哪里有压迫，哪里就有反抗。在爱新觉罗氏统治期间，民间的反抗一直没有停止过。同样，对反抗的镇压也一直在继续。在这一次次的反抗与镇压的过程中，爱新觉罗氏的统治基础，却在不知不觉地动摇着。
乾隆前期，社会阶级矛盾虽未尖锐化，但人民的反抗斗争却没有停止。民间秘密宗教成为群众的反清组织。各地秘密传播的宗教，有大乘教、罗教、宏阳教、收元教、长生道等。这些秘密宗教，与元末以来的白莲教相比较，在教旨、信奉对象、教仪、经卷和组织形式上，既有许多相似之处，又各具特征。由于他们的信仰背离了封建正统思想，因此被清朝视为“邪教”。他们的行为和组织更是与封建政权相对立。在各种秘密宗教中，大乘教传播最广泛。这自然引起了乾隆的关注，并坚决予以取缔。
大乘教的组织最早是在贵州被揭露的。乾隆十一年（1746年）闰三月，贵州总督张广泗密奏，雍正时云南大理鸡足山“妖人”张保太，“妄刻《皇经注解》及《先后天图》，惑人入教，行踪诡秘”，张保太本人虽于雍正十年（1732年）事发，被云南地方官拿获，“监毙狱中”，但党羽流入贵州、四川，传及各省，要求降谕查缉。
张保太，又作张保泰，原是云南大理府太和县秀才。康熙二十年（1681年）间，在鸡足山开堂倡教，法号道岸，释名洪域。他所传大乘教，又称无为教，属于白莲教的支派。张保太师从48代祖师杨鹏翼，原是云南腾越州生员。张保太得杨鹏翼传教，时为第49代收圆祖师。据上述张广泗奏书，张保太于雍正十年被逮入狱监毙。但是，据直隶总督那苏图奏报，乾隆四年（1739年），逮捕的常州府江阴县长泾镇西来教首犯夏天佐供称，乾隆三年，夏天佑曾亲往云南，面见张保太，年已八十余岁。也就是说，乾隆初，张保太还活在人间。又据十一年七月乾隆说，“如云南之张保太因从前遇赦释放，今日遂至蔓延”。这里所谓“遇赦”，当指乾隆登基时特赦。再据乾隆十一年九月，云南总督兼巡抚张允随奏：“滇省火官会，臣自乾隆六年将张保太拿禁监毙后，即檄令全省通行严禁。”可见，张保太不是死于雍正十年，而是死于乾隆六年之后。
作为白莲教支派的大乘数，与弓长的圆顿教有因果关系。关于弓长，黄育梗《破邪详辨》卷：“噫，弓长即张，分姓为号，粗俗之至。再查邪经，知弓长飘高等同为明末妖人。”又据方家研究，弓长创立圆顿教时在天启四年（1624年）。他曾撰《古佛天真考证宝经》，简称《龙华经》。《龙华经》分二十四晶，其中《混沌初晶》云：“有始以来，无天地，无日月，无人物，从真空中化出一尊无极天真古佛来。”又云：“古佛出现安天地，无生老母先天立。”《龙华真经》是圆顿教的经卷，而古佛天真和无生老母则是圆顿教中二尊最高的男女佛。圆顿教还宣传末劫思想，而弓长就是领无生老母旨意来拯救末劫中黎庶，渡他们回真空家乡，赴龙华会。
“初会龙华是燃灯，二会龙华释加尊，三会龙华弥勒祖，龙华三会愿相逢。”赴龙华会是乘法船去的。《排造法船晶》云：“无生老母令太上老君无影山前排造大法船一只，大金船三千六百只，中金船一万二千只，小法船八万四千只，小孤舟十万八千只，又令五千数百佛祖佛母真人，及九十六亿皇胎儿女。”
上述这些无生老母、龙华会、燃灯、法船等教义，都被大乘教吸收和传播。张保太自称第49代收圆祖师，负有收圆的使命，收圆即收皇胎儿女回真空家乡团圆。
张保太大乘教从云南传播到贵州、四川、江苏、江西、湖北、湖南、山西等地。张保太死后，云南由其子张晓继承衣钵。贵州的首领是魏明琏和其妻魏王氏，也即魏斋婆，他俩得张保太“左右中官授记”。魏明琏死后，魏王氏以右中官兼领左中官，接法开堂。在贵州受封于张保太的，还有承中授记唐世勋、上绕授记吕仕聘、果位护道金刚授记魏之璧，退职千总雷大鸣被授为上绕执事。可见，其内部已形成一套组织机构。云贵大乘教还有固定的聚会日期。张保太大乘教内，除天官、地官、水官三会外，又添一火官会，每逢会期，齐集建蘸，其中，火官会期是每年四月十五日。
四川大乘教首领刘奇，即刘权，又名刘元亨。他曾随张保太到泸州学“无生最上一乘教”。张保太死后，大乘教内部传说刘奇是“张保太转世”，“张保太已借刘奇之窍，临凡度众”，将来兴龙华会时，要推刘奇为教主。因此，刘奇在四川及其他各地教徒中享有很高声望。四川大乘教内还有法船、瘟船、铁船组织。法船首领是刘奇本人，瘟船首领是僧人雪峰，铁船掌教是朱牛八。
江苏的大乘教传播极为广泛。江阴县原有西来教，教头夏天佑是张保太弟子，于乾隆四年（1739年）被取缔。宜兴有僧人吴时济倡立龙华会，会内骨干杜玉梁等人各有“授记封号”。震泽、宝山、嘉定等地有燃灯教。太仓州燃灯教首领王一岩，素来宗张保太。王一岩死后，由妻王徐氏接法开堂。王徐氏自称是“活佛临凡”，称她的外甥女周氏是“观音转世”，他们与四川刘奇保持密切往来。王徐氏多次遣人入川，与刘奇通声息，并且还给刘奇送“香金纱衣”。
湖广邻近贵州，当地大乘教传自贵州，教徒很多。湖北教首是金友端，湖南教首是莫少康等人。
大乘教也传播至直隶与北京。直隶掌教的是保定的唐登芳。在唐登芳之前，有个从贵州来的吕斋婆，在北京西便门外白云观传教。对于大乘教在各地传播，地方官初时不以为意。在他们看来，大乘教徒“不过吃素念经，并无别情”，“托名烧香礼拜，经文亦不过寻常劝世之语”。但是，在乾隆的心目中，大乘教是危险的异端：“从来左道惑众，最为人心风俗之害，理应严加惩创，庶足儆顽悖而安善良。”并且他还看到，“邪教”蔓延必将从思想上、政治上，对封建统治都构成极大的威胁。
因此，当他接到张广泗报告时，就亲自布置对大乘教的清查取缔。乾隆十一年（1746年）六月六日至八日，他下了九道谕旨，指示云南、贵州、四川、江苏、直隶、湖广、江南、江西、山西等地缉拿大乘教首领。在乾隆的旨意下，云南省总督兼巡抚张允随逮捕了张晓及刘奇的徒弟刘钧和要犯杨声等6人。张晓、刘钧凌迟处死，杨声等斩立决。张允随还派兵看守张保太、杨鹏翼埋尸处，准备到定案时毁坟戮尸。
贵州省总督兼巡抚张广泗，是这一案件的“发奸擿伏”者，深得乾隆赏识，清查尤其卖力。他经过秘密查访，缉拿了张保太徒弟张二郎。从审讯张二郎获得口供，得知火官会聚期，遂于乾隆十一年四月十五日会期之际逮捕了贵州大乘教首领魏斋婆等人。经审讯，魏斋婆又供出大乘教内部组织情况以及某些掌教人情况。四川大乘教首领刘奇，湖广教首莫少康、刘选升、孙其天，北京吕斋婆等人，都是魏斋婆供出的。张广泗还上奏，除了法船首领已获，瘟船首领僧人雪峰已获旋毙外，唯铁船首领朱牛八难以缉获。牛八实乃朱字，朱牛八显然非真实名字，而是含有怀念朱明王朝、反清复明深意的化名。白莲教经常散布牛八复位的传说。
四川巡抚纪山，从一名铁船教徒胡恒口供中认定，朱牛八在贵州罗贡生家被招为女婿。乾隆谕令张广泗缉拿，张于仁怀黔西一带细访无踪。仁怀县安罗里虽有一家姓罗，非贡生，当地佃户多系苗人，并没有秘密教派的传播。
纪山对大乘教追查不热心，多次受乾隆斥责。他虽然逮捕了刘奇，却未“搜查陈奏”，且误信铁船不与刘奇大乘教同派，“并非通达声气”。乾隆斥纪山：“汝办理此等事，甚不满朕意”。此后不久，纪山看到张广泗咨文，知道铁船教原是大乘教中的支派，感到问题的严重性，立刻上奏：“将刘奇供出在川之王清直、王之璧、张万学等十四名迅速密拿。在云南、贵州、直隶、江南、江西、湖广、山西之胡大思、朱牛八、吕斋婆等十九名密咨该省查拿。”乾隆阅后更加恼火，立即批道：“此汝等所能究出！想接到张广泗之咨会耳！攘人功而为己有，甚属无耻。朕自愧无知人之明。”但是，四川缉捕大乘教也不是一无所获。降至乾隆十一年七月，共捕获大乘教骨干人物129名，其中，由贵州、云南移咨应捕的56名内，已获35名；本省审讯出应捕的124名，已获94名。特别是，纪山逮捕到自称李开花的要犯苏君贤。早在乾隆六年（1741年）时，广西迁江县被获的“邪教”李梅一案中，案犯已供出李开花、覃玉真等“捏造谣言，蛊惑愚民”等情节，但未抓获。而大乘教又广泛传播说，法船教主刘奇是弥勒下凡管理天下，李开花作皇帝。纪山经过查访，得悉苏君贤冒称李开花，“狂悖惑人，妄图非分”，抓获后斩立决。纪山还通过审讯刘奇，“供出各省斋头办事之人”。
大乘教在江南有一定势力。乾隆十一年五月，江苏巡抚陈大受在太仓、宝山缉拿燃灯教首领王徐氏及其甥女周氏等人。六月，太仓州教徒数十人持香拥到该州公堂，声言“周氏系观音转世，王徐氏是活佛临凡，我辈迎接供养。”其时适知州高廷献下乡，教徒即转赴苏州请愿。另外，当陈大受出郊劝农时，太仓、宝山、昆山、新阳、青浦等地教徒一百数十名，“伊等皆卖产人教之人，今活佛被拿，不可得见，求提来一见，死亦甘心”。此前，陈大受虽抓获龙华会首领吴时济，但未审出吴时济与张保太的关系，曾被部驳。乾隆对此本来就很不满，如今再加上教徒二次聚众滋事，火上浇油。他斥责陈大受欺隐案情，失之宽纵，要两江总督尹继善负起责任，留心查缉，“不应专听巡抚办理”。
为清查曾在北京传教的吕斋婆，清朝费了不少功夫。四川审讯刘奇，审不出有关吕斋婆的情况。同案犯供说，湖广的金友端，知道吕斋婆的下落。但刑讯结果，金委实不知。后来，贵州抓获吕斋婆女婿张天序。张天序供认，有个江南人年尚科，曾带着张保太一张委帖、一张授给吕斋婆，叫吕斋婆到北京开道。贵州魏王氏也供认，江南仪真人黄中清曾和吕斋婆一同赴京传道。经追查，年尚科、黄中清均已死去。京城步军统领舒赫德查询白云观道士张士诚等，说乾隆五年（1740年）冬，的确有一四川道姑，携带儿子、侄儿来观居住，半个多月后就到平郡王府去了。乾隆降旨询问平郡王福彭。福彭复奏，乾隆六年正月，是有四川重庆府一个道姑与子、侄在京住月余后返川。道姑姓宋或姓李，记不清了，线索又回到四川。纪山于重庆府白衣庵内拿获一个宋道姑，口供夫家娘家均不姓吕，显然，不是那个吕斋婆，追查吕斋婆终无结果。
除上述重点地区外，保定、湖广、江西、山西以及广东等地，也在黑风腥雨中追捕大乘教要犯，烧毁“谣书伪谶”。乾隆十一年，由于为首犯云南张晓、四川刘奇、贵州魏斋婆、江苏王徐氏等均已抓获正法，胁从犯亦分别治罪，乾隆宣布“邪教”追查结束，但邪书应继续收缴。
乾隆十三年（1748年）正月，福建建安、瓯宁二县发生了老官斋教徒暴动。福建老官斋是罗教支派，罗教是明代正统至嘉靖时，山东即墨人罗清创立的。罗清又名罗静、罗怀、被信徒尊称作罗祖。罗清著有《苦功悟道卷》、《叹世无为卷》、《破邪显证卷》、《正信除疑自在卷》、《巍巍不动泰山深根结果宝卷》，共五部六册。罗教的教义，既吸收佛教的“空论”，把“真空”作为宇宙本源，又吸收宋儒思想，把无极、太极作为宇宙本源，认为“万般都是无极化”，所以，罗教又称无极教、太极教。无极圣祖，也就成了福建老官斋崇拜的神灵。
福建老官斋传自浙江，官府视它为大乘教。乾隆前期，庆元县姚氏后裔姚正益每年来闽传教一次，教徒奉姚氏若神明。最初，教徒不多，仅遗立村会首陈光耀即普照的斋明堂一处。后又有周地村的千兴斋堂、芒田村的得遇堂、七道桥的兴发堂、埂尾村的纯仁堂等相继建立。各堂教徒人数不等，或数十人，或百余人。“各堂人教命名者，每名收香火银三钱三分”，每月朔望各聚会一次。
老官斋徒聚会吃斋，地方官本不在意。乾隆十二年（1747年）十一月，斋明堂会首陈光耀等搭盖篷厂，聚集乡民，点烛念经，被乡长告发。瓯宁县派兵擒获陈光耀等。斋明堂头人被捕，其他各堂首领人心惶惶，怕陈光耀在审讯中将他们供出。于是，被通缉的逃犯葛竟仔，伙同妻舅魏现、七道桥会首黄朝尊、教徒宋锦标之妻女巫严氏（法名普少）等商议攻城劫狱。严氏“素能降神，又能舞剑召魔”。她遂谎称坐功上天受师父嘱咐，弥勒即将下降治理，用以动员教徒。葛竟仔、魏现等又私造伪箚兵符旗帜，设立元帅、总帅、总兵、副将、游击、守备、千总等职，搜集鸟枪、刀、枪、器械、火药，制造包头绸布，人给一块，上绘“无极圣祖图记”。乾隆十三年正月，严氏再次假托降神，谶语说弥勒佛要入府城。魏现等遂以“神言煽惑同会”，他们约定十四日齐集各堂，十五日各执刀枪器械，抬迎菩萨进城，由居住在城内的教徒、画匠丘土贤为内应。葛竟仔还同时封锁各村口，只许进山，不许出山，挟各处乡民人伙。十五日上午，千余名教徒在芒田村祭旗，严氏乘轿张盖，率众先行。魏现、黄朝尊、官月照等会首，指挥教徒扛抬神像，手执大小蓝白旗，上书“无为大道”、“代天行事”、“无极圣祖”、“劝富济贫”等，一路跳跃，直奔建宁府城。
最先向官府报告老官斋徒发动暴动消息的，是一位布贩张国贤。正月十四日，他挑着四十余匹布，在离县城四十里地方，被老官斋徒扣押。张国贤逃回府城禀报。知府徐士俊并不相信，到后来，接到塘兵报告，才派兵赶往镇压。途中老官斋徒队伍被打散，纷纷逃窜进山，官兵又进山搜捕三百余人。
对于老官斋徒暴动，乾隆颇为注重。他接到地方官奏折后，将徐士俊革职。乾隆亲自过问对漏网的老官斋要犯的追捕。在堵截暴动队伍时，为首的魏现逃跑了。乾隆指示说：“此一犯不比他人，必当弋获。”对于其他参加暴动的教徒，乾隆指示，“即多戮数人，亦使奸徒知所畏惧，不特孽由自作，亦除暴安民，理当如是”。在乾隆督促下，闽浙总督喀尔吉善派兵四出搜捕魏现等要犯。五月二日，魏现终于在深山老林中被逮捕。参加暴动的老官斋徒，共被抓获300名，打死和自缢的9名。喀尔吉善拟定对暴动教徒分别六等治罪：首恶凌迟，助谋立斩，以邪教诱惑愚民绞候，被胁同行充发乌刺（即服差役），知情不首流徙，仅噢斋实未知暴动事者概缓查拿。拟罪结果，计凌迟1名，立斩49名，立绞6名，绞候1名，发遣乌喇者88名，枷责99名，罪犯家属没为奴发遣乌喇19名，共265名，其余或被监毙或自缢。处以刑罚如此之多，特别是处以死刑者居之多，充分暴露了统治者的残暴。
老官斋徒暴动虽说规模小、时间短，并没有给清朝造成任何威胁，但乾隆从中悟出清查“邪教”的紧迫性。乾隆十三年，他下令各地官员留心察访，一有访闻，即行擒捕，不可稍存怠忽。乾隆此谕后，全国各地加强了对民间宗教的追查。通过取缔各种教派活动，乾隆将各种反清势力逐一扼杀，巩固了自己统治的安全。然而，民间的反抗并没有因此而绝迹，相反，随着统治秩序的恶化，反抗越来越激烈，不断动摇着爱新觉罗家族的根基。