肉兔配种方法共有三种：自由交配、人工控制（辅助）和人工授精。
常用的配种方法是人工控制交配，也叫人工监护交配。具体做法是：当母兔发情时，按照选配计划，将发情母兔放到公兔笼内。在此之前，先把母兔外阴部进行清洗，并将周围的污物清除。把公兔笼内的食具取出。如踏板条间隙过大或板条承受力不足，应放一块大小适中的木板，以防种兔的腿卡在板条间隙而被折断。当母兔进入公兔笼内后，公兔立刻追上去，先闻一下气味，然后爬跨母兔。一般母兔向前移动几步，然后后肢支起，举尾迎合。当公兔阴茎插入母兔阴道后，前后抽动几次，即行射精，同时，公兔发出“咕咕”的叫声。随之从母兔背上滑下，倒在一侧，配种即告结束。此时，将母兔抓住，在其臀部猛击一掌，使之肌肉紧张，防止精液倒流。然后，把母兔放回原笼。
配种应注意以下问题：
（1）必须在公兔笼中配种，防止因改变环境而使公兔不适应，精力分散，影响配种效果。
（2）凡是带病的（尤其是生殖器官疾病、皮肤病及其他传染病）、刚刚病愈的和注射疫苗的、经过长途运输的种兔不宜马上配种。
（3）配种场地应宽敞、卫生、安静，禁止围观和大声喧哗。
（4）如发现交配后母兔排尿，应予以补配。
（5）配种后，应及时做好记录，以便安排妊娠检查和其他工作。