在2000年前后，许多网站都号称自己是门户，但全球互联网的第一次寒冬使得门户的日子异常难捱。例如，联想与AOL合作投资FM365时，曾经以国内外两大IT巨头联姻的噱头，在媒体上大肆宣传，引起了市场的极大关注。但很快就因遭遇冬天而夭折。263也曾经号称是自己是“第四门户”，但受挫后转向了专业的电子邮件服务。2000年，当三大门户刚刚想引领中国互联网产业走向红火时，来自大洋彼岸的消息却让所有的从业者不得不收缩战线——3月10日，纳斯达克综合指数在触摸历史高点5132点后，急转直下，到2001年4月4日时，已经跌至1619点，全球互联网市场随即陷入低潮。而这时候的中国概念在纳斯达克，如同坐上了过山车，一落千丈，此后三年的时间里，三大门户网站无不在苦苦煎熬。除了改变源自美国雅虎的门户模式，转变为以人海战术为特色的中国门户外，他们还在各种互联网应用上寻觅良机。
这个低潮期漫长而坚冷。没有人具体统计过当时到底有多少家互联网企业倒闭。不过，随后的全球调查数据显示，到2002年第三季度，申请破产保护或倒闭的网络公司较上年同期和前季大幅减少，互联网泡沫的破灭终于接近尾声。而在这次寒冬中，中国也没有幸免，海外投资者纷纷撤资，大批互联网公司陷入裁员、兼并、收购和倒闭浪潮中，许多网站或消失不见，或被迫转型。门户网站同样面临着巨大的压力，不得不寻找新的盈利来源。
2001年3月，新浪开始尝试新型网络广告形式，在2000年的十大网络广告媒体排名中，新浪已经居于首位。同年4月，网易收购Tianxia研发团队，为日后进入网络游戏产业打下基础。不过在这一年，几大门户中主流的声音依然是“精简开支，挺过难关”。门户网站们纷纷或压缩，或将电子邮箱、校友录、个人主页等免费服务转向收费。免费还是收费，一时也激起了网友和媒体的激烈讨论。
也是在这一年，网站开始尝试并推出一项新的服务：短信。起初让很多人大跌眼镜的是，相比其他业务，和运营商捆绑在一起的短信服务使网站拥有了新的收入来源，并很快变成了实际盈利——短信业务当时拯救了大批互联网站。2002年7月，在搜狐公布的第二季度财报中，提前两个季度实现盈利。2003年1月初，新浪并购了移动增值服务商广州讯龙，月底，新浪发布财报，首次以净营收1290万美元实现全面盈利。
2003年，三大门户网站依靠SP业务的救命稻草翻身，而马化腾的腾讯不仅依靠SP增值业务、在即时通讯的增值业务上也收获颇丰，赚了个人仰马翻，不过这一切都是悄悄进行的，直到2004年腾讯上市时，所有人似乎才开始对腾讯青眼有加。SP业务是指移动互联网内容应用服务的直接提供者，负责根据用户的要求开发和提供适合手机用户使用的服务。主要提供短信服务的有搜狐、新浪、网易、中华网、Tom等几家公司。其短信服务的内容主要有铃声、图片、文字传情、新闻、游戏等。而腾讯专注于QQ衍生短信服务。在SP业务的贡献下，三大门户的业绩一改往日的萧瑟，大幅上扬。