大轰炸的第二天10月25日，拉贝十分高兴，因为这一天是他和爱妻结婚28周年纪念日，他收到了远在北平的妻子多拉托韩先生为他送来的4盆菊花，还有爱写诗的妻子的诗，这让他兴奋不已。
妻子的诗这样写道：
蒙眬的预测已经变得明晰，
命运从不是偶然幸运的产物。
人生的道路如同行星的轨迹，
唯有大智之道在宇宙中运筹，
才能决定是合是分。
是啊，一个智者也决定不了与家人的合与分，这就是战争下的世界。拉贝对自己妻子的才情深感佩服，同时也为自己身处战争的旋涡中心颇有些伤感和担忧。
南京电厂是拉贝他们西门子公司在华的一个重要生意项目，里贝就负责这一块工作。由于日军的飞机不断轰炸，电厂的维修成了头等大事。作为西门子洋行的南京办事处负责人，拉贝以高度的责任担负起电厂的正常运转。让他欣慰的是，几台涡轮机运转一直正常，而且那台老式的博尔齐锅炉还在正常工作着。“这是6年前的货，你们看清楚了吧：我们德国的货比美国锅炉强吧！”拉贝对那些总认为什么东西都是美国货好的中国人很不理解，他用事实告诉他们，真正过硬的货是他们德国人造的。
结婚纪念日的第二天，拉贝拉着已经出色完成公司交待的维修任务的里贝一起到电厂。原本里贝是要走的，但上海西门子洋行驻华总部发来一份被拉贝认为是“最好的电报”说：里贝暂时可以继续留下来工作，不急走。“伙计，你得留下来陪着我天天吃日本人下的蛋啊！”他与里贝已经很有感情了。
到电厂的路上，拉贝他们听说了一个准确的消息：日本人已经占领了太仓。这就证明，中国首都南京的外围防线又被撕破了一道。好在还有一个令人振奋的消息：日本人在上海已经战死了一万人。
看来蒋介石的军队在上海干得不算太烂！
但从友人那里获得的南京情况又让拉贝情绪低沉：日本飞机在过去的60多次空袭中，已经造成200多人死亡，400多人受伤，还有大量难民纷纷逃亡……
“听说了没有，蒋夫人昨天在去上海的路上，汽车驶进了一条沟里，她被扔出车子好几米，肋骨断了好几根！”这个消息让拉贝感觉对中国而言，是不是意味着凶多吉少？
“看，拉贝先生，你公司总部又寄来一大包圣诞礼物！”韩先生从车子里抱回一大包邮件，交到拉贝手里。
“太美了！”拉贝一看，是辛施兄弟公司从汉堡寄给他的100份1938年的德国新日历，这日历可以用作日历，又能记事，所以很受拉贝他们欢迎，也可以作为礼物送给相关客户。
看着一张张精美的汉堡冬季风景明信片，拉贝的那颗心“变软了”。
圣诞节又快要到来了，怎么在中国就没有一点儿感觉呀！如果在自己的故乡，现在这10月份就该忙碌圣诞节的事了，然而在南京——战火下的南京，他这个汉堡人几乎把这事给忘了——拉贝想到此处，不由热泪盈眶……“喂喂，别哭呀拉贝先生，过去你可不是这个样的！”
拉贝自己勉励自己。这一夜，他坐在防空洞里，想起自己的家乡汉堡，又想起自己的妻子与儿女，不由感慨万千——
我一再有把握地说：
哎呀，要理智，
蹲在防空洞前，
这可是缺乏理智！
首先，因为轰炸机的炸弹
大都是从上面落下的，
高空也会掉下碎片，
击中谁，痛得要命，
如果劈啦爆炸，不及时走开，
你肯定会说：啊——我想，
还有足够时间躲开，
我只想看一下……
别说废话了——快些吧，
走进你的“英雄地下室”去！
你的理智在命令你！
德国人爱写诗。不过比起拉贝妻子的诗，这首似乎缺了点我们中国人所讲的韵味，不是吗？这个冷面红心的“纳粹”！其实他内心还是炙热的，只是他的表面如钢铁一般。
进洞，出洞。天天无数次的折腾，还要冒着生命危险去工作，催账、收款，以及帮助中国人恢复设备等等，拉贝终于病倒了……病得还不轻。
医生给他开了许多药，价格是平时的三倍多！精细的拉贝注意到这一点。他想让妻子寄些药来，可又不敢发电报给她。如果那样的话，妻子一定会毫不理会日本人的飞机和炸弹跑到南京来。“那样又太傻了！”拉贝内心深深地责备自己。可是人家陶德曼大使的夫人就留在了南京，她能做到，我的妻子为什么就不能？
“不行不行，我有这个念头就是犯罪。是对妻子的犯罪念头。”
拉贝拿起阿司匹林，猛地往嘴里塞，然后喝上满满的一杯水。他在日记上写道：“如果一个汉堡人和一个柏林人走到一起，通常会产生意见分歧。这肯定是出于古代他们好争论的原因，就是说，他们每个人都自称有最伟大的‘快舌’，即最伟大的辩才。我当然站在汉堡人一边。汉堡人说话也许会夸张，他们的话也许要打些折扣；但柏林人纯粹是‘吹牛皮’，这就更差劲了！例如柏林人说：‘傻瓜就是傻瓜，是无药可救的，即使阿司匹林也不顶用！’这不对！阿司匹林对我就起了作用，今天我感到已有起色……”
拉贝感谢阿司匹林——他的病明显好转了。日记还没有写完，防空警报又响起，拉贝被韩湘琳等人从床上拉起，飞步躲进防空洞。
“先生，我听上面说，要让市民们准备三天的饭……”韩对拉贝说。
“为什么？”拉贝不解。
“这不你病的几天日本人的飞机没有来过……”
“这是下雨的缘故吧！可不是日本人对我的照顾。”拉贝说。
“是的。但你知道，下过雨后，日本人一定会大规模地轰炸南京，而且肯定要比平时轰炸得还要猛烈和时间长。”韩说。
准备三天饭，就是说要在暗无天日的洞里待三天？！拉贝摇摇头，又非常无奈地长叹起来。他翻开日记本，继续写道：“一场现代化的战争就是地球上的一座阎王殿，我们在中国正经历着这场灾难，若与欧洲一场新的世界大战相比，也许它只是一场儿戏。但愿善良的命运之神保佑我们免受此难！”
炸弹仍然在洞外发出巨响。拉贝和南京人并没有受到上帝的保佑，日本人强加于他们头上的战争之苦，正在不断加剧，更深的苦难还在后面……
雨后的南京，人们感觉头顶上的炸弹像过节放鞭炮一样，“噼里啪啦”乱响。令拉贝感到奇怪的是，中方应对日机的防空战斗机不知什么时候竟然销声匿迹了。这是怎么回事？
“老蒋在上海已经打得没力气了！南京看来也快保不住了！”还是韩湘琳等中国人了解情况。
如此看来，剩下的时间只能是听天由命了！拉贝参加过一战和非洲的战事，明白自己所身处的南京着实命运不佳。这种日益多变的形势，可以从种种迹象判断出来：他身边的中国帮工——那些办公室的勤杂工和佣人纷纷被征召去当兵了，而且年龄都在30岁至35岁之间，他们可能只是早上受训几个小时，中午就被拉往前线与日本人打仗去了，其命运大多也是凶多吉少。
“蒋先生真是扛不住了！”拉贝和留在城里的几个德国伙伴私下里议论着，剩下的问题只有一个：他们这些“老外”到底今后在南京还能干什么事？这是拉贝等人最关注的。
雨，仍然下个不停。对拉贝来说，他最讨厌下雨，因为一下雨他的防空洞里面就会渗进许多水，这对一个德国人来说是绝对反感的事，尤其是对像西门子这样大公司的职员来说，凡是与“工程”和“机械”相关的事，有瑕疵是不行的，无论你有什么理由。但在南京，下雨对多数人来说是好事甚至是极好的事——日本飞机就不会再出现在头顶上了。
11月12日这一天日本飞机还真没有来，南京市民们与拉贝都认为是下雨的原因。其实这一天日本人就没有打算到南京来，因为他们此时此刻正在上海庆祝“伟大胜利”呢——他们在铁蹄和刺刀的共同努力下，已经把国民政府在上海市的牌子扔进了黄浦江里，换上了他们的太阳旗……
“升旗！今天你要升中国国旗！”办公室留下来的一名姓蔡的勤杂工一早过来向拉贝传达上面的指令。
“为什么？我是德国人，我不可能把德国的旗降下来，换上你们中国的青天白日旗的！”拉贝断然拒绝。
“这、这……这又不是我的意思，是政府的意思嘛！”蔡很委屈地说。
“我不管是谁的命令，在我的这块地盘上，谁也别想降下我们德国的国旗。”拉贝气呼呼地嘀咕道，“这是我们公司一贯的立场！也是我们公司与贵国贸易条约的内容之一。谁都不能随便破坏！”
又一位姓张的过来了，他拉住拉贝说：“不是的。是蔡搞错了。今天是孙中山先生的诞辰纪念日，政府要求我们下半旗以示哀悼纪念。”
“我到底听你们哪一个的？”拉贝似乎真生气了。
“是他错了。听我的没错。”姓张的堆着笑脸，对拉贝道。
拉贝总算明白其意，于是道：“那就把德国旗和你们的国旗一起升上去，再降半旗。”
拉贝亲眼看着两位中国勤杂工把旗帜升上后才摇摇头，进了屋。心想：这些中国人，办什么事都不能说个明白。
上海失守，受难的不止中国人，拉贝他们也惨遭损失和伤害。从上海运输公司那里得知：前日离开南京的里贝在路途上遭到日本飞机的袭击，人没有死，身边的几个箱子全被炸烂了。“你们给我记个单子，等战争结束后，我一定要让日本人加倍赔偿！”拉贝这回真是气得眼镜几次从鼻梁上掉下。他托里贝随身带的东西丧失殆尽，能不叫他心疼？
南京的日子越来越难过。中国政府部门的人都像暴雨前的蚂蚁，人人都在忙着打包搬家——南京国民政府要害部门基本要搬空了，剩下的政府部门和各种机构也都你争我夺地在动用各种可能的运输工具为自己忙碌。有钱的市民则在千方百计投奔亲友或往香港、汉口甚至更远的地方搬迁。留下的穷人们越来越没有指望，他们的脸部表情都是呆滞的。
拉贝他们这样的外国人，已经是少数了。每个国家都有大使馆在协调各自的侨民撤离，下关口的长江上停留着十几艘洋船，随时在准备着出发。德国人也仅剩一艘“库特沃”号船，是大使馆作为最后运送德国侨民撤离南京的唯一机会。“库特沃”只有50个卧铺，于是能够挤上“库特沃”的也算运气了。
“无论如何，请拉贝先生帮忙了，我和妻子想搭你们的船到汉口，求求您了。请您跟船老板说说，加倍给钱我们也愿意。”一位姓王的工程师来找拉贝，他是军事通讯学校的工程师，与西门子有业务往来，也算是拉贝的生意伙伴。
“你等等，我去请示一下大使先生。”拉贝是热心人，能帮助别人的事他一定想尽办法去做。可这回他是垂头丧气回来的。
拉贝似乎很没有面子地向王先生报告：“大使坚决拒绝，说只能给德国人留位子……”“不过，大使还算给了我一点面子：你的妻子是奥地利人，大使答应她可以上船，但王先生你不行。”拉贝补充说。
王先生征求妻子：“行吗？”
“不行！你不在我身边，我无法活下去！”洋妻子像摇拨浪鼓似的晃着头，眼泪都要出来了。
拉贝只得双手一摊：“这就没办法了！”
看着朋友伤心地离开，拉贝紧握拳头，咬着牙根，道：这些账都该算在日本人头上！
11月17日，还是雨天。南京人比较喜欢，用拉贝的话说：“我们现在真的不需要炸弹了，这里已经乱成一片。”
不管是白天还是黑夜，南京大街上熙熙攘攘、乱七八糟，汽车、马车、三轮车……凡是能滚动的东西都用上了。甚至还能看到成群结队的大卡车和坦克车在街头行驶，它们都在做一件事：装运东西，撤离南京城。在这个撤离和装运队伍里，拉贝是其中的一个——他本人已经作好为公司留在南京到最后时刻的准备，但他的同事和朋友都要走了，还有拉贝自己家的许多物品也需要搬运到另外的安全地方，故此刻他也成了忙碌人群中的一员。拉贝想不到的还有一件事，就是诸多朋友听说他要留在南京，纷纷找他，请求他帮助看守和照看他们的房子及搬不走的物品。
“我的这台收音机很贵的，但它太重了，搬不走了。拉贝先生请你无论如何想法保管好它。”说这话的是大使陶德曼博士的夫人。这夫人客气、亲切，且细声细语，一次一次地请求拉贝原谅她的“打扰”。
“应该的，应该的。”拉贝笑脸迎送这位大使夫人之后，回头直骂自己是“充大头”，像死要面子活受罪的中国人一样。
下关码头上的乱象已经到了极致。拉贝感觉自己似乎又回到了当年在非洲的苦难岁月里。他自己的6个箱子放在朋友的一个包厢内，一看，还成。结果他刚想闭舱，就遇到了熟人西格尔先生。此兄运一大卡车的皮箱要上船，又找不到地方。“拉贝，快想办法帮帮我！”
拉贝摊摊手，意思：你看这个乱象，我能有什么办法？
“不行，你得帮忙。这些箱子其中一半是你老朋友里尔茨先生的。你得帮助他。”西格尔说。
一听是老朋友里尔茨的东西，拉贝眉头一皱，一挥手：“跟我来吧！”
两人把5个里尔茨的皮箱塞进了拉贝买下的舱位里。
“闪开！闪开！”突然岸头一片嚷嚷。拉贝探头一看，有人扛着一个长长的卷桶式的东西，蛮横地从岸头冲向船的甲板，站在两边的行李搬运工躲闪不及，有人落水，有人开骂，一片混乱。
这不是欺负人嘛！拉贝岂容此等行为。他冲过去责问那人：“你不能这么干！上船得有秩序！”
不想那人冲着拉贝，嗓门更高了：“闪开！这儿你说了不算！我扛的是德国大使阁下的地毯！他必须第一个上船！”
“大使也不行！”拉贝一听就急了，一边大声制止，一边用手封住那人的嘴。
“你——”扛地毯的人一下被拉贝吓住了，涨红了脸，半天说不出话。
“你可以先走，但不能抬着大使来压人！明白吗？”拉贝悄声在那人的耳边说道。
那人点点头，终于明白了。
雨，还在下个不停。码头上、甲板上，雨水夹着泥水，弄湿了所有人的衣服与鞋子。拉贝跟大家一样狼狈，这时，在船上居然又一次遇到了工程师王先生夫妇。
是王的奥地利夫人先发现了拉贝。她说：“拉贝先生，他受不了在行李舱的那个罪，没吃没喝的，他想换火车到汉口……”
拉贝一边甩着脸上的雨水，一边瞪着眼睛问王夫人：“既然如此，那就上岸吧！改乘火车可能还来得及！”
王夫人又哭了：“可我不想换乘火车，‘库特沃’号是你们德国的船，日本人不会轰炸你们的船，乘火车太危险了！我不愿意。”
“你们！……”拉贝实在想发火了，可又觉得像他这样的绅士是不该对一个女士发火的，于是只得放轻声音再问，“那你们到底怎么办呢？”
“我们也不知道啊！呜呜……”女人哭了。
拉贝的心软了，伸开双臂，将这个奥地利女人拥抱了一下，说：“我建议你们还是跟着这船走吧！”
“那好吧，听你拉贝先生的！”女人不哭了，回到行李舱里去找她的男人。“有事我还找你啊，拉贝先生！”末后，又传来女人的声音。
拉贝望着她的背影，无可奈何地摇摇头：“拉贝啊，你活该，这都是所谓的乐于助人的好心肠造成的！”当天的日记里，他写下这句话。