我国现行的经济体制带有明显的过渡性质，运行机制尚不健全，健全我国的市场经济体制主要从提升要素的市场化程度，加快服务业的改革步伐，不断深化金融体制改革，推进政府体制全面转型四方面着手。
我国经济的转轨时期仍未结束，现行经济体制带有明显的过渡性质，业已形成的市场体制只是初步的、框架性的，运行机制尚不健全，且带有较重的“政府主导型”色彩。我国经济增长之所以长期无法摆脱粗放式的运行模式，其深层次原因就在于市场经济体制的不完善。今后一个时期完善市场体制的任务还相当繁重，未来的经济体制改革应当从以下方面继续努力：
1.提升要素的市场化程度。由国内机构发布的《2003中国市场经济发展报告》曾得出结论为：“中国的市场化程度已达到69%，超过了市场经济临界水平60%。”虽然这个报告并未获得一致的认可，它却说明了我国经济的市场化程度较之于计划经济时代已有了显著提高。但不同领域市场化的发育速度是不一样的。如果按照要素与产品的标准来划分市场的话，就会发现要素市场的发育程度远低于产品市场。众所周知，我国的价格体制经历了由国家定价、价格双轨制到市场定价的过程。目前，96%以上的商品价格已放开由市场调节。而剩下仍由政府控制价格的主要是诸如土地、资本在内的生产要素。由于历史与现实因素的影响，生产要素的市场化程度至今仍然较低。以土地为例，我国宪法规定：城市土地归国家所有，农村土地归农村集体所有。土地定价并不受制于市场法则。在实际使用过程中，土地的支配权都掌握在各级政府手中。由于土地被政府控制，在新一轮的经济增长中，各级政府都以经营土地的方式来推动本地经济发展，行政权力大量地介入到土地资源的配置过程中。例如，当前土地出让金已成为许多地方政府的“第二财政”，土地出让金数额较大，且不在当地财政预算范围之内，目前，许多地方政府在土地转让过程中，一边尽量压低农用地的征用价格，一边尽可能抬高土地出让价格，以扩大地方政府的“第二财政”规模。另外，目前大城市中的房价畸高现象也与土地交易的非规范性有关。据报道，北京房地产开发所用土地的70%是在炒作过程中完成的。因此，现行土地政策是造成目前房地产业泡沫现象及2003年下半年后某些行业投资过热的主要原因之一。
从根本上看，生产要素位居产品的上游链，属于更为基础性的因素。如果生产要素的价格不是由市场决定的，那么，虽然市场上下游商品的最终价格表面上是由市场决定的，但其实国家可以通过控制上游要素的价格来影响商品的生产成本，进而对这些商品的最终价格产生影响。市场体系配置资源的效率也因此受到影响。所以，健全市场机制的深层次内容是培育要素市场。中国经济景气监测中心新近进行的经济学家信心调查显示，要素市场改革已被列在改革顺序的第二位（占47%）。可见，提升要素的市场化程度已刻不容缓。
培育要素市场首先要求政府逐步放松对要素价格的控制，在此基础上不断提升市场机制在要素价格决定中的作用，按照市场原则扩大生产要素的流动和交换。以土地为例，政策调整的方向是改革现行土地供给的行政性审批制度，打破政府对土地一级市场的垄断，扩大土地的市场化配置范围。全面推行公开招投标方式，推进土地价格市场化。完善土地法律和规划，严格界定公益性用途和经营性用途，依法保障公共利益和公民私有财产。总之，只有引入市场机制才能改变土地等生产要素价格扭曲的现状，提高各类要素的使用效率。生产要素市场化的另一大作用是能够极大地减少政府官员寻租的机会，从源头上遏制屡禁不止的腐败现象。
2.加快服务业的改革步伐。如果从产业角度看待市场演进，那么，毫无疑问的结果是服务业（也包括资源性行业与城市公共服务业）的市场化程度低于制造业。之所以会出现这种状况的主要原因之一是国家对于不同领域改革的考量有所不同，制造业大多位于一般竞争性行业，因而行业市场化改革的步伐较快，而包括电信、电力、铁路、邮政等在内的服务业被认为是关系国计民生的重要行业，故其改革开放的步伐相对缓慢，另外部门利益的刚性也导致了这些部门改革的滞后。从以下方面可以反映出服务业与制造业之间不同的市场化程度：
制造业的非国有化程度大于服务业，迄今为止，进入制造业的非公经济远高于服务业。全国工商联今年7月公布的《中国民营企业发展报告》显示，民营企业主要集中在第二产业占79%，而在第三产业则只占20%，相比而言，民营企业在第三产业的比例相当低。中国企业联合会发布的2005年《中国企业发展报告》也表明，服务业500强企业中排名前46位的都是国有及国有控股企业，而在制造业500强中，这个数字是27，由此说明服务业中国有经济的比重大大高于制造业。2004年末的统计表明，在电力、民航、电信、石油等行业，国有及国有控股企业的销售收入和利润均占90%以上，显示出国有经济的绝对优势。
制造业的对外开放程度大于服务业，现今我国经济的对外开放主要是针对制造业而言的。所谓中国的世界工厂地位基本上是指制造业，在经济全球化的浪潮中，国际分工的格局强化了我国劳动力成本低的比较优势，使更多的国内外资源与廉价劳动力结合，由此极大地带动制造业的增长，并使中国经济逐渐溶入国际贸易体系。相比之下，服务业的对外开放的领域与程度远逊于制造业。2004年中国服务出口占贸易出口总额的比例仅为9%，远低于19%的世界平均水平。
改革开放的滞后造成了服务业的发展缓慢，以2003年数据进行国际横向比较显示，我国第三产业比例明显偏低（33.2%），不仅低于高收入国家（69.5%），而且与中等收入国家（47.7%-61.0%）、低收入国家50.1%相比都低。另外，在第三产业内部还存在着结构性低水平的状况。诸如批发零售、餐饮类的生活性服务业长期占主导地位，而金融保险、物流、科技信息的生产性服务业严重落后。这种状况已经制约我国国际竞争力的进一步提升。因此，应当把加快服务业，尤其是现代服务业的发展作为今后提高经济市场化程度，调整产业结构，转变经济增长方式的突破口。
与垄断行业改革良性互动，当前，加快服务业发展与深化垄断行业改革是密不可分的概念。改革的重点应是放松政府管制，建立公开、透明的准入制度。根据各行业公益程度不同的特点，引入社会资本和适度竞争，对难以市场化的自然垄断业务应当加强规制，督促其降低成本，增加供给，改善服务质量，而不能主要依靠提高收费来弥补成本。目前这项改革之所以推进缓慢，与政府立法和有关部门的认识误区有关。今年3月，国务院《关于鼓励支持和引导个体私营等非公有制经济发展的若干意见》是中国政府首次明确表态非公有资本可以进入垄断行业。它的出台将使非公有资本在垄断行业的地位逐步合法化，使政府在政策操作层面上的法规更加完善和便利，从而逐步提高垄断行业的服务水平与市场竞争力。
分解产业链引入竞争，基于传统规模经济与范围经济的理论，垄断行业基本上采取垂直一体化的组织结构，即单一厂商垄断整个行业产品或服务。而技术的发展已经对规模经济的限制有所突破。因此，把垄断行业产业链上的各个产品与服务独立出来，由不同的主体经营，是在垄断行业引入市场机制来代替现行内部行政手段的重要选择。我国目前在电信领域实行的“基础业务与增值业务分开”，在电力行业实行的“电网与发电厂分开”都是这种思路的实践。只不过这种实践的效果还十分有限，需要深入进行下去。
3.不断深化金融体制改革。不可否认，与实物经济领域相比，金融体制的转轨更为缓慢。我国现今的金融和资本管制还相当严厉，金融体系也因管制过严而缺乏活力。其实前面所谈的要素市场发育缓慢就包含着这一内容，因为资本就属于生产要素的范畴。只是因为资本要素的特殊性，故而单独加以论述。金融体制改革滞后的结果使得金融体系对经济增长产生了“金融抑制”的负面影响。本轮宏观调控中政府在运用市场化金融工具上的迟疑就是这种影响的体现。再者，由于金融体制改革的滞后，中国经济体制的“渐进式”转轨给金融领域累积了很高的风险。就国有银行的现状而言，这一点突出地反映在两个相互关联的问题上：一是低资本充足率，二是高不良资产比率。统计显示，截至2003年底，包括政策性银行在内，我国所有银行类金融机构的平均资本充足率约为6.3%，四大国有银行的数字仅为5%左右，远低于《巴塞尔协议》所规定8%的警戒线。同时四大国有银行不良资产主要是不良贷款的比重较高。据统计，在国有银行的不良贷款中，30%来自于各级政府干预；30%来自于对国有企业的信贷支持。高额不良资产是经济体制转轨中改革成本最后转移到国有银行的真实体现。
中国经济景气监测中心最新调查显示，金融体制改革被经济学家列为改革顺序的第一位（占59%），可见其分量之重。按照美国经济学家麦金农的观点，转型国家在经济市场化进程中，政府适宜采用“金融控制”的政策来推进金融体制改革，实现向市场经济的平稳、有效过渡。我国的各项金融改革正好体现了他的观点，却远远还不够。
不断推进国有银行的股份制改革。目前，银行业改革进入深化阶段，交通银行完成海外上市，中国银行、建设银行的上市也正在进行之中。工商银行的股份制改革方案已经实施。要在总结现有经验的基础上，继续推进国有银行按照现代金融企业的要求，完善银行的产权制度和治理结构，健全内控制度，加快引进战略投资者，从内外部同时促进国有银行转换经营机制，向“资本充足、内控严密、运营安全、服务与效益良好”的现代商业银行方向努力。银行监管机构要切实加强对国有银行改革的指导、督促和考核。
加大资本市场的调整力度。当前，因全流通的试点，股市在屡创低点后显现出新的上行势头。因此，应当以落实五部委发布的《关于上市公司股权分置改革的指导意见》为契机，进一步明确并规范上市公司股权分置改革。从解决目前对资本市场影响重大的股权分置问题入手，逐步矫正资本市场领域的“双轨制”，进而稳步解决制约资本市场长远发展的各类深层次矛盾和结构性问题，诸如多层次市场体系建设、发行机制改革与独立董事制度等。另外，大力推进《证券法》和《公司法》的修改，为资本市场发展提供充足的法律支持。
4.推进政府体制全面转型。西方学者波拉尼曾断言，尽管市场经济强调市场对经济的自发调节作用，但市场经济制度本身的建立却不是自发的，而是人为的。在市场体制的建立过程中政府的作用是不可或缺的。关于这一点从日本、韩国的发展经验中尤其得到体现。与日本、韩国不同，我国市场经济体制的建立是立足于过去计划经济体制的转型。因此，政府催生、培育市场体制的职责更是责无旁贷。但政府体制作为整个经济体制的一部分，自身也处于改革之中。
与经济领域的改革相比，政府体制改革明显滞后。其职能的发挥尚不能适应改革发展的需要。当前，我国经济运行与社会生活中出现的许多问题与矛盾都凸现出政府体制改革的滞后。例如，金融体制和垄断行业改革的滞后均与政府职能转换不到位有关。现行政府主导的投融资体制也是造成2003下半年后某些行业投资过热的直接原因之一。政府作用的缺位还造成我国社会事业的发展落后于经济增长。其突出反映在：公共卫生和教育资源配置严重不公平。公共财政和社会协调机制不适应社会流动性增强、社会分层加快的新挑战。
深化投资体制改革。投资体制是我国经济体制的重要组成部分，去年7月颁发的《关于投资体制改革的决定》是投资体制改革迈出的历史性步伐。这次改革大大简化了政府对企业投资项目的管理，使政府在投资领域由依赖经济性规制逐渐转向加强社会性规制，从而有利于建立以市场为主导的投资资金配置机制。目前应进一步贯彻此决定的原则，抓紧落实与之配套的土地、环境等领域的政策，并在咨询评估领域引入了竞争机制。这样才能最终建立起市场引导投资、企业自主决策、银行独立审贷、融资方式多样、中介服务规范、宏观调控有效的新型投资体制。
维护市场秩序。良好的市场秩序可以降低交易成本，提升市场的效率。市场体制的理想目标是形成公平竞争、内外开放、规则统一、诚信为本的市场秩序和体系。为此，政府一方面要避免直接介入市场经济活动，但却要尽力维护市场秩序，保护交易的公平进行。在建立统一开放的全国市场上，中央政府应当担当更多的协调责任。还有一个重要方面就是推动社会诚信体系的建设。立法保护消费者、生产者和其它利益相关者的合法利益。
更多转向社会事务。当前，中国社会发展中出现的就业、贫富差距、社会保障等社会矛盾要求政府必须更多地关注社会事务。这就意味着，政府必须由过去的生产建设型政府转到公共服务和社会管理型政府的轨道上来。本届政府提出“科学发展观”与“建立和谐社会”的施政理念就是清醒地看到这个问题。自SARS事件之后，国家开始积极应对事故灾难、公共卫生等突发性事件的威胁。这类社会管理工作正在纳入法制化的轨道。