元丰五年（1082年）十月，永乐城兵败的消息传到京城，神宗乍闻之下，当即瘫软在轿内，此后便昏迷不醒，只是呓语不断。等到前线详细汇报战况的塘报送到时，神宗强撑着起来，看到战况之激烈、损失之惨重，神宗竟至伏案大哭。悲愤之下，大病一场。
十一月，荆公得到消息，亦是心痛至极，第二天也病倒了。这一病便是一年多，元丰七年五月，神宗得知荆公卧病后，立即派荆公的女婿蔡卞带了御医前来江宁探望。荆公认真问起神宗的身体状况，却听蔡卞说皇上这次大病之后，朝中众臣已经开始考虑立嗣的问题了。
看来神宗的身体已经不容乐观了，可是他才只有37岁啊！荆公不相信神宗会如此短命，他只希望立嗣只是大臣们提前做准备，历史上做了几十年太子的不也大有人在吗？
然而这毕竟只是荆公美好的愿望，元丰八年（1085）三月五日，北宋第六位皇帝赵顼驾崩于福宁殿，年仅38岁，庙号神宗。严格说来，自此以后，才能称呼赵顼为神宗。
神宗的逝世给荆公带来的打击不亚于王雱的死。两人这么多年来相知相交，名为君臣，实则亦师亦友，荆公更像是看待自己的孩子一样对待神宗。放眼历史上还能找出来像他二人这样心无嫌隙的君臣吗？虽然荆公曾多次批评神宗意志不坚定，容易动摇，对他的用人、决断也毫不留情地加以批判，可是，那是求全责备啊！神宗是荆公心目中的明主，是他甘愿集天下毁谤于一身也要全力助其实现梦想的有志明君。
“富国强兵”，那是把两个人的心紧紧地拴在一起的理想啊。为了这个理想，两人共同面对朝堂上的反对之声，齐心协力推动变法，想要成就一番伟业，谁料想大业未成，荆公已老，如今神宗又英年早逝，还有谁来继承神宗的遗志？荆公悲痛之余写下两首挽词：
其一：
将圣由天纵，成能与鬼谋。
聪明初四达，隽义尽旁求。
一变前无古，三登岁有秋。
讴歌归子启，钦念禹功修。
其二：
城阙宫车转，山林隧路归。
苍梧云未远，姑射露先曦。
玉暗蛟龙蛰，金寒雁骛飞。
老臣他日泪，湖海想遗衣。
对神宗的聪明才智和变革精神给予了高度评价和肯定，也表达了深深的追悼之情。除了伤心，荆公更多的是对朝堂局势的担忧。此时，他再也无法做到对朝廷之事不闻不问了。继位的赵煦年仅10岁，太皇太后高氏垂帘听政，而高氏对变法的态度荆公又岂能不知？朝中主持变法的人失去了神宗的支持和掌控又能维持多久？荆公似乎已经能够预见他最不想看到的结果了。
果然，消息传来，高太后起用司马光为相了。荆公望天长叹：“司马牛作宰相矣！”司马光久被荆公压制，无可奈何，一旦得势，势必要借机一泄私愤。
事实也正如此，司马光一上台就借为神宗办丧事之机，把一干变法之臣尽皆贬出朝廷，同时起用反对变法之人。下一步便是废除新法。按照礼法要求，“三年无改于父道”，也就是说哲宗继位后，三年之内都不应该变革神宗定下的法令。但是，司马光说，王安石所出台的法令并不是神宗的本意，而且当时乃是高氏听政，应属“母改子政”，合情合理。
于是，元丰八年（1085）七月，罢保甲法。十一月罢方田法。十二月罢市易法、保马法。元祐元年（1086）二月，罢青苗法。三月，罢免役法。至此，荆公所推行的新法几乎全部罢去。
家人担心荆公承受不了打击，都不敢在他面前提起这些事。但是，荆公心中又岂能没有猜想？每天在屋中看书，却只见他常常抚床叹息，谁也不知道他是在感叹书中的人与事还是在想别的。
有一天，一个举子从京城回来，前来看望荆公。荆公问他京城最近有什么事情发生。
举子如实答道：“最近朝廷有令学子们不得看《字说》。”
荆公沉默良久，才说道：“法度可以更改，文字也不能作吗？”
这天晚上，荆公彻夜不眠，在床前走来走去，直到天亮。其胸中不平之气，由此可见。
等到司马光把免役法也废除，重新实施差役法时，荆公再也忍不住，痛声责问道：“亦罢至此乎？”为什么丝毫不考虑其存在的优势，只知一味罢除！
荆公对免役法抱着坚定的信心，他坚信免役法即使此时被司马光废除，也终有一天会恢复。免役法是荆公与神宗商议长达两年才推行的，其间种种细节无不考虑周全。荆公的判断是对的，哲宗亲政后，重新起用变法重臣，熙宁、元丰年间的新法又得以逐步恢复，此后，各朝代也都在实行免役法，并对其进行了发展，直至今日。
然而，在当时，荆公再多的痛心与感慨也于事无补，“不在其位，不谋其政”，荆公一再告诫自己不要再插手朝廷之事，所有的郁郁之气全都压在心里。本就多病的荆公经历了神宗驾崩和司马光废除新法的一系列打击，生命渐渐走到了尽头。
在最后的日子里，荆公变得越来越沉默，他总是陷入一个人的深思中，有时眉头紧锁，有时又忽然笑起来。此时的荆公只剩下了回忆。他或许在想自己的年少轻狂，或许想起儿子和两个女儿，也或许会想起往来的好友，但是，想起最多的或许是与神宗共同主持变法的那些日子。
宋神宗始终把王安石当做老师一样敬重，对他的关怀从未减弱。王安石偏头痛发作时，神宗命内侍给他用药，并把宫中秘方传给他。有一次王安石卧病在家，神宗一天之内遣内侍来探望了17次！
即使王安石退居江宁了，宋神宗也常常派人来看望，每到他生日时还专程派人送贺礼。有一次，宋神宗派人来看望，正赶上几个官差因一点口角之争来荆公家中捉拿妻弟，特使回去后上报神宗，宋神宗当即下令把相关的三个官员全部贬出去。
永乐兵败后，宋神宗大病一场，可是一听说王安石也病了，马上又派蔡卞来探病。
想到宋神宗的音容笑貌，他格外怀念，宋神宗的早逝，让他伤心不已。
元祐元年（1086）四月六日，忧病交加的荆公在回忆中去世。
荆公追随宋神宗永远地去了！终年66岁。
荆公去世之时，正是司马光当政，因为两人是政敌，所以前来吊唁的人很少。荆公素来不重视身外之物，遗言中吩咐不必告知他人，葬礼一切从简。
荆公去后，关于新法的争议依然存在，在新旧两派的斗争中，新法越来越偏离原来的轨道，逐渐演变成政争的工具，也使得荆公蒙受千载诟病。北宋朝廷为了推脱亡国罪责，把责任归咎于蔡京等人，又因为蔡京打的是支持新法和荆公的名义，所以，最终荆公成了导致北宋灭亡的元凶。小说家以荆公为主角编造各种传言来指责荆公，另有一些人敬佩荆公胆识及才学，不甘荆公受此骂名，考证历史，希望还荆公以清白。历史已近千年，争议依然在热烈地进行着。
然而，这一切都与荆公无关了。
“区区岂尽高贤意，独守千秋纸上尘！”