通过前文分析可以看到，由于土地征收制度的缺陷，造成我国农民土地权益严重流失。“一项制度如果不受到批判，就无法得到改进。”[英]杰里米·边沁：《政府片论》，商务印书馆1996年版，第99页。对现行土地征收制度存在的缺陷有必要进行深层反思，这对于促进我国农地制度创新，全面保护农民土地权益有着重要意义。
一、制度价值取向背离社会公正
公平与正义是人类社会追求的普遍价值，更是社会主义的本质要求。随着我国经济发展进程的深入，公平与正义问题日益成为社会关注的焦点。“正义是社会制度的首要价值，正像真理是思想的首要价值。”罗尔斯：《正义论》，何怀宏等译，中国社会科学出版社1988年版，第1～2页。笔者认为，我国土地征收制度设计背离社会公正，这是导致土地征收制度缺陷和农民土地权益“合理流失”的根源所在。
任何制度都要以一定的价值判断和价值取舍为前提，我国的土地征地制度也不例外。政府是土地征地制度的提供者，政府的价值取向必然引导制度设计。我国现行征地制度是在高度计划经济的背景下产生，它基本承袭了政府在计划经济时代的农业为工业、城市发展提供积累的价值观念这一点完全可以从现行征地补偿的办法和补偿的内容与计划经济时期我国最早的农村土地征用政策《国家建设征用土地办法》（1953年12月）内容变化不大得到佐证。实际上是一种以国家利益为准则的价值取向。这种价值取向的征地制度安排在计划经济时代尚有其合理性和公平性的一面，但在市场经济体制下过分强调经济增长需求而漠视社会正义，弊端尽显。为实现这一价值取向，制度赋予政府“自由”的征地权，虽然明确公共利益为唯一征地目的，但制度却将对公共利益的确定权归属政府自由裁量且无监督审查机制，这的确是有效地实现了政府“以农补工”的经济发展理念，但却违背了我国保护私人财产权的宪政精神，严重侵害被征地农民的土地财产权。
此外，地方政府是我国征地的主体，一方面要恪守政府行为价值选择的基本要求，同时地方政府还有自身的利益诉求，地方政府的自身利益诉求也必然表现在具体的征地行为上，而地方政府自身利益并不是都表现为公共利益，这样就会对农民的土地权益造成更大的伤害。例如，1994年中央分税制改革，“财权上收”效应使得地方财政收支缺口巨大，由于建筑业的营业税以及土地转让收入中央不参与分享，为有效实现地方政府特殊的效用函数（地方财政收入最大化和租金最大化），不少地方政府不顾农民土地权益，打着公益的旗号低价征地，大搞“卖地财政”，与民争利。这种对政府来说看似低成本、高效率的征地制度，在实践运作中却因为其社会公正的“理性缺失”，带来了制度实施与维护的高成本以及土地资源的粗放利用，最终使得经济发展的“效率”大打折扣。笔者认为，“尊重农民的土地权益”应该成为重构我国土地征收制度的首要价值取向。
二、集体土地产权不清晰
关于我国集体土地产权制度的缺陷问题，虽然本书第三章第二节已有论述，但在这里还有必要结合土地征收制度进一步加以剖析，因为土地征收中农民土地权益受损与集体土地产权不清晰有着直接关系。笔者认为，正是由于制度的价值取向上过分突出国家利益，过分强调经济增长需求，这种价值取向主导着征地制度的设计，而产权是土地制度的核心，因此我国土地产权制度设计必然受此偏失的制度价值取向影响。可以说，我国农村集体土地产权不清为政府自由“征地”提供了很大的制度运作空间，这本身就是符合制度价值取向的，是“制度需要”的结果。我国《宪法》、《民法通则》、《土地管理法》以及《农业法》等相关法律都规定农村土地归农民集体所有，但是对集体组织的界限、集体组织权利的分配等具体问题均未明确。
我国农村土地所有权属于集体，虚幻的“农民集体”自然不可能具备法人资格。由于农村集体土地所有权虚置，而征地制度赋予政府完全的、“自由的”的征地权，这就从制度上为国家随意征地提供了“保障”。事实上，在我国，土地征收权力和土地财产权利之间的碰撞已达到白炽化的程度，政府或一些滥用“国家”名义的既得利益集团最终成了农村土地的“终极所有者和绝对控制者”。农民力图保护自己的土地权利，但政府只承认抽象的“农民集体”，农民在征地过程中连决策的参与权都没有。此外，本章第三节还指出，法律规定征地补偿费归农村集体经济组织所有，但由于土地权属模糊，导致征地过程中多个利益群体共同竞取补偿费的现象，弱势农民难以利用现有的法律法规抵制各利益集团利用“国家”的名义对其土地权利的侵犯，其土地权益就这样被“合理地”流失了。另外，国家在土地产权上仅仅注重“所有权确认权利归属”的功能，制度对土地所有权以外的其他土地上的权利的认可度并不高，这在对农民的征地补偿上就可以显现。由于受制度价值取向的主导，制度在国家土地所有权和集体土地所有权上明显存在着产权歧视，农民集体对其土地的所有权是一种被抽空了处分权的名义上的所有权，这不仅让国家通过征地得以垄断土地市场，同时在征地补偿上集体所有权权利归属功能也被弱化，客观上促成了国家土地征收权的超范围使用和集体非农建设用地的灰色流转。集体土地产权不清晰是导致农民土地权益流失的制度根源之一。
三、计划色彩浓厚，市场手段缺失
我国现行的土地征收制度形成于计划经济时代，带有计划经济体制的明显烙印：一是以牺牲农民的土地财产作为发展工业和城市的代价，据专家估计，改革开放以来通过低价征收农民的土地，使农民至少蒙受了2万亿元损失。这与计划经济时期通过“剪刀差”剥夺农民利益的思路一脉相承；二是政府拥有几乎不受约束的征地权，实际上是否能征地主要取决于政府决策而并不是“公共利益”目的，征地的利益直接相关者——农民并没有决策参与权；三是征收土地的补偿价格极低，土地补偿费用由政府职能部门测算决定，而不是由土地的市场交易价格决定；四是农民的土地被政府低价征收后，再经过政府高价“批租”，所产生的巨额差价完全由政府无偿占有。李晓峰：《关于我国现行土地征用制度的思考》，载《苏州大学学报》（哲学社会科学版）2006年第7期，第30页。通过计划手段，国家垄断了土地一级市场。虽然，随着市场经济的发展，土地征收制度同时发生着强制性变迁和诱致性变迁，但是，征地补偿的立法思路仍沿袭着计划经济的旧思路，补偿标准仍以产值的倍数为依据，只不过是将倍数提高了而已。这种补偿方法并未充分考虑市场因素，补偿内容既不是地租，更不是地价，仅仅是土地价值的部分补贴而已。张慧芳：《土地征用问题研究——基于效率与公平框架下的解释与制度设计》，经济科学出版社2005年版，第273页。实质上，无论是修订前还是修订后的《土地管理法》，抑或是2004年的《宪法》修正案，其征地补偿标准都是一种政策性的刚性规定，是政府标价，与土地市场价格关联度不大，大致上可以将其归属为低层次的不完全补偿标准。同时，由于土地征购这一市场性手段的缺失，建设项目所需的大量土地主要由政府运用行政手段征得土地，市场机制在征地过程中根本无法发挥其应有的效用。现实充分表明，带有浓厚计划经济色彩的征地制度已经与发展中的市场经济体制格格不入，在社会中产生了一系列深层利益矛盾。
四、法律体系不健全
土地征收的法律体系是否完善是征地过程中农民土地权益保护的关键。而实际上，正是那些适应“制度需要”、不完善的征地法律成为农民土地权益流失的直接原因，因为农民在整个现行土地征收制度规范的利益格局中始终是处于劣势地位。权利和义务是法律的核心，法律规范其实都是围绕这个核心展开的。国家机构制定的法律可能会因为过分强调国家利益的重要性而否定私人权益的价值，从而导致私人权益因法律的规定而“合法”丧失，这一点事实上就充分表现在我国土地征收的法律规范中。从我国农村土地征收适用的法律规范中可以看到，对行使征地权的国家和被征地的农民在权利和义务的规范上是极其不对等的，对国家有利而对农民不利，这是我国土地征收法律制度存在严重缺陷的原因所在。
从土地征收的实体法上看，虽然规定了土地征收的“公共利益目的”原则，但对“公共利益”的具体规定却是缺失的，表现在征收补偿范围、补偿标准、补偿方式等方面缺乏具体而科学的规定，这就造成实践中行政主体滥用土地征收权、补偿标准不合理、对失地农民不能及时安置等一系列具体问题的产生；从土地征收的程序法上看，立法简单、粗糙。本章第三节实际上已经指出，法律对土地征收程序规定不够明确、清晰，没有赋予被征地农民决策参与权，对司法救助程序规定不合理，从而导致征地实践中土地征收权缺乏监督机制，乱征现象严重，被征地农民无法维权。
征地过程中要切实维护农民权益，就必须加强土地征收法律制度建设，健全保护农民权益的相关法律体系。在实体法上要严格限制政府的征地权，要从保护私人权益出发对征地补偿重新规范，平衡国家和被征地主体的权利和义务。笔者建议，在程序法上，应该学习法国的经验，让广大群众也拥有对征地项目批准以及征地补偿的决策参与权，将公告和听证会的作用落到实处，赋予被征地人合理有效的司法救济。