南美母驼的发情特征表现很不明显。母驼发情时通常卧地，等待公驼交配，其交配方式与单峰驼和双峰驼相似，求偶过程非常短暂，基本都用不到一分钟。如果母驼未发情，则会表现出拒配。如果有发情母驼交配，则驼群中其他发情母驼会走到交配的骆驼旁，卧地等待公驼交配。发情旺盛的母驼也常常爬跨其他母驼。
与双峰驼和单峰驼一样，南美母驼如果发情后没有交配，则也会长时间表现发情，发情的时间有时可长达36天，但是在这一过程中，至多会有1～2天的拒配期。
