消毒，就是迅速消除和杀灭病原微生物。消毒既是预防措施，又是灭病措施。消毒方法大体可分为物理消毒法(涨刷、高温、紫外线等)、化学消毒法(药物消毒)和生物消毒法(发酵)。消毒是养兔场和养兔大户控制传染病源、防传染病、保持兔群健康不可缺少的措施。适用的消毒方法主要有以下几种：
（1）清扫洗刷。经常清扫粪便、污物，洗刷兔笼和用具等，这是最基本的消毒方法，可大量清除病原微生物，并能提高其他消毒方法的效果。
（2）日光暴晒。阳光中的紫外线具有良好的杀菌作用，家兔的产仔箱、垫草、笼底板等在阳光下暴晒2～3小时，能杀灭大部分普通病原微生物。这是一项最经济而有效的消毒方法。
（3）蒸煮。经30分钟蒸煮，其热力不仅可杀死物体表面的细菌，还可渗透进去杀死一般的病原微生物。此方法可用于医疗器械、部分用具和工作服的消毒。
（4）火焰烤烧。火焰尤其是喷灯火焰，温度可达400～600℃，用它燎烧家兔直接接触的部分，如笼舍、产仔箱等，效果很好，但要注意防火。
（5）药物消毒。用化学药物喷洒、洗涤、浸泡、熏蒸等方法，均可达到消毒的目的。