珍珠是由某些贝类产生出来的，例如淡水中的河蚌、海边的蛤蜊和珍珠贝等。当蚌在海床进食时，贝壳张开，偶尔会有外来物如沙粒、寄生虫等异物掉进去，于是外套膜受到刺激，它就会分泌出珍珠质，把掉进去的异物层层裹住，使其圆滑，逐渐形成珍珠囊——光亮润泽的外层。
那么蛤、蚌类为什么能产出珍珠呢？想知道这个奥秘，就必须先了解一下蛤、蚌的身体构造和生理代谢过程。
蛤、蚌类具有左右两瓣贝壳，背缘绞合，腹部分离。贝壳内软体部主要有外套膜、内脏团、足等。外套膜位于体之两侧，与同侧贝壳紧贴，构成外套腔。当我们掰开一个河蚌的壳后就可看到贴在贝壳上的这一片状结构。蛤、蚌类的贝壳的结构分三层，外层为角质层，中层为棱柱层，内层为珍珠层。角质层和棱柱层是由外套膜边缘分泌而成的，而珍珠层是由外套膜全部表面分泌的珍珠质而构成的。从以上可看出，外套膜有分泌珍珠质的功能。
当蚌壳张开的时候，如果恰好有沙粒或寄生虫等异物进入，处在了外套膜与贝壳中间无法排出时，沙粒等异物就会不断刺激该处的外套膜。而该处外套膜的上皮组织就会立即分泌出珍珠质来把它包围起来，形成珍珠囊，包了一层又一层，久而久之，与部分外套膜表皮细胞一起陷入蚌的结缔组织，表皮细胞组织分裂增殖成珍珠囊，包围异物，分泌珍珠质，这样就形成了一粒粒圆圆的漂亮的有核的珍珠了。
另外一种情况则是，蛤、蚌自己的有关组织发生病变，导致细胞分裂，接着包上自己所分泌的有机物质，渐渐陷入外套膜，脱离原来的部位，进入结缔组织中，分裂增殖形成珍珠囊，自然而然地形成了珍珠。这样形成的珍珠是无核的。
珍珠在形成中受到种种因素的影响，有着多彩的光泽和多变的形状。珍珠和蚌壳内层的物质相同。它的形状多变，可分为规则形和不规则形两种。规则形有圆形、半圆形、馒头形、卵圆形、长圆形、棒形、扁圆形、梨形等。不规则形有核珠的形状随其中核的形状而变。无核珠中除了可以描述的规则形外，其他均为不规则形。
珍珠的品质有优劣之分，色彩和光泽是最为重要的标志。珍珠的色泽一方面由珍珠表面和内部的光反射和光干涉而产生，另外还与珍珠含有的各种色素和金属元素的本体色有关。经光谱分析法发现，金黄色、奶油色珍珠含有较多的铜和银；肉色和粉红色珍珠内含钠、锌较多；白色和粉红色珍珠中含锰较多。因此，珍珠的颜色和光泽可分为白色系统、粉红色系统、黄色系统、蓝色系统。正圆形的珍珠色泽是从球面发出的，它的色泽不但随光源的种类、强弱和背景的差异而不同，而且随光源和观察的角度不同而变化。
由此可见，珍珠的颜色与水域中的化学成分、水中浮游生物的种类、数量有关。水域不同或育珠蚌的垂放深度不同，珍珠的颜色也不同。随着蚌的年龄的增长颜色略有加深，但色泽的系统变异不大。此外，珍珠的颜色与育珠蚌本身也有一定的关系，但不是主要的。蚌的壳色为黄色，育出的珠就以黄色系统为主，但同时可能还出现其他各种颜色，这可能是由于同时吸收了水域中的金属元素所致。