2005年1月，国务院批准了《青海三江源自然保护区生态保护和建设总体规划》，建设期为2004-2010年。根据规划，为减轻对三江源地区的生态压力，从核心区组织实施生态移民，实现保护和恢复该区域的生态功能，促进该地区人与自然和谐和可持续发展，农牧民达到小康生活的目标。
三江源自然保护区地域辽阔，自然条件严酷，经济文化相对落后，区内大部分牧民生活水平低，仍十分贫困。三江源地区有14个国家和省扶贫开发工作重点县，部分地区生态退化严重。若要改善该地区的生态环境，就必须改变这一地区农牧民原有的生产、生活方式，减少人为因素对环境的破坏。实施生态移民是一项减轻草场压力的根本性措施，通过解决好牧民的长期生计问题，采取禁牧、休牧、舍饲圈养等措施，加强天然草地的保护，给草地以休养生息，并按照以草定畜的原则进行科学利用。
根据《青海三江源自然保护区生态保护和建设总体规划》，青海省有关部门目前正在研究制定具体的三江源生态移民实施规划，拟实施搬迁人口5.57万人，占自然保护区人口的25%。所需投资以国家补助为主，主要用于搬迁牧民住房和基本农牧业生产设施建设。实施生态移民之后，可使320万个羊单位从天然草原上转移出来。约4300万亩天然草场实现禁牧，人均禁牧草场770亩。这项工程已于2004年启动，当年安排计划搬迁11000人。