抵抗”。
德军这种对盟军战斗力的错误估计给整个作战的进程造成了威胁，结果是使第十一空军遭受了极其严重的损失。
鉴于盟国情报部门的工作卓有成效，加之德国伞兵部队已经在科林思作战，德军试图达成战略上突然性的希望已成泡影。不仅如此，连发动一场进攻性的战术突袭，无论从兵力和时间上来说都是不可能的。
由于英国在希腊的间谍活动活跃又富有成效，它对德国伞兵部队与运输机联队在雅典附近集结、装船和运输的情况了如指掌，结果，以亚历山大港为基地的英国海军部队从5月15日开始便在克里特岛附近的海面上巡戈。
至5月17日，驻克里特岛的英军进入高度戒备状态，准备对付德军的进攻，他们预计德军将在翌日凌晨发起进攻。
在发起进攻之日的凌晨，德国第八空军将实施预备性作战，摧毁仍留在岛上的英国空军部队及其地面防御设施。它还负责掩护第十一空军头两波攻击部队的接近和着陆，并对尔后作战实施支援。最后第八空军还要负责掩护参加作战的舰只，消灭克里特岛附近的盟军海军部队。
德东南舰队司令官将派出扫雷艇与机帆船，这样第一分舰队就可在进攻的第一天晚上在马利姆以西上岸，而第二分舰队可在第二天晚上在伊腊克林以东上岸，运货的轮船则准备在接到苏达湾的水雷已被排除和盟军已被肃清的报告之后立即扬帆起航。这项拟订得极其详尽的进攻计划为快速攻占克里特岛提供了胜利的希望。