以后全国迅猛发展的政治形势，打乱了海军及至全军的预定部署。海军各级领导都陷入了极端被动的地步，无法控制局面。大字报、大标语铺天盖地而来，不断有从下边部队、院校来的群众组织的代表冲击党委扩大会议，要求揪斗各级主要领导干部。
然而在海军最初阶段的大鸣、大放、大字报中，处于最不利地位的竟是张秀川。在给10个常委写的2000多张大字报中，他的就占了一半。这个情况很快反映到林彪那里。于是，林彪、叶群于1966年9月22、23日两次亲自来到海军大院，说是要“看大字报”。萧劲光按惯例将林彪迎接到会议室，他表情极其冷淡，不与萧说话，点名要看政治部的大字报。林彪走后，张秀川在政治部全体人员大会上说，“林副主席是来支持我们的！”
随着机关运动的声势，到了1967年1月初，李作鹏、张秀川等人和萧劲光他们这些人差不多同时成了被揭发、批判的对象。甚至可以说处境更加被动。因为机关、院校都有两派，其中一派是以李、王、张为目标，揭发批判他们在“三二”、“三三”会议期间的夺权活动。特别是机关一起来，有许多方便条件，又比较知底细，揭发批判的内容越来越深，提出要开张秀川的控诉会，要戴高帽，要抓“中的”、“大的”和“黑帮”。城门失火，殃及池鱼，这引起了李作鹏的恐慌。他认为抓“中的”，可能是张秀川，抓“大的”，可能是自己和王宏坤。为了扭转形势，李作鹏和林彪一起策划，决定在海军公布林彪“三三”会议期间对李作鹏等的所谓“高度评价”。
1月8日，军委将萧劲光、苏振华和李作鹏一起叫到办公厅，由代总参谋长杨成武出面谈话。这时，萧劲光才知道，李作鹏于两天前给杨代总长写了信，说海军现在的局势是“颠倒是非”，为扭转这个局面，他提出三个方案，一是请军委对海军“三·三”会议决议表态，把问题揭开，看究竟谁搞“刘邓路线”；二是将林彪在1966年8月13日的对李作鹏等人的评价公布；三是把所有的问题重新揭开，进行大辩论。杨成武说，他把此信送给了林彪，林彪又让他转送毛泽东、周恩来。杨成武对萧劲光说，“主席、总理的意见是按第二方案办，请萧劲光同志出面传达一下。”事情很清楚，海军批张秀川，紧接而来的将会是李作鹏、王宏坤，再引申就会涉及林彪，这与当时的整个形势是背道而驰的。所以，这种情况不能再继续下去了，必须刹车。按当时林彪的地位，只要公布一下对李作鹏等人的评价，马上就可以解决问题。那时，对毛泽东、林彪的指示谁也不会有异议的，有异议将被视为“现行反革命”。
1月9日，李作鹏让秘书将他起草的传达提纲送到萧劲光那里，提纲前面有个说明写着：“萧司令：我上午有外事活动，下午又有会议，因此替你讲话写了一个短提纲（我认为不需要讲得更多），能不能用，请你考虑。”这个以萧劲光为名义起草的传达提纲，即林彪的“高度评价”：“李作鹏、王宏坤、张秀川同志是高举毛泽东思想伟大红旗的，拥护毛主席的，是突出政治、旗帜鲜明的，对海军工作转变做了很多工作，反对罗瑞卿是有功的。”
一个党委第一书记，传达“副统帅”对第三书记的评价，这本来就是“文化大革命”这一非常时期才会出现的怪事，而且还要由被评价人代传达人起草讲话提纲，更是怪上加怪。
1月9日晚上10点钟，在西苑旅社礼堂召开的海军十七级以上干部会议上，萧劲光传达了李作鹏写的传达提纲。果然，形势顿时逆转，李作鹏借这个“高度评价”翻了“三·三”会议的案，并顺势夺了权，接着即以是否支持李作鹏等划线，一大批干部受到残酷斗争，无情打击。
1月16日，李作鹏一伙首先揪斗了苏振华，名曰“摧毁海军苏记黑司令部”。因为顾忌毛泽东对萧劲光的保护，没有从他直接开刀，而常委中苏振华、刘道生、杜义德等以及海军司政后机关的主要负责人大都被隔离审查了。1月18日，海军党委被改组，李作鹏任党委第二书记，并被指定主持海军常委工作，以后又任海军第一政委。这样，虽然名义上萧劲光还是海军司令员、党委第一书记，实际上已经靠边站了，成了“空头司令”。
“新党委”成立以后，在海军第一招待所门前召开“庆祝以李、王、张为核心的海军新党委成立大会”，把一些海军的领导揪去斗争。因为萧劲光名义上还是新党委的成员，所以还坐在李作鹏的旁边。会议开到中间，便有些造反派把矛头指向他，一个造反派跳到他面前，指着他说：“萧司令，你反对毛主席！”
萧劲光反驳：“我没有反对毛主席。”
“你反对林副主席！”
萧劲光没作声。因为林彪确实说过萧反对他，再申辩也没有用。
这时，大喇叭里口号震天响：“谁反对毛主席就打倒谁！”“谁反对林副主席就打倒谁！”“打倒萧劲光”的口号此伏彼起。两个造反派气势汹汹跑上台来，要揪萧劲光，要他坐“喷气式”。萧劲光本来就对这一套斗争方式很反感，他看了看李作鹏，李作鹏在那里稳坐钓鱼台，不动声色。萧劲光的脾气上来了，腾地一下站起来，把披着的棉大衣一甩，厉声喝道：“你们哪个敢上来！”
两个造反派被萧劲光这突然发作弄愣了，不知是前进还是后退好。他们眼睛转向李作鹏。李作鹏把手一挥，暗示那两个人不要搞了，他们就灰溜溜地走了。散会以后，萧劲光怒气未消，驱车紧随李作鹏来到他家，质问李作鹏搞的什么名堂，简直是岂有此理！李作鹏连连解释说不是他搞的，他不知道是怎么回事。萧劲光说：“你不搞，别人哪个搞啊！”
李作鹏连连说：“下次不搞了，下次不搞了。”
这以后，在李作鹏的指使下，萧劲光被造反派劫持到了天津，住在一个不知名的地方。萧劲光被搞走后，家里的孩子们怕他出事，打电话报告军委领导，听说徐向前亲自打电话给李作鹏，查问萧的情况。那天正赶上李作鹏在作战指挥室主持交班。李作鹏拿起电话对徐向前说：“萧劲光在天津，住旅馆，很安全，没抄他的家。”过了几天，他又被带回北京，正赶上1月27日在工人体育馆召开的海军万人大会。
这次大会在海军开创了残酷迫害干部的恶劣先例。主席台上坐着党委新成员，却给了萧劲光一个对面的位置，好像坐在被告席上，这显然是经过精心策划的。萧劲光上台的时候，身后有九个人押着他，说是保护，防止两派造反派抢他。会上被揪斗的海军领导是苏振华和杜义德，以及其他机关的代表人物。斗争会一开始，火力就很猛，六个人坐着“喷气式”上来，胸前挂着牌子，头发被人揪着，强行弯着腰，口号声一阵高过一阵。萧劲光坐在那里，心里一阵紧似一阵，如坐针毡。因为这些干部都是和他朝夕相处，为海军事业贡献过大半生的，可是现在自己却无力保护他们。结果，这六个人一个一个地进行批斗，每批斗一个人，就有一个人发言“控诉”。批斗中间，拳打脚踢，打倒在地，用脚在头上身上乱踩，围着体育场拖着斗。每个人都被折磨得遍体鳞伤，脸都碰紫了，肿了，几乎认不出原来的模样。
不久，又在海军大操场召开三万人大会，斗彭德怀、黄克诚、罗瑞卿、吴自立等人。罗瑞卿的一条腿断了，用筐抬到现场……批斗中仍是拳打脚踢。看着这些曾经与自己并肩战斗过的老首长、老同事，萧劲光心中在滴血……
海军成了“文革”的重灾区。在潮水般的冲击中，李作鹏等人终于夺了海军的权。
海军也终于归入林彪的暗中操纵。